Testthat: tes berjalan di sesi R, tetapi "pemeriksaan R CMD" gagal

Hmmm, panggilan ke setwd() biasanya merupakan ide yang buruk. Tes mungkin dijalankan di lingkungan yang berbeda dari yang Anda harapkan - Saya hanya bisa men-debug masalah dengan menambahkan banyak pernyataan cetak dengan susah payah :(

Saya melihat masalah serupa, meskipun saya tidak menelepon setwd() . Saya dapat menjalankan rangkaian pengujian saya menggunakan testthat:::test_dir dan devtools:::test(fresh=TRUE) , tetapi tidak devtools:::test() (yaitu dengan fresh=FALSE ) atau devtools:::check() .

Saya akan menggali lebih dalam masalah ini, tetapi saya pikir saya akan membagikan perilaku aneh saat saya menyelesaikan ini.

Saya menemukan masalah yang sama, menggunakan R 3.2.2 di OSX Mavericks. Sesuai instruksi di README.md , saya memasukkan yang berikut ke tests/testthat.R dengan file uji di tests/testthat :

library(testthat)
library(qFeature)
test_check("qFeature")

Saat menjalankan R CMD CHECK qFeature , hang ketika memulai tes. Memecahnya dengan Ctrl-C memberikan yang berikut:

    Running ‘testthat.R’^C
 ERROR
Running the tests in ‘tests/testthat.R’ failed.
Last 13 lines of output:
  > library(testthat)
  > library(qFeature)
  > 
  > test_check("qFeature")
  Error in file(filename, "r", encoding = encoding) : 
    cannot open the connection
  Calls: local ... eval.parent -> eval -> eval -> eval -> eval -> source -> file
  In addition: Warning message:
  In file(filename, "r", encoding = encoding) :
    cannot open file 'startup.Rs': No such file or directory
  Execution halted

Namun, semua hal dianggap sama, pengujian di konsol R berfungsi dengan baik:

 > library(testthat)
 > test_package("qFeature")
ddply_getFeatures() - Output Values : .
discFeatures() - Output Values : .........
fitQ() - Summary Values : Loading required package: qFeature
................................
fitQ() - Linear Output Values : ....
fitQ() - Quadratic Output Values : ....
getFeatures() - Output Values : .

DONE 

PS: devtools::check("~/path_to_package/qFeature") menghasilkan perilaku yang sama seperti menjalankan R CMD CHECK : hang, dan sekali rusak dengan Cntrl-C , kesalahan yang sama muncul.

Menemukan solusi

Masalah ini terkait dengan yang lain ini: https://github.com/hadley/testthat/issues/144 dan https://github.com/zoonproject/zoon/pull/150.

Solusinya ada di sini: https://github.com/luckyrandom/cmaker/commit/b85813ac2b7aef69932eca8fbb4fa0ec225e0af0

Cukup tambahkan Sys.setenv("R_TESTS" = "") sebagai baris pertama di tests/testthat.R

Kode ini terus bermunculan di R.
Kesalahan dalam file (nama file, "r", penyandian = penyandian):
tidak dapat membuka koneksi
Sebagai tambahan: Pesan peringatan:
Dalam file(nama file, "r", penyandian = penyandian):
tidak dapat membuka file 'rankall.R': Tidak ada file atau direktori seperti itu
, Apa yang dapat saya?

Saya juga melihat kesalahan ini dalam apa yang menurut saya merupakan versi yang lebih baru dari testthat (1.0.2). Setelah saya memasukkan Sys.setenv("R_TESTS" = "") sebagai baris pertama dalam tes/testthat.R seperti yang disarankan di sini, ini berfungsi.

* checking tests ...
  Running ‘testthat.R’^C
 ERROR
Running the tests in ‘tests/testthat.R’ failed.
Last 13 lines of output:
  > 
  > test_check("phylogenetic")
  Error in file(filename, "r", encoding = encoding) : 
    cannot open the connection
  Calls: local ... eval.parent -> eval -> eval -> eval -> eval -> source -> file
  In addition: Warning message:
  In file(filename, "r", encoding = encoding) :
    cannot open file 'startup.Rs': No such file or directory
  Execution halted

  testthat results ================================================================
  OK: 6 SKIPPED: 0 FAILED: 0
  Execution halted

R version 3.3.2 (2016-10-31)
Platform: x86_64-redhat-linux-gnu (64-bit)
Running under: CentOS Linux 7 (Core)

locale:
 [1] LC_CTYPE=en_US.UTF-8       LC_NUMERIC=C               LC_TIME=en_US.UTF-8        LC_COLLATE=en_US.UTF-8    
 [5] LC_MONETARY=en_US.UTF-8    LC_MESSAGES=en_US.UTF-8    LC_PAPER=en_US.UTF-8       LC_NAME=C                 
 [9] LC_ADDRESS=C               LC_TELEPHONE=C             LC_MEASUREMENT=en_US.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C       

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     

other attached packages:
[1] testthat_1.0.2      phylogenetic_0.1.99

loaded via a namespace (and not attached):
 [1] magrittr_1.5      R6_2.2.0          Matrix_1.2-8      parallel_3.3.2    tools_3.3.2       coda_0.19-1      
 [7] crayon_1.3.2      Rcpp_0.12.9       ABCoptim_0.14.0   nlme_3.1-128      ape_4.0           grid_3.3.2       
[13] numDeriv_2016.8-1 lattice_0.20-34  

Saya mendapatkan kesalahan "RStudio tidak berjalan" yang sama bahkan dengan Sys.setenv("R_TESTS" = "") di testthat.r.

Pengujian berjalan dengan baik dengan devtools::test() atau menjalankannya secara manual. Mereka gagal dengan devtools::check() .

