こんにちは、

Linuxにdata.tableをインストールする際にも、次のエラーが発生します。

gcc -std=gnu99 -I"/share/ClusterShare/software/contrib/seyyaz/R-v3.5.1/lib64/R/include" -DNDEBUG   -I/share/ClusterShare/software/contrib/seyyaz/zlib-1.2.11/include -I/share/ClusterShare/software/contrib/seyyaz/bzip2-1.0.6/include -I/share/ClusterShare/software/contrib/seyyaz/xz-5.2.4/include -I/share/ClusterShare/software/contrib/seyyaz/pcre-8.42/include -I//share/ClusterShare/software/contrib/seyyaz/curl-7.63.0/include  -fopenmp -fpic  -g -O2  -c forder.c -o forder.o
forder.c: In function 'range_str':
forder.c:296: error: expected end of line before 'update'
make: *** [forder.o] Error 1
ERROR: compilation failed for package 'data.table'
* removing '/share/ClusterShare/software/contrib/seyyaz/R_libs/data.table'
* restoring previous '/share/ClusterShare/software/contrib/seyyaz/R_libs/data.table'

> sessionInfo()
R version 3.5.1 (2018-07-02)
Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)
Running under: CentOS release 6.8 (Final)

Matrix products: default
BLAS: /share/ClusterShare/software/contrib/seyyaz/R-v3.5.1/lib64/R/lib/libRblas.so
LAPACK: /share/ClusterShare/software/contrib/seyyaz/R-v3.5.1/lib64/R/lib/libRlapack.so

locale:
 [1] LC_CTYPE=en_US.iso885915       LC_NUMERIC=C
 [3] LC_TIME=en_US.iso885915        LC_COLLATE=en_US.iso885915
 [5] LC_MONETARY=en_US.iso885915    LC_MESSAGES=en_US.iso885915
 [7] LC_PAPER=en_US.iso885915       LC_NAME=C
 [9] LC_ADDRESS=C                   LC_TELEPHONE=C
[11] LC_MEASUREMENT=en_US.iso885915 LC_IDENTIFICATION=C

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base

other attached packages:
[1] usethis_1.4.0  devtools_2.0.1

loaded via a namespace (and not attached):
 [1] Rcpp_1.0.0         ps_1.3.0           prettyunits_1.0.2  rprojroot_1.3-2
 [5] withr_2.1.2        digest_0.6.18      crayon_1.3.4       assertthat_0.2.0
 [9] R6_2.3.0           backports_1.1.3    magrittr_1.5       rlang_0.3.1
[13] cli_1.0.1          curl_3.3           fs_1.2.6           remotes_2.0.2
[17] callr_3.1.1        desc_1.2.0         tools_3.5.1        glue_1.3.0
[21] pkgload_1.0.2      compiler_3.5.1     processx_3.2.1     pkgbuild_1.0.2
[25] BiocManager_1.30.4 sessioninfo_1.1.1  memoise_1.1.0

gcc --versionのようなコンパイラのバージョンも報告してください

鉱山はgcc（GCC）4.4.7 20120313（Red Hat 4.4.7-17）でした。 また、gcc-7.3.0で1つのバージョンをコンパイルしましたが、エラーも発生します

CentOSに関連しているようです。 まったく新しいRインストールでs-yazarと同じ問題が発生しました。

この問題は、gccを4.9.0にアップグレードすることで解決されました。

@Huitziiiフィードバックをありがとう。 それでも、@ s-yazarがgcc-7.3でエラーを取得しているのに、gcc-4.9にアップグレードすると問題が解決するのは不思議です。 現在、その問題を再現するための環境は手元にありません。

こんにちは@jangorecki 、
戻って、R3.5.1をgcc-7.3で再度コンパイルしました。 今回は問題なくdata.tableをインストールしました。 以前のエラーの原因がわからない。

@ s-yazarフィードバックをありがとう。
そのため、現時点では、@ s-yazarと@Huitziiiのコンパイルエラーはコンパイラをアップグレードすることで解決されています。
@iembryコンパイラをアップグレードできますか？

