Pomegranate: पाइप इंस्टाल नहीं कर सकता क्योंकि न्यूरलनेटवर्कवापर साइथन नहीं है

ऐसा लगता है कि यह बिना साइथन स्थापित किए स्थापित करने के प्रयास से संबंधित है, इस स्थिति में यह *.pyx के बजाय .c फ़ाइलों की एक निश्चित सूची का उपयोग करने का प्रयास करता है।

स्थापित साइथन के साथ स्थापित करना या तो काम नहीं करता है, क्योंकि टारबॉल PyPI शिपिंग कर रहा है (https://files.pythonhosted.org/packages/ea/aa/1ee99e690884a11d1acefd8075f389bd8f8e25193fec1593e0e9e6519dfa/pomegranate-0.11.0.targ कोई शिप नहीं करता है। .pyx फ़ाइलें, बस सी फ़ाइलें। तो जब setup.py pyx फ़ाइलों पर साइथन का उपयोग करने का प्रयास करता है, तो यह काम नहीं करता है। वह समस्या #554 लगती है।

दरअसल यह पूरा मामला वाकई #554 का डुप्लीकेट है। माफ़ करना!

मैंने अभी रेपो में नए मैक और लिनक्स व्हील जोड़े हैं, जो इस मुद्दे को दरकिनार करना चाहिए। एक नया अजगर 3.6 आभासी वातावरण बनाना, मैं बिना किसी समस्या के अनार स्थापित करने में सक्षम हूं। क्या आप पुष्टि कर सकते हैं?

हां, मैं पुष्टि कर सकता हूं कि pip install pomegranate एक 3.6 venv में काम करता है
अब, साइथन के साथ और बिना दोनों स्थापित।

2/20/19 को, जैकब श्राइबर नोटिफिकेशन @github.com ने लिखा:

मैंने अभी रेपो में नए मैक और लिनक्स व्हील जोड़े हैं, जिन्हें दरकिनार करना चाहिए
इस मुद्दे। एक नया अजगर 3.6 आभासी वातावरण बनाना, मैं पाइप करने में सक्षम हूँ
अनार को बिना किसी समस्या के स्थापित करें। क्या आप पुष्टि कर सकते हैं?

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आप इसे प्राप्त कर रहे हैं क्योंकि आपने सूत्र को लिखा है।
इस ईमेल का सीधे उत्तर दें या इसे GitHub पर देखें:
https://github.com/jmschrei/pomegranate/issues/555#issuecomment -465794042

महान! धन्यवाद!

मुझे यह त्रुटि मिलती है, हालांकि मेरा वेनव अजगर 3.8 है। क्या निकट भविष्य में अजगर 3.8 के लिए अपेक्षित समर्थन है?

@jmschrei सबसे पहले, इस तरह के एक अद्भुत lib (और संबंधित दस्तावेज) के लिए बहुत बहुत धन्यवाद!

मैं इस मुद्दे को अजगर 3.8 के साथ भी मार रहा हूं (एक मैक पर, जहां त्रुटि उपयोगी होने पर नीचे संलग्न की तरह दिखती है)।

अभी के लिए, पुस्तकालय के अपने अन्वेषण के हिस्से के रूप में, मैं अपने होस्ट को संसाधित/जेनरेट करने के लिए केवल एक डॉकराइज़्ड वातावरण (सेंटोस7-आधारित) बना रहा हूं और उसका उपयोग कर रहा हूं; अब तक सब ठीक है, लेकिन आदर्श से बहुत दूर। वैसे भी, जैसा कि पहले ही ऊपर उल्लेख किया गया है, वास्तव में 3.8 का समर्थन करने की किसी भी योजना के बारे में सोच रहा है। एक बार फिर धन्यवाद।

$ python3.8 -m venv virtenv
$ source virtenv/bin/activate
(virtenv) ➜  pomegranate_installation  pip install pomegranate
Collecting pomegranate
  Using cached pomegranate-0.13.5.tar.gz (4.5 MB)
Collecting numpy>=1.8.0
  Using cached numpy-1.19.4-cp38-cp38-macosx_10_9_x86_64.whl (15.3 MB)
Collecting joblib>=0.9.0b4
  Downloading joblib-0.17.0-py3-none-any.whl (301 kB)
     |████████████████████████████████| 301 kB 1.9 MB/s
Collecting networkx>=2.0
  Using cached networkx-2.5-py3-none-any.whl (1.6 MB)
Collecting scipy>=0.17.0
  Using cached scipy-1.5.3-cp38-cp38-macosx_10_9_x86_64.whl (29.0 MB)
Processing /Users/carueda/Library/Caches/pip/wheels/13/90/db/290ab3a34f2ef0b5a0f89235dc2d40fea83e77de84ed2dc05c/PyYAML-5.3.1-cp38-cp38-macosx_10_13_x86_64.whl
Collecting decorator>=4.3.0
  Using cached decorator-4.4.2-py2.py3-none-any.whl (9.2 kB)
Using legacy 'setup.py install' for pomegranate, since package 'wheel' is not installed.
Installing collected packages: numpy, joblib, decorator, networkx, scipy, pyyaml, pomegranate
    Running setup.py install for pomegranate ... error

...

