Registry: डेटासेट में श्रेणी जोड़ें

धन्यवाद!

~ यह मानते हुए कि यह मेट्रिक्स का भी समर्थन करेगा (और यह समझना कि मल्टीवैल्यू का अर्थ है कि एक डेटासेट एक से अधिक श्रेणियों से संबंधित हो सकता है), मैं जोड़ना चाहूंगा ~
~9. निजी क्षेत्र के आंकड़े~
~10. ट्रैकिंग डेटा (अर्थात अलग-अलग जीवों की पुनः प्राप्ति या जीपीएस ट्रैकिंग)~

[टिम: धन्यवाद - ऊपर जोड़ा गया!]

प्रश्न: क्या 4. मेटागेनोमिक (ईडीएनए) दो अलग-अलग श्रेणियां होनी चाहिए? इन आंकड़ों की व्याख्या में काफी अंतर है, भले ही वे दोनों "अनुक्रम आधारित" @ManonGros हैं, क्या आप टिप्पणी करेंगे?

[टिम जोड़ने के लिए संपादित: मैंने उन्हें अब ऊपर विभाजित कर दिया है, लेकिन अधिक टिप्पणियों के आधार पर फिर से बदल जाएगा]

मशीन अवलोकन नमूना घटना की एक उप श्रेणी की तरह लगता है।

मशीन अवलोकन नमूना घटना की एक उप श्रेणी की तरह लगता है।

यह ठीक है ना? चूंकि यह बहुविकल्पीय है, इसलिए डेटासेट को दोनों या केवल नमूनाकरण घटना के रूप में चिह्नित किया जा सकता है, या शायद ऐसे मामले हैं जहां मशीन अवलोकन उपयुक्त होगा जहां कोई वास्तविक नमूना प्रोटोकॉल का उपयोग नहीं किया जाता है।

वोकैब सर्वर का उपयोग करते हुए यह नई श्रेणी मुफ्त टेक्स्ट होगी? या हम सभी श्रेणियों को परिभाषित करने की कोशिश कर रहे हैं?

वोकैब सर्वर का उपयोग करते हुए यह नई श्रेणी मुफ्त टेक्स्ट होगी? या हम सभी श्रेणियों को परिभाषित करने की कोशिश कर रहे हैं?

~अनिश्चित, लेकिन इस समय हम श्रेणियों का प्रस्ताव कर रहे हैं~

संशोधित: मैं अब शब्दावली सर्वर का सुझाव दूंगा, जैसा कि इस धागे में बाद में बताया गया है।

महान! मुझे विचार पसंद है!

~बस एक टिप्पणी:~
~> 4. एकल जीव मेटागेनोमिक (यानी एनएचएम नमूने से ऊतक) ~
~> 5. पर्यावरण ईडीएनए (जैसे मिट्टी का नमूना, पानी, कीट सूप आदि)~

~ नंबर 4 सही नहीं लगता। "एकल जीव मेटागेनोमिक" पढ़ते समय मैं जो समझता हूं वह यह है कि किसी ने गाय का आंत नमूना लिया (उदाहरण के लिए) और इसे अनुक्रमित किया, जिसके परिणामस्वरूप आंत माइक्रोबायम के लिए घटनाओं का एक गुच्छा हुआ। मुझे लगता है कि यह विचार नहीं है, है ना?~
~ यदि आपका मतलब है कि एक नमूने से ऊतकों को अनुक्रमित किया गया था, तो मैं "एकल जीव अनुक्रमित" की तर्ज पर कुछ और लिखूंगा। और वास्तव में, हम मेटागेनोमिक्स को ईडीएनए के साथ समूहित कर सकते हैं (अक्सर ईडीएनए मेटागेनोमिक्स होता है)। तो अंत में, मुझे लगता है कि हम कुछ ऐसा कर सकते हैं:~

~4. एकल जीव अनुक्रमित (अर्थात एनएचएम नमूने से ऊतक) ~
~5. पर्यावरण ईडीएनए और/या मेटागेनोमिक्स (जैसे मिट्टी का नमूना, पानी, कीट सूप आदि)~

[टिम: यहां व्यक्त सुझावों के साथ संपादित - धन्यवाद, आप वास्तव में समझ गए कि मेरा क्या इरादा है!]