@iembryは、コンパイラをアップグレードすることで問題が解決したかどうかをお知らせください。解決しない場合は、この問題を再度開きます。

gcc v4.4.7を実行しているRedHatシステムで同じ問題が発生しました-ここで説明されているようにdevtoolset-2をインストールしました： https ：//unix.stackexchange.com/a/125621これの「標準」RedHatgcc以降distroはまだv4.4.7であるため、yum updateは何もしませんでした（このコメントにリストされているように、GPGキーもダウンロードしてインストールする必要がありました）

devtoolset-2には、新しいgcc v4.8.2を含む多くのものが含まれており、その環境を有効にします。

source scl_source enable devtoolset-2

次に、gcc v4.8.2があり、data.tablev1.1.2.0のインストールが機能しました。

@philippbayerフィードバックありがとうございます

@jangorecki応答が非常に遅れて申し訳ありませんが、いいえ、コンピューターをアップグレードしてディストリビューションをアップグレードするまで、コンパイラーをアップグレードできません。 私はずっと古いバージョンのgccコンパイラを持っていますが、それが現在どのバージョンであるかを覚えていません。

data.tableのCRANページにgccコンパイラ>バージョンを配置することは可能ですか？

ありがとう。

最新のredhatOSの完全に更新されたバージョンでコンパイルされないバージョンのデータテーブルを出荷することは、かなり不親切な動きのようです。 まったく新しいインストールのために非コアリポジトリから新しいコンパイラをインストールさせるのは素晴らしい経験ではありません。

コードがgcc4.4.7で動作することを可能にするパッチは本当にありませんか？

@ s-andrews（ https://access.redhat.com/solutions/19458による）最近のものはRHEL7であり、gcc4.8.xで出荷されます。 あなたのOSバージョンは何ですか？
上記のコメントによると、gcc4.8.2でうまくコンパイルされます。 4.8.2はほぼ6歳であることに注意してください。
同時に、私たちのR依存関係は少なくとも5年前のR3.1です。 したがって、Rよりもgccとの下位互換性が高いと言えます。

@iembry返信が遅くなってすみません、前にコメントを逃しました。 data.tableをコンパイルするのにgccは必要ないので、それが実行可能かどうかはわかりません。他にも多くのコンパイラがあり、DESCRIPTIONにgccだけをリストするのは適切ではないようです。

@jangorecki申し訳ありませんが、私はばかです。 私が使用していたサーバーは、明らかにまだRedhat 6を実行していますが、サポートされていなくても問題はありません。 それが7でも箱から出してすぐに機能するのは素晴らしいことです。

@jangorecki応答の遅延は問題ありません。 gccが唯一のコンパイラではないというあなたの意見を理解しています。 返信ありがとうございます。

data.tableをインストールするときに同じエラーが発生します。 sessionInfo()の出力は次のとおりです。

R version 3.5.3 (2019-03-11)
Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)
Running under: Debian GNU/Linux 8 (jessie)

Matrix products: default
BLAS: /usr/lib/libblas/libblas.so.3.0
LAPACK: /usr/lib/lapack/liblapack.so.3.0

locale:
 [1] LC_CTYPE=en_US.UTF-8       LC_NUMERIC=C              
 [3] LC_TIME=en_US.UTF-8        LC_COLLATE=en_US.UTF-8    
 [5] LC_MONETARY=en_US.UTF-8    LC_MESSAGES=en_US.UTF-8   
 [7] LC_PAPER=en_US.UTF-8       LC_NAME=C                 
 [9] LC_ADDRESS=C               LC_TELEPHONE=C            
[11] LC_MEASUREMENT=en_US.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C       

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     

loaded via a namespace (and not attached):
[1] compiler_3.5.3 tools_3.5.3 

私のgccバージョンはgcc（Debian 4.9.2-10 + deb8u2）4.9.2で、上記のコメントによれば問題ないはずです。

gccを更新してみますが、root権限がありません。

インストールログの出力を提供していただけますか？

出力は次のとおりです（元の投稿とほとんど同じです）。

> install.packages("data.table", repos="http://cran.cnr.berkeley.edu/")
Installing package into ‘/home/jcasti15/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.5’
(as ‘lib’ is unspecified)
trying URL 'http://cran.cnr.berkeley.edu/src/contrib/data.table_1.12.2.tar.gz'
Content type 'application/x-gzip' length 3343698 bytes (3.2 MB)
==================================================
downloaded 3.2 MB

