Mayavi: 3D 플롯의 스크린샷 시 세그먼트 오류

나는 이것을 재현할 수 없지만 내가 부딪치는 또 다른 문제가 있습니다. 문제는 창 크기가 0이라는 것입니다. 메인 루프가 실행되고 있지 않기 때문에 이것은 실제로 Qt 문제입니다. %gui qt 로 IPython 세션에서 이것을 시도하고 볼 수 있습니까?

이게 니가하려고했던 거 맞아?

$ ipython 
Python 3.6.6 |Anaconda, Inc.| (default, Jun 28 2018, 17:14:51) 
Type 'copyright', 'credits' or 'license' for more information
IPython 6.4.0 -- An enhanced Interactive Python. Type '?' for help.

In [1]: %gui qt

In [2]: %run ./minimal_example_fail.py
Qt WebEngine seems to be initialized from a plugin. Please set Qt::AA_ShareOpenGLContexts using QCoreApplication::setAttribute before constructing QGuiApplication.
Fatal Python error: Segmentation fault

Thread 0x00007fb7eef88700 (most recent call first):
  File "/home/maximilien.chaumon/anaconda3/envs/mne/lib/python3.6/threading.py", line 295 in wait
  File "/home/maximilien.chaumon/anaconda3/envs/mne/lib/python3.6/threading.py", line 551 in wait
  File "/home/maximilien.chaumon/anaconda3/envs/mne/lib/python3.6/site-packages/IPython/core/history.py", line 829 in run
  File "/home/maximilien.chaumon/anaconda3/envs/mne/lib/python3.6/site-packages/IPython/core/history.py", line 58 in needs_sqlite
  File "<decorator-gen-24>", line 2 in run
  File "/home/maximilien.chaumon/anaconda3/envs/mne/lib/python3.6/threading.py", line 916 in _bootstrap_inner
  File "/home/maximilien.chaumon/anaconda3/envs/mne/lib/python3.6/threading.py", line 884 in _bootstrap

Current thread 0x00007fb7f5710740 (most recent call first):
  File "/home/maximilien.chaumon/anaconda3/envs/mne/lib/python3.6/site-packages/tvtk/tvtk_base.py", line 568 in _wrap_call
  File "tvtk_classes/open_gl_render_window.py", line 79 in get_pixel_data
  File "/home/maximilien.chaumon/anaconda3/envs/mne/lib/python3.6/site-packages/mayavi/tools/figure.py", line 348 in screenshot
  File "/home/maximilien.chaumon/owncloud/Lab/Projects/CTPS/code/minimal_example_fail.py", line 15 in <module>
  File "/home/maximilien.chaumon/anaconda3/envs/mne/lib/python3.6/site-packages/IPython/utils/py3compat.py", line 188 in execfile
  File "/home/maximilien.chaumon/anaconda3/envs/mne/lib/python3.6/site-packages/IPython/core/interactiveshell.py", line 2527 in safe_execfile
  File "/home/maximilien.chaumon/anaconda3/envs/mne/lib/python3.6/site-packages/IPython/core/magics/execution.py", line 761 in run
  File "/home/maximilien.chaumon/anaconda3/envs/mne/lib/python3.6/site-packages/IPython/core/magics/execution.py", line 775 in run
  File "/home/maximilien.chaumon/anaconda3/envs/mne/lib/python3.6/site-packages/IPython/core/magic.py", line 187 in <lambda>
  File "<decorator-gen-60>", line 2 in run
  File "/home/maximilien.chaumon/anaconda3/envs/mne/lib/python3.6/site-packages/IPython/core/interactiveshell.py", line 2131 in run_line_magic
  File "<ipython-input-2-f514c016d8ee>", line 1 in <module>
  File "/home/maximilien.chaumon/anaconda3/envs/mne/lib/python3.6/site-packages/IPython/core/interactiveshell.py", line 2963 in run_code
  File "/home/maximilien.chaumon/anaconda3/envs/mne/lib/python3.6/site-packages/IPython/core/interactiveshell.py", line 2909 in run_ast_nodes
  File "/home/maximilien.chaumon/anaconda3/envs/mne/lib/python3.6/site-packages/IPython/core/interactiveshell.py", line 2785 in _run_cell
  File "/home/maximilien.chaumon/anaconda3/envs/mne/lib/python3.6/site-packages/IPython/core/interactiveshell.py", line 2662 in run_cell
  File "/home/maximilien.chaumon/anaconda3/envs/mne/lib/python3.6/site-packages/IPython/terminal/interactiveshell.py", line 476 in interact
  File "/home/maximilien.chaumon/anaconda3/envs/mne/lib/python3.6/site-packages/IPython/terminal/interactiveshell.py", line 485 in mainloop
  File "/home/maximilien.chaumon/anaconda3/envs/mne/lib/python3.6/site-packages/IPython/terminal/ipapp.py", line 356 in start
  File "/home/maximilien.chaumon/anaconda3/envs/mne/lib/python3.6/site-packages/traitlets/config/application.py", line 658 in launch_instance
  File "/home/maximilien.chaumon/anaconda3/envs/mne/lib/python3.6/site-packages/IPython/__init__.py", line 125 in start_ipython
  File "/home/maximilien.chaumon/anaconda3/envs/mne/bin/ipython", line 11 in <module>
Segmentation fault (core dumped)

VTK-8.1.1(pip에서), Python 3.6.0, mayavi master, pyqt5 5.10.1을 사용하여 우분투 시스템에서 이것을 시도했는데 오류가 발생하지만 segfault는 발생하지 않습니다. 내가 보고 있는 오류는 UI 툴킷이 실행되지 않으면 창이 열리지 않아 화면 크기가 여전히 0이지만 segfault가 발생하지 않는 더 깊은 문제로 인한 것입니다. 크기가 0인 다른 문제를 해결하기 위해 노력하겠지만 불행히도 귀하의 segfault를 재현할 수 없습니다.

