Evalml: Stacked ensembler: gunakan pembagi data CV yang sama dengan automl lainnya

Dibuat pada 22 Des 2020  ·  4Komentar  ·  Sumber: alteryx/evalml

Masalah
Saat ini, stacked ensembler memiliki setup sendiri untuk CV. IterativeAlgorithm memanggil _make_stacked_ensembler util , tetapi saat ini tidak melakukan thread melalui pembagi data dari pencarian automl.

Pemisah data yang disiapkan secara default di ensembler bertumpuk tidak disetel shuffle=True , yang dapat menyebabkan kinerja buruk jika set data input memiliki pengurutan. Itu juga tidak akan memiliki pengaturan yang sama untuk parameter lain seperti n_folds , yang tidak ideal.

Selain itu, perbedaan ini menghalangi kami untuk mendukung sklearn 0.24.0 . Memperbaiki masalah ini akan memungkinkan kami untuk mendukung versi tersebut.

Memperbaiki
Biarkan automl meneruskan pembagi datanya melalui IterativeAlgorithm ke bawah ke dalam stacked ensembler.

bug

Semua 4 komentar

@ angela97lin apakah penjelasan saya masuk akal / apakah ada alasan kami memilih untuk tidak melakukan ini ketika kami menyiapkan penumpukan? :)

@dsherry Saya pikir penjelasan Anda masuk akal! IIRC ketika kami sedang menyiapkan penumpukan dan mencoba membuatnya lebih berkinerja / membuat penumpukan berjalan lebih cepat, kami ingin default ke sesuatu yang tidak memiliki terlalu banyak lipatan--karenanya garis self._default_cv(n_splits=3, random_state=random_state) tempat kami mengambil default ditentukan oleh scikit-learn, dan hardcode n_splits ke 3.

Gali lebih dalam lagi, dan coba gabungkan metode pemisahan data yang digunakan oleh AutoML ke komponen ensemble bertumpuk. Namun, saya mengalami masalah ini (setelah mengatasi pembaruan API yang diperlukan agar kelas TrainingValidationSplit berfungsi):


estimator = WrappedSKClassifier(pipeline=LogisticRegressionBinaryPipeline(parameters={'Imputer':{'categorical_impute_strategy': 'm...Logistic Regression Classifier':{'penalty': 'l2', 'C': 1.0, 'n_jobs': -1, 'multi_class': 'auto', 'solver': 'lbfgs'},}))
X =            0         1         2         3         4
0   0.965469  0.041236  0.028701  0.659165  0.213375
1   0.043831...978  0.079577
48  0.376344  0.920154  0.314640  0.180086  0.197598
49  0.682661  0.046529  0.400513  0.412513  0.751464
y = array([1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0,
       1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0,
       1, 0, 1, 0, 1, 0])

    <strong i="7">@_deprecate_positional_args</strong>
    def cross_val_predict(estimator, X, y=None, *, groups=None, cv=None,
                          n_jobs=None, verbose=0, fit_params=None,
                          pre_dispatch='2*n_jobs', method='predict'):
        """Generate cross-validated estimates for each input data point

        The data is split according to the cv parameter. Each sample belongs
        to exactly one test set, and its prediction is computed with an
        estimator fitted on the corresponding training set.

        Passing these predictions into an evaluation metric may not be a valid
        way to measure generalization performance. Results can differ from
        :func:`cross_validate` and :func:`cross_val_score` unless all tests sets
        have equal size and the metric decomposes over samples.

        Read more in the :ref:`User Guide <cross_validation>`.

        Parameters
        ----------
        estimator : estimator object implementing 'fit' and 'predict'
            The object to use to fit the data.

        X : array-like of shape (n_samples, n_features)
            The data to fit. Can be, for example a list, or an array at least 2d.

        y : array-like of shape (n_samples,) or (n_samples, n_outputs), \
                default=None
            The target variable to try to predict in the case of
            supervised learning.

        groups : array-like of shape (n_samples,), default=None
            Group labels for the samples used while splitting the dataset into
            train/test set. Only used in conjunction with a "Group" :term:`cv`
            instance (e.g., :class:`GroupKFold`).

        cv : int, cross-validation generator or an iterable, default=None
            Determines the cross-validation splitting strategy.
            Possible inputs for cv are:

            - None, to use the default 5-fold cross validation,
            - int, to specify the number of folds in a `(Stratified)KFold`,
            - :term:`CV splitter`,
            - An iterable yielding (train, test) splits as arrays of indices.

            For int/None inputs, if the estimator is a classifier and ``y`` is
            either binary or multiclass, :class:`StratifiedKFold` is used. In all
            other cases, :class:`KFold` is used.