    16 warnings generated.
    clang -bundle -undefined dynamic_lookup -isysroot /Library/Developer/CommandLineTools/SDKs/MacOSX10.14.sdk -L/usr/local/opt/llvm/lib -I/usr/local/opt/llvm/include build/temp.macosx-10.14-x86_64-3.8/pomegranate/distributions/JointProbabilityTable.o -L/usr/local/lib -L/usr/local/opt/[email protected]/lib -L/usr/local/opt/sqlite/lib -o build/lib.macosx-10.14-x86_64-3.8/pomegranate/distributions/JointProbabilityTable.cpython-38-darwin.so
    ld: warning: directory not found for option '-L/usr/local/opt/llvm/lib'
    building 'pomegranate.distributions.NeuralNetworkWrapper' extension
    clang -Wno-unused-result -Wsign-compare -Wunreachable-code -fno-common -dynamic -DNDEBUG -g -fwrapv -O3 -Wall -isysroot /Library/Developer/CommandLineTools/SDKs/MacOSX10.14.sdk -I/Library/Developer/CommandLineTools/SDKs/MacOSX10.14.sdk/usr/include -I/Library/Developer/CommandLineTools/SDKs/MacOSX10.14.sdk/System/Library/Frameworks/Tk.framework/Versions/8.5/Headers -I/usr/local/opt/llvm/include -I/usr/local/include -I/usr/local/opt/[email protected]/include -I/usr/local/opt/sqlite/include -I/Users/carueda/github/pomegranate_installation/virtenv/include -I/usr/local/Cellar/[email protected]/3.8.6_1/Frameworks/Python.framework/Versions/3.8/include/python3.8 -I/Users/carueda/github/pomegranate_installation/virtenv/lib/python3.8/site-packages/numpy/core/include -c pomegranate/distributions/NeuralNetworkWrapper.c -o build/temp.macosx-10.14-x86_64-3.8/pomegranate/distributions/NeuralNetworkWrapper.o
    clang: error: no such file or directory: 'pomegranate/distributions/NeuralNetworkWrapper.c'
    clang: error: no input files
    error: command 'clang' failed with exit status 1
    ----------------------------------------

@adamnovak @jmschrei मैंने अभी इस मुद्दे को एक CentOS 8 बॉक्स पर स्क्रैच से शुरू किया है, जिसमें Python 3.6.8 है। किसी भी टिप्पणी का स्वागत है!

$ python3 --version
Python 3.6.8

$ python3 -m venv venv
$ source venv/bin/activate

$ pip install pomegranate
Collecting pomegranate
  Downloading https://files.pythonhosted.org/packages/67/a1/17396f2bf7e00054ed00fa0667c2a28b3d71a97d4569bacc959abb458212/pomegranate-0.13.5.tar.gz (4.5MB)
    100% |████████████████████████████████| 4.5MB 338kB/s
Requirement already satisfied: numpy>=1.8.0 in ./venv/lib/python3.6/site-packages (from pomegranate)
Requirement already satisfied: joblib>=0.9.0b4 in ./venv/lib/python3.6/site-packages (from pomegranate)
Requirement already satisfied: networkx>=2.0 in ./venv/lib/python3.6/site-packages (from pomegranate)
Requirement already satisfied: scipy>=0.17.0 in ./venv/lib/python3.6/site-packages (from pomegranate)
Requirement already satisfied: pyyaml in ./venv/lib/python3.6/site-packages (from pomegranate)
Requirement already satisfied: decorator>=4.3.0 in ./venv/lib/python3.6/site-packages (from networkx>=2.0->pomegranate)
Installing collected packages: pomegranate
  Running setup.py install for pomegranate ... error

...

