Registry: 데이터세트에 카테고리 추가

감사 해요!

~이것이 메트릭도 지원한다고 가정하고(다중 값은 데이터 세트가 둘 이상의 범주에 속할 수 있음을 의미한다는 것을 이해함) 추가하고 싶습니다~
~9. 민간 데이터~
~10. 추적 데이터(즉, 개별 유기체의 재포획 또는 GPS 추적)~

[Tim: 감사합니다 - 위에 추가되었습니다!]

질문: 4. 메타게놈(eDNA)은 두 개의 별도 범주여야 합니까? 두 데이터 모두 "시퀀스 기반" @ManonGros 임에도 불구하고 이러한 데이터의 해석에는 상당한 차이가 있습니다.

[추가하기 위해 편집된 팀: 지금은 위에서 분할했지만 더 많은 의견을 기반으로 다시 변경됩니다.]

기계 관찰은 샘플링 이벤트의 하위 범주처럼 보입니다.

기계 관찰은 샘플링 이벤트의 하위 범주처럼 보입니다.

괜찮아, 그렇지? 다중값 데이터 세트이기 때문에 둘 다 또는 단지 샘플링 이벤트로 표시될 수 있거나 실제 샘플링 프로토콜이 사용되지 않는 기계 관찰이 적절한 경우가 있을 수 있습니다.

이 새로운 카테고리는 vocab 서버를 사용하는 자유 텍스트가 될까요? 아니면 모든 범주를 정의하려고 합니까?

이 새로운 카테고리는 vocab 서버를 사용하는 자유 텍스트가 될까요? 아니면 모든 범주를 정의하려고 합니까?

~미정이지만 현재 카테고리를 제안하고 있습니다~

수정됨: 이 스레드의 뒷부분에서 자세히 설명하는 것처럼 이제 어휘 서버를 제안합니다.

엄청난! 나는 아이디어를 좋아한다!

~댓글 하나만:~
~> 4. 단일 유기체 metagenomic(즉, NHM 표본의 조직)~
~> 5. 환경 eDNA(예: 토양 샘플, 물, 곤충 수프 등)~

~숫자 4는 옳지 않은 것 같습니다. "단일 유기체 메타게노믹"을 읽을 때 내가 이해한 것은 누군가가 소의 장 샘플(예를 들어)을 취하여 염기 서열을 분석하여 장내 미생물군집이 여러 번 발생했다는 것입니다. 아이디어가 아닌가 싶습니다~
~ 표본의 조직이 시퀀싱되었다는 것을 의미한다면 "단일 유기체 시퀀싱" 라인을 따라 더 쓸 것입니다. 그리고 실제로, 우리는 eDNA로 metagenomics를 그룹화할 수 있습니다(종종 eDNA는 metagenomics입니다). 그래서 결국 우리는 다음과 같이 할 수 있다고 생각합니다.

~4. 단일 유기체 시퀀싱(즉, NHM 표본의 조직)~
~5. 환경 eDNA 및/또는 메타게노믹스(예: 토양 샘플, 물, 곤충 수프 등)~

[Tim: 여기에 표현된 제안으로 편집됨 - 감사합니다. 정말로 제가 의도한 바를 이해했습니다!]

아마도 @thomasstjerne 이 이에 대한 생각이 있습니까?

표적 종 검출 추가(PCR 기반 분석)

매우 흥미로운 스레드를 알려준 @timrobertson100 에게 감사드립니다. 지금까지 GBIF에서 증거/데이터 세트 유형을 결정할 수 있는 8개의 가능한 독립 변수를 찾았습니다. 여기에서 내 견해를 발표하기 전에 좀 더 묵상해야 하며, 가능한 사람이 있으면 잠시 브레인스토밍/화이트보드를 하시겠습니까?

이것도 추적

안녕하세요. 저는 데이터 세트와 증거 유형을 정렬하는 아이디어를 좋아하지만 단일 필터/어휘를 사용하여 그렇게 하는 것이 사용자에게 가장 매력적인지 잘 모르겠습니다. 몇 가지 마인드 맵을 그렸지만 여기에 그림을 추가할 시간이 없으므로 고려 사항을 위해 입력하십시오. 사용자가 데이터 세트/증거 유형을 정렬해야 하는 이유를 생각하기 시작했습니다. 증거가 생성된 방법과 해당 속성을 기반으로 사례에 중요한 데이터 유형을 포함/제외하는 빠른 방법입니다. 나는 오늘날 우리가 가지고 있는 것과 같이 데이터 세트의 제안된 범주화와 basedOfRecord 어휘를 교차하는 8개의 독립 변수를 생각해 냈습니다. 여기에서는 독립적인 작업이 중요하다고 생각하지만 아래 1-8의 조합 중 일부는 실생활에서는 불가능합니다.

