Hdbscan: 기본 설정의 dist_metrics 오류

아마도 추가로 인한 코드 어딘가의 arg 순서 문제라고 생각합니다. 이것은 약간 당황스럽습니다. 오늘 나중에 추적할 수 있는지 확인하겠습니다.

죄송합니다, 오늘 시간이 부족했습니다. 이 부분은 조금 있다가 해봐야겠네요. 지연에 대해 사과드립니다.

또한 "TypeError: 설명자 'get_metric'을 얻으려면 'hdbscan.dist_metrics.DistanceMetric' 개체가 필요하지만 문서에서 간단한 대소문자를 사용하는 경우에도 'str''을 받았습니다.

RobustSingleLinkage에서도 오류가 발생합니다.

get_metric 메서드가 예상한 객체 대신 'euclidean' 또는 'manhattan' 등의 문자열을 받는 것을 피하려고 할 때 미리 계산된 거리 행렬을 사용했습니다. 이제 다음을 얻고 있습니다.

`클러스터 = hdbscan.HDBSCAN(min_cluster_size=5, min_samples=없음, 메트릭='미리 계산됨').fit(gower_df)

NameError Traceback(가장 최근 호출 마지막)
~에()
----> 1 클러스터러 = hdbscan.HDBSCAN(min_cluster_size=5, min_samples=None, metric='미리 계산됨').fit(D)

C:\Users\centec7\AppData\Local\Continuum\Anaconda3\lib\site-packages\hdbscan\hdbscan_.py in fit(self, X, y)
814화
815화
--> 816 self._min_spanning_tree) = hdbscan(X, **kwargs)
817
818 if self.prediction_data:

C:\Users\centec7\AppData\Local\Continuum\Anaconda3\lib\site-packages\hdbscan\hdbscan_.py in hdbscan(X, min_cluster_size, min_samples, alpha, metric, p, leaf_size, algorithm, memory, approx_min_span_tree, gen_min_span_tree , core_dist_n_jobs, cluster_selection_method, allow_single_cluster, match_reference_implementation, *kwargs)526 _hdbscan_generic)(X, min_samples,527 알파, 미터법, p, leaf_size,--> 528 gen_min_span_tree, * kwargs)
KDTree.valid_metrics의 529 elif 메트릭:
530 # 해야 할 일: boruvka에 갈 시기를 결정하려면 경험적 방법이 필요합니다.

C:\Users\centec7\AppData\Local\Continuum\Anaconda3\lib\site-packages\sklearn\externals\joblib\memory.py in __call__(self, args, * kwargs)
281화
282 타임스탬프=self.timestamp,
--> 283 메타데이터=self.metadata, mmap_mode=self.mmap_mode,
284화
285

C:\Users\centec7\AppData\Local\Continuum\Anaconda3\lib\site-packages\hdbscan\hdbscan_.py in _hdbscan_generic(X, min_samples, alpha, metric, p, leaf_size, gen_min_span_tree, **kwargs)
85분_샘플, 알파)
86
---> 87 min_spanning_tree = mst_linkage_core(mutual_reachability_)
88
89 # mst_linkage_core는 전체 최소 스패닝 트리를 생성하지 않습니다.

hdbscan._hdbscan_linkage.mst_linkage_core의 hdbscan/_hdbscan_linkage.pyx(hdbscan_hdbscan_linkage.c:2894)()

hdbscan/_hdbscan_linkage.pyx in hdbscan._hdbscan_linkage.mst_linkage_core(hdbscan_hdbscan_linkage.c:2281)()

NameError: 'np' 이름이 정의되지 않았습니다.
`

죄송합니다. 재생하는 데 문제가 있습니다. 설정에 대해 조금 더 말씀해 주시겠습니까?

나는 또한 확인했다 - 나는 farfan92와 같은 미리 계산된 거리 행렬을 사용하여 동일한 오류가 있습니다.

우분투 17.10, 아나콘다 5.0.1, 파이썬 3.6. 내가 사용하는 venv에 설치된 패키지 버전은 다음과 같습니다.
/home/vladimir/anaconda3/envs/py36 환경의 패키지:
#