शायद @thomasstjerne के पास इस पर कुछ विचार हैं?

जोड़ा गया लक्षित प्रजातियों का पता लगाने (पीसीआर-आधारित परख)

धन्यवाद @ timrobertson100 मुझे सूत्र से अवगत कराने के लिए, बहुत ही रोमांचक। अब तक, मुझे आठ संभावित स्वतंत्र चर मिले हैं जो GBIF में साक्ष्य/डेटासेट प्रकार निर्धारित कर सकते हैं। मुझे अपने विचार यहां प्रस्तुत करने से पहले थोड़ा और ध्यान करने की आवश्यकता है, और अगर लोग उपलब्ध हैं तो थोड़ा विचार-मंथन/व्हाइटबोर्ड पर खुशी होगी?

इसका भी ध्यान रखें

सभी को नमस्कार, मुझे डेटासेट और साक्ष्य के प्रकारों को छाँटने का विचार पसंद है, लेकिन मुझे यकीन नहीं है कि यह उपयोगकर्ताओं के लिए एकल फ़िल्टर/शब्दावली का उपयोग करके ऐसा करने के लिए सबसे आकर्षक है (लेकिन मुझे टिम द्वारा रखी गई व्यवहार्यता मिली)। मैंने कुछ दिमाग के नक्शे बनाए लेकिन मेरे पास यहां चित्र जोड़ने का समय नहीं है, इसलिए अपने विचार के लिए बस टाइप करें। मैंने यह सोचकर शुरू किया कि उपयोगकर्ताओं को डेटासेट/साक्ष्य के प्रकार को सॉर्ट करने की आवश्यकता क्यों होगी? यह उन प्रकार के डेटा को शामिल/बहिष्कृत करने का एक त्वरित तरीका है जो आपके मामलों के लिए मायने रखता है कि कैसे साक्ष्य उत्पन्न किया गया था और इसके गुण। मैं 8 स्वतंत्र चर के साथ आया था जो डेटासेट के सुझाए गए वर्गीकरण और आधारऑफ़कॉर्ड शब्दावली को पार करते हैं जैसा कि आज हमारे पास है। ध्यान दें कि मुझे लगता है कि स्वतंत्र कार्य यहां महत्वपूर्ण है, हालांकि नीचे 1-8 के कुछ संयोजन वास्तविक जीवन में असंभव हैं।

मैं अपनी सोच का वर्णन करने के लिए ढीले शब्दों का उपयोग कर रहा हूं, यह एक शब्दावली नहीं है जिसका मैं सुझाव दे रहा हूं, और कुछ अनसुलझे ओवरलैप हैं:

1. साक्ष्य के संरक्षण की स्थिति: केवल आभासी या भौतिक: जीवाश्म, मृत, जीवित (चिड़ियाघर, संस्कृतियां, उद्यान, एक्वारिया)। ध्यान दें कि एम्बर जैसे कुछ विचार रखना आसान नहीं है, क्योंकि एम्बर से डीएनए प्राप्त किया जा सकता है, सबफॉसिल आदि हैं)। _Question_: क्या मैं भौतिक सामग्री की पुन: जांच कर सकता हूं? यह क्या है और कहाँ है?
2. अखंडता / एन प्रजाति: एकल और संपूर्ण (जैसे कीट, यानी एक व्यक्ति के भीतर अपने सभी जीन शामिल हैं), आंशिक (ऊतक का नमूना, पत्ती, फल शरीर) या मिश्रित नमूना (काई और लाइकेन संग्रह में आम, जब व्यक्तिगत प्रजातियों को एकत्र करना संभव नहीं है : लेकिन जानबूझकर नमूना नहीं है जैसे प्लैंकटन 6 देखें)। _Question_: क्या मैं पूर्ण आकारिकी, या केवल कुछ लक्षणों का अध्ययन कर सकता हूं, या केवल संग्रहालय के नमूने को डीएनए अनुक्रम से जोड़ सकता हूं?
3. डीएनए: खोजा नहीं गया, अनुक्रम, पीसीआर। नोट: यह आभासी और भौतिक के बीच है, क्योंकि डीएनए या पीसीआर उत्पादों को लंबे समय तक (भौतिक) संग्रहीत किया जा सकता है, लेकिन प्रजातियों की उपस्थिति के लिए डीएनए सबूत, अक्सर एक अनुक्रम, एक मशीन से उत्पन्न आभासी साक्ष्य है जो डिजिटल छवि से बहुत अलग नहीं है या एक ध्वनि। _Question_: क्या मैं पहचान की फिर से जांच कर सकता हूं, क्या मैं फाइलोजेनी कर सकता हूं, या मेरे पास केवल एक लेबल नाम है?
4. गतिशील/स्थिर डेटा। गतिशील: ट्रैकिंग, समय श्रृंखला, मार्क-रिकैप्चर। _Question_: क्या मैं केवल प्रक्रियाओं का अध्ययन कर सकता हूँ, या केवल पैटर्स कर सकता हूँ?
5. साक्ष्य उत्पन्न करने का तरीका : साहित्य प्रसंस्करण, संग्रह डिजिटलीकरण, व्यक्तिगत अवलोकन, व्यवस्थित नमूनाकरण। _Question_: क्या मैं डेटा को उसकी पीढ़ी की विश्वसनीयता के आधार पर छाँट सकता हूँ?
6. नमूना घटना डेटा के लिए, लेकिन शायद घटनाएं भी: केवल उपस्थिति (नमूना प्रयास अज्ञात/अनिर्दिष्ट), उपस्थिति-अनुपस्थिति, बहुतायत (मात्रात्मक)। _Question_: किस प्रकार के सांख्यिकीय विश्लेषण संभव हैं?
7. जिस तरह से डेटा को GBIF में पैक किया जाता है: केवल मेटाडेटा, चेकलिस्ट, केवल घटनाएँ, नमूनाकरण घटना। उपयोग किए गए एक्सटेंशन द्वारा फ़िल्टर शामिल हो सकता है, esp। अगर हम TDWG में उनमें से अधिक प्राप्त कर रहे हैं। _Question_: मुझे अपने GBIF डाउनलोड में क्या मिलता है, शब्दशः और GBIF की व्याख्या?
8. समुदाय जो डेटा उत्पन्न करता है (शायद यह प्रकाशकों को टैग करने के लिए अधिक प्रासंगिक है, लेकिन किसी को घटनाओं और डेटासेट को फ़िल्टर करने की आवश्यकता हो सकती है): (समूह) व्यक्तियों, प्राकृतिक इतिहास संग्रह, निजी क्षेत्र, समुद्री, नागरिक विज्ञान, मशीन। इनमें से कुछ परस्पर अनन्य नहीं हैं: "प्राकृतिक इतिहास संग्रह" + "नागरिक विज्ञान", या "मशीन" हो सकते हैं। _Question_: क्या मैं किसी विशेष जनसांख्यिकीय क्षेत्र में डेटा प्रवृत्तियों का अध्ययन कर सकता हूं?

एक बार फिर, यह सिर्फ अधूरे विचारों का कब्जा है; यह विचार मंथन/व्हाइटबोर्ड के लिए अच्छा होगा कि वर्गीकरण कितना अच्छा लगेगा। मैं इसे टुकड़ा करने के बारे में सोच रहा था जैसे मूल पोस्ट में 1, 7, और 13 एक साथ सच हो सकते हैं। यदि ये टैग हैं और ओवरलैप कोई समस्या नहीं है, तो ठीक है। लेकिन अगर यह सख्त फ़िल्टर है, तो हमें संरक्षण के प्रकार बनाम समुदाय उत्पन्न करने के लिए केवल फ़ील्ड से अधिक की आवश्यकता हो सकती है बनाम उत्पन्न करने के तरीके बनाम मात्रात्मकता इत्यादि। गुंजाइश से बाहर होने के लिए स्वतंत्र महसूस करें। मुझे बीओआर चर्चाओं का संग्रह भी नहीं मिला, जो यहां आंशिक रूप से लागू होता है।

मुझे लगता है कि वर्गीकरण हमारे पास से आएगा (कम से कम नागरिक विज्ञान डेटासेट के लिए इस समय ऐसा ही है) लेकिन यह बहुत अच्छा होगा यदि अन्य लोग भी क्यूरेशन में मदद कर सकें। सिर्फ मन में रखने वाली कुछ बातें।

उदाहरण के लिए, मान लें कि हम नोड प्रबंधकों को "नागरिक विज्ञान" टैग किए गए डेटासेट की जांच करने के लिए कहते हैं। हम चाहते हैं:

1. उनके लिए अपने नोड के लिए सभी नागरिक विज्ञान डेटासेट देखने का एक आसान तरीका।
2. यदि किसी नोड प्रबंधक ने गलती से टैग किए गए डेटासेट को देखा है, तो हम उस पर नज़र रखना चाहते हैं ताकि हम अगली बार उसे फिर से टैग न करें।

इस मुद्दे को देखते हुए: https://github.com/gbif/portal-feedback/issues/3381 , हम data extracted from taxonomic literature (i.e., Plazi) श्रेणी को याद कर रहे होंगे। तुम सही हो, मैं चूक गया!

धन्यवाद @ManonGros

इस मुद्दे को देखते हुए: gbif/portal-feedback#3381, हम टैक्सोनॉमिक साहित्य (यानी, प्लाज़ी) श्रेणी से निकाले गए डेटा को याद कर रहे होंगे।

यही होने का इरादा था:

सामग्री उद्धरण (उदाहरण के लिए साहित्य में टैक्सोनॉमिक उपचार)

(संबंधित यह है कि प्लाज़ी ने सार्वजनिक टिप्पणी के लिए डार्विन कोर मुद्दों में आधारऑफ़कॉर्ड शब्दावली के अतिरिक्त Material citation का प्रस्ताव दिया है)

+1 @Dmitry एक से कई के लिए और कीवर्ड टैग का उपयोग करना (श्रेणी के लिए 1:1 कोर रिकॉर्ड के बजाय)
+1 @ मैरी नोड कर्मचारियों को श्रेणियों को क्यूरेट करने के लिए सक्षम करने के बारे में सोचने के लिए -> और किसी को भी डेटापॉइंट /सेट को श्रेणी की जानकारी के साथ एनोटेट करने के लिए सक्षम करने के लिए एक फीचर अनुरोध भी जोड़ सकता है (सिद्धांत बरकरार के साथ)

यह भी याद रखें कि एक "डेटासेट" (जैसा कि डार्विन-कोर-आर्काइव-डेटासेट में है) विभिन्न श्रेणियों के "साक्ष्य रिकॉर्ड" (उर्फ कोर रिकॉर्ड, जैसे। उर्फ ​​​​घटनाएं) का मिश्रित बैग हो सकता है - यदि कोई श्रेणी "टैग" है DwC-A . में सभी मुख्य अभिलेखों पर लागू करने के लिए डिज़ाइन किया गया

और यह कि "साक्ष्य रिकॉर्ड" (मुख्य रिकॉर्ड) के डी-सामान्यीकरण का अर्थ है कि कोई निश्चित नहीं हो सकता है कि किसी कोर रिकॉर्ड से जुड़ी दी गई संपत्ति को किस वर्ग से जोड़ा जाना है

मुझे सचमुच यह विचार पसंद है। निश्चित रूप से एएलए में ऐसे उपयोगकर्ता हैं जो डेटा प्रदाताओं में रिकॉर्ड के समूह का चयन करने का एक बहुत ही आसान तरीका चाहते हैं। जिस समूह से मैं यह अनुरोध सुनता हूं उनमें से अधिकांश क्यूरेटर/शोधकर्ता हैं जो संग्रहालय या हर्बेरियम नमूने 'सिर्फ' चाहते हैं।

कुछ सुझाव:

1. प्राकृतिक इतिहास संग्रह - अभी भी जीवाश्म नमूनों के लिए एक श्रेणी रखने के लिए उपयोगी हो सकता है ताकि इन्हें आसानी से अलग किया जा सके।
   जीवाश्मों को अलग करने का कारण यह है कि सबफॉसिल (या अभी भी मौजूद कोई भी जीवाश्म प्रजाति) अक्सर मौजूदा वितरण के बाहर दिखाई देते हैं और आसानी से त्रुटियों के लिए गलत हो सकते हैं और इस तरह से ध्वजांकित हो सकते हैं, जब वे पूरी तरह से वैध हों।

1. एकल जीव अनुक्रमित (अर्थात एनएचएम नमूने से ऊतक)
   ऊतक के नमूने के लिए एक अतिरिक्त श्रेणी का होना बहुत उपयोगी होगा, चाहे अनुक्रम व्युत्पन्न किए गए हों या नहीं।
   इस श्रेणी के उपयोगकर्ता ऋण/विनाशकारी नमूने के लिए ऊतक की तलाश करने वाले शोधकर्ता हो सकते हैं, जिन्हें वर्तमान में BasisOfRecord = सामग्री नमूना प्लस तैयारी पॉट लक खोजना है।

2. निजी क्षेत्र के डेटा - क्या आपका मतलब विकास/खनन परियोजनाओं के अनुमोदन से पहले पर्यावरणीय प्रभाव आकलन करने वाली कंपनियों द्वारा एकत्र किए गए डेटा से है? यदि ऐसा है, तो ऑस्ट्रेलिया में इसे आमतौर पर "प्रस्तावक डेटा" (विकास के समर्थकों से डेटा होने के नाते) कहा जाएगा। अगर निजी क्षेत्र के आंकड़ों का मतलब कुछ और है, तो शायद दोनों हो सकते हैं?

यह भी याद रखें कि एक "डेटासेट" (जैसा कि डार्विन-कोर-आर्काइव-डेटासेट में है) विभिन्न श्रेणियों के "साक्ष्य रिकॉर्ड" (उर्फ कोर रिकॉर्ड, जैसे। उर्फ ​​​​घटनाएं) का मिश्रित बैग हो सकता है - यदि कोई श्रेणी "टैग" है DwC-A . में सभी मुख्य अभिलेखों पर लागू करने के लिए डिज़ाइन किया गया

धन्यवाद, @dagendresen। यहाँ मेरी सोच यह थी कि डार्विन कोर में वर्ग/आधारऑफरेकॉर्ड मुद्दों से इसे अलग करने की कोशिश की जाए ताकि रिपोर्टिंग/उपयोगकर्ता की जरूरतों पर तुरंत प्रतिक्रिया करने में सक्षम हो (उदाहरण के लिए डेटासेट के लिए एक नया टैग पेश करें)। यह स्वीकार करते हुए कि "मिश्रित बैग" डेटासेट हो सकते हैं, मेरा अंतर्ज्ञान यह है कि अधिकांश उपयोगकर्ता व्यापक फ़िल्टरिंग की सराहना करेंगे जैसे "ईडीएनए के रूप में टैग किए गए डेटासेट से उत्पन्न रिकॉर्ड को छोड़ दें" भले ही वहां कुछ प्रविष्टियां हों जो कुछ रुचि की हो, या निजी क्षेत्र से संबंधित टैग किए गए डेटासेट से उत्पन्न होने वाले डेटा के आधार पर रिपोर्ट (जैसे ग्रोथ चार्ट) तैयार करना। क्या यह उचित लगता है, कृपया?

वास्तव में यह विचार पसंद है

धन्यवाद, @elywallis - मैं अब शीर्ष पर सूची में आपका इनपुट जोड़ दूंगा।

निजी क्षेत्र के डेटा - क्या आपका मतलब विकास/खनन परियोजनाओं के अनुमोदन से पहले पर्यावरणीय प्रभाव आकलन करने वाली कंपनियों द्वारा एकत्र किए गए डेटा से है?

मुझे विश्वास है कि इरादा था, हाँ। मुझे विवरण नहीं पता, लेकिन मुझे पता है कि डेटा प्रबंधन टीम इस तरह की श्रेणियों का उपयोग करके रुझानों पर तेजी से रिपोर्ट चला रही है। मैं अंतिम निर्णय का प्रस्ताव किए बिना, आपकी टिप्पणियों को शीर्ष सूची में जोड़ दूंगा।

थोड़ा ऑफ-विषय, लेकिन शायद उपयोगी:

यह बहुतों को ज्ञात नहीं हो सकता है, लेकिन GBIF इस तरह की शब्दावली को हमारे एकीकृत शब्दावली सर्वर में उत्तरोत्तर स्थानांतरित कर रहा है। यह डेटा प्रबंधकों (उदाहरण के लिए नोड मैनेजर @dagendresen सहित) को अवधारणाओं को परिभाषित करने में शामिल करने की अनुमति देगा। अवधारणाएं पदानुक्रमित हो सकती हैं (उदाहरण के लिए निजी डेटा का बेहतर वर्गीकरण) और एक बार शब्दावली संस्करण जारी होने के बाद, इसे डेटा प्रोसेसिंग पाइपलाइनों में उठाया जाता है। यह अभी भी विकसित हो रहा है, लेकिन LifeStage अभी उत्पादन में है।

इस मुद्दे से संबंधित इसका मतलब यह है कि जैसे ही हमें नई रिपोर्ट या समुदाय के लिए डेटासेट को वर्गीकृत करने के लिए नई आवश्यकताएं मिलती हैं, हमारे पास सॉफ्टवेयर डेवलपर की भागीदारी की आवश्यकता के बिना इसे समायोजित करने के लिए उपकरण होंगे (केवल एक शब्दावली की आवश्यकता होती है) बदला जा सकता है, और फिर डेटासेट को टैग करने के साथ आगे बढ़ें)।

"मिश्रित बैग" डेटासेट

@ timrobertson100 मैं (यदि पूछा जाए) पूरी तरह से सहमत हूं कि "मिश्रित बैग" डेटासेट से बचने के लिए सबसे अच्छा अभ्यास है और _"उद्देश्य-पुन: उपयोग"_ के लिए फ़िल्टर सक्षम करने के लिए एक "टैग" बहुत उपयोगी और स्वागत योग्य होगा! और विश्वास करें कि हम ऐसी कार्यक्षमता के साथ अच्छी तरह से रह सकते हैं जो "मिश्रित बैग" डेटासेट पर 100% लागू न हो :-)

(अनुमोदित - GBIF नॉर्वे नॉर्वेजियन डेटा प्रकाशकों के साथ "मिश्रित बैग" डेटासेट को छोटे डेटासेट में "तोड़ने" के लिए "बातचीत" कर रहा है जो अधिक समरूप होगा)

@ टिमरोबर्टसन 100 ने लिखा:

थोड़ा ऑफ-विषय, लेकिन शायद उपयोगी:

यह बहुतों को ज्ञात नहीं हो सकता है, लेकिन GBIF इस तरह की शब्दावली को हमारे एकीकृत शब्दावली सर्वर में उत्तरोत्तर स्थानांतरित कर रहा है। यह डेटा प्रबंधकों (उदाहरण के लिए नोड मैनेजर @dagendresen सहित) को अवधारणाओं को परिभाषित करने में शामिल करने की अनुमति देगा। अवधारणाएं पदानुक्रमित हो सकती हैं (उदाहरण के लिए निजी डेटा का बेहतर वर्गीकरण) और एक बार शब्दावली संस्करण जारी होने के बाद, इसे डेटा प्रोसेसिंग पाइपलाइनों में उठाया जाता है। यह अभी भी विकसित हो रहा है, लेकिन LifeStage अभी उत्पादन में है।

इस मुद्दे से संबंधित इसका मतलब यह है कि जैसे ही हमें नई रिपोर्ट या समुदाय के लिए डेटासेट को वर्गीकृत करने के लिए नई आवश्यकताएं मिलती हैं, हमारे पास सॉफ्टवेयर डेवलपर की भागीदारी की आवश्यकता के बिना इसे समायोजित करने के लिए उपकरण होंगे (केवल एक शब्दावली की आवश्यकता होती है) बदला जा सकता है, और फिर डेटासेट को टैग करने के साथ आगे बढ़ें)।

टिम, क्या आप my . देख सकते हैं? किसी बिंदु पर, हमें इस प्रयास के बारे में कुछ चाहिए, GBIF, एक TDWG वेबिनार से बात। मुझे लगता है कि व्यापक समुदाय को यह बहुत ज्ञानवर्धक लगेगा कि हम डेटा को बेहतर बनाने और समझने के लिए डेटा का उपयोग कैसे कर सकते हैं।