Zenodo: [功能请求] 适当的 GitHub 存储库的“在活页夹中打开”选项

一般来说，这会很酷。

我对 (2) 更感兴趣，以便活页夹可以解析 Zenodo DOI 并直接从那些而不是 git 存储库启动。 大多数工作（在活页夹方面）可能在repo2docker ，这是我们用来实际构建容器的工具。 现在它使用git来获取内容或使用本地目录。

在https://github.com/jupyterhub/binderhub/issues/216 中，我们讨论了这个从 OSF.io 启动的想法

支持 Tim 的评论 - 让 Binder 团队知道我们是否可以提供任何帮助！

我认为这与预览.tar.gz和其他压缩格式的 WIP 功能有关： https :

同意，这将是一个非常酷的功能。 从技术上讲，看起来 Binder 使用 Repo2Docker，据我所知，它需要一个 git 存储库才能工作。 我认为这是主要障碍，因为 Zenodo 只存档特定版本的 Zip-ball。 解决方法是简单地指向 GitHub 存储库（因为我们确实有我们存档的版本的 SHA），但是我们基本上只是绕过 Zenodo，并且仅在 GitHub 存储库上拥有徽章并没有真正的附加值.

感谢您就这个问题回复我们，@lnielsen！ 一些想法：

解决方法是简单地指向 GitHub 存储库（因为我们确实有我们存档的版本的 SHA）[...]

与其直接指向 GitHub 存储库，不如在 Zenodo 上拥有一个“Binder”徽章，指向在 Zenodo 上存档的特定提交/标签（因为 Binder 可以处理分支、标签或提交）。 这意味着您可以直接跳转到与 DOI 链接的相同版本的代码/存储库。

[...] 那么我们基本上只是绕过 Zenodo，并且仅仅在 GitHub 存储库上拥有徽章并没有真正的附加价值。

好吧，如果您指向特定的提交/标签，仍然有价值，因为 GitHub 中的徽章通常指向master的最新提交。 然而，从 DOI 应该提供的“保存”和“持久性”的角度来看，如果我们确实可以绕过 GitHub 并直接从 Zenodo 渲染 repo，那么内容仍然是“交互式的”，即使原始 GitHub 存储库被删除。

@choldgraf , @betatim ：有没有办法从 Zip-ball 中“伪造”Git 存储库？ 通过在repo2docker工作流程中添加某种本质上毫无目的的* git init吗？ 所以：

• repo2docker解压 Zip-ball → repo2docker运行git init → Binder 指向内容/笔记本。

• 编辑

@choldgraf , @betatim ：有没有办法从 Zip-ball 中“伪造”Git 存储库？ 通过在 repo2docker 工作流程中添加某种本质上的 git init ？

这是一个很好的问题 - 我认为这是可行的，可能作为 repo2docker 的构建包（可以在 r2d 中完成，也可以作为位于单独存储库中的“扩展”）。 该 buildpack 会将这些行插入到执行解压缩等操作的 dockerfile 中。

我刚刚在 r2d 中打开这个 issue 进行讨论： https :

这太棒了！

我认为这有两个部分：

1. 添加从给定 URL 的 ZIP 文件读取到 repo2docker 的能力
2. 添加将版本化的 zonodo 标识符读取到适当的 zip 文件的能力 + 缓存语义到 binderhub。

同时，我认为在 github 上添加标记版本的链接是最简单的事情！

嘿，@yuvipanda。 目前，是的，寻找 Binder 徽章然后链接到 GitHub 上的适当版本是一种临时解决方案——这取决于@lnielsen和 co. 当然优先考虑！ :)

关于：

2. 添加将版本化的 zonodo [sic] 标识符读取到适当的 zip 文件 + 缓存语义到 binderhub 的能力。

Zenodo 仅在发布新版本时获取 repos，我认为 Zenodo 条目上的 GitHub 标志本身指向 GitHub 上相应的tree 。 这有帮助吗？

如果我们已经知道 github 存储库支持 binder，那么徽章将很容易添加，但是我们不容易检测是否支持 binder。 我们可以做的是允许在“相关标识符”字段中添加链接，然后呈现一个像 github 这样的徽标，允许您在活页夹中启动它。

@lnielsen 想到的一些想法：

1. 检查仓库的自述文件中是否有活页夹徽章
2. 检查 repo 是否有某种标签（例如“binder-ready”、“binder”）
3. 检查一个 repo 是否有一个或多个配置文件，如果有，尝试通过 Binder 构建 API 构建它……如果它返回成功，则继续。

只是在这里吐痰:-)