• asn1crypto 0.22.0 py36h265ca7c_1
• 표백제 2.0.0 py36h688b259_0
• ca-인증서 2017.08.26 h1d4fec5_0
• 인증서 2017.7.27.1 py36h8b7b77e_0
• cffi 1.10.0 py36had8d393_1
• 샤르데 3.0.4 py36h0f667ec_1
• 샤르데 3.0.4
• 클릭 6.7
• 클릭클릭 1.2.2
• 연결 1.1.16
• 암호화 2.0.3 py36ha225213_1
• 사이클러 0.10.0 py36h93f1223_0
• 사이썬 0.26.1 py36h21c49d0_0
• dbus 1.10.22 h3b5a359_0
• 데코레이터 4.1.2 py36hd076ac8_0
• 진입점 0.2.3 py36h1aec115_2
• 국외 거주자 2.2.4 h6ea4f2b_2
• 빠른 dtw 0.3.2
• 플라스크 0.12.2
• fontconfig 2.12.4 h88586e7_1
• 자유형 2.8 h52ed37b_0
• 글립 2.53.6 h5d9569c_2
• gmp 6.1.2 hb3b607b_0
• gst-플러그인-베이스 1.12.2 he3457e5_0
• 지스트리머 1.12.2 h4f93127_0
• h5py 2.7.0 py36he81ebca_1
• hdbscan 0.8.11 py36_0 콘다 포지
• hdf5 1.10.1 hb0523eb_0
• html5lib 0.999999999 py36h2cfc398_0
• icu 58.2 h211956c_0
• 아이디나 2.6 py36h82fb2a8_1
• 아이디나 2.6
• 굴절 0.3.1
• 인텔-openmp 2018.0.0 h15fc484_7
• 아이피커널 4.6.1 py36hbf841aa_0
• 아이파이썬 6.1.0 py36hc72a948_1
• ipython_genutils 0.2.0 py36hb52b0d5_0
• 아이피위젯 7.0.0 py36h7b55c3a_0
• 위험한 0.24
• 제다이 0.10.2 py36h552def0_0
• 진자2 2.9.6 py36h489bce4_1
• jpeg 9b h024ee3a_2
• jsonschema 2.6.0 py36h006f8b5_0
• 주피터 1.0.0 py36h9896ce5_0
• jupyter_client 5.1.0 py36h614e9ea_0
• jupyter_console 5.2.0 py36he59e554_1
• jupyter_core 4.3.0 py36h357a921_0
• 케라스 2.0.8 py36hc0b6f7c_0
• libedit 3.1 heed3624_0
• libffi 3.2.1 hd88cf55_4
• libgcc 7.2.0 h69d50b8_2
• libgcc-ng 7.2.0 h7cc24e2_2
• libgfortran 3.0.0 1
• libgfortran-ng 7.2.0 h9f7466a_2
• libgpuarray 0.6.9 0
• libiconv 1.15 h63c8f33_5
• libpng 1.6.32 hda9c8bc_2
• libprotobuf 3.4.0 0
• libsodium 1.0.13 h31c71d8_2
• libstdcxx-ng 7.2.0 h7a57d05_2
• libxcb 1.12 h84ff03f_3
• libxml2 2.9.4 h6b072ca_5
• 마코 1.0.7 py36h0727276_0
• 마크업세이프 1.0 py36hd9260cd_1
• 매트플롯립 2.1.0 py36hba5de38_0
• 미스튠 0.8.1 py36h3d5977c_0
• mkl 2018.0.0 hb491cac_4
• mkl 서비스 1.1.2 py36h17a0993_4
• nbconvert 5.3.1 py36hb41ffb7_0
• nbformat 4.4.0 py36h31c9010_0
• ncurses 6.0 h9df7e31_2
• networkx 2.0 py36h7e96fb8_0
• 코 1.3.7 py36hcdf7029_2
• 노트북 5.2.1 py36h690a4eb_0
• numpy 1.13.3
• numpy 1.12.1 py36he24570b_1
• openssl 1.0.2m h8cfc7e7_0
• 팬더 0.21.0 py36h78bd809_1
• 판독 1.19.2.1 hea2e7c5_1
• 판독 필터 1.4.2 py36ha6701b7_1
• path.py 10.3.1 py36he0c6f6d_0
• 경로 라이브러리 1.0.1
• 팻시 0.4.1 py36ha3be15e_0
• pcre 8.41 hc71a17e_0
• pexpect 4.2.1 py36h3b9d41b_0
• 피클쉐어 0.7.4 py36h63277f8_0
• 핍 9.0.1 py36h6c6f9ce_4
• 음모 2.1.0 py36h56a57e5_0
• prompt_toolkit 1.0.15 py36h17d85b1_0
• 프로토버프 3.4.0 py36_0
• ptyprocess 0.5.2 py36h69acd42_0
• 파이파서 2.18 py36hf9f622e_1
• 피그먼트 2.2.0 py36h0d3125c_0
• 피그푸 0.6.9 py36_0
• pyopenssl 17.2.0 py36h5cc804b_0
• 파이파싱 2.2.0 py36hee85983_1
• pyqt 5.6.0 py36h0386399_5
• 파이삭스 1.6.7 py36hd97a5b1_1
• 파이썬 3.6.3 h1284df2_4
• 파이썬-dateutil 2.6.1 py36h88d3b88_1
• 피츠 2017.2 py36hc2ccc2a_1
• pyyaml ​​3.12 py36hafb9ca4_1
• pyzmq 16.0.2 py36h3b0cf96_2
• qt 5.6.2 h974d657_12
• 큐티콘솔 4.3.1 py36h8f73b5b_0
• 읽기 라인 7.0 ha6073c6_4
• 요청 2.18.4 py36he2e5f8d_1
• 요청 2.18.4
• 사이킷런 0.19.1 py36h7aa7ec6_0
• 사이피 1.0.0 py36hbf646e7_0
• 사이피 1.0.0
• 시본 0.8.0 py36h197244f_0
• 계절 0.3.1
• 설정 도구 36.5.0 py36he42e2e1_0
• 단순 일반 0.8.1 py36h2cb9092_0
• 모금 4.18.1 py36h51ed4ed_2
• 여섯 1.11.0 py36h372c433_1
• sqlite 3.20.1 hb898158_2
• 통계 모델 0.8.0 py36h8533d0b_0
• swagger-spec-validator 2.1.0
• 텐서플로 1.1.0 np112py36_0
• 터미널 0.6 py36ha25a19f_0
• 테스트 경로 0.3.1 py36h8cadb63_0
• 테아노 0.9.0 py36_0
• tk 8.6.7 hc745277_3
• 토네이도 4.5.2 py36h1283b2a_0
• 형질 4.3.2 py36h674d592_0
• tslearn 0.1.7.2
• 타자 3.6.2
• urllib3 1.22
• urllib3 1.22 py36hbe7ace6_0
• 화장실 폭 0.1.7 py36hdf4376a_0
• 웹 인코딩 0.5.1 py36h800622e_1
• Werkzeug 0.12.2 py36hc703753_0
• 휠 0.29.0 py36he7f4e38_1
• 위젯nbextension 3.0.2 py36hd01bb71_1
• xz 5.2.3 h55aa19d_2
• yaml 0.1.7 h014fa73_2
• 제로엠큐 4.2.2 hbedb6e5_2
• zlib 1.2.11 ha838bed_2

