Shapeworks: जब एक नोटबुक में शेपवर्क का उपयोग करने के बाद itkwidgets.view का उपयोग करते हुए कुछ रिज़ॉल्यूशन के वॉल्यूम क्रैश किए जाते हैं

हाँ, मैं इसे चलाने की कोशिश कर रहा हूँ और उसी दुर्घटना को मार रहा हूँ, यहीं:
`` `आकार 10
itkw.view (छवि = sw2vtkImage (shapeSeg),
sling_planes = सत्य,
कुल्हाड़ी = सच,
घुमाना = सत्य,
प्रक्षेप = सत्य)

इस मुद्दे को सरल बनाया और यह छवि की तरह दिखता है :: फिर से शुरू करना यहाँ अपराधी है। रेज़म्पलिंग के बाद, ellipsoid_05 दर्शक को लोड करता है जबकि ellipsoid_00 कर्नेल को itk.view () का उपयोग करने के लिए क्रैश करने का कारण बनता है।

नोटबंदी

इसके साथ परीक्षण करने के बाद, कुछ _may_ छवि के साथ गलत हो सकता है itkwidgets.view ।
छवियाँ आज़माई गईं: ellipsoid_1mode / विभाजन / ellipsoid_00.nrrd और ellipsoid_1mode / विभाजन / ellipsoid_05.nrd
-> 00 resampling के बाद एक vtk छवि में pyvista द्वारा लिपटे जाने पर प्लॉट किए जाने में विफल रहता है
-> 05 ठीक काम करता है
=> _both_ जब pyvista द्वारा प्लॉट किया गया तो ठीक काम
मैंने इमेज में कुछ डिबग स्प्यू को फेंका :: resample और साधारण से कुछ भी नहीं देखा अब तक)।

यदि आप प्रयोग करना चाहते हैं तो यहां एक सरल नोटबुक है।
wishy_washy_resample.ipynb.zip

... और जब आप इसे लोड करते हैं तो यह खाली जैसा दिखता है:

... और जब आप इसे चलाते हैं तो यह कैसा दिखता है। 05 से 00 को बदलें और itkw को रेंडर करने की कोशिश करने पर इसे फिर से चलाएं।

ट्रांसजेंड या ... द एरेर दैट रेन्डर्ड बी
यदि आप याद करते हैं, तो itkwidgets सीधे एक सुव्यवस्थित सरणी प्रदान कर सकते हैं। लेकिन यह उस सरणी की व्याख्या करता है जो पारित हो जाता है, कुछ ऐसा करता है जब vtk सरणी का उपयोग किया जाता है। इसलिए हम आम तौर पर एक vtk सरणी में लपेटने से पहले छवि से जो कुछ भी प्राप्त करते हैं, उसे स्थानांतरित करते हैं, और चीजों को सरल रखने के लिए बस itkwidgets के साथ vtk सरणी का उपयोग करते हैं।

मैंने आज सुबह दोनों की कोशिश की और दुर्भाग्य से इससे कोई फर्क नहीं पड़ा। Transposed या नहीं, सुन्न या vtk सरणियों, यह सभी दुर्घटनाओं। जब Image.resample के बाद itkwidgets का उपयोग करके प्रतिपादन करने की कोशिश कर रहा है।

कॉपी या ... क्या मैं खुद को दोहरा रहा हूं?
छवि से आने वाली सरणी समस्या हो सकती है। शायद यह अमान्य मेमोरी की ओर इशारा कर रहा है। तो चलो एक प्रतिलिपि बनाएँ!
सरणी की प्रतिलिपि बनाने के बाद - दोनों order='C' और order='F' , ट्रांसपोज़िंग, संशोधित करना, कार्यों की रचना करते समय मेरे सिर पर खड़े रहना, और यह सब सोचकर इच्छा करना, _it अभी भी हर बार दुर्घटनाग्रस्त हो जाता है।

यह सुझाव दिया गया है कि सरणी का आकार अपने आप में एक समस्या हो सकती है। इस बात की पुष्टि करने का एक तरीका यह था कि एक ही रिक्ति ( [1,1,2] ) के साथ resample को कॉल करें, _which ने ठीक काम किया। एक और तरीका यह था कि उक्त संदिग्ध आकार की एक फर्जी अंकसूची बनाई जाए। तथा...
ड्रम रोल बजाएं...
पेश है...
पहली बार ... (GitHub में)
A _shapeworks-free_ repro!

array = np.ndarray([109, 77, 204])
itkw.view(image = array)

तो जाओ कि अपनी नोटबुक में और धूम्रपान * यह।

* धुआँ लगाने वाली दुर्घटना, किसी भी चीज़ की वास्तविक साँस लेने की वकालत न करना, ध्यान दें कि यह धूम्रपान रहित सुविधा है, किसी अन्य प्रस्ताव के साथ मान्य नहीं है ... वैसे भी, मुझे आशा है कि कोई व्यक्ति मुस्कुरा रहा है, 'क्यूज़ यह हमारी समस्या नहीं है! सिवाय इसके कि यह है। 😞

array = np.ndarray([109, 77, 204])
itkw.view(image = array)

array = np.ndarray([109, 109, 204])
itkw.view(image = array)



md5-047f51858ff0a12b3bec85f300fc2efa



array = np.ndarray([109, 109, 109])
itkw.view(image = array)

ये सभी उदाहरण itk व्यूअर को रेंडर करते हैं जब शेपवर्क आयात नहीं होते हैं।
जब आकार का आयात किया जाता है तो यह क्रैश हो जाता है।

हम्म, क्या हमारे पास कुछ conda itk / vtk बनाम शेपवर्क itk / vtk लाइब्रेरी इंटरैक्शन चल रहा है?