나는 내 생각을 설명하기 위해 느슨한 단어를 사용하고 있습니다. 이것은 내가 제안하는 어휘가 아니며 해결되지 않은 중복이 있습니다.

1. 증거의 보존 상태: 가상만 또는 물리적: 화석, 죽은 것, 살아있는 것(동물원, 문화, 정원, 수족관). 호박에서 DNA를 얻을 수 있고 아화석 등이 있기 때문에 호박을 배치하기가 쉽지 않다고 생각하는 사람도 있습니다.) _질문_: 물리적 자료를 다시 검사할 수 있습니까? 무엇이며 어디에 있습니까?
2. 무결성 / N 종: 단일 및 전체(예: 곤충, 즉 한 개체 내에 모든 유전자가 포함됨), 부분 표본(조직 샘플, 잎, 과일 몸체) 또는 혼합 표본(이끼 및 이끼 수집에서 일반적이며 개별 종 수집이 불가능한 경우) : 그러나 플랑크톤과 같이 의도적인 샘플링이 아닙니다(6) 참조. _질문_: 전체 형태를 연구하거나 일부 특성만 연구하거나 박물관 표본을 DNA 서열에 연결할 수 있습니까?
3. DNA: 탐색되지 않음, 서열, PCR. 참고: 이것은 DNA 또는 PCR 산물이 장기간(물리적) 저장될 수 있기 때문에 가상과 물리적 사이에 있지만 종의 존재에 대한 DNA 증거, 종종 서열은 디지털 이미지 또는 소리. _질문_: 신원을 재검토할 수 있습니까? 계통 발생을 확인합니까, 아니면 제가 가지고 있는 모든 것이 라벨 이름뿐입니까?
4. 동적/정적 데이터. 동적: 추적, 시계열, 마크 다시 캡처. _질문_: 프로세스만 연구할 수 있습니까, 아니면 패턴만 연구할 수 있습니까?
5. 증거가 생성되는 방식 : 문헌 처리, 수집 디지털화, 개인 관찰, 체계적인 샘플링. _질문_: 생성 신뢰도별로 데이터를 정렬할 수 있습니까?
6. 이벤트 데이터를 샘플링하지만 발생 가능성도 있습니다: 존재만(샘플링 노력 불명/문서화되지 않음), 존재-부재, 풍부(정량적). _질문_: 어떤 종류의 통계적 분석이 가능합니까?
7. 데이터가 GBIF로 압축되는 방식: 메타데이터만, 체크리스트, 발생만, 샘플링 이벤트. 사용된 확장자별 필터를 포함할 수 있습니다. 우리가 TDWG에서 더 많은 것을 얻는다면. _질문_: 내 GBIF 다운로드, 그대로 및 GBIF 해석에서 얻을 수 있는 것은 무엇입니까?
8. 데이터를 생성하는 커뮤니티(이것은 게시자에 태그를 지정하는 것과 더 관련이 있지만 발생 및 데이터 집합을 다음 기준으로 필터링해야 할 수 있음): (그룹) 개인, 자연사 컬렉션, 민간 부문, 해양, 시민 과학, 기계. 이들 중 일부는 상호 배타적이지 않습니다. "자연사 수집" + "시민 과학" 또는 "기계"가 될 수 있습니다. _질문_: 특정 인구 통계 부문의 데이터 추세를 연구할 수 있습니까?

다시 한 번, 이것은 미완성된 생각의 캡처일 뿐입니다. 분류가 얼마나 좋은지 브레인스토밍/화이트보드하는 것이 좋을 것입니다. 예를 들어 원래 게시물의 1, 7, 13이 동시에 참일 수 있으므로 잘라낼 생각이었습니다. 이것이 태그이고 겹침이 문제가 되지 않는다면 괜찮습니다. 그러나 이것이 엄격한 필터인 경우 보존 유형 vs. 커뮤니티 생성 유형, 생성 방식 vs. 수량성 등을 캡처하기 위해 필드 이상이 필요할 수 있습니다. 범위를 벗어나면 자유롭게 버리십시오. 또한 여기에 부분적으로 적용 가능한 BoR 토론 모음을 찾지 못했습니다.

