Shapeworks: рендеринг объемов некоторых разрешений вылетает при использовании itkwidgets.view после использования shapeworks в записной книжке

Ага, я пытаюсь запустить его сейчас и получаю тот же сбой, вот здесь:
`` shapeSeg = shapeSegList [10]
itkw.view (изображение = sw2vtkImage (shapeSeg),
Sling_planes = Верно,
оси = Истина,
rotate = True,
интерполяция = Истина)

Упростил проблему, и похоже, что в этом виноват Image :: resample. После повторной выборки ellipsoid_05 загружает средство просмотра, а ellipsoid_00 вызывает сбой ядра при попытке использовать itk.view ()

notebooks.zip

После тестирования что-то _ может быть не так с Image :: resample wrt
Пробные изображения: ellipsoid_1mode / segmentations / ellipsoid_00.nrrd и ellipsoid_1mode / segmentations / ellipsoid_05.nrrd
-> 00 не отображается, когда pyvista обертывает изображение vtk после повторной выборки
-> 05 отлично работает
=> _both_ работают нормально при построении с помощью pyvista
Я выплеснул отладку в Image :: resample и пока не увидел ничего необычного).

Вот простая записная книжка, если вы хотите поэкспериментировать.
wishy_washy_resample.ipynb.zip

... и как он выглядит пустым, когда вы его загружаете:

... и как это выглядит при запуске. Измените 05 на 00 и запустите его снова, чтобы он вылетел, когда itkw пытается выполнить рендеринг.

Транспонировать или ... Массив, который можно было визуализировать
Если вы помните, itkwidgets может напрямую отображать массив numpy. Но он интерпретирует этот массив как транспонирование переданного, чего он не делает, когда используется массив vtk. Поэтому мы обычно транспонируем то, что получаем от изображения, прежде чем обертывать его в массив vtk, и просто используем массив vtk с itkwidgets, чтобы упростить задачу.

Я попробовал и то, и другое сегодня утром, и, к сожалению, это не имеет значения. Транспонированные или нет, массивы numpy или vtk, все это вылетает при попытке рендеринга с использованием itkwidgets после Image.resample.

Копия или ... Я повторяюсь?
Проблема может быть в массиве, исходящем от изображения. Возможно, это указывает на недействительную память. Итак, создадим копию!
После копирования массива - как в order='C' и в order='F' , при перемещении, изменении, стоя на голове при составлении функций и желающем обдумывая все это, _ он все равно вылетает каждый раз_.

Это наводило на мысль, что размер самого массива может быть проблемой. Один из способов подтвердить это - вызвать повторную выборку с тем же интервалом ( [1,1,2] ), _ который работал нормально_. Другой способ - создать поддельный массив сомнительного размера. И...
Барабан, пожалуйста ...
представляя ...
впервые в жизни ... (в GitHub)
Репро без _shapeworks_!

array = np.ndarray([109, 77, 204])
itkw.view(image = array)

Так что положите это в свой блокнот и выкурите *.

* дым, подразумевающий аварию, не пропагандирующий фактическое вдыхание чего-либо, обратите внимание, что это учреждение для некурящих, не действует с другими предложениями, ... в любом случае, я надеюсь, что кто-то улыбается, потому что это не наша проблема! Кроме того, что это так. 😞

array = np.ndarray([109, 77, 204])
itkw.view(image = array)

array = np.ndarray([109, 109, 204])
itkw.view(image = array)



md5-047f51858ff0a12b3bec85f300fc2efa



array = np.ndarray([109, 109, 109])
itkw.view(image = array)

Все эти примеры отображают средство просмотра itk, когда shapeworks не импортированы.
Он аварийно завершает работу при импорте фигур.

Хм, у нас происходит какое-то взаимодействие между библиотеками conda itk / vtk и shapeworks itk / vtk?

Я предполагаю, что itkwidgets использует другую версию itk

Порядок импорта не важен, но порядок использования. Это означает, что если вы импортируете все, но используете itkwidgets до shapeworks, при использовании shapeworks происходит сбой, и наоборот.

Поскольку решением # 1179 было просто «не использовать itk», я предлагаю решить эту проблему таким же образом. Если на данный момент нет лучшего варианта, давайте удалим itkwidgets из наших записных книжек.

На данный момент это звучит как хороший план. Разумно ли убирать itkwidgets с ноутбуков? Для чего мы это используем?

Мы используем его для просмотра сегментов. Я думаю, мы можем использовать pyvista вместо

Обратите внимание, что pyvista (насколько мне известно) не учитывает метаинформацию изображения (происхождение, расстояние между вокселями, направление осей), но itkwidget это делает.

Обратите внимание, что pyvista (насколько мне известно) не учитывает метаинформацию изображения (происхождение, расстояние между вокселями, направление осей), но itkwidget это делает.

Мы углубимся в это, но должно быть некоторое уважение к происхождению, поскольку несколько объемов могут быть одновременно построены в разных местах, и это изображение показывает, что для построения графика используется интервал. Наши функции sw2vtkImage просто не сохранили его (я знаю, что в некоторых это изменил, но, возможно, они находятся в новой ветке pybind).

Я хочу предложить выпустить и перенести это в следующий выпуск, поскольку в нем есть много других улучшений для Python и ноутбуков, и, по сути, мы будем вынуждены их переписать. Может, мы просто позволим им сломаться. Это известная проблема в общедоступном репозитории, и у нас есть обходной путь на случай, если с ней столкнутся пользователи.

(Нам все равно нужно будет изменить записную книжку «Начало работы с сегментацией», чтобы она работала без сбоев, что означает просто выбор другого произвольного изображения для демонстрации рендеринга.)

Я согласен. Давайте перенесем это в выпуск 6.1, и я обновлю примечания к выпуску и графическое резюме, чтобы не акцентировать внимание на материалах Python.

После использования произвольного изображения, которое не приводит к сбою средства просмотра, оно все равно дает сбой еще в 3 местах, где используется изображение средней формы.
@cchriste

Предлагаю исключить этот ноутбук из релиза за исключением документации.

Работает для меня. @sheryjoe ?

pyvista показывает логические координаты
https://sci.utah.edu/~shapeworks/doc-resources/mp4s/nb-groom-resample.mp4

по сравнению с itkwidgets, показывающими физическую координату
https://sci.utah.edu/~shapeworks/doc-resources/mp4s/nb-groom-resample-iso.mp4

pyvista показывает логические координаты
по сравнению с itkwidgets, показывающими физическую координату

Учитывая проблему №900, трудно представить, что itk когда-либо показывал физические координаты.

Для этого изображения (с z-spacing = 2):

{
    dims: [93, 87, 94],
    origin: [-24, -19, -21],
    size: [93, 87, 188],
    spacing: [1, 1, 2]
}

Средство просмотра itk может отображать только немасштабированную версию, иначе произойдет сбой.

Вот один том pyvista, показывающий как немасштабированный эллипсоид, так и масштабированную версию.

Мне не очень нравится, как программа просмотра pyvista показывает границы по сравнению с программой просмотра itk.
Но они верны и показывают физические координаты.