* installing *source* package ‘data.table’ ...
** package ‘data.table’ successfully unpacked and MD5 sums checked
** libs
gcc -std=gnu99 -I"/usr/share/R/include" -DNDEBUG     -fopenmp -fpic  -g -O2 -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=
format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g  -c assign.c -o assign.o
gcc -std=gnu99 -I"/usr/share/R/include" -DNDEBUG     -fopenmp -fpic  -g -O2 -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=
format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g  -c between.c -o between.o
gcc -std=gnu99 -I"/usr/share/R/include" -DNDEBUG     -fopenmp -fpic  -g -O2 -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=
format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g  -c bmerge.c -o bmerge.o
gcc -std=gnu99 -I"/usr/share/R/include" -DNDEBUG     -fopenmp -fpic  -g -O2 -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=
format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g  -c chmatch.c -o chmatch.o
gcc -std=gnu99 -I"/usr/share/R/include" -DNDEBUG     -fopenmp -fpic  -g -O2 -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=
format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g  -c dogroups.c -o dogroups.o
gcc -std=gnu99 -I"/usr/share/R/include" -DNDEBUG     -fopenmp -fpic  -g -O2 -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=
format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g  -c fastmean.c -o fastmean.o
gcc -std=gnu99 -I"/usr/share/R/include" -DNDEBUG     -fopenmp -fpic  -g -O2 -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=
format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g  -c fcast.c -o fcast.o
gcc -std=gnu99 -I"/usr/share/R/include" -DNDEBUG     -fopenmp -fpic  -g -O2 -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=
format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g  -c fmelt.c -o fmelt.o
gcc -std=gnu99 -I"/usr/share/R/include" -DNDEBUG     -fopenmp -fpic  -g -O2 -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=
format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g  -c forder.c -o forder.o
gcc -std=gnu99 -I"/usr/share/R/include" -DNDEBUG     -fopenmp -fpic  -g -O2 -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=
format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g  -c frank.c -o frank.o
gcc -std=gnu99 -I"/usr/share/R/include" -DNDEBUG     -fopenmp -fpic  -g -O2 -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=
format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g  -c fread.c -o fread.o
gcc -std=gnu99 -I"/usr/share/R/include" -DNDEBUG     -fopenmp -fpic  -g -O2 -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=
format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g  -c freadR.c -o freadR.o
gcc -std=gnu99 -I"/usr/share/R/include" -DNDEBUG     -fopenmp -fpic  -g -O2 -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=
format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g  -c froll.c -o froll.o
gcc -std=gnu99 -I"/usr/share/R/include" -DNDEBUG     -fopenmp -fpic  -g -O2 -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=
format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g  -c frollR.c -o frollR.o
gcc -std=gnu99 -I"/usr/share/R/include" -DNDEBUG     -fopenmp -fpic  -g -O2 -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=
format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g  -c frolladaptive.c -o frolladaptive.o
gcc -std=gnu99 -I"/usr/share/R/include" -DNDEBUG     -fopenmp -fpic  -g -O2 -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=
format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g  -c fsort.c -o fsort.o
gcc -std=gnu99 -I"/usr/share/R/include" -DNDEBUG     -fopenmp -fpic  -g -O2 -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=
format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g  -c fwrite.c -o fwrite.o
gcc -std=gnu99 -I"/usr/share/R/include" -DNDEBUG     -fopenmp -fpic  -g -O2 -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=
format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g  -c fwriteR.c -o fwriteR.o
gcc -std=gnu99 -I"/usr/share/R/include" -DNDEBUG     -fopenmp -fpic  -g -O2 -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=
format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g  -c gsumm.c -o gsumm.o
gcc -std=gnu99 -I"/usr/share/R/include" -DNDEBUG     -fopenmp -fpic  -g -O2 -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=
format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g  -c ijoin.c -o ijoin.o
gcc -std=gnu99 -I"/usr/share/R/include" -DNDEBUG     -fopenmp -fpic  -g -O2 -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=
format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g  -c init.c -o init.o
gcc -std=gnu99 -I"/usr/share/R/include" -DNDEBUG     -fopenmp -fpic  -g -O2 -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=
format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g  -c inrange.c -o inrange.o
gcc -std=gnu99 -I"/usr/share/R/include" -DNDEBUG     -fopenmp -fpic  -g -O2 -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=
format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g  -c nqrecreateindices.c -o nqrecreateindices.o
gcc -std=gnu99 -I"/usr/share/R/include" -DNDEBUG     -fopenmp -fpic  -g -O2 -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=
format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g  -c openmp-utils.c -o openmp-utils.o
gcc -std=gnu99 -I"/usr/share/R/include" -DNDEBUG     -fopenmp -fpic  -g -O2 -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=
format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g  -c quickselect.c -o quickselect.o
gcc -std=gnu99 -I"/usr/share/R/include" -DNDEBUG     -fopenmp -fpic  -g -O2 -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=
format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g  -c rbindlist.c -o rbindlist.o
gcc -std=gnu99 -I"/usr/share/R/include" -DNDEBUG     -fopenmp -fpic  -g -O2 -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=
format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g  -c reorder.c -o reorder.o
gcc -std=gnu99 -I"/usr/share/R/include" -DNDEBUG     -fopenmp -fpic  -g -O2 -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=
format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g  -c shift.c -o shift.o
gcc -std=gnu99 -I"/usr/share/R/include" -DNDEBUG     -fopenmp -fpic  -g -O2 -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=
format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g  -c subset.c -o subset.o
subset.c: In function ‘subsetVectorRaw’:
subset.c:36:105: error: stray ‘#’ in program
     PARLOOP(NA_INTEGER)
                                                                                                         ^
subset.c:36:106: error: unknown type name ‘pragma’
     PARLOOP(NA_INTEGER)
                                                                                                          ^
subset.c:36:117: error: expected ‘=’, ‘,’, ‘;’, ‘asm’ or ‘__attribute__’ before ‘parallel’
     PARLOOP(NA_INTEGER)
                                                                                                                     ^
subset.c:36:16: error: ‘i’ undeclared (first use in this function)
     PARLOOP(NA_INTEGER)
                ^
subset.c:36:16: note: each undeclared identifier is reported only once for each function it appears in
subset.c:36:24: error: expected ‘;’ before ‘)’ token
     PARLOOP(NA_INTEGER)
                        ^
subset.c:36:24: error: expected statement before ‘)’ token
subset.c:42:124: error: stray ‘#’ in program
       PARLOOP(INT64_MIN)

