Shapeworks: Das Rendern von Volumes einiger Auflösungen stürzt ab, wenn itkwidgets.view verwendet wird, nachdem Shapeworks in einem Notizbuch verwendet wurde

Ja, ich versuche es jetzt auszuführen und treffe den gleichen Absturz, genau hier:
`` `shapeSeg = shapeSegList [10]
itkw.view (image = sw2vtkImage (shapeSeg),
slicing_planes = True,
Achsen = Richtig,
drehen = Wahr,
Interpolation = Wahr)

Das Problem wurde vereinfacht und es sieht so aus, als ob Image :: resample hier der Schuldige ist. Nach dem Resampling lädt ellipsoid_05 den Viewer, während ellipsoid_00 den Kernel zum Absturz bringt, wenn versucht wird, itk.view () zu verwenden.

notebooks.zip

Nach dem Testen kann mit Image :: resample wrt itkwidgets.view etwas falsch sein.
Bilder versucht: ellipsoid_1mode / segmentations / ellipsoid_00.nrrd und ellipsoid_1mode / segmentations / ellipsoid_05.nrrd
-> 00 wird nicht geplottet, wenn pyvista nach dem Resampling in ein vtk-Bild eingewickelt wird
-> 05 funktioniert gut
=> _both_ funktionieren gut, wenn sie von pyvista gezeichnet werden
Ich habe einige Debug-Spucke in Image :: resample geworfen und bisher nichts Außergewöhnliches gesehen.

Hier ist ein einfaches Notizbuch, wenn Sie experimentieren möchten.
wanty_washy_resample.ipynb.zip

... und wie es beim Laden leer aussieht:

... und wie es aussieht, wenn Sie es ausführen. Ändern Sie 05 in 00 und führen Sie es erneut aus, um abzustürzen, wenn itkw versucht zu rendern.

Transponieren oder ... Das Array, das gerendert werden könnte
Wenn Sie sich erinnern, können itkwidgets ein numpy-Array direkt rendern. Aber es interpretiert dieses Array als die Transponierte dessen, was übergeben wird, etwas, was es nicht tut, wenn ein vtk-Array verwendet wird. Daher transponieren wir normalerweise das, was wir aus dem Image erhalten, bevor wir es in ein vtk-Array einbinden, und verwenden einfach das vtk-Array mit itkwidgets, um die Dinge einfach zu halten.

Ich habe beide heute Morgen ausprobiert und leider macht es keinen Unterschied. Transponiert oder nicht, numpy oder vtk Arrays, alles stürzt ab, wenn versucht wird, mit itkwidgets nach Image.resample zu rendern.

Kopieren oder ... wiederhole ich mich?
Das vom Image kommende Array könnte das Problem sein. Vielleicht deutet es auf einen ungültigen Speicher hin. Also erstellen wir eine Kopie!
Nachdem ich das Array kopiert habe - sowohl in order='C' als auch in order='F' , transponiere, modifiziere, beim Komponieren der Funktionen auf meinem Kopf stehe und wunschgemäß über alles nachdenke, stürzt es immer noch jedes Mal ab.

Dies deutete darauf hin, dass die Größe des Arrays selbst ein Problem sein könnte. Eine Möglichkeit, dies zu bestätigen, bestand darin, Resample mit demselben Abstand ( [1,1,2] ) aufzurufen, was gut funktionierte. Eine andere Möglichkeit bestand darin, ein falsches numpy-Array dieser fraglichen Größe zu erstellen. Und...
Trommelwirbel bitte...
präsentieren ...
zum ersten Mal überhaupt ... (in GitHub)
Ein _shapeworks-free_ Repro!

array = np.ndarray([109, 77, 204])
itkw.view(image = array)

Also steck das in dein Notizbuch und rauch * es.

* Rauch bedeutet Absturz, befürwortet nicht das tatsächliche Einatmen von irgendetwas. Beachten Sie, dass dies eine Nichtrauchereinrichtung ist, die für kein anderes Angebot gültig ist. Ich hoffe trotzdem, dass jemand lächelt, denn das ist nicht unser Problem! Nur dass es so ist. 😞

array = np.ndarray([109, 77, 204])
itkw.view(image = array)

array = np.ndarray([109, 109, 204])
itkw.view(image = array)



md5-047f51858ff0a12b3bec85f300fc2efa



array = np.ndarray([109, 109, 109])
itkw.view(image = array)

Alle diese Beispiele rendern den itk-Viewer, wenn Shapeworks nicht importiert wird.
Es stürzt ab, wenn Shapeworks importiert wird.