패키지를 업데이트하면 NameError가 제거된 것 같습니다. (특히 numpy 및 sklearn).
다른 패키지를 설치한 후 호환성 문제였을 것입니다.

적어도 한 분이 해결하셨다니 다행입니다. 패키지 새로고침/업데이트가 두 번 작동하기를 바랍니다. 솔직히 여기서 약간 손해를 봅니다.

패키지 업데이트에도 불구하고 여기에서 정확히 동일한 오류 메시지가 표시됩니다(설명자 'get_metric'에는 'hdbscan.dist_metrics.DistanceMetric' 개체가 필요하지만 'str'을 수신함).

최신 버전의 anaconda를 실행하고 conda-forge를 통해 HDBscan을 설치한 python 2.7이 설치된 Ubuntu 가상 머신과 python 3.6.4가 설치된 Windows PC에서 동일한 오류 메시지가 나타납니다. 내일 다른 방법으로 설치해 봐야겠네요

네, 사실 시간이 좀 남아서 테스트를 해봤습니다. 동일한 시스템에서 pip install hdbscan이 즉시 작동했습니다(conda-forge 버전을 제거한 후). 범위를 좁히거나 다른 사람들을 위해 수정하는 데 도움이 되길 바랍니다.

나는 또한이 오류가 있었지만 conda-forge 설치된 버전의 hdbscan 에만 존재했습니다. pip install 의 버전 hdbscan . conda-forge 버전을 제거하고 내 conda 환경에 대해 pip install hdbsan 를 실행했으며 hdbscan 작품을 찾았습니다.

@linwoodc3 좀 이상 conda upgrade umap-learn 이 일을 했을 것입니까? 어쨌든, 당신은 지금 작동하는 버전을 가지고 있고 그것이 중요한 것입니다. 보고해 주셔서 감사합니다. 어딘가에 이와 같은 잘못된 것이 있는지 계속 주시하겠습니다.

방금 동일한 오류가 발생했습니다(설명자 'get_metric'에는 'hdbscan.dist_metrics.DistanceMetric' 개체가 필요하지만 'str'을 받았습니다). 어제 pip를 통해 hdbscan을 설치했습니다. 가져 오려고 할 때 'numpy.core.multiarray를 가져오지 못했습니다'라는 오류가 발생했지만 이유는 없습니다. 그래서 numpy.core.multiarray를 수동으로 가져온 다음 hdbscan을 가져올 수 있었습니다. 관련된 문제인지 모르겠습니다. 그러나 sklearn.cluster.DBSCAN에 맞는 일부 데이터를 맞추려는 시도는 hdbscan으로 시도했을 때 위의 오류와 함께 실패했습니다. 나는 파이썬 2.7.13과 numpy 1.11.2를 가지고 있습니다. 'pip check'는 깨진 종속성을 찾지 않습니다. 다른 무엇을 시도할 수 있습니까? 클러스터에 가변 밀도가 있는 데이터가 있으므로 hdbscan을 사용하고 싶습니다. hdbscan에는 numpy, Cython 등의 모든 종속 버전과 함께 python 3.x가 필요합니까?