Shapeworks: ノートブックでshapeworksを使用した後、itkwidgets.viewを使用すると、一部の解像度のレンダリングボリュームがクラッシュする

うん、私は今それを実行しようとしていて、ここで同じクラッシュを打っています：
`` `shapeSeg = shapeSegList [10]
itkw.view（image = sw2vtkImage（shapeSeg）、
slicing_planes = True、
軸= True、
回転= True、
補間= True）

問題を単純化すると、Image :: resampleが原因のように見えます。 リサンプリング後、ellipsoid_05はビューアをロードし、ellipsoid_00はitk.view（）を使用しようとするとカーネルをクラッシュさせます

Notebooks.zip

これでテストした後、 Image :: resample wrtitkwidgets.viewに問題がある可能性があります。
試した画像：ellipsoid_1mode / segmentations /ellipsoid_00.nrrdおよびellipsoid_1mode / segmentations / ellipsoid_05.nrrd
-> 00は、リサンプリング後にvtk画像でpyvistaによってラップされたときにプロットされません
-> 05は正常に動作します
=> pyvistaでプロットすると_both_は正常に機能します
Image :: resampleにデバッグスピューを投入しましたが、これまでのところ異常なことは何も見られませんでした）。

実験したい場合は、これが簡単なノートブックです。
wishy_washy_resample.ipynb.zip

...そしてそれをロードしたときに空のように見えるもの：

...そしてそれを実行するとどのように見えるか。 05を00に変更し、itkwがレンダリングしようとしたときにクラッシュするように再度実行します。

転置または...レンダリングされる可能性のある配列
思い出してください。itkwidgetsはnumpy配列を直接レンダリングできます。 ただし、その配列は、渡されたものの転置として解釈されます。これは、vtk配列が使用されている場合には実行されません。 したがって、通常、画像から取得したものをvtk配列にラップする前に転置し、単純にvtk配列をitkwidgetsとともに使用します。

私は今朝両方を試しましたが、残念ながら違いはありません。 転置されているかどうかにかかわらず、numpyまたはvtk配列で、Image.resampleの後にitkwidgetsを使用してレンダリングしようとすると、すべてクラッシュします。

コピーまたは...私は自分自身を繰り返していますか？
画像からの配列が問題である可能性があります。 多分それは無効なメモリを指しています。 それでは、コピーを作成しましょう！
配列をコピーした後（ order='C'とorder='F'両方で）、転置、変更、関数の作成中に頭の上に立って、願わくばすべてを考えた後でも、_毎回クラッシュします_。

これは、アレイ自体のサイズが問題になる可能性があることを示唆しています。 これを確認する1つの方法は、同じ間隔（ [1,1,2] ）でリサンプルを呼び出すことでした。これは正常に機能しました。 別の方法は、上記の疑わしいサイズの偽のゴツゴツした配列を作成することでした。 そして...
ロールロールしてください...
プレゼンテーション...
初めて...（GitHubで）
_shapeworks-free_ repro！

array = np.ndarray([109, 77, 204])
itkw.view(image = array)

それで、それをあなたのノートに入れて、それを吸ってください*。

*クラッシュを意味する煙、実際の吸入を推奨しない、これは禁煙施設であり、他のオファーでは無効であることに注意してください...とにかく、誰かが笑っていることを願っています 'これは私たちの問題ではありません！ それを除いて。 😞

array = np.ndarray([109, 77, 204])
itkw.view(image = array)

array = np.ndarray([109, 109, 204])
itkw.view(image = array)



md5-047f51858ff0a12b3bec85f300fc2efa



array = np.ndarray([109, 109, 109])
itkw.view(image = array)

これらの例はすべて、shapeworksがインポートされていないときにitkビューアをレンダリングします。
shapeworksをインポートするとクラッシュします。

うーん、conda itk / vtkとshapeworksitk / vtkライブラリの相互作用が起こっていますか？

itkwidgetsは別のバージョンのitkを使用していると思います

インポートの順序は重要ではありませんが、使用の順序は重要です。 つまり、すべてをインポートしたが、shapeworksの前にitkwidgetsを使用すると、shapeworksを使用するとクラッシュし、その逆も同様です。

＃1179の解決策は単に「itkを使用しない」であったため、この問題を同じように解決することを提案します。 現時点でより良いオプションがない限り、ノートブックからitkwidgetsを削除しましょう。

それは今のところ良い計画のように聞こえます。 ノートブックからitkwidgetsを削除することは合理的ですか？ 何に使っているの？

セグメンテーションを表示するために使用しています。 代わりにpyvistaを使用できると思います

pyvista（私が知る限り）は画像のメタ情報（原点、ボクセル間隔、軸方向）を尊重しませんが、itkwidgetは尊重します。

pyvista（私が知る限り）は画像のメタ情報（原点、ボクセル間隔、軸方向）を尊重しませんが、itkwidgetは尊重します。

これについて詳しく説明しますが、複数のボリュームを異なる場所で同時にプロットできるため、原点を尊重する必要があります。この画像は、プロットに間隔が使用されていることを示しています。 私たちのsw2vtkImage関数は単にそれを保持していませんでした（私はこれをいくつか変更したことを知っていますが、おそらくそれらは新しいpybindブランチにあります）。

他にも多くのPythonとノートブックの改善があり、基本的にそれらを書き直すことを余儀なくされるため、これをリリースして次のリリースにプッシュすることをお勧めします。 たぶん私たちはそれらを壊してしまうだけです。 これは公開リポジトリの既知の問題であり、ユーザーが遭遇した場合の回避策があります。

（セグメンテーション入門ノートブックを変更して、クラッシュせずに完了するようにする必要があります。つまり、レンダリングを示すために別の任意の画像を選択するだけです。）

同意する。 これを6.1リリースにプッシュしてみましょう。リリースノートとグラフィカルな要約を更新して、Python関連の機能を強調しません。

ビューアをクラッシュさせない任意の画像を使用した後でも、平均形状画像を使用するさらに3つの場所でクラッシュします。
@cchriste

ドキュメントを除いて、このノートブックをリリースから除外することを提案します。

私のために働きます。 @sheryjoe ？

論理座標を示すpyvista
https://sci.utah.edu/~shapeworks/doc-resources/mp4s/nb-groom-resample.mp4

物理座標を示すitkwidgetsとの比較
https://sci.utah.edu/~shapeworks/doc-resources/mp4s/nb-groom-resample-iso.mp4

論理座標を示すpyvista
物理座標を示すitkwidgetsとの比較

問題＃900を考えると、itkが物理座標を示したことは想像に難くありません。

この画像の場合（z間隔= 2）：

{
    dims: [93, 87, 94],
    origin: [-24, -19, -21],
    size: [93, 87, 188],
    spacing: [1, 1, 2]
}

itkビューアは、スケーリングされていないバージョンのみを表示できます。それ以外の場合はクラッシュします。

これは、スケーリングされていない楕円体とスケーリングされたバージョンの両方を示す単一のpyvistaボリュームです。

itkビューアと比較して、pyvistaビューアが境界を表示する方法はあまり好きではありません。
しかし、それらは正しく、物理的な座標を示しています。