      ^
subset.c:42:125: error: unknown type name ‘pragma’
       PARLOOP(INT64_MIN)

       ^
       subset.c:42:136: error: expected ‘=’, ‘,’, ‘;’, ‘asm’ or ‘__attribute__’ before ‘parallel’
       PARLOOP(INT64_MIN)

                  ^
subset.c:42:24: error: expected ‘;’ before ‘)’ token
       PARLOOP(INT64_MIN)
                        ^
subset.c:42:24: error: expected statement before ‘)’ token
subset.c:46:106: error: stray ‘#’ in program
       PARLOOP(NA_REAL)
                                                                                                          ^
subset.c:46:107: error: unknown type name ‘pragma’
       PARLOOP(NA_REAL)
                                                                                                           ^
subset.c:46:118: error: expected ‘=’, ‘,’, ‘;’, ‘asm’ or ‘__attribute__’ before ‘parallel’
       PARLOOP(NA_REAL)

^
subset.c:46:24: error: expected ‘;’ before ‘)’ token
       PARLOOP(NA_REAL)
                        ^
subset.c:46:24: error: expected statement before ‘)’ token
subset.c:81:105: error: stray ‘#’ in program
     PARLOOP(NA_CPLX)
                                                                                                         ^
subset.c:81:106: error: unknown type name ‘pragma’
     PARLOOP(NA_CPLX)
     subset.c:81:117: error: expected ‘=’, ‘,’, ‘;’, ‘asm’ or ‘__attribute__’ before ‘parallel’
     PARLOOP(NA_CPLX)
                                                                                                                     ^
subset.c:81:24: error: expected ‘;’ before ‘)’ token
     PARLOOP(NA_CPLX)
                        ^
subset.c:81:24: error: expected statement before ‘)’ token
subset.c:86:99: error: stray ‘#’ in program
     PARLOOP(0)
                                                                                                   ^
subset.c:86:100: error: unknown type name ‘pragma’
     PARLOOP(0)
                                                                                                    ^
subset.c:86:111: error: expected ‘=’, ‘,’, ‘;’, ‘asm’ or ‘__attribute__’ before ‘parallel’
     PARLOOP(0)
                                                                                                               ^
subset.c:86:24: error: expected ‘;’ before ‘)’ token
     PARLOOP(0)
                        ^
subset.c:86:24: error: expected statement before ‘)’ token
/usr/lib/R/etc/Makeconf:163: recipe for target 'subset.o' failed
make: *** [subset.o] Error 1
ERROR: compilation failed for package ‘data.table’
* removing ‘/home/jcasti15/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.5/data.table’

The downloaded source packages are in
        ‘/tmp/RtmpGCrGt9/downloaded_packages’