> sessionInfo()
R version 3.4.3 (2017-11-30)
Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit)
Running under: Windows >= 8 x64 (build 9200)

Matrix products: default

locale:
[1] LC_COLLATE=English_United States.1252  LC_CTYPE=English_United States.1252   
[3] LC_MONETARY=English_United States.1252 LC_NUMERIC=C                          
[5] LC_TIME=English_United States.1252    

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     

loaded via a namespace (and not attached):
[1] compiler_3.4.3  tools_3.4.3     withr_2.1.2     yaml_2.1.19     memoise_1.1.0  
[6] git2r_0.21.0    digest_0.6.15   packrat_0.4.8-1 devtools_1.13.5

Saya juga mendapatkan kesalahan yang sama meskipun mencoba solusi Sys.setenv("R_TESTS" = "") di testthat.R.

> sessionInfo()
R version 3.5.1 (2018-07-02)
Platform: x86_64-apple-darwin15.6.0 (64-bit)
Running under: macOS High Sierra 10.13.4

Matrix products: default
BLAS: /System/Library/Frameworks/Accelerate.framework/Versions/A/Frameworks/vecLib.framework/Versions/A/libBLAS.dylib
LAPACK: /Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.5/Resources/lib/libRlapack.dylib

locale:
[1] en_US.UTF-8/en_US.UTF-8/en_US.UTF-8/C/en_US.UTF-8/en_US.UTF-8

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     

other attached packages:
[1] mongrel_0.1          BiocInstaller_1.30.0 devtools_1.13.6     

loaded via a namespace (and not attached):
 [1] Rcpp_0.12.17              plyr_1.8.4                compiler_3.5.1            pillar_1.2.3             
 [5] git2r_0.21.0              bindr_0.1.1               forcats_0.3.0             tidybayes_0.12.1.9000    
 [9] tools_3.5.1               testthat_2.0.0            svUnit_0.7-12             digest_0.6.15            
[13] ggstance_0.3              jsonlite_1.5              memoise_1.1.0             tibble_1.4.2             
[17] gtable_0.2.0              lattice_0.20-35           pkgconfig_2.0.1           rlang_0.2.1              
[21] Matrix_1.2-14             commonmark_1.5            parallel_3.5.1            curl_3.2                 
[25] yaml_2.1.19               LaplacesDemon_16.1.1      bindrcpp_0.2.2            coda_0.19-1              
[29] withr_2.1.2               dplyr_0.7.6               httr_1.3.1                stringr_1.3.1            
[33] roxygen2_6.0.1            xml2_1.2.0                knitr_1.20                arrayhelpers_1.0-20160527
[37] grid_3.5.1                tidyselect_0.2.4          glue_1.2.0                R6_2.2.2                 
[41] purrr_0.2.5               tidyr_0.8.1               ggplot2_3.0.0             driver_0.1.0             
[45] magrittr_1.5              ggridges_0.5.0            MASS_7.3-50               scales_0.5.0             
[49] assertthat_0.2.0          colorspace_1.3-2          stringi_1.2.3             lazyeval_0.2.1           
[53] munsell_0.5.0             RcppEigen_0.3.3.4.0    

checking tests ... ERROR
  Running ‘testthat.R’
Running the tests in ‘tests/testthat.R’ failed.
Last 13 lines of output:
         if (logical.return) 
             message(paste("Error:", msg), domain = NA)
         else stop(msg, call. = FALSE, domain = NA)
     })
  3: tryCatchList(expr, classes, parentenv, handlers)
  4: tryCatchOne(expr, names, parentenv, handlers[[1L]])
  5: value[[3L]](cond)
  6: stop(msg, call. = FALSE, domain = NA)

  ══ testthat results  ════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════
  OK: 13 SKIPPED: 0 FAILED: 1
  1. Error: (unknown) (@test-main.R#3) 

  Error: testthat unit tests failed
  Execution halted

Ada saran?

@ jsilve24 Silakan buka masalah baru dan jika mungkin sertakan paket yang Anda lihat kesalahan ini sebagai tautan, tidak mungkin untuk men-debug ini tanpa melihat paketnya.

Dalam kasus khusus saya, perbedaan yang saya dapatkan antara devtools::test() dan devtools::check() adalah karena memiliki definisi unit baru dalam file .R daripada di dalam .onLoad() (dan menghapusnya di .onUnload() ).

Sebelum

Dalam R/unit_conversion.R :

units::install_conversion_constant("FL", "ft", 100)

fl_to_foot <- function(fl) {
  fl %>%
    units::set_units(FL) %>%
    units::set_units(ft) %>%
    units::drop_units()
}

di tests/testthat/test-conversion.R :

context("Units convertion")
library(trfcplx)

test_that("fl_to_foot converts flight levels (FL) to feet", {
  expect_equal(fl_to_foot(150), 15000)
})

• devtools::test() : Oke
• devtools::check() : GAGAL

Setelah

Di R/unit_conversion.R :

fl_to_foot <- function(fl) {
  fl %>%
    units::set_units(FL) %>%
    units::set_units(ft) %>%
    units::drop_units()
}

Dalam zzz.R (file baru sesuai "Ketika Anda melakukan kebutuhan efek samping" bagian):

# register flight levels (FL) as a unit when loading this package
.onLoad <- function(libname, pkgname) {
  # install user-define unit for flight level
  units::install_conversion_constant("FL", "ft", 100)

  invisible()
}

# register flight levels (FL) as a unit when loading this package
.onUnload <- function(libname, pkgname) {
  # uninstall user-define unit for flight level
  units::remove_symbolic_unit("FL")

  invisible()
}

• devtools::test() : Oke
• devtools::check() : Oke