나는 분류가 우리에게서 올 것이라고 가정하지만(적어도 현재 시민 과학 데이터 세트의 경우는 그렇습니다) 다른 사람들도 큐레이션에 도움을 줄 수 있다면 좋을 것입니다. 명심할 것이 있습니다.

예를 들어 노드 관리자에게 "citizen science" 태그가 지정된 데이터 세트를 확인하도록 요청한다고 가정해 보겠습니다. 우리는 다음을 원합니다:

1. 노드에 대한 모든 시민 과학 데이터 세트를 쉽게 볼 수 있는 방법입니다.
2. 노드 관리자가 잘못 태그가 지정된 데이터 세트를 발견한 경우 다음에 다시 태그를 지정하지 않도록 이를 추적하고 싶습니다.

https://github.com/gbif/portal-feedback/issues/3381 이 문제를 보면 data extracted from taxonomic literature (i.e., Plazi) 카테고리가 누락됩니다. 당신이 맞아, 내가 놓쳤다!

@ManonGros 감사합니다

이 문제를 보면: gbif/portal-feedback#3381, 분류 문헌(즉, Plazi) 범주에서 추출된 데이터가 누락됩니다.

이것이 의도한 것입니다.

자료 인용(예: 문헌의 분류학적 처리)

(관련된 것은 Plazi가 공개 논평을 위해 Darwin Core 문제에서 basicOfRecord 어휘에 Material citation 추가를 제안했다는 것입니다.)

+1 @Dmitry 일대다 및 키워드 태그 사용(카테고리에 대한 1:1 핵심 레코드 대신)
+1 @Marie 는 Node 직원이 카테고리를 선별할 수 있도록 하고 --> 누구든지 카테고리 정보로 데이터 포인트/세트에 주석을 달 수 있도록 하는 기능 요청을 추가할 수 있습니다(출처는 그대로)

또한 "데이터 세트"(Darwin-Core-archive-dataset에서와 같이)는 카테고리 "태그"가 DwC-A의 모든 핵심 레코드에 적용하도록 설계

그리고 "증거 레코드"(핵심 레코드)의 비정규화는 핵심 레코드에 연결된 주어진 속성이 연결되도록 의도된 클래스를 확신할 수 없음을 의미합니다.

이 아이디어가 정말 마음에 듭니다. 확실히 ALA에는 데이터 공급자 간에 레코드 그룹을 선택하는 매우 간단한 방법을 원하는 사용자가 있습니다. 내가 이 요청을 가장 많이 듣는 그룹은 박물관이나 식물 표본관 표본을 '그냥' 원하는 큐레이터/연구원입니다.

몇 가지 제안:

1. 자연사 수집 - 화석 표본에 대한 범주를 갖는 것이 여전히 유용할 수 있으므로 이러한 표본을 쉽게 분리할 수 있습니다.
   화석을 분리하는 이유는 아화석(또는 여전히 존재하는 모든 화석 종)이 종종 현존하는 분포 외부에 나타나며 오류로 쉽게 오인되고 완벽하게 적법할 때 표시될 수 있기 때문입니다.

1. 단일 유기체 시퀀싱(즉, NHM 표본의 조직)
   조직 샘플에 대한 추가 범주가 있으면 시퀀스가 ​​파생되었는지 여부에 관계없이 매우 유용합니다.
   이 범주의 사용자는 현재 BasisOfRecord = 재료 샘플 + 준비 냄비 운을 검색해야 하는 대출/파괴 샘플링을 위한 조직을 찾는 연구원일 수 있습니다.

2. 민간 부문 데이터 - 개발/채굴 프로젝트 승인 전에 환경 영향 평가를 수행하는 회사에서 수집한 데이터를 의미합니까? 그렇다면 호주에서는 이를 일반적으로 "제안자 데이터"(개발 제안자의 데이터)라고 합니다. 민간 부문 데이터가 다른 것을 의미한다면 둘 다 가질 수 있습니까?