我认为，如果你在 BinderHub 上启动一个 repo 是否会做一些有用的事情，这对计算机来说是非常困难的。 许多存储库将构建和启动，但其中大多数都不起作用:-( 所以我会在自述文件中寻找活页夹徽章，但这也是一个粗略的启发式方法（您将如何找到（大规模）具有活页夹的存储库指向与 mybinder.org 不同的实例的徽章？）-> 使“绑定器就绪”状态人类选择加入可能是最好的，然后它也可以是机器可读的。

是否有 zenodo 查看的格式/文件来提取存储库的额外信息？ 类似于.travis.yml类的？

我试图避免解析存储库中的文件:-)

我想说最好的方法是以某种方式通过 CodeMeta - https://codemeta.github.io，因为我们计划启用从 codemeta 文件中读取元数据。

BinderHub 和 repo2docker 现在支持从 Zenodo DOI 启动： https ://twitter.com/mybinderteam/status/1139136841792315392

正如在https://github.com/zenodo/zenodo/issues/1416#issuecomment -398732740 中提到的，我认为一个明智的解决方案是使用正确的 mybinder 链接（类似于 GitHub 链接）显示 Binder 徽标，当有是“相关标识符”中https://mybinder.org的链接（示例记录：https://zenodo.org/record/3402938）

我唯一的担忧，可能也是 Binder 团队（cc @betatim 、 @yuvipanda 、@choldgraf）的担忧，正在为 MyBinder 服务创造更大的曝光率，并对其进行 DoS-ing，这最终会让用户点击链接到“损坏的“ 页。 想象一下，最终访问带有 Binder 徽标的 Zenodo 软件记录的用户可能只是出于好奇而单击它。

我已经阅读了可靠性文档，并且就地限速机制看起来不错，所以我想这只是一个问题，如果 MyBinder 服务维护者对此感到满意:)

作为一般规则，流量峰值不应太大，只要它们不是巨大的峰值。 你们都想象发送什么样的流量？ :-)

作为参考，您可以在此处了解公共 binderhub 部署（mybinder.org 上的部署）的存储库的负载和“尖峰”：

https://grafana.mybinder.org/d/fZWsQmnmz/pod-activity?refresh=1m&orgId=1&var-cluster=default
我们已经让人们在使用它来教授课程等时一次性启动了大约 100-200 个活页夹，如果我们需要扩展到新节点，有时启动时间会更长，但总的来说应该没问题。

单个存储库的硬性限制是 100 个同时会话。

...当“相关标识符”中有指向https://mybinder.org的链接时（示例记录：https://zenodo.org/record/3402938）

作为一个相关问题，是否可以在此用例的“相关标识符”中包含更具体的元数据？ “相关/替代标识符”部分中与该 URL 关联的元数据值非常缺乏信息（“补充材料”和“其他”）。 是否可以添加新的元数据值，例如“执行此上传”和“实时计算环境”，以明确链接允许读者执行软件？ 我认为这将成为一个相对常见的用例。 谢谢

:+1: 对于关系类型。 我的建议是“交互式（计算）环境”，因为 Binders 供人类使用，而不是一次性执行（“执行此上传”可能意味着）。

相关标识符的可用关系类型词汇基于DataCite v4.1 模式，因此我会避免添加新的“自定义”关系类型。

恕我直言，最合适的关系类型将是isSourceOf （即在上传表单中“将此上传作为其源”），因为 Zenodo 记录是 Binder 用来执行它的源：

如果我们对此达成普遍共识，我相信我们可以在下一个版本中发布它:)

PS（@choldgraf）：今天的愚蠢问题：版权方面，我们可以使用您回购中的 Binder 徽标吗？

@slint是的，您可以使用徽标。 我们没有做任何多余的被许可这样。 这可能不适合艺术品。

如果您打算制作一个供人们按下的“按钮”，还有https://static.mybinder.org/badge_logo.svg ，我们建议将其作为“启动活页夹的按钮”

@slint我没有意识到相关/备用标识符的关系类型是从 DataCite v4.1 模式中获取的。 也许这可以在 esection 的标题文本中说明，在说明可接受的标识符范围的文本之后。

我同意在可用的关系类型中， isSourceOf是最合适的，并且我已经更新了我的 Zenodo 记录作为示例。

资源类型字段是否基于DataCite 4.1（表7）中的resourceTypeGeneral？ 如果是这样，在我看来， interactiveResource （“需要用户交互才能被理解、执行或体验的资源”）似乎是最合适的值。 不幸的是，这在下拉列表中不可用，所以我选择了“其他”。