Mayavi: A renderização fora da tela Mayavi não funciona para VTK 7.1.0

Criado em 18 jan. 2017 · 21Comentários · Fonte: enthought/mayavi

Eu uso o vtk com o driver MesaOS porque quero executar a renderização como parte de um notebook jupyter no modo headless, mais alguns detalhes da configuração do pacote podem ser encontrados aqui:
https://github.com/conda-forge/vtk-feedstock/issues/20

Quando eu uso o exemplo VTK fora da tela, ele está funcionando bem:

#! ./local/bin/python

from vtk import (vtkSphereSource, vtkPolyDataMapper, vtkActor, vtkRenderer,
        vtkRenderWindow, vtkWindowToImageFilter, vtkPNGWriter)

sphereSource = vtkSphereSource()
mapper = vtkPolyDataMapper()
mapper.SetInputConnection(sphereSource.GetOutputPort())

actor = vtkActor()
actor.SetMapper(mapper)

renderer = vtkRenderer()
renderWindow = vtkRenderWindow()
renderWindow.SetOffScreenRendering(1)
renderWindow.AddRenderer(renderer)

renderer.AddActor(actor)
renderer.SetBackground(1, 1, 1)

renderWindow.Render()

windowToImageFilter = vtkWindowToImageFilter()
windowToImageFilter.SetInput(renderWindow)
windowToImageFilter.Update()

writer = vtkPNGWriter()
writer.SetFileName("sphere.png")
writer.SetInputConnection(windowToImageFilter.GetOutputPort())
writer.Write()

Mas quando eu testo o exemplo fora da tela do mayavi, ele não está funcionando:

# Author: Prabhu Ramachandran <[email protected]>
# Copyright (c) 2007, Enthought, Inc.
# License: BSD Style.

from os.path import join, abspath, dirname

# The offscreen Engine.
from mayavi.api import OffScreenEngine

# Usual MayaVi imports
from mayavi.scripts.util import get_data_dir
from mayavi.sources.api import VTKXMLFileReader
from mayavi.modules.api import Outline, ScalarCutPlane, Streamline


def main():
    # Create the MayaVi offscreen engine and start it.
    e = OffScreenEngine()
    # Starting the engine registers the engine with the registry and
    # notifies others that the engine is ready.
    e.start()

    # Create a new scene.
    win = e.new_scene()

    # Now setup a normal MayaVi pipeline.
    src = VTKXMLFileReader()
    src.initialize(join(get_data_dir(dirname(abspath(__file__))),
                        'fire_ug.vtu'))
    e.add_source(src)
    e.add_module(Outline())
    e.add_module(ScalarCutPlane())
    e.add_module(Streamline())
    win.scene.isometric_view()
    # Change the size argument to anything you want.
    win.scene.save('offscreen.png', size=(800, 800))


if __name__ == '__main__':
    main()

A mensagem de erro que recebo é:

ERROR: In ../Rendering/OpenGL2/vtkXOpenGLRenderWindow.cxx, line 301
vtkXOpenGLRenderWindow (0x30ced20): bad X server connection. DISPLAY=Aborted

Então, para mim, parece que a inicialização fora da tela não é encaminhada corretamente para o VTK. Infelizmente, não fui capaz de localizar a inicialização do VTK dentro de mayavi. Para mim, parece estar acontecendo em tvtk_access.py , mas ainda não vejo uma opção para forçar a renderização fora da tela diretamente.

Fonte

jan-janssen

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Comentários muito úteis

Tive um problema semelhante ao usar Mayavi em um Jupyter-Notebook fornecido por um servidor Jupyter-Hub remoto. O problema é que não há nenhum servidor X em execução.

Eu resolvi isso instalando o xvfbwrapper e o back-end do Xvfb. Antes de fazer qualquer coisa com mayavi, inicie um Display.

Exemplo

#The following 3 lines must be before doing anything with mayavi (even importing)
from xvfbwrapper import Xvfb
vdisplay = Xvfb(width=1920, height=1080)
vdisplay.start()

from mayavi import mlab
mlab.init_notebook()
s = mlab.test_plot3d()
s

Se não houver uma forma mais elegante, acho que seria bom mencionar isso no manual.

max9111 em 28 mar. 2019

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Todos 21 comentários

Descobri que, ao definir ETS_TOOLKIT='null' , poderia reproduzir este erro usando:

>>> from mayavi import mlab
>>> mlab.options.offscreen = True
>>> mlab.test_plot3d()
ERROR: In ../Rendering/OpenGL2/vtkXOpenGLRenderWindow.cxx, line 301
vtkXOpenGLRenderWindow (0x2e027d0): bad X server connection. DISPLAY=Aborted (core dumped)

Cadair em 20 jan. 2017

Se ETS_TOOLKIT='null' não estiver definido, nem mesmo a importação funciona. Então, por enquanto, o script acima falha quando tento criar uma cena new_scene()

jan-janssen em 23 jan. 2017

@ jan-janssen - Você pode testar com o master mais recente, ele deve estar consertado agora. Você ainda precisará de export ETS_TOOLKIT=null mas o resto deve funcionar agora.

prabhuramachandran em 11 out. 2018

Eu testei isso usando os pacotes vtk osmesa conda-forge e não consigo fazer funcionar sem um servidor X. Acho que tenho o env configurado corretamente.