मुझे लगता है कि itkwidgets itk के दूसरे संस्करण का उपयोग कर रहे हैं

आयात का आदेश महत्वपूर्ण नहीं है, लेकिन उपयोग का आदेश है। इसका मतलब है कि यदि आप सब कुछ आयात करते हैं, लेकिन आकृति के काम से पहले itkwidgets का उपयोग करते हैं, तो जब आप आकार का उपयोग करते हैं, और इसके विपरीत दुर्घटनाग्रस्त हो जाते हैं।

चूँकि # 1179 का समाधान बस "itk का उपयोग नहीं करते," मैं प्रस्ताव करता हूँ कि हम इस समस्या को हल करें। जब तक इस समय कोई बेहतर विकल्प नहीं है, तब तक अपने नोटबुक से itkwidgets हटा दें।

यह अब के लिए एक अच्छी योजना की तरह लग रहा है। क्या नोटबुक से itkwidgets निकालना उचित है? हम इसके लिए क्या उपयोग कर रहे हैं?

हम इसका उपयोग विभाजन को देखने के लिए कर रहे हैं। मुझे लगता है कि हम इसके बजाय पाइविस्टा का उपयोग कर सकते हैं

ध्यान दें कि पाइविस्टा (जहां तक ​​मुझे पता है) छवि मेटा-सूचना (मूल, स्वर रिक्ति, कुल्हाड़ी दिशा) का सम्मान नहीं करता है, फिर भी itkwidget करता है।

ध्यान दें कि पाइविस्टा (जहां तक ​​मुझे पता है) छवि मेटा-सूचना (मूल, स्वर रिक्ति, कुल्हाड़ी दिशा) का सम्मान नहीं करता है, फिर भी itkwidget करता है।

हम इसे खोदेंगे, लेकिन उत्पत्ति के लिए कुछ सम्मान होना चाहिए क्योंकि कई संस्करणों को एक साथ अलग-अलग स्थानों पर प्लॉट किया जा सकता है, और यह छवि दिखाती है कि रिक्ति प्लॉटिंग के लिए उपयोग की जाती है। हमारे sw2vtkImage फ़ंक्शन (ओं) को बस नहीं रखा (मुझे पता है कि मैंने इसे कुछ में बदल दिया है, लेकिन शायद वे नई pybind शाखा में हैं)।

मैं सुझाव देना चाहता हूं कि हम इसे जारी करें और अगली रिलीज पर धकेलें क्योंकि एक में कई अन्य अजगर और नोटबुक सुधार हैं, और अनिवार्य रूप से हम उन्हें फिर से लिखने के लिए मजबूर होंगे। हो सकता है कि हम सिर्फ उन्हें टूट जाने दें। यह एक सार्वजनिक रिपॉजिटरी में एक ज्ञात मुद्दा है और इसमें कोई भी उपयोगकर्ता के चलाने पर हमें वर्कअराउंड होता है।

(हमें अभी भी आरंभ-से-सेगमेंटेशन नोटबुक को संशोधित करने की आवश्यकता होगी ताकि यह दुर्घटनाग्रस्त हुए बिना पूरा हो जाए, जिसका अर्थ है कि प्रतिपादन प्रदर्शित करने के लिए एक अलग मनमानी छवि चुनना।)

मैं सहमत हूं। आइए इसे 6.1 रिलीज पर धकेलें और मैं रिलीज नोट्स और चित्रमय एब्स्ट्रैक्ट को अजगर सामग्री पर जोर देने के लिए अपडेट करूंगा।

एक मनमाना छवि का उपयोग करने के बाद जो दर्शक को क्रैश नहीं करता है, यह अभी भी 3 और स्थानों पर दुर्घटनाग्रस्त हो जाता है जो औसत आकार की छवि का उपयोग करते हैं।
@ क्राइस्ट

मैं प्रस्ताव करता हूं कि हम प्रलेखन को छोड़कर इस नोटबुक को रिलीज़ से बाहर कर दें।

मेरे लिये कार्य करता है। @ शेरज्यो ?

pyvista तार्किक निर्देशांक दिखा रहा है
https://sci.utah.edu/~shapeworks/doc-resources/mp4s/nb-groom-resample.mp4

बनाम शारीरिक समन्वय दिखाने वाले itkwidgets
https://sci.utah.edu/~shapeworks/doc-resources/mp4s/nb-groom-resample-iso.mp4

pyvista तार्किक निर्देशांक दिखा रहा है
बनाम शारीरिक समन्वय दिखाने वाले itkwidgets

अंक # 900 को देखते हुए, यह कल्पना करना कठिन है कि कभी शारीरिक निर्देशांक दिखाया गया है।

इस छवि के लिए (z- रिक्ति = 2 के साथ):

{
    dims: [93, 87, 94],
    origin: [-24, -19, -21],
    size: [93, 87, 188],
    spacing: [1, 1, 2]
}

Itk व्यूअर केवल अनचाही संस्करण दिखा सकता है अन्यथा यह क्रैश हो जाता है।

यहाँ एक एकल पाइविस्टा आयतन है जो दोनों के अनस्किल्ड इलिप्सिड और स्केल्ड वर्जन को दर्शाता है।

मैं वास्तव में जिस तरह से pyvista दर्शक itk दर्शक की तुलना में सीमा से पता चलता है पसंद नहीं है।
लेकिन वे सही हैं, और वे शारीरिक निर्देशांक दिखा रहे हैं।