Pyradiomics: ImportError : aucun module nommé radiomics

Créé le 7 mars 2017  ·  7Commentaires  ·  Source: AIM-Harvard/pyradiomics

Pendant que j'essaie d'exécuter l'exemple sous le répertoire bin à partir de Jupyter et l'invite de commande, je rencontre
"ImportError : aucun module nommé radiomics".
Toute aide pour résoudre ce problème est appréciée.

Merci d'avance
-Reddy

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@devareddy Cela signifie que PyRadiomics se charge, mais a du mal à trouver les extensions C compilées.
C'est un bogue que nous rencontrons plus souvent et qui est causé par le fait que jupyter s'exécute à partir du dossier bin avec python 2.7, il trouve le dossier radiomics du code source, et non le dossier installé. Pour les fichiers python, cela ne fait aucune différence. Cependant, les extensions C ne sont présentes dans le dossier installé que lorsque vous exécutez python setup.py install .

Vous pouvez corriger ce bogue en exécutant python setup.py develop , qui génère un build in-source (c'est-à-dire qu'il compile les extensions C et les copie dans le dossier radiomics du référentiel git.

Tous les 7 commentaires

@devareddy , avez-vous installé le paquet en utilisant python setup.py install ?
De plus, si vous avez installé 2 versions de python, vous devez faire attention à la version de python installée et à la version de python que jupyter exécute.

Merci JoostJM.
Oui, j'ai installé en utilisant python setup.py install.
Deux dernières lignes après l'exécution de la commande ci-dessus :
"Utiliser /usr/local/lib/python2.7/dist-packages"
"Dépendances de traitement terminées pour pyradiomics==1.1.0.post5.dev0+g79a84e9"
J'exécute Jupyter avec Python 2.
Est-ce que j'ai raté quelque chose ?

@devareddy , Avez-vous démarré jupyter/cmd avant d'installer le package ? Si tel est le cas, vous devrez redémarrer cmd/jupyter (pour jupyter, redémarrez également la fenêtre cmd), car l'installation met à jour le chemin d'installation facile de python (que python utilise pour trouver le package).

Si vous souhaitez vérifier manuellement si pyrradiomics est installé, accédez à votre répertoire python et accédez aux dossiers Lib/site-packages. Il devrait y avoir un dossier pyradiomics là-dedans, contenant le dossier radiomics et un dossier de données.

@JoostJM , Merci pour l'aide. Je peux exécuter l'exemple pour la ligne de commande mais pas à partir de jupyter .
Mais cela donne une erreur lors de l'exécution> python helloRadiomics.py
Erreur lors du chargement des extensions C, passage au calcul python :Suivi (appel le plus récent en dernier) :Fichier "/home/user/radiomics/pyradiomics/radiomics/__init__.py", ligne 140, dans


Pouvez-vous aider à résoudre ce problème ?
Merci d'avance.
-Reddy

@devareddy Cela signifie que PyRadiomics se charge, mais a du mal à trouver les extensions C compilées.
C'est un bogue que nous rencontrons plus souvent et qui est causé par le fait que jupyter s'exécute à partir du dossier bin avec python 2.7, il trouve le dossier radiomics du code source, et non le dossier installé. Pour les fichiers python, cela ne fait aucune différence. Cependant, les extensions C ne sont présentes dans le dossier installé que lorsque vous exécutez python setup.py install .

Vous pouvez corriger ce bogue en exécutant python setup.py develop , qui génère un build in-source (c'est-à-dire qu'il compile les extensions C et les copie dans le dossier radiomics du référentiel git.

@JoostJM , Merci pour l'aide. Je peux exécuter l'exemple pour la ligne de commande mais pas à partir de jupyter .
Mais cela donne une erreur lors de l'exécution> python helloRadiomics.py
Erreur lors du chargement des extensions C, passage au calcul python :Suivi (appel le plus récent en dernier) :Fichier "/home/user/radiomics/pyradiomics/radiomics/__init__.py", ligne 140, dans


Pouvez-vous aider à résoudre ce problème ?
Merci d'avance.
-Reddy

@JoostJM , parfait et merci beaucoup.
Suis capable d'exécuter des échantillons.
Encore merci.
-Reddy

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