Xcode 8との互換性が失われたようです。これを修正して、CarthageがmacOSSierraで正しくビルドされるようにする必要があります。
私はそれに取り組んでいます。
今日、XCode 8 Beta 6プロジェクト(Swift 3を使用)にhttps://github.com/ZipArchive/ZipArchiveからライブラリを追加しようとしましたが、リンクすると次のメッセージが表示されました。
「次のバイナリは互換性のないバージョンのSwiftを使用しています」
この問題は、Carthage自体をXcode8でコンパイルすることに関するものです。
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私はそれに取り組んでいます。