    gcc -pthread -shared -Wl,-z,relro -Wl,-z,now -g build/temp.linux-x86_64-3.6/pomegranate/distributions/JointProbabilityTable.o -L/usr/lib64 -lpython3.6m -o build/lib.linux-x86_64-3.6/pomegranate/distributions/JointProbabilityTable.cpython-36m-x86_64-linux-gnu.so
    building 'pomegranate.distributions.NeuralNetworkWrapper' extension
    gcc -pthread -Wno-unused-result -Wsign-compare -DDYNAMIC_ANNOTATIONS_ENABLED=1 -DNDEBUG -O2 -g -pipe -Wall -Werror=format-security -Wp,-D_FORTIFY_SOURCE=2 -Wp,-D_GLIBCXX_ASSERTIONS -fexceptions -fstack-protector-strong -grecord-gcc-switches -m64 -mtune=generic -fasynchronous-unwind-tables -fstack-clash-protection -fcf-protection -D_GNU_SOURCE -fPIC -fwrapv -fPIC -I/u/carueda/soundscape/venv/include -I/usr/include/python3.6m -I/u/carueda/soundscape/venv/lib64/python3.6/site-packages/numpy/core/include -c pomegranate/distributions/NeuralNetworkWrapper.c -o build/temp.linux-x86_64-3.6/pomegranate/distributions/NeuralNetworkWrapper.o
    gcc: error: pomegranate/distributions/NeuralNetworkWrapper.c: No such file or directory
    gcc: fatal error: no input files
    compilation terminated.
    error: command 'gcc' failed with exit status 1

क्या pomegranate==0.10 या शायद pomegranate==0.11 काम करता है? यह वर्तमान संस्करण में एक पैकेजिंग समस्या हो सकती है।

अनार को स्थापित करने का प्रयास करने से पहले साइथन को स्थापित करने का एक और समाधान हो सकता है।

हाँ, अनार == 0.11 ने काम किया।

फिर मैंने साइथन के बारे में दोबारा जांच की, जो मुझे लगता है कि अनार के साथ मेरे पिछले प्रयास में निर्माण के दौरान जीसीसी कदमों की वजह से था। ऐसा लगता है कि ऐसा नहीं था। इसलिए, मैंने सिर्फ पाइप-इंस्टॉलिंग साइथन के साथ-साथ (इसे हटाने के बाद) एक नियमित अनार इंस्टॉल (बिना किसी स्पष्ट संस्करण के) की कोशिश की और अंत में मुझे एक Successfully installed pomegranate-0.13.5 दिखाई देता है।

धन्यवाद @adamnovak!

सी फाइलों को उत्पन्न करने के लिए साइथन की आवश्यकता होती है; यदि कोई साइथन नहीं है तो यह उपयोग करता है
प्री-जेनरेटेड सी फाइलें। इसलिए यह विफल रहता है: हमारे पास एक घटक है कि
साइथन या एसी फ़ाइल की आवश्यकता नहीं है, लेकिन किसी कारण से स्थापित समय पर,
यदि साइथन नहीं है, तो हम इसके लिए एक पूर्व-निर्मित सी फ़ाइल बनाने का प्रयास करते हैं
वैसे भी, और क्योंकि वहाँ एक नहीं है, हम स्थापित करने में विफल रहते हैं।

11/9/20 को, कार्लोस ए। रुएडा नोटिफिकेशन @github.com ने लिखा:

हाँ, अनार == 0.11 ने काम किया।

फिर मैंने साइथन के बारे में फिर से जाँच की, जो मुझे लगा कि इसकी वजह से था
अनार के साथ मेरे पिछले प्रयास में निर्माण के दौरान जीसीसी कदम। प्रतीत
जैसे ऐसा नहीं था। इसलिए, मैंने अभी-अभी पाइप-इंस्टॉलिंग साइथन की कोशिश की है
साथ ही (इसे हटाने के बाद) एक नियमित अनार स्थापित करें (बिना किसी स्पष्ट के)
संस्करण) और अंत में मुझे एक Successfully installed pomegranate-0.13.5 दिखाई देता है।

धन्यवाद @adamnovak!

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आप इसे प्राप्त कर रहे हैं क्योंकि आपका उल्लेख किया गया था।
इस ईमेल का सीधे उत्तर दें या इसे GitHub पर देखें:
https://github.com/jmschrei/pomegranate/issues/555#issuecomment -724314659

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एडम नोवाक (वह / वह)
वरिष्ठ सॉफ़्टवेयर इंजीनियर
कम्प्यूटेशनल जीनोमिक्स लैब
यूसी सांता क्रूज़ जीनोमिक्स संस्थान
"जीवन के कोड का खुलासा।"

व्यक्तिगत प्रतिक्रिया: https://forms.gle/UXZhZc123knF65Dw5

मुझे एक ही मुद्दा मिल रहा था ..
मैंने pip3 स्थापित cython के बाद pip3 अनार स्थापित किया ...

इसने काम कर दिया।

मैक (पायथन 3.8) पर मेरे पास एक ही समस्या थी, @adamnovak की सलाह के अनुसार साइथन स्थापित किया, जिसने मेरे लिए समस्या हल की।