또한 "데이터 세트"(Darwin-Core-archive-dataset에서와 같이)는 카테고리 "태그"가 DwC-A의 모든 핵심 레코드에 적용하도록 설계

@dagendresen 감사합니다. 여기에서 내 생각은 보고/사용자 요구에 신속하게 대응할 수 있도록 Darwin Core의 class/basisOfRecord 문제에서 이것을 분리하려고 시도하고 분리하는 것이었습니다(예: 데이터 세트에 대한 새 태그 도입). "혼합 백" 데이터 세트가 있을 수 있음을 인정하면서 내 직관은 대부분의 사용자가 관심을 가질 수 있는 몇 가지 항목이 있더라도 "eDNA로 태그가 지정된 데이터 세트에서 시작된 레코드 생략"과 같은 광범위한 필터링을 높이 평가할 것이라는 것입니다. 또는 민간 부문 관련 태그가 지정된 데이터 세트에서 비롯된 데이터를 기반으로 보고서(예: 성장 차트)를 생성합니다. 합리적인 것 같습니까?

이 아이디어가 정말 좋아요

감사합니다, @elywallis - 지금 상단의 목록에 귀하의 의견을 추가하겠습니다.

민간 부문 데이터 - 개발/채굴 프로젝트 승인 전에 환경 영향 평가를 수행하는 회사에서 수집한 데이터를 의미합니까?

나는 그것이 의도였다고 믿는다. 네. 자세한 내용은 모르지만 데이터 관리 팀에서 이와 같은 범주를 사용하여 추세에 대한 보고서를 점점 더 많이 실행하고 있는 것으로 알고 있습니다. 최종 결정을 제안하지 않고 상위 목록에 귀하의 의견을 추가하겠습니다.

주제에서 약간 벗어나지만 유용할 수 있습니다.

많은 사람들에게 알려지지 않았을 수도 있지만 GBIF는 이와 같은 어휘를 통합 어휘 서버로 점진적으로 이동하고 있습니다. 이를 통해 데이터 관리자(예: 노드 관리자 @dagendresen 포함)가 개념 정의에 참여할 수 있습니다. 개념은 계층적일 수 있으며(예: 개인 데이터의 세분화) 어휘 버전이 출시되면 데이터 처리 파이프라인에서 선택됩니다. 이것은 여전히 ​​발전 중이지만 LifeStage 는 현재 생산 중입니다.

이 문제와 관련하여 이것이 의미하는 바는 새로운 보고서 또는 커뮤니티에 대한 데이터 세트를 분류하기 위한 새로운 요구 사항을 발견하면 소프트웨어 개발자의 개입 없이도 이를 수용할 수 있는 도구가 있다는 것입니다(단어만 필요하면 변경한 다음 데이터 세트에 태그 지정을 진행합니다.

"혼합 가방" 데이터 세트

@timrobertson100 저는 (요청하는 경우) 모범 사례가 "혼합된 가방" 데이터 세트를 피하고 _"재사용 목적"_에 대한 필터를 활성화하는 "태그"가 매우 유용 하고 환영받을 것이라는 점에 전적으로 동의합니다! 그리고 우리는 "혼합 가방" 데이터 세트에 100%를 적용하지 않는 그러한 기능으로 잘 살 수 있다고 믿습니다 :-)

(따라서 -- GBIF 노르웨이는 "혼합 백" 데이터 세트를 보다 동질적인 더 작은 데이터 세트로 "나누기" 위해 노르웨이 데이터 게시자와 "협상" 중입니다.

@timrobertson100 은 다음과 같이 썼습니다.

주제에서 약간 벗어나지만 유용할 수 있습니다.

많은 사람들에게 알려지지 않았을 수도 있지만 GBIF는 이와 같은 어휘를 통합 어휘 서버로 점진적으로 이동하고 있습니다. 이를 통해 데이터 관리자(예: 노드 관리자 @dagendresen 포함)가 개념 정의에 참여할 수 있습니다. 개념은 계층적일 수 있으며(예: 개인 데이터의 세분화) 어휘 버전이 출시되면 데이터 처리 파이프라인에서 선택됩니다. 이것은 여전히 ​​발전 중이지만 LifeStage 는 현재 생산 중입니다.

이 문제와 관련하여 이것이 의미하는 바는 새로운 보고서 또는 커뮤니티에 대한 데이터 세트를 분류하기 위한 새로운 요구 사항을 발견하면 소프트웨어 개발자의 개입 없이도 이를 수용할 수 있는 도구가 있다는 것입니다(단어만 필요하면 변경한 다음 데이터 세트에 태그 지정을 진행합니다.

팀, 내 모습이 보이나요?? 어느 시점에서 우리는 이 노력에 대해 TDWG 웨비나인 GBIF의 연설이 필요합니다. 더 넓은 커뮤니티에서 데이터를 개선하고 이해하는 데 필요한 데이터를 사용하는 방법에 대해 매우 계몽적임을 알게 될 것이라고 생각합니다.