Bootstrap: O plugin afix não funciona bem em tabelas

isso porque depois de position: fixed para thead, rowspan não funciona para TH.
definir largura fixa deve ajudar (funciona no cromo):

  $(".floating-header th").each(function() {
      $(this).width($(this).width());
  });

Uau, o cabeçalho parece bom agora :)

Não funcionou perfeitamente porque as colunas em tbody mudarão de largura quando affix.js ocultar o cabeçalho de origem.

Mas tenho uma ideia de como consertar isso.

@genbit , Obrigado pela sua ajuda

Quando você posiciona algo, você precisa especificar uma largura. Não oferecemos suporte para a fixação de cabeçalhos de tabela no momento.