@ jc-castilloによると、Debianjessieのgcc4.9.2で問題が再現されています。 今のところ、gcc 4.8.2+に依存したいので、再開します。
パッケージのインストールの開始時にgccバージョンをコンソールにダンプする方法があるかどうか誰かが考えていますか？ 新しいgccがインストールされている可能性がありますが、マシン構成により、パッケージのインストールに古いgccが使用されています。 これを再確認すると便利です。

@jangorecki

この問題は、Debianjessieのgcc4.9.2で再現されています。 今のところ、gcc 4.8.2+に依存したいので、再開します。

問題がgcc4.9.2で再現される場合、なぜもっと古いバージョンのgcc（4.8.2+）に依存したいのですか？

複数の過去のレポートから、4.8.2 +が十分に最近のものであることがわかりました。 ここに収まらないのはこの単一のレポートだけです。 4.9.2（またはそれ以降）への依存関係を述べる前に、インストール中に実際に使用されているバージョンを再確認することをお勧めします。

@ jc-castillo gcc --versionの出力を確認できますか？再確認してください。 上記の@jangoreckiのコメントを参照してください。

~/.R/Makevarsは、Rからのインストール中に最終的にgcc --versionを上書きする可能性がありますが、それも確認してください。 このファイルがない場合は問題ありません。

@mattdowle Makevarsは構成スクリプトにすでに影響しますか？ または単にpkgsrcコンパイル？ configureスクリプトから印刷を追加して、00install.outにgccバージョンを設定すると、このような問題のデバッグが容易になる可能性があります。

@jangorecki gcc --versionをconfigure $で印刷するといいですね。 gccが使用できない場合に、 configureが失敗しないようにラップする必要があります。 ユーザーが別のコンパイラを使用していて、 gccがインストールされていない可能性があります。 R-extsセクション1.2はR CMD configに言及しており、これはconfigureからも放出するのに役立つ可能性があります。

@ jc-castillo以前に失敗したのと同じ環境に、最新の開発バージョンをインストールしてみてください。 パッケージソースをコンパイルするためにRプロセスがどのバージョンを使用しているかを確認するために、gccバージョンの出力を追加しました。

私はこの問題を閉じています。調査するのは@ jc-castilloによる報告だけで、彼はもう応答していません。 インストールでgccバージョンが出力されるようになったため、コンパイル中に使用されているgccバージョンをより正確にデバッグできます。 @ jc-castilloこの問題が引き続き発生する場合は、お知らせください。いつでもこの問題を再開できます。

現在のr-develにdata.tableをインストールすると、GNU / Linux Mint 17.3 Cinnamon64ビットでも同じ問題が発生します。

以下は私の出力です：

install.packages("data.table")
Installing package into ‘/usr/local/lib/R-devel/lib/R/library’
(as ‘lib’ is unspecified)
trying URL 'https://cran.dcc.uchile.cl/src/contrib/data.table_1.12.8.tar.gz'
Content type 'application/x-gzip' length 4948391 bytes (4.7 MB)
==================================================
downloaded 4.7 MB