Hmm, haben wir eine Interaktion zwischen Conda Itk / Vtk und Shapeworks Itk / Vtk-Bibliothek?

Ich denke, itkwidgets verwendet eine andere Version von itk

Die Reihenfolge des Imports ist nicht wichtig, die Reihenfolge der Verwendung jedoch. Das heißt, wenn Sie alles importieren, aber itkwidgets vor Shapeworks verwenden, stürzt es ab, wenn Sie Shapeworks verwenden, und umgekehrt.

Da die Lösung für # 1179 einfach "itk nicht verwenden" lautete, schlage ich vor, dass wir dieses Problem auf dieselbe Weise lösen. Wenn es derzeit keine bessere Option gibt, entfernen wir itkwidgets von unseren Notebooks.

Das klingt vorerst nach einem guten Plan. Ist es sinnvoll, itkwidgets von den Notebooks zu entfernen? Wofür verwenden wir es?

Wir verwenden es, um die Segmentierungen anzuzeigen. Ich denke, wir können stattdessen Pyvista verwenden

Beachten Sie, dass pyvista (soweit ich weiß) die Bild-Metainformationen (Ursprung, Voxelabstand, Achsenrichtung) nicht berücksichtigt, itkwidget jedoch.

Beachten Sie, dass pyvista (soweit ich weiß) die Bild-Metainformationen (Ursprung, Voxelabstand, Achsenrichtung) nicht berücksichtigt, itkwidget jedoch.

Wir werden uns damit befassen, aber es muss ein gewisser Respekt für die Herkunft bestehen, da mehrere Volumina gleichzeitig mit unterschiedlichen Positionen geplottet werden können. Dieses Bild zeigt, dass der Abstand zum Plotten verwendet wird. Unsere sw2vtkImage-Funktion (en) haben es einfach nicht beibehalten (ich weiß, dass ich dies in einigen geändert habe, aber vielleicht befinden sich diese in der neuen Pybind-Verzweigung).

Ich möchte vorschlagen, dass wir dies veröffentlichen und auf die nächste Version verschieben, da diese viele andere Python- und Notebook-Verbesserungen aufweist, und wir werden im Wesentlichen gezwungen sein, sie neu zu schreiben. Vielleicht lassen wir sie einfach kaputt gehen. Es ist ein bekanntes Problem in einem öffentlichen Repository, und wir haben eine Problemumgehung für den Fall, dass Benutzer darauf stoßen.

(Wir müssen das Notizbuch "Erste Schritte mit Segmentierungen" noch so ändern, dass es ohne Absturz abgeschlossen wird. Dies bedeutet einfach, dass Sie ein anderes beliebiges Bild auswählen, um das Rendern zu demonstrieren.)

Genau. Lassen Sie uns dies auf Version 6.1 verschieben, und ich werde die Versionshinweise und die grafische Zusammenfassung aktualisieren, um Python-Inhalte zu deaktivieren.

Nachdem Sie ein beliebiges Bild verwendet haben, das den Betrachter nicht zum Absturz bringt, stürzt es an drei weiteren Stellen ab, an denen das Bild mit mittlerer Form verwendet wird.
@cchriste

Ich schlage vor, dass wir dieses Notizbuch von der Veröffentlichung ausschließen, außer in der Dokumentation.

Funktioniert bei mir. @ Sheryjoe ?

Pyvista mit logischen Koordinaten
https://sci.utah.edu/~shapeworks/doc-resources/mp4s/nb-groom-resample.mp4

versus itkwidgets mit physikalischer Koordinate
https://sci.utah.edu/~shapeworks/doc-resources/mp4s/nb-groom-resample-iso.mp4

Pyvista mit logischen Koordinaten
versus itkwidgets mit physikalischer Koordinate

Angesichts der Ausgabe Nr. 900 ist es schwer vorstellbar, dass itk jemals physikalische Koordinaten gezeigt hat.

Für dieses Bild (mit z-Abstand = 2):

{
    dims: [93, 87, 94],
    origin: [-24, -19, -21],
    size: [93, 87, 188],
    spacing: [1, 1, 2]
}

Der itk-Viewer kann nur die nicht skalierte Version anzeigen, da sie sonst abstürzt.

Hier ist ein einzelnes Pyvista-Volumen, das sowohl das nicht skalierte Ellipsoid als auch die skalierte Version zeigt.

Ich mag die Art und Weise, wie der Pyvista-Viewer Grenzen zeigt, im Vergleich zum Itk-Viewer nicht wirklich.
Aber sie haben Recht und zeigen physikalische Koordinaten.