Ipython: IPython Notebookエラー:ノートブックの読み込み中にエラーが発生しました

作成日 2016年01月23日  ·  8コメント  ·  ソース: ipython/ipython

過去数分以内に、Python3.4で以前に作成された.ipynbファイルにアクセスできませんでした。 これらのファイルを含むサブディレクトリに移動し、次のように入力します

ipython3 notebook

特定の.ipynbファイルをクリックすると、次のエラーが発生します。

An unknown error occurred while loading this notebook. This version can load notebook formats v4 or earlier. See the server log for details.
[E 00:19:41.468 NotebookApp] Unhandled error in API request
    Traceback (most recent call last):
      File "/opt/local/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/3.4/lib/python3.4/site-packages/traitlets/traitlets.py", line 460, in get
        value = obj._trait_values[self.name]
    KeyError: 'db'
During handling of the above exception, another exception occurred:

Traceback (most recent call last):
  File "/opt/local/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/3.4/lib/python3.4/site-packages/notebook/base/handlers.py", line 458, in wrapper
    result = yield gen.maybe_future(method(self, *args, **kwargs))
  File "/opt/local/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/3.4/lib/python3.4/site-packages/tornado/gen.py", line 1008, in run
    value = future.result()
  File "/opt/local/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/3.4/lib/python3.4/site-packages/tornado/concurrent.py", line 232, in result
    raise_exc_info(self._exc_info)
  File "<string>", line 3, in raise_exc_info
  File "/opt/local/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/3.4/lib/python3.4/site-packages/tornado/gen.py", line 282, in wrapper
    yielded = next(result)
  File "/opt/local/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/3.4/lib/python3.4/site-packages/notebook/services/contents/handlers.py", line 124, in get
    path=path, type=type, format=format, content=content,
  File "/opt/local/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/3.4/lib/python3.4/site-packages/notebook/services/contents/filemanager.py", line 354, in get
    model = self._notebook_model(path, content=content)
  File "/opt/local/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/3.4/lib/python3.4/site-packages/notebook/services/contents/filemanager.py", line 314, in _notebook_model
    self.mark_trusted_cells(nb, path)
  File "/opt/local/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/3.4/lib/python3.4/site-packages/notebook/services/contents/manager.py", line 447, in mark_trusted_cells
    trusted = self.notary.check_signature(nb)
  File "/opt/local/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/3.4/lib/python3.4/site-packages/nbformat/sign.py", line 220, in check_signature
    if self.db is None:
  File "/opt/local/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/3.4/lib/python3.4/site-packages/traitlets/traitlets.py", line 488, in __get__
    return self.get(obj, cls)
  File "/opt/local/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/3.4/lib/python3.4/site-packages/traitlets/traitlets.py", line 467, in get
    value = self._validate(obj, dynamic_default())
  File "/opt/local/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/3.4/lib/python3.4/site-packages/nbformat/sign.py", line 127, in _db_default
    self.init_db(db)
  File "/opt/local/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/3.4/lib/python3.4/site-packages/nbformat/sign.py", line 139, in init_db
    )""")
sqlite3.DatabaseError: database disk image is malformed

この問題をどのように解決しますか?

最も参考になるコメント

ノートブックの署名のデータベースが破損しました。 邪魔にならないように移動するには:

cd $(jupyter --data-dir)
mv nbsignatures.db nbsignatures.db.bak   # Or just rm it - there's probably no use keeping the corrupt file

私たちはエラーをキャッチし、jupyter / nbformat#32でこれを自動的に行うように取り組んでいます。

これを実行すると、すべてのノートブックが再び信頼されなくなります。 つまり、リッチな出力が表示される前に、それらを再実行するか、ファイルメニューから手動で信頼する必要がある場合があります。

全てのコメント8件

ノートブックの署名のデータベースが破損しました。 邪魔にならないように移動するには:

cd $(jupyter --data-dir)
mv nbsignatures.db nbsignatures.db.bak   # Or just rm it - there's probably no use keeping the corrupt file

私たちはエラーをキャッチし、jupyter / nbformat#32でこれを自動的に行うように取り組んでいます。

これを実行すると、すべてのノートブックが再び信頼されなくなります。 つまり、リッチな出力が表示される前に、それらを再実行するか、ファイルメニューから手動で信頼する必要がある場合があります。

私の問題はで解決されました

rm ~/Library/Jupyter/nbsignatures.db

ありがとう

〜/ .ipython / profile_default / history_sqliteを削除します

これは私にとって役立ちます。

@KnightOfTheMoonlightファイルは「history_sqlite」ではなく「history.sqlite」と呼ばれていると思います。

作業環境で使用可能なスペースを確認してください!!!
サーバーにスペースがないときにこのエラーが発生しました。

@takluyver私にも同様の問題があり、あなたの提案は

作業環境で使用可能なスペースを確認してください!!!
サーバーにスペースがないときにこのエラーが発生しました。

これも私の問題でした。 ヒントをありがとう! 出来た!

まず、ターミナルで次のコマンドを実行します。
sudo jupyter notebook --allow-root

次に、次のようなURLがターミナルに表示されます。

http://localhost:8888/?token=f2704ecba4c88716337f33e79e13335380e25382603afb80

最後に、このURLをコピーして、ブラウザの新しいタブに貼り付けます。 次に、jupyterノートブックが新しいタブで開きます。

乾杯!

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