* installing *source* package ‘data.table’ ...
** package ‘data.table’ successfully unpacked and MD5 sums checked
** using staged installation
zlib 1.2.8 is available ok
** libs
ccache gcc -I"/usr/local/lib/R-devel/lib/R/include" -DNDEBUG   -I/usr/local/include  -fopenmp -fpic  -ggdb -pipe -std=gnu99 -Wall -pedantic  -c assign.c -o assign.o
ccache gcc -I"/usr/local/lib/R-devel/lib/R/include" -DNDEBUG   -I/usr/local/include  -fopenmp -fpic  -ggdb -pipe -std=gnu99 -Wall -pedantic  -c between.c -o between.o
ccache gcc -I"/usr/local/lib/R-devel/lib/R/include" -DNDEBUG   -I/usr/local/include  -fopenmp -fpic  -ggdb -pipe -std=gnu99 -Wall -pedantic  -c bmerge.c -o bmerge.o
ccache gcc -I"/usr/local/lib/R-devel/lib/R/include" -DNDEBUG   -I/usr/local/include  -fopenmp -fpic  -ggdb -pipe -std=gnu99 -Wall -pedantic  -c chmatch.c -o chmatch.o
ccache gcc -I"/usr/local/lib/R-devel/lib/R/include" -DNDEBUG   -I/usr/local/include  -fopenmp -fpic  -ggdb -pipe -std=gnu99 -Wall -pedantic  -c cj.c -o cj.o
ccache gcc -I"/usr/local/lib/R-devel/lib/R/include" -DNDEBUG   -I/usr/local/include  -fopenmp -fpic  -ggdb -pipe -std=gnu99 -Wall -pedantic  -c coalesce.c -o coalesce.o
ccache gcc -I"/usr/local/lib/R-devel/lib/R/include" -DNDEBUG   -I/usr/local/include  -fopenmp -fpic  -ggdb -pipe -std=gnu99 -Wall -pedantic  -c dogroups.c -o dogroups.o
ccache gcc -I"/usr/local/lib/R-devel/lib/R/include" -DNDEBUG   -I/usr/local/include  -fopenmp -fpic  -ggdb -pipe -std=gnu99 -Wall -pedantic  -c fastmean.c -o fastmean.o
ccache gcc -I"/usr/local/lib/R-devel/lib/R/include" -DNDEBUG   -I/usr/local/include  -fopenmp -fpic  -ggdb -pipe -std=gnu99 -Wall -pedantic  -c fcast.c -o fcast.o
ccache gcc -I"/usr/local/lib/R-devel/lib/R/include" -DNDEBUG   -I/usr/local/include  -fopenmp -fpic  -ggdb -pipe -std=gnu99 -Wall -pedantic  -c fifelse.c -o fifelse.o
ccache gcc -I"/usr/local/lib/R-devel/lib/R/include" -DNDEBUG   -I/usr/local/include  -fopenmp -fpic  -ggdb -pipe -std=gnu99 -Wall -pedantic  -c fmelt.c -o fmelt.o
ccache gcc -I"/usr/local/lib/R-devel/lib/R/include" -DNDEBUG   -I/usr/local/include  -fopenmp -fpic  -ggdb -pipe -std=gnu99 -Wall -pedantic  -c forder.c -o forder.o
ccache gcc -I"/usr/local/lib/R-devel/lib/R/include" -DNDEBUG   -I/usr/local/include  -fopenmp -fpic  -ggdb -pipe -std=gnu99 -Wall -pedantic  -c frank.c -o frank.o
ccache gcc -I"/usr/local/lib/R-devel/lib/R/include" -DNDEBUG   -I/usr/local/include  -fopenmp -fpic  -ggdb -pipe -std=gnu99 -Wall -pedantic  -c fread.c -o fread.o
ccache gcc -I"/usr/local/lib/R-devel/lib/R/include" -DNDEBUG   -I/usr/local/include  -fopenmp -fpic  -ggdb -pipe -std=gnu99 -Wall -pedantic  -c freadR.c -o freadR.o
ccache gcc -I"/usr/local/lib/R-devel/lib/R/include" -DNDEBUG   -I/usr/local/include  -fopenmp -fpic  -ggdb -pipe -std=gnu99 -Wall -pedantic  -c froll.c -o froll.o
ccache gcc -I"/usr/local/lib/R-devel/lib/R/include" -DNDEBUG   -I/usr/local/include  -fopenmp -fpic  -ggdb -pipe -std=gnu99 -Wall -pedantic  -c frollR.c -o frollR.o
ccache gcc -I"/usr/local/lib/R-devel/lib/R/include" -DNDEBUG   -I/usr/local/include  -fopenmp -fpic  -ggdb -pipe -std=gnu99 -Wall -pedantic  -c frolladaptive.c -o frolladaptive.o
ccache gcc -I"/usr/local/lib/R-devel/lib/R/include" -DNDEBUG   -I/usr/local/include  -fopenmp -fpic  -ggdb -pipe -std=gnu99 -Wall -pedantic  -c fsort.c -o fsort.o
ccache gcc -I"/usr/local/lib/R-devel/lib/R/include" -DNDEBUG   -I/usr/local/include  -fopenmp -fpic  -ggdb -pipe -std=gnu99 -Wall -pedantic  -c fwrite.c -o fwrite.o
ccache gcc -I"/usr/local/lib/R-devel/lib/R/include" -DNDEBUG   -I/usr/local/include  -fopenmp -fpic  -ggdb -pipe -std=gnu99 -Wall -pedantic  -c fwriteR.c -o fwriteR.o
ccache gcc -I"/usr/local/lib/R-devel/lib/R/include" -DNDEBUG   -I/usr/local/include  -fopenmp -fpic  -ggdb -pipe -std=gnu99 -Wall -pedantic  -c gsumm.c -o gsumm.o