O que eu fiz foi:

$ export ETS_TOOLKIT='null'
$ conda create -n mayavi_osmesa -c conda-forge mesalib pyqt numpy vtk
$ pip install git+https://github.com/enthought/mayavi
$ python -c "from mayavi import mlab; mlab.options.offscreen=True; mlab.test_plot3d(); mlab.savefig('test.png')"
ERROR: In ../Rendering/OpenGL2/vtkXOpenGLRenderWindow.cxx, line 445
vtkXOpenGLRenderWindow (0x1c58c80): bad X server connection. DISPLAY=Aborted (core dumped)

Cadair em 11 out. 2018

ok, na verdade, o exemplo puro de VTK dado no OP também não funciona, então presumo que haja algo errado com meu env. Eu obtenho a mesma coisa com um pip install git+https://github.com/enthought/mayavi direto, então estou assumindo que estou perdendo alguma coisa no vtk em algum lugar.

Cadair em 11 out. 2018

Obrigado pelo teste, você pode verificar se o VTK instalado tem vtkOSOpenGLRenderWindow , ou seja,
import vtk; print(hasattr(vtk, 'vtkOSOpenGLRenderWindow')) . Do contrário, provavelmente o VTK não foi desenvolvido com suporte a osmesa. Se isso acontecer, terei de investigar cuidadosamente.

prabhuramachandran em 11 out. 2018

Não tem isso. Suponho que você não saiba o que controla se existe ou não ?!

Cadair em 11 out. 2018

Quando o VTK é construído, você precisa definir VTK_OPENGL_HAS_OSMESA como ON.

prabhuramachandran em 11 out. 2018

hmmm, pelo que posso dizer, o pacote conda-forge osmesa deve fazer isso. Vou abrir um problema lá.

Cadair em 11 out. 2018

Acho que as versões mais recentes do mesa não permitem tanto o mesa quanto osmesa, portanto, os lançamentos VTK mais recentes podem desligar automaticamente o osmesa quando vtk_use_x é ativado. Mas não estou totalmente certo sobre isso, pois muitas coisas poderiam ter mudado ...

prabhuramachandran em 11 out. 2018

Se possível, você poderia tentar com uma versão mais antiga como VTK-7.x ou sempre que funcionasse?

prabhuramachandran em 11 out. 2018

Estou recebendo a mesma mensagem de erro no Ubuntu 18, vtk 8.1.2, mayavi 4.6.2

dappelha em 1 mar. 2019

Também estou tendo esse problema com mayavi. Alguém encontrou alguma solução? Estou tendo esse problema ao usar mayavi em um servidor, embora tenha o monitor sendo encaminhado para o meu computador local.

tjiagoM em 22 mar. 2019

Tive um problema semelhante ao usar Mayavi em um Jupyter-Notebook fornecido por um servidor Jupyter-Hub remoto. O problema é que não há nenhum servidor X em execução.

Eu resolvi isso instalando o xvfbwrapper e o back-end do Xvfb. Antes de fazer qualquer coisa com mayavi, inicie um Display.

Exemplo

#The following 3 lines must be before doing anything with mayavi (even importing)
from xvfbwrapper import Xvfb
vdisplay = Xvfb(width=1920, height=1080)
vdisplay.start()

from mayavi import mlab
mlab.init_notebook()
s = mlab.test_plot3d()
s

Se não houver uma forma mais elegante, acho que seria bom mencionar isso no manual.

max9111 em 28 mar. 2019

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@ max9111 você se lembra de fazer mais alguma coisa? Tentei seu código depois de instalar xvfbwrapper . Mas depois de enviar ssh para meu servidor usando a sinalização -X, ainda recebo o erro:

ERRO: Em ../Rendering/OpenGL2/vtkXOpenGLRenderWindow.cxx, linha 606
vtkXOpenGLRenderWindow (0x55b43e61d590): Não é possível criar o contexto GLX. Abortando.

tjiagoM em 29 mar. 2019

@tjiagoM Talvez você tenha esquecido de instalar o xfb (sudo apt-get install xvfb)?

max9111 em 29 mar. 2019

@ max9111 oh, não, inicialmente cometi esse erro, mas eles gerariam um erro dizendo que nenhum xvfb foi encontrado / ativo (ou algo semelhante)

tjiagoM em 29 mar. 2019

@ max9111 Estou lutando com a mesma configuração, mayavi em um jupyterhub remoto. Você tem uma imagem docker de amostra usada pelo hub? Tentei usar xvfbwrapper como você sugeriu, mas não funcionou para mim. Desde já, obrigado!

mirestrepo em 3 abr. 2019

@mirestrepo
Infelizmente, não temos uma imagem docker.

Minha configuração é:

Uma máquina virtual rodando em Kubuntu 18.04 (usando Virtual Box) em uma estação de trabalho remota que roda em CentOS7.
Instalou o Littlest JupyterHub
Disponibilize o Jupyterhub de fora (encaminhamento de porta, configuração de firewall)
Instalada XfVB na máquina virtual como o que
O ponto crucial aqui é obter um X-Server funcional (então, tutoriais gerais sobre como fazer algo relacionado à GUI em uma imagem do Docker também podem ajudar), sugiro tentar o script simples do link para verificar isso. Nesse caso, você também receberá uma mensagem de erro significativa.
Se isso funcionar, é importante que você inicie o X-Server antes de fazer qualquer coisa relacionada ao mayavi, como mostrado no exemplo acima. Se você importar mayavi from mayavi import mlab antes de inicializar o X-Server mayavi irá travar.

max9111 em 3 abr. 2019

@ max9111 Consegui pular o wrapper xvfb lançando xvfb no ponto de entrada do meu docker ENTRYPOINT ["tini", "-g", "--", "xvfb-run"] mas só consigo mlab para trabalhar com png backend ... Eu não tentei construir vtk com OSMesa embora ...

mirestrepo em 4 abr. 2019

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O xvfb-run pode ajudá-lo: