Rocker: आर स्टूडियो कंसोल मंदी

नमस्ते,

मैं रॉकर/rstudio कंटेनरों के साथ एक आर स्टूडियो कंसोल मंदी की समस्या की रिपोर्ट करना पसंद करता हूं।

हम रॉकर/आरस्टूडियो डॉकर कंटेनरों का उपयोग कर रहे हैं, और हाल ही में कुछ लोगों ने शिकायत की है कि उनका ब्राउज़र-आधारित आर स्टूडियो सत्र वास्तव में धीमा हो गया है। यह आमतौर पर एक सत्र चलने और थोड़ी देर के लिए उपयोग किए जाने के बाद होता है।

मैं एक नया कंटेनर लॉन्च करके और Seurat पैकेज (यानी install.packages("Seurat") स्थापित करके इस समस्या को मज़बूती से पुन: उत्पन्न करने में सक्षम था। यह एक लंबी स्थापना प्रक्रिया है, और R Studio कंसोल में कई लाइनें लौटाता है। Seurat स्थापना के बाद प्रक्रिया, कंसोल प्रतिक्रिया समय वास्तव में धीमा और लगभग अनुपयोगी हो जाता है। विशेष रूप से, परिणामों में किसी भी वर्ण को 1-4 सेकंड की देरी में टाइप करना, जो हमारे उपयोगकर्ताओं के लिए बहुत निराशाजनक है।

विभिन्न वीएम में रॉकर/आरस्टूडियो चलाते समय, ऑन-प्रिमाइसेस और एडब्ल्यूएस दोनों में यह मंदी पुनरुत्पादित होती है।

एक नया आर स्टूडियो सत्र शुरू करने से समस्या अस्थायी रूप से ठीक हो जाती है, लेकिन मंदी कुछ दिनों के बाद वापस आ जाती है। आर स्टूडियो कंसोल (यानी Ctrl + L) को साफ़ करना कंसोल प्रतिक्रिया को भी तुरंत बहाल करना प्रतीत होता है।

मैं यह देखने के लिए इस मुद्दे को साझा करना पसंद करता हूं कि क्या किसी ने एक ही मुद्दे को देखा है, और क्या भविष्य में इससे बचने के लिए हम कुछ कर सकते हैं।

धन्यवाद,
स्टीफन

ps यहाँ कुछ अतिरिक्त समस्या निवारण जानकारी है:

आप किस होस्ट ओएस का उपयोग कर रहे हैं।
Centos

आपने किस डॉकर कंटेनर की कोशिश की।
रॉकर / rstudio: 3.6.1

आपने कौन सी कमांड लॉन्च की
docker run -d -ti -p ... -v $(pwd):/home/rstudio -v * -v * -e USER=rstudio -e PASSWORD=* -e USERID=$(id -u) -e GROUPID=* -e ROOT=TRUE -m 100g --cpus="6.0" --name * docker.io/rocker/ rstudio:3.6.1

आप क्या उम्मीद कर रहे थे
आर स्टूडियो कंसोल उपयोगकर्ता इनपुट के लिए उत्तरदायी है

आपको कौन सी त्रुटि मिलती है
R Studio कंसोल कुछ दिनों के उपयोग के बाद अनुपयोगी हो जाता है

यह भी अच्छा है अगर आप इसमें शामिल कर सकते हैं:

डॉकर लॉग का आउटपुट, कहांआपके कंटेनर के लिए हैश है। (चल रहे कंटेनरों की सूची देखने के लिए docker ps का उपयोग करें)
[s6-init] उपयोगकर्ता द्वारा प्रदान की गई फ़ाइलें /var/run/s6/etc...exited 0 पर उपलब्ध कराती हैं।
[s6-init] यह सुनिश्चित करना कि उपयोगकर्ता द्वारा प्रदान की गई फ़ाइलों में सही परमिट हैं...बाहर निकल गए हैं।
[fix-attrs.d] स्वामित्व और अनुमतियों को लागू करना ठीक करता है...
[फिक्स-attrs.d] किया।
[cont-init.d] कंटेनर आरंभीकरण स्क्रिप्ट निष्पादित कर रहा है...
[cont-init.d] जोड़ें: क्रियान्वित...
जोड़ने के लिए अतिरिक्त कुछ नहीं
[cont-init.d] जोड़ें: 0 से बाहर निकलें।
[cont-init.d] userconf: क्रियान्वित...
उपयोगकर्ता rstudio को हटाना
UID के साथ नया rstudio बनाना *
useradd: चेतावनी: होम निर्देशिका पहले से मौजूद है।
इसमें स्केल डायरेक्टरी से किसी फाइल को कॉपी नहीं करना।
mkdir: निर्देशिका '/home/rstudio' नहीं बना सकता: फ़ाइल मौजूद है
प्राथमिक समूह rstudio को संशोधित करना
प्राथमिक समूह आईडी अब custom_group है *
उपयोगकर्ता जोड़ा जा रहा है rstudio' to group sudo'...
उपयोगकर्ता rstudio को समूह sudo . में जोड़ना
किया हुआ।
rstudio sudoers . में जोड़ा गया
[cont-init.d] userconf: बाहर निकला 0.
[cont-init.d] किया।
[services.d] सेवाएं शुरू करना
[services.d] किया।

आप जिस कंटेनर का उपयोग कर रहे हैं उसके लिए छवि आईडी। उदाहरण के लिए, docker images -q Rocker/rstudio आपकी वर्तमान इमेज आईडी प्रदर्शित करेगा।
बीसी16ए0बी1डी27डी

डॉकर का वह संस्करण जिसका आप उपयोग कर रहे हैं।
1.13.1

यदि लागू हो तो boot2docker का संस्करण (मैक/विंडोज)।
एन/ए