ccache gcc -I"/usr/local/lib/R-devel/lib/R/include" -DNDEBUG   -I/usr/local/include  -fopenmp -fpic  -ggdb -pipe -std=gnu99 -Wall -pedantic  -c ijoin.c -o ijoin.o
ccache gcc -I"/usr/local/lib/R-devel/lib/R/include" -DNDEBUG   -I/usr/local/include  -fopenmp -fpic  -ggdb -pipe -std=gnu99 -Wall -pedantic  -c init.c -o init.o
ccache gcc -I"/usr/local/lib/R-devel/lib/R/include" -DNDEBUG   -I/usr/local/include  -fopenmp -fpic  -ggdb -pipe -std=gnu99 -Wall -pedantic  -c inrange.c -o inrange.o
ccache gcc -I"/usr/local/lib/R-devel/lib/R/include" -DNDEBUG   -I/usr/local/include  -fopenmp -fpic  -ggdb -pipe -std=gnu99 -Wall -pedantic  -c nafill.c -o nafill.o
ccache gcc -I"/usr/local/lib/R-devel/lib/R/include" -DNDEBUG   -I/usr/local/include  -fopenmp -fpic  -ggdb -pipe -std=gnu99 -Wall -pedantic  -c nqrecreateindices.c -o nqrecreateindices.o
ccache gcc -I"/usr/local/lib/R-devel/lib/R/include" -DNDEBUG   -I/usr/local/include  -fopenmp -fpic  -ggdb -pipe -std=gnu99 -Wall -pedantic  -c openmp-utils.c -o openmp-utils.o
ccache gcc -I"/usr/local/lib/R-devel/lib/R/include" -DNDEBUG   -I/usr/local/include  -fopenmp -fpic  -ggdb -pipe -std=gnu99 -Wall -pedantic  -c quickselect.c -o quickselect.o
ccache gcc -I"/usr/local/lib/R-devel/lib/R/include" -DNDEBUG   -I/usr/local/include  -fopenmp -fpic  -ggdb -pipe -std=gnu99 -Wall -pedantic  -c rbindlist.c -o rbindlist.o
ccache gcc -I"/usr/local/lib/R-devel/lib/R/include" -DNDEBUG   -I/usr/local/include  -fopenmp -fpic  -ggdb -pipe -std=gnu99 -Wall -pedantic  -c reorder.c -o reorder.o
ccache gcc -I"/usr/local/lib/R-devel/lib/R/include" -DNDEBUG   -I/usr/local/include  -fopenmp -fpic  -ggdb -pipe -std=gnu99 -Wall -pedantic  -c shift.c -o shift.o
ccache gcc -I"/usr/local/lib/R-devel/lib/R/include" -DNDEBUG   -I/usr/local/include  -fopenmp -fpic  -ggdb -pipe -std=gnu99 -Wall -pedantic  -c subset.c -o subset.o
ccache gcc -I"/usr/local/lib/R-devel/lib/R/include" -DNDEBUG   -I/usr/local/include  -fopenmp -fpic  -ggdb -pipe -std=gnu99 -Wall -pedantic  -c transpose.c -o transpose.o
ccache gcc -I"/usr/local/lib/R-devel/lib/R/include" -DNDEBUG   -I/usr/local/include  -fopenmp -fpic  -ggdb -pipe -std=gnu99 -Wall -pedantic  -c types.c -o types.o
ccache gcc -I"/usr/local/lib/R-devel/lib/R/include" -DNDEBUG   -I/usr/local/include  -fopenmp -fpic  -ggdb -pipe -std=gnu99 -Wall -pedantic  -c uniqlist.c -o uniqlist.o
ccache gcc -I"/usr/local/lib/R-devel/lib/R/include" -DNDEBUG   -I/usr/local/include  -fopenmp -fpic  -ggdb -pipe -std=gnu99 -Wall -pedantic  -c utils.c -o utils.o
ccache gcc -I"/usr/local/lib/R-devel/lib/R/include" -DNDEBUG   -I/usr/local/include  -fopenmp -fpic  -ggdb -pipe -std=gnu99 -Wall -pedantic  -c vecseq.c -o vecseq.o
ccache gcc -I"/usr/local/lib/R-devel/lib/R/include" -DNDEBUG   -I/usr/local/include  -fopenmp -fpic  -ggdb -pipe -std=gnu99 -Wall -pedantic  -c wrappers.c -o wrappers.o
subset.c: In function ‘subsetVectorRaw’:
subset.c:36:105: error: stray ‘#’ in program
     PARLOOP(NA_INTEGER)
                                                                                                         ^
subset.c:36:106: error: unknown type name ‘pragma’
     PARLOOP(NA_INTEGER)
                                                                                                          ^
subset.c:36:117: error: expected ‘=’, ‘,’, ‘;’, ‘asm’ or ‘__attribute__’ before ‘parallel’
     PARLOOP(NA_INTEGER)
                                                                                                                     ^
subset.c:36:16: error: ‘i’ undeclared (first use in this function)
     PARLOOP(NA_INTEGER)
                ^
subset.c:36:16: note: each undeclared identifier is reported only once for each function it appears in
subset.c:36:24: error: expected ‘;’ before ‘)’ token
     PARLOOP(NA_INTEGER)
                        ^
subset.c:36:24: error: expected statement before ‘)’ token
