Ipython: 笔记本中的“全部运行”挂在 %matplotlib qt 上

我注意到从 Windows 上的 miniconda 安装 Python 2.7 也有类似的事情。 当我有第一个单元格所在的笔记本时：

%pylab

即使在手动运行该特定单元后，“全部运行”也将始终挂起。 在此之后，我必须 Kernel->Restart 才能让笔记本响应任何事情。 我的解决方法是手动运行该单元格，移动到下一个单元格，然后“运行所有下面”。

我也很高兴提供更多信息以帮助进一步追踪。

我也可以确认这一点（如果您的第一个单元格同时包含%matplotlib和一些导入（需要一些时间来执行），并且您想与下一个单元格一起执行它，这会很烦人）。

重现这一点的简单方法：

1. 有两个单元格的笔记本：

%matplotlib import time time.sleep(10)

print "This will not print"

1. 一次执行（按 shift-enter 两次）
2. 第一个单元将执行，但随后内核挂起（第二个单元未执行，您无法执行任何操作，尽管指示器表示内核已准备就绪）。

所以它不一定与“全部运行”有关，而只是与执行多个单元格有关，其中一个单元格具有%matplotlib 。

最后使用 IPython 2.1、Windows 64 位、Firefox 31 对其进行了测试

经过更多的实验，我发现这个问题首先出现在 2.0.0 版本中。 如果我回滚到版本 1.2.1

conda install ipython=1.2.1

问题就解决了。

Windows 32 位，python 2.7.7，Firefox 31

我也遇到了这个错误，可以使用上述方法在 Windows 8 上使用 Python 3.4.1、Anaconda 2.1.0（64 位）、IPython 2.3.1 重现
这是一个非常烦人的错误。 我能做些什么来帮助追踪它吗？ 4.0 里程碑（大致）预计何时完成？

我在 Linux Mint 17、python 3.4 和 matplotlib 1.4.0 上使用来自 github 的最新 ipython 版本（e2778c5f4047d03f5f025bd53d1704a0cf9f0337）确认了该错误。

有这家伙的消息吗？ 如果需要，我可以做更多的测试。 这个bug真的很烦！！！

我可以确认这也发生在我身上，在带有 python 2.7 和 matplotlib 1.4.4 的 CentOS 上一直发生

如果您手动运行单元格，它会起作用吗？

请参阅我上面的评论（https://github.com/ipython/ipython/issues/5629#issuecomment-50603511），如果您手动运行多个单元格，它也会出现

是的 - 我相信这基本上是一个时间问题。 如果您 Shift+Enter 运行单元格，然后等待一秒钟，然后继续其他单元格，则它可以工作。 如果您反复按 Shift+Enter 多次，它就会挂起。 运行更多单元格不会导致任何代码实际运行（也就是右上角的小圆圈仍然是空的）。

^ 这也是我观察到的。

在 Ipython Notebook 3.1.0 中验证。 解决方法：

import time
%matplotlib
time.sleep(1)

丑，但是放弃全部运行的选项太烦人了。

我也让它在我的机器上工作。

在周五，2015年6月12日在上午07时02分，quicknir [email protected]写道：

在 Ipython Notebook 3.1.0 中验证。 解决方法：

导入时间
%matplotlib
时间.睡眠(1)

丑，但是放弃全部运行的选项太烦人了。

—
直接回复此邮件或在 GitHub 上查看
https://github.com/ipython/ipython/issues/5629#issuecomment -111502934。

我们能否在 4.1（或 5.0）上实现这一里程碑？
挂笔记本听起来（对我来说）比心愿单里程碑更严重。 此外，这个错误在使用 matplotlib 时很烦人（尽管有解决方法）。

我们是否应该在 matplotlib 魔术本身中使用sleep(1)作为解决方法，直到我们弄清楚原因？

：+1：

睡眠解决方法很少对我有用。 我已经看到它工作了几次，但我尝试过的绝大多数时候，笔记本仍然挂起。

唯一对我有用的解决方法是：

1. 手动运行包含 %matplotlib 的单元格
2. 等待内核空闲指示
3. 选择以下单元格
4. “在下面运行所有”

FWIW 我试图对此进行一些测试，以更合理地估计其效果如何。

我用以下三个单元制作了一个笔记本：

import time

%matplotlib qt
time.sleep(1)

with open("test_log.txt", "a") as fid:
    fid.write("it worked\n")

然后在 shell 中运行：

for i in {1..100}; do
    ipython nbconvert --execute test_qt.ipynb  --inplace;
done
wc -l test_log.txt

也许这个测试没有使用正确的代码，但它似乎工作正常。

标记为4.1所以我们看一下。

谢谢你。
我刚刚尝试了@mwaskom的重现，我得到了相同的结果。 但是，然后我撕掉了时间和睡眠代码，并再次运行了外壳部分，它_也_起作用了！ 因此，这似乎不是一个好的重现程序（或内部解决方法）。 :-/
我还发现，像@tanderl一样， sleep 解决方法对我并不总是有效。 这是在 64 位 Ubuntu 上的 ipython 3.2.1 上。 明天我可以在 Windows 上尝试同样的事情。