            Refer :ref:`User Guide <cross_validation>` for the various
            cross-validation strategies that can be used here.

            .. versionchanged:: 0.22
                ``cv`` default value if None changed from 3-fold to 5-fold.

        n_jobs : int, default=None
            Number of jobs to run in parallel. Training the estimator and
            predicting are parallelized over the cross-validation splits.
            ``None`` means 1 unless in a :obj:`joblib.parallel_backend` context.
            ``-1`` means using all processors. See :term:`Glossary <n_jobs>`
            for more details.

        verbose : int, default=0
            The verbosity level.

        fit_params : dict, defualt=None
            Parameters to pass to the fit method of the estimator.

        pre_dispatch : int or str, default='2*n_jobs'
            Controls the number of jobs that get dispatched during parallel
            execution. Reducing this number can be useful to avoid an
            explosion of memory consumption when more jobs get dispatched
            than CPUs can process. This parameter can be:

                - None, in which case all the jobs are immediately
                  created and spawned. Use this for lightweight and
                  fast-running jobs, to avoid delays due to on-demand
                  spawning of the jobs

                - An int, giving the exact number of total jobs that are
                  spawned

                - A str, giving an expression as a function of n_jobs,
                  as in '2*n_jobs'

        method : {'predict', 'predict_proba', 'predict_log_proba', \
                  'decision_function'}, default='predict'
            The method to be invoked by `estimator`.

        Returns
        -------
        predictions : ndarray
            This is the result of calling `method`. Shape:

                - When `method` is 'predict' and in special case where `method` is
                  'decision_function' and the target is binary: (n_samples,)
                - When `method` is one of {'predict_proba', 'predict_log_proba',
                  'decision_function'} (unless special case above):
                  (n_samples, n_classes)
                - If `estimator` is :term:`multioutput`, an extra dimension
                  'n_outputs' is added to the end of each shape above.

        See Also
        --------
        cross_val_score : Calculate score for each CV split.
        cross_validate : Calculate one or more scores and timings for each CV
            split.

        Notes
        -----
        In the case that one or more classes are absent in a training portion, a
        default score needs to be assigned to all instances for that class if
        ``method`` produces columns per class, as in {'decision_function',
        'predict_proba', 'predict_log_proba'}.  For ``predict_proba`` this value is
        0.  In order to ensure finite output, we approximate negative infinity by
        the minimum finite float value for the dtype in other cases.

        Examples
        --------
        >>> from sklearn import datasets, linear_model
        >>> from sklearn.model_selection import cross_val_predict
        >>> diabetes = datasets.load_diabetes()
        >>> X = diabetes.data[:150]
        >>> y = diabetes.target[:150]
        >>> lasso = linear_model.Lasso()
        >>> y_pred = cross_val_predict(lasso, X, y, cv=3)
        """
        X, y, groups = indexable(X, y, groups)

        cv = check_cv(cv, y, classifier=is_classifier(estimator))
        splits = list(cv.split(X, y, groups))

        test_indices = np.concatenate([test for _, test in splits])
        if not _check_is_permutation(test_indices, _num_samples(X)):
>           raise ValueError('cross_val_predict only works for partitions')
E           ValueError: cross_val_predict only works for partitions

../venv/lib/python3.7/site-packages/sklearn/model_selection/_validation.py:845: ValueError

Ini adalah kesalahan yang terjadi saat kami mencoba memanggil:

clf = StackedEnsembleClassifier(input_pipelines=[logistic_regression_binary_pipeline_class(parameters={})], cv=TrainingValidationSplit())
    clf.fit(X, y)

Alasan untuk ini adalah karena scikit-learn memvalidasi bahwa cv yang dikirimkan memang merupakan metode validasi silang; itu tidak senang dengan pemisahan tunggal seperti TrainingValidationSplit mana beberapa data tidak akan pernah ada dalam data uji (karena hanya ada satu pemisahan).

Karena itu, saya pikir rencana terbaik untuk saat ini adalah melakukan hal mudah untuk mendukung scikit-learn 0.24 dan mengatur shuffle=True cv default. Kami dapat meninjau kembali ini jika kami pikir itu adalah hal yang berguna untuk dilakukan. Pikiran, @dsherry?

Terkait: https://stackoverflow.com/questions/41753795/sklearn-timeseriessplit-cross-val-predict-only-works-for-partitions

1593 seharusnya tidak lagi diblokir oleh masalah ini, karena apa yang diperlukan untuk 0.24.0 seharusnya telah diselesaikan di #1613.

Apakah halaman ini membantu?
0 / 5 - 0 peringkat