subset.c:42:124: error: stray ‘#’ in program
       PARLOOP(INT64_MIN)
                                                                                                                            ^
subset.c:42:125: error: unknown type name ‘pragma’
       PARLOOP(INT64_MIN)
                                                                                                                             ^
subset.c:42:136: error: expected ‘=’, ‘,’, ‘;’, ‘asm’ or ‘__attribute__’ before ‘parallel’
       PARLOOP(INT64_MIN)
                                                                                                                                        ^
subset.c:42:24: error: expected ‘;’ before ‘)’ token
       PARLOOP(INT64_MIN)
                        ^
subset.c:42:24: error: expected statement before ‘)’ token
subset.c:46:106: error: stray ‘#’ in program
       PARLOOP(NA_REAL)
                                                                                                          ^
subset.c:46:107: error: unknown type name ‘pragma’
       PARLOOP(NA_REAL)
                                                                                                           ^
subset.c:46:118: error: expected ‘=’, ‘,’, ‘;’, ‘asm’ or ‘__attribute__’ before ‘parallel’
       PARLOOP(NA_REAL)
                                                                                                                      ^
subset.c:46:24: error: expected ‘;’ before ‘)’ token
       PARLOOP(NA_REAL)
                        ^
subset.c:46:24: error: expected statement before ‘)’ token
subset.c:80:105: error: stray ‘#’ in program
     PARLOOP(NA_CPLX)
                                                                                                         ^
subset.c:80:106: error: unknown type name ‘pragma’
     PARLOOP(NA_CPLX)
                                                                                                          ^
subset.c:80:117: error: expected ‘=’, ‘,’, ‘;’, ‘asm’ or ‘__attribute__’ before ‘parallel’
     PARLOOP(NA_CPLX)
                                                                                                                     ^
subset.c:80:24: error: expected ‘;’ before ‘)’ token
     PARLOOP(NA_CPLX)
                        ^
subset.c:80:24: error: expected statement before ‘)’ token
subset.c:85:99: error: stray ‘#’ in program
     PARLOOP(0)
                                                                                                   ^
subset.c:85:100: error: unknown type name ‘pragma’
     PARLOOP(0)
                                                                                                    ^
subset.c:85:111: error: expected ‘=’, ‘,’, ‘;’, ‘asm’ or ‘__attribute__’ before ‘parallel’
     PARLOOP(0)
                                                                                                               ^
subset.c:85:24: error: expected ‘;’ before ‘)’ token
     PARLOOP(0)
                        ^
subset.c:85:24: error: expected statement before ‘)’ token
make: *** [subset.o] Error 1
ERROR: compilation failed for package ‘data.table’
* removing ‘/usr/local/lib/R-devel/lib/R/library/data.table’

The downloaded source packages are in
    ‘/tmp/RtmpPBv7Mi/downloaded_packages’
Updating HTML index of packages in '.Library'
Making 'packages.html' ... done
Warning message:
In install.packages("data.table") :
  installation of package ‘data.table’ had non-zero exit status

私のgccバージョンは次のとおりです。

gcc --version gcc (Ubuntu 4.8.4-2ubuntu1~14.04.4) 4.8.4

@hzambranはおそらくOpenMPに関連しているように見えますか？ 現在の開発バージョンをインストールしてみてください。 そこにあるログには、OpenMPのインストールに関する診断が含まれている必要があります

@hzambran ccacheを無効にして、インストール中に直接gccを使用してください。 次に、出力を提供します。

お返事をありがとうございます。

私はコンパイルの専門家ではないので、インストール中にccacheを無効にしてgccを直接使用する方法を教えてください。

data.tableの現在の開発バージョンでも試しましたが、同じエラーが発生しました。