在 Windows 8.1 上，使用通过 Anaconda 安装的 Ipython 3.2.0，我还发现 sleep 解决方法对我不起作用，即在与 matplotlib 魔术相同的单元格中使用sleep(1) （甚至更大的值），运行新重新启动的内核上的所有内容仍将挂起（或什么也不做，UI 仍然有效），并在下一个单元格上带有星号。 一个接一个地手动运行单元格，中间等待，仍然有效。

我用 Linux Mint 上更新的 anaconda 堆栈确认了@bilderbuchi所说的话。

你好，
我刚刚遇到了类似的问题。 当运行使用 %matplotlib 内联或笔记本魔法的笔记本时，“运行所有单元格”有时会挂起，我必须手动运行所有单元格。
我正在运行 Windows 7、Python 3.5、IPython 5.1.0、笔记本 4.1.0 和 matplotlib 1.5.3。
作为一种解决方法，我清理了所有输出，然后它似乎可以工作。 不幸的是，我无法提供可复制的笔记本（如果我将来遇到这种情况会这样做）。

此致，
弗洛里安

这在 jupyter notebook 和 lab 中仍然存在问题。

@thomasaarholt你有可靠的复制程序吗？

@bilderbuchi看到这个问题的原帖，它仍然是同样的问题。 这是我在我的机器上重新创建的 GIF（OSX w/最新的 jupyter 和 qt4）

@Carreau ，那个

@bilderbuchi @Carreau ，我刚刚发现了愿望清单标签。
我想证明这个错误应该有更高的优先级：

许多新的 jupyter 用户将通过预先存在的笔记本学习使用 jupyter。 例如，他们尝试运行某个插件提供的示例工作簿。 对于当前的行为，用户使用“全部运行”命令或“Shift + Enter”快速浏览笔记本会发现笔记本从一开始就挂起，这给人的第一印象非常差。 对于第一次学习编码的人，或者过去有过糟糕经历（课堂/考试）的人，这样的印象通常可以真正强调“编码的复杂性”。

我想证明这个错误应该有更高的优先级：

嗯，这不再是优先级的问题了，这个 bug 已经开放了 2 年多，问题是没人能弄明白。 我们确实试图解决这个问题，但这似乎是一个难以捉摸的解决方案，而且我们无法成为所有框架事件循环和库的专家。 我们很乐意做点什么，但这个问题已经存在了很长时间，将其标记为更高的优先级也无济于事。 没有一个开发人员知道发生了什么。 否则我们会修复它。

@Carreau你能指出 ipython 代码中内核服务器和 GUI 之间的集成应该发生的地方吗？

有没有办法在浏览器中以编程方式打开笔记本并运行所有单元格？ 这可能使我们能够 git 平分代码来确定导致这种情况的更改。
我曾尝试从终端和 IPython 会话中通过nbconvert --execute执行有问题的笔记本，但到目前为止无法让它挂起。

@bilderbuchi首先，您能否在您的机器上“手动”重现该错误？

是的。 我发现了一些有趣的行为尝试不同的魔法变体
第一个单元格内容：

%matplotlib notebook -> works
%matplotlib inline -> works
%matplotlib -> prints Using matplotlib backend: Qt5Agg, then hangs
%matplotlib qt -> prints ModuleNotFoundError: No module named 'PyQt4' (I think that's a different unrelated bug)
%matplotlib qt5 -> prints nothing, then hangs

（我认为执行%matplotlib qt时的不同错误是 ContinuumIO/anaconda-issues#1068。）
第二个单元格只有

print("This will not print")

如果我在上面说“挂起”，我的意思是第二个单元格的数字中总是有一个星号而不是“2”，并且消息永远不会被打印出来。
所有这些都是通过 Kernel - Restart & Run All 执行的，以确保干净利落。 这是在 Python 3.6.1 上通过 Windows 10、IPython 5.3.0、Firefox 52.0.2 上的 Anaconda。

你能指出 ipython 代码中内核服务器和 GUI 之间的集成应该发生的地方吗？

这里描述了事件循环集成如何工作： http ://ipython.readthedocs.io/en/stable/config/eventloops.html#event -loops-in-the-kernel

Qt 5 事件循环的代码从这里开始： https :

只是为了检查 - 问题肯定是%matplotlib的“matplotlib”部分，而不是一般的魔法？ 以防万一其他魔法需要更少的时间运行，所以这个错误不太明显。

这个问题也发生在%gui qt魔法上，虽然我认为它会在某些情况下尝试导入 matplotlib，所以我不确定。

这与 matplotlib 或魔法无关（直接）。 当从一个运行节目的事件循环切换到另一个事件循环时，这几乎可以肯定是一种竞争条件。

我的猜测是这里需要对https://github.com/ipython/ipython/pull/10301/files进行类似的修复。

更新 Spyder 后我遇到了类似的问题

我可以确认 %gui qt 仍在发生这种情况。 我有一堆从笔记本调用的 Qt 东西，在这些笔记本中，我必须手动运行我的第一个单元，等待它完成，然后运行下面的所有内容。