OSX 및 Linux 시스템 segfault 오류는 아니지만 유사한 오류가 발생했습니다. 오류를 일으키는 잠재적인 mayavi 커밋으로 범위를 좁힐 수 있었습니다.

fd9a515a9563d81a42b84514c1fb4ce5f81ac9a0은 첫 번째 잘못된 커밋입니다.
커밋 fd9a515a9563d81a42b84514c1fb4ce5f81ac9a0
저자: Prabhu Ramachandran [email protected]
날짜: 2018년 8월 3일 금요일 21:38:13 -0400

Modify module manager to work with composite data.

This uses the dataset_adapter code from VTK and requires VTK >= 6.3.

M 마야비

@dnacombo 에서 최소한으로 재현할 수 있는지 확인합니다.
최소한의 예제를 사용하여 재현할 수 있지만 내 Linux 상자에서만 가능합니다.

플랫폼: Linux-4.15.0-34-generic-x86_64-with-debian-buster-sid
파이썬: 3.6.6 |아나콘다, Inc.| (기본값, 2018년 6월 28일, 17:14:51) [GCC 7.2.0]
실행 파일: /home/ktavabi/miniconda3/envs/mne/bin/python
CPU: x86_64: 24코어
메모리: 94.4GB

mne: 0.17.dev0
numpy: 1.15.1 {blas=mkl_rt, lapack=mkl_rt}
사이피: 1.1.0
matplotlib: 2.2.2 {백엔드=Qt5Agg}

스켈런: 0.19.2
니바벨: 2.4.0dev
마야비: 4.7.0.dev0 4.6.0 {qt_api=pyqt5}
cupy: 찾을 수 없음
팬더: 0.23.4
dipy: 0.15.0dev
vtk: 8.1.1

내 OSX 컴퓨터에서 다른 오류가 발생하지만 segfault는 발생하지 않습니다.

다른 컴퓨터에서 유사/동일한 segfault 오류가 발생했지만 다음 사양의 매우 유사한 18.04 빌드:

플랫폼: Linux-4.15.0-36-generic-x86_64-with-debian-buster-sid
파이썬: 3.6.6 |아나콘다, Inc.| (기본값, 2018년 6월 28일, 17:14:51) [GCC 7.2.0]
실행 파일: /home/nordme/miniconda3/envs/mne/bin/python
CPU: x86_64: 12코어
메모리: 15.5GB

mne: 0.17.dev0
numpy: 1.15.2 {blas=mkl_rt, lapack=mkl_rt}
사이피: 1.1.0
matplotlib: 2.2.2 {백엔드=Qt5Agg}

sklearn: 0.20.0
니바벨: 2.3.0
마야비: 4.7.0.dev0 {qt_api=pyqt5}
cupy: 찾을 수 없음
팬더: 0.23.4
디피: 0.14.0

a19c710c3f61389d79ed05271584e44f9744f6bc 4.6.0 릴리스로 전환하면 오류가 해결되었습니다. 추적을 보려면 LMK.

이 수정으로 문제가 해결되었는지 확인할 수 있습니까?

from pyface.api import GUI
from mayavi import mlab
mlab.test_plot3d()
GUI().process_events()
mlab.screenshot()

또는 쉘 원 라이너:

python -c "from pyface.api import GUI; from mayavi import mlab; mlab.test_plot3d(); GUI().process_events(); mlab.screenshot()"

기본적으로 문제는 이벤트 루프가 시작되지 않아 스크린샷을 시도할 때 시스템이 완전히 렌더링되지 않은 상태에 있다는 것입니다.

우리는 이 작은 GUI 트릭으로 렌더링을 강제함으로써 PySurfer에서 이 문제를 해결합니다.

@prabhuramachandran 이 이것이 문제를 해결한다고 가정하면 스크린샷을 시도하기 전에 OpenGL 컨텍스트(또는 다른 것)가 실제로 유효한지 확인하는 방법이 있을 수 있으며 그렇지 않은 경우 이 트릭/해킹을 사용하여 이벤트를 처리하여 다음이 되도록 합니다. 유효한. 약간 엉뚱한/너무 해키해 보이기 때문에 가치가 없을 수도 있습니다.

@larsoner -- 예, 나는 같은 것을 생각했고(이전 의견 참조) 어느 시점에서 mlab에서 깨끗하게 수정하고 싶습니다. 나는 어느 시점에서 그것에 도달하기를 바라고 있습니다. 또한 v 4.6.1부터 mlab에는 사용자가 GUI 등을 가져올 필요 없이 프로세스 이벤트를 호출하는 process_ui_events 기능이 있습니다. (http://docs.enthought.com/mayavi/mayavi/auto/changes .html#id10).