Devtools: La instalación falló: error al ejecutar el comando

Creado en 27 feb. 2018 · 6Comentarios · Fuente: r-lib/devtools

No hay muchos informes de errores, por lo que no estoy seguro de qué es lo que está mal. Tengo conectividad a Internet, así que ese no debería ser el problema.

> devtools::install_github("tidyverse/dplyr")
Downloading GitHub repo tidyverse/dplyr<strong i="6">@master</strong>
from URL https://api.github.com/repos/tidyverse/dplyr/zipball/master
Installation failed: error in running command

> devtools::install_github("r-lib/devtools")
Downloading GitHub repo r-lib/devtools<strong i="9">@master</strong>
from URL https://api.github.com/repos/r-lib/devtools/zipball/master
Installation failed: error in running command

> sessionInfo()
R version 3.4.1 (2017-06-30)
Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)
Running under: Ubuntu 16.04.4 LTS

Matrix products: default
BLAS: /ebio/abt3_projects/software/miniconda3/envs/ga_R_install/lib/R/lib/libRblas.so
LAPACK: /ebio/abt3_projects/software/miniconda3/envs/ga_R_install/lib/R/lib/libRlapack.so

locale:
 [1] LC_CTYPE=en_US.UTF-8       LC_NUMERIC=C
 [3] LC_TIME=en_US.UTF-8        LC_COLLATE=en_US.UTF-8
 [5] LC_MONETARY=en_US.UTF-8    LC_MESSAGES=en_US.UTF-8
 [7] LC_PAPER=en_US.UTF-8       LC_NAME=C
 [9] LC_ADDRESS=C               LC_TELEPHONE=C
[11] LC_MEASUREMENT=en_US.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base

loaded via a namespace (and not attached):
[1] compiler_3.4.1

Fuente

nick-youngblut

Comentario más útil

He estado experimentando el mismo error, al igual que otros:

https://github.com/RevolutionAnalytics/RRO/issues/37
- https://github.com/sammo3182/interplot/issues/25
- https://github.com/r-lib/devtools/issues/406

Las soluciones propuestas para estos problemas son establecer options(unzip = "internal") antes de instalar desde github:

library(devtools)
options(unzip = "internal")
devtools::install_github("tidyverse/dplyr")

o ejecutar sudo apt-get install unzip . Sin embargo, esto solo no resolvió mi problema.

Después de investigar un poco más, el problema surge del hecho de que, en mi caso, la instalación de R proporcionada por conda ( conda install -c r r-base ) establece TAR=/bin/gtar dentro de R ( Sys.getenv["TAR"] ) que no existe en una instalación básica de Ubuntu 16.04 (debería ser TAR=/bin/tar según https://github.com/r-lib/devtools/issues/379).

Lo siguiente funcionó para mí:

sudo apt-get install unzip
export TAR=/bin/tar
# run R code here

En lugar de export TAR=/bin/tar , también puede crear un enlace simbólico con sudo ln -s /bin/tar /bin/gtar , pero se prefiere exportar la variable de entorno.

nsgrantham en 2 mar. 2018

👍13 ❤4

Todos 6 comentarios

¿Es posible que R no esté en su RUTA?

jimhester en 27 feb. 2018

He estado experimentando el mismo error, al igual que otros:

https://github.com/RevolutionAnalytics/RRO/issues/37
- https://github.com/sammo3182/interplot/issues/25
- https://github.com/r-lib/devtools/issues/406

Las soluciones propuestas para estos problemas son establecer options(unzip = "internal") antes de instalar desde github:

library(devtools)
options(unzip = "internal")
devtools::install_github("tidyverse/dplyr")

o ejecutar sudo apt-get install unzip . Sin embargo, esto solo no resolvió mi problema.

Lo siguiente funcionó para mí:

sudo apt-get install unzip
export TAR=/bin/tar
# run R code here

En lugar de export TAR=/bin/tar , también puede crear un enlace simbólico con sudo ln -s /bin/tar /bin/gtar , pero se prefiere exportar la variable de entorno.

nsgrantham en 2 mar. 2018

👍13 ❤4

Entonces, esto (al menos en su caso) parece un error de conda, ¿cree que podría abrir un problema en https://github.com/conda/conda/issues?

jimhester en 9 mar. 2018

Este mismo comportamiento también se menciona en https://github.com/r-lib/devtools/issues/379#issuecomment -309836261

jimhester en 9 mar. 2018

Me encontré con el mismo problema y de hecho fue https://github.com/conda-forge/r-devtools-feedstock/issues/4 Sería bueno que devtools diera un mensaje de error mejor que solo error in running command .

rvernica en 15 may. 2018

Este antiguo problema se ha bloqueado automáticamente. Si cree que ha encontrado un problema relacionado, presente un nuevo problema (con reprex) y enlace a este problema. https://reprex.tidyverse.org/