Bootstrap: el complemento de afijo no funciona bien en tablas

es porque después de la posición: arreglado para thead, Rowpan no funciona para TH.
establecer un ancho fijo debería ayudar (funciona en cromo):

  $(".floating-header th").each(function() {
      $(this).width($(this).width());
  });

Sí, el encabezado se ve bien ahora :)

No ha funcionado perfectamente porque las columnas en tbody cambiarán su ancho cuando affix.js oculte el encabezado de origen.

Pero tengo una idea de cómo solucionarlo.

@genbit , gracias por tu ayuda

Cuando coloca algo, necesita especificar un ancho. No admitiremos la fijación de encabezados de tablas en este momento.