Pyradiomics: GLCM 特征提取警告

创建于 2019-06-06  ·  8评论  ·  资料来源: AIM-Harvard/pyradiomics

当我使用金字塔组学提取特征时,我收到以下警告:
GLCM是对称的,因此Sum Average = 2 * Joint Average,只需要计算1
我应该注意这个警告并找到解决方法吗?

question

最有用的评论

正如你所说,它解决了这个问题。

谢谢!

所有8条评论

不,这只是一个警告,提醒您在这种情况下,联合平均值和总平均值是 100% 相关的。 所以没有错误,只是一个通知。

此警告有助于了解会发生什么; 但是,无论如何要关闭它吗?
打印此警告会减慢代码速度!

谢谢!

@omaghsoudi您应该能够使用命令行提取器的以下参数来控制它。 您提到的消息是警告。 通过降低详细程度,您应该能够禁止将警告打印到控制台。

$ pyradiomics --help
[...]
Logging:
  Controls the (amount of) logging output to the console and the (optional) log-file.

  --logging-level LEVEL
                        Set capture level for logging
  --log-file FILE       File to append logger output to
  --verbosity [{1,2,3,4,5}], -v [{1,2,3,4,5}]
                        Regulate output to stderr. By default [3], level
                        WARNING and up are printed. By specifying this
                        argument without a value, level INFO [4] is assumed.
                        A higher value results in more verbose output.

当我加载 pyradiomics 特征描述符时,有什么方法可以将其关闭?

我使用它如下:
从 radiomics 导入一阶、glcm、ngtdm、gldm、glrlm、glszm

我需要关闭这些功能系列的详细信息。

谢谢!

如果您以编程方式使用 pyradiomics,您应该能够执行以下操作(请参阅 https://github.com/Radiomics/pyradiomics/blob/master/radiomics/base.py#L22-L23 中的评论):

import logging
# set level for all classes
logger = logging.getLogger("radiomics")
logger.setLevel(logging.ERROR)
# ... or set level for specific class
logger = logging.getLogger("radiomics.glcm")
logger.setLevel(logging.ERROR)

我没有测试过这个,但我认为这样的事情应该有效。

正如你所说,它解决了这个问题。

谢谢!

或者,您可以有选择地过滤掉某种类型的警告(在本例中DeprecationWarning ):

import warnings
warnings.simplefilter('ignore', DeprecationWarning)

嗨,这个解决方案对我不起作用。

我也试过:
from radiomics import setVerbosity
setVerbosity(60)

如此处所述: https :

然而我仍然得到了无情的
“GLCM是对称的,因此Sum Average = 2 * Joint Average,只需要计算1”日志。

请帮忙!

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