Shapeworks: renderizar volúmenes de algunas resoluciones se bloquea cuando se usa itkwidgets.view después de usar shapeworks en un cuaderno

Sí, estoy tratando de ejecutarlo ahora y tengo el mismo bloqueo, aquí mismo:
`` `shapeSeg = shapeSegList [10]
itkw.view (imagen = sw2vtkImage (shapeSeg),
slicing_planes = Verdadero,
ejes = Verdadero,
rotar = Verdadero,
interpolación = Verdadero)

Simplificó el problema y parece que Image :: resample es el culpable aquí. Después de volver a muestrear, ellipsoid_05 carga el visor mientras que ellipsoid_00 hace que el kernel se bloquee al intentar usar itk.view ()

notebooks.zip

Después de probar con esto, algo _ puede_ estar mal con Image :: resample wrt itkwidgets.view .
Imágenes probadas: ellipsoid_1mode / segmentations / ellipsoid_00.nrrd y ellipsoid_1mode / segmentations / ellipsoid_05.nrrd
-> 00 no se puede trazar cuando pyvista lo envuelve en una imagen vtk después de volver a muestrear
-> 05 funciona bien
=> _ambos_ funcionan bien cuando son graficados por pyvista
Lancé un poco de depuración en Image :: volver a muestrear y no vi nada fuera de lo común hasta ahora).

Aquí tienes un cuaderno sencillo si quieres experimentar.
wishy_washy_resample.ipynb.zip

... y cómo se ve vacío cuando lo carga:

... y cómo se ve cuando lo ejecuta. Cambie el 05 a 00 y ejecútelo nuevamente para que se bloquee cuando itkw intente renderizar.

Transponer o ... la matriz que podría renderizarse
Si recuerda, itkwidgets puede representar una matriz numpy directamente. Pero interpreta esa matriz como la transposición de lo que se pasa, algo que _no_ hace cuando se usa una matriz vtk. Por lo tanto, normalmente transponemos lo que obtenemos de la imagen antes de envolverla en una matriz vtk, y simplemente usamos la matriz vtk con itkwidgets para simplificar las cosas.

Probé ambos esta mañana y desafortunadamente no hace ninguna diferencia. Transpuesto o no, matrices numpy o vtk, todo se bloquea cuando se intenta renderizar usando itkwidgets después de Image.resample.

Copiar o ... ¿Me estoy repitiendo?
La matriz que proviene de la imagen puede ser el problema. Tal vez esté apuntando a una memoria inválida. ¡Así que creemos una copia!
Después de copiar la matriz, tanto en order='C' como en order='F' , transponer, modificar, ponerme de cabeza mientras compongo las funciones y pensar con ilusión en todo ello, _todavía falla cada vez_.

Esto sugirió que el tamaño de la matriz en sí podría ser un problema. Una forma de confirmar esto fue llamar a remuestrear con el mismo espaciado ( [1,1,2] ), que funcionó bien. Otra forma era crear una matriz de números falsos de dicho tamaño cuestionable. Y...
Redoble de tambores por favor...
presentación...
por primera vez en la historia ... (en GitHub)
¡Una reproducción _shapeworks-free_!

array = np.ndarray([109, 77, 204])
itkw.view(image = array)

Así que pon eso en tu cuaderno y fúmalo *.

* humo que implica choque, no aboga por la inhalación real de nada, tenga en cuenta que esta es una instalación para no fumadores, no es válida con ninguna otra oferta, ... de todos modos, espero que alguien esté sonriendo, ¡porque este no es nuestro problema! Excepto que lo es. 😞

array = np.ndarray([109, 77, 204])
itkw.view(image = array)

array = np.ndarray([109, 109, 204])
itkw.view(image = array)



md5-047f51858ff0a12b3bec85f300fc2efa



array = np.ndarray([109, 109, 109])
itkw.view(image = array)

Todos estos ejemplos renderizan el visor itk cuando no se importan shapeworks.
Se bloquea cuando se importa shapeworks.

Hmm, ¿tenemos alguna interacción de biblioteca conda itk / vtk vs shapeworks itk / vtk?

Supongo que itkwidgets está usando otra versión de itk.

El orden de importación no es importante, pero el orden de uso sí lo es. Esto significa que si importa todo, pero usa itkwidgets antes de shapeworks, se bloquea cuando usa shapeworks y viceversa.

Dado que la solución al # 1179 fue simplemente "no lo use", propongo que resolvamos este problema de la misma manera. A menos que haya una opción mejor en este momento, eliminemos itkwidgets de nuestros cuadernos.

Suena como un buen plan por ahora. ¿Es razonable eliminar itkwidgets de los portátiles? ¿Para qué lo estamos usando?

Lo estamos usando para ver las segmentaciones. Creo que podemos usar pyvista en su lugar

Tenga en cuenta que pyvista (que yo sepa) no respeta la metainformación de la imagen (origen, espaciado de vóxeles, dirección de ejes), pero itkwidget sí.

Tenga en cuenta que pyvista (que yo sepa) no respeta la metainformación de la imagen (origen, espaciado de vóxeles, dirección de ejes), pero itkwidget sí.

Profundizaremos en esto, pero debe haber cierto respeto por el origen, ya que se pueden trazar múltiples volúmenes simultáneamente con diferentes ubicaciones, y esta imagen muestra que el espaciado se usa para trazar. Nuestras funciones sw2vtkImage simplemente no la mantuvieron (sé que cambié esto en algunos, pero tal vez estén en la nueva rama pybind).

Quiero sugerir que publiquemos y llevemos esto a la próxima versión, ya que esa tiene muchas otras mejoras de Python y notebooks, y esencialmente nos veremos obligados a reescribirlas. Quizás simplemente dejamos que se rompan. Es un problema conocido en un repositorio público y tenemos una solución en caso de que algún usuario se encuentre con él.

(Todavía necesitaremos modificar el cuaderno de introducción a las segmentaciones para que se complete sin fallar, lo que simplemente significa elegir una imagen arbitraria diferente para demostrar la representación).

Estoy de acuerdo. Llevemos esto a la versión 6.1 y actualizaré las notas de la versión y el resumen gráfico para restar importancia a las cosas de Python.

Después de usar una imagen arbitraria que no bloquea al espectador, aún falla en 3 lugares más que usan la imagen de forma media.
@cchriste

Propongo que excluyamos este portátil del lanzamiento excepto en la documentación.

Funciona para mi. @sheryjoe ?

pyvista mostrando coordenadas lógicas
https://sci.utah.edu/~shapeworks/doc-resources/mp4s/nb-groom-resample.mp4

versus itkwidgets que muestran coordenadas físicas
https://sci.utah.edu/~shapeworks/doc-resources/mp4s/nb-groom-resample-iso.mp4

pyvista mostrando coordenadas lógicas
versus itkwidgets que muestran coordenadas físicas

Dado el número 900, es difícil imaginar que Itk haya mostrado alguna vez coordenadas físicas.

Para esta imagen (con z-spacing = 2):

{
    dims: [93, 87, 94],
    origin: [-24, -19, -21],
    size: [93, 87, 188],
    spacing: [1, 1, 2]
}

El visor de itk solo puede mostrar la versión sin escala, ya que de lo contrario se bloquea.

Aquí hay un solo volumen de pyvista que muestra tanto el elipsoide sin escala como la versión a escala.

Realmente no me gusta la forma en que el visor de pyvista muestra límites en comparación con el visor de itk.
Pero son correctos y muestran coordenadas físicas.