Mayavi: 前景对象顺序不正确（对象可见性错误）

创建于 2018-06-21 · 27评论 · 资料来源: enthought/mayavi

我远不精通 3D viz 并且不确定这是一个 mayavi 问题（如果我吠错了树，请道歉），但我观察到以下意外行为：

环境：

conda，anaconda 3，使用pip install mayavi vtk pyqt5而不是 conda 安装了 mayavi（在遇到与 #652 类似的问题之后）

Debian 4.9.88-1+deb9u1 (2018-05-07) x86_64 GNU/Linux
Name: mayavi
Version: 4.6.0
Name: vtk
Version: 8.1.0
Location: /home/xxxyyy/anaconda3/envs/ELA/lib/python3.6/site-packages

再现

# example from https://stackoverflow.com/a/10740780
from mayavi import mlab
import numpy as np

# Generate some random hypocenters
x, y, z, mag = np.random.random((4, 500))

# Make a curved well bore...
wellx, welly, wellz = 3 * [np.linspace(0, 1.5, 10)]
wellz =  wellz**2

# Plot the hypocenters, colored and scaled by magnitude
mlab.points3d(x, y, z, mag)

# Plot the wellbore
mlab.plot3d(wellx, welly, wellz, tube_radius=0.1)

mlab.show()

彩色球应围绕灰色管道，隐藏其下方的部分。
我确实在不同的 OS-Windows 上使用以前版本的 mayavi 获得了预期的行为（mayavi 版本 TBC，可能是 4.5）

incorrect_foreground

资料来源

jmp75

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最有用的评论

在过去的几周里，我一直在使用 Python3 解决同样的问题（不正确的深度顺序渲染），我想我也会在这里分享我的经验（截至 2019 年 4 月 15 日）。

为了让我们在同一页面上，以下是我正在查看的版本：

玛雅维：4.6.2
特性：5.0.0
特质：6.0.0
视频：8.1.2
设想：4.7.1
pyface：6.0.0
PyQt5：5.12.1
PyQt4: 4.11.4 (_from dpkg_)
PySide: 1.2.2 (_from dpkg_)
PySide2：5.12.2

Mayavi/VTK/traits 可以使用“wx”工具包或“qt4”工具包。使用“qt4”工具包，可以进一步选择指定 QT API；选项是“pyqt”、“pyqt5”、“pyside”和“pyside2”。这些由环境变量 ETS_TOOLKIT（设置为 wx 或 qt4）和 QT_API（设置为 pyqt、pyqt5、pyside 或 pyside2；仅当 ETS_TOOLKIT 设置为 qt4 时适用）指定。

在 Mint 18.3（可能适用于任何 Ubuntu 16.04 变体）下，官方 Python3 是 3.5.2。某些模块可通过 apt/dpkg 获得，但有些模块需要使用 pip 进行安装。我无法为 Python3 安装 wxPython。使用 Qt，结果各不相同：

ETS_TOOLKIT=qt4 和 QT_API=pyqt ：正确呈现
ETS_TOOLKIT=qt4 和 QT_API=pyqt5 ：以错误的顺序呈现
ETS_TOOLKIT=qt4 和 QT_API=pyside ：正确呈现
ETS_TOOLKIT=qt4 和 QT_API=pyside2 ：以错误的顺序呈现

对于 Mint 19.1（可能还有所有 Ubuntu 18.04 变体），结果是相似的。 Python3 版本为 3.6.7；所有模块都和以前一样，除了在这里我可以用 pip3 安装 wxPython (4.0.1)。在这种情况下，设置 ETS_TOOLKIT=wx 会给出正确的深度顺序。至于 qt4 工具包，结果与 Mint 18.3 结果相同（即 pyqt 和 pyside 渲染正确；pyqt5 和 pyside2 没有）。

我尝试从源代码编译 PySide2 并且能够编译它；然而，渲染仍然是错误的。

我还尝试使用 pyenv 来测试不同版本的 Python3（特别是 3.5.2 和 3.7.3）。在这两种情况下，我都可以通过 pip3 安装必要的模块，除了官方 PySide 代码不支持高于 3.4 的 Python 版本。 PySide2 可用，PyQt5 也可用；这些都不能正常工作。我无法编译 wxPython。

说到这里，我在想是不是VTK的问题，而是QT的问题（我现在已经放弃wxPython了）。但奇怪的是，在我的工作笔记本电脑（使用 Mint 18.3）上，使用 pyenv 我运行了 Python 3.7.3，在这种情况下，深度顺序被正确呈现——使用 PyQt5 或 PySide2（而在我的家用笔记本电脑上， QT_API 给出了错误的深度顺序）。那么有什么不同呢？据我所知，唯一的区别是 OpenGL/GLX 驱动程序：我的家用笔记本电脑运行 SGI 驱动程序（据 glxinfo 报告），而我的工作笔记本电脑使用 NVIDIA 驱动程序。

最后，我还尝试使用 VirtualBox（带有 xfce 的 Mint 19.1）运行几个测试。我仍在尝试不同的组合，但到目前为止结果是相同的。（glxinfo 将 OpenGL/GLX 驱动程序报告为 SGI）。

sid5432 于 2019-04-16

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所有27条评论

我似乎对放置在“地球”周围的 plot3d 点有同样的问题：

    sphere = mlab.points3d(0, 0, 0, scale_mode='none',
                           scale_factor=2,
                           # color=(0.67, 0.77, 0.93),
                           color=ocean_blue,
                           resolution=50,
                           opacity=.85,
                           name='Earth')
    #
    # These parameters, as well as the color, where tweaked through the GUI,
    # with the record mode to produce lines of code usable in a script.
    sphere.actor.property.specular = 0.45
    sphere.actor.property.specular_power = 5
    # Backface culling is necessary for more a beautiful transparent
    # rendering.
    sphere.actor.property.backface_culling = True

chiranthsiddappa 于 2018-06-24

+1 用于 pyqt/pyside 后端，使用[email protected]和[email protected]在 Debian 拉伸上进行测试

jeasinema 于 2018-07-03

这是 VTK 的一个普遍问题，之前在 #574 和 #491 中已经出现过。我没有时间探索这个或找到解决方案。

prabhuramachandran 于 2018-07-04

@jmp75我遇到了同样的问题

lhvalentini 于 2018-07-18

@lhvalentini我在 Windows 10 上使用 Anaconda 2 (python 2.7.15) 和包 mayavi 4.5.0 和 vtk 6.3.0 进行这项工作。

jmp75 于 2018-07-23

伙计们，如果这是不透明度的问题，那就是另一个问题了。

我尝试了 OPs 代码，它对我来说工作正常。如果这是特定于操作系统的问题，那么它可能是您的驱动程序的问题，因为它在我的 Mac OS 机器上绝对适合我的 VTK 8.1.1 和来自 master 的 Mayavi。我怀疑 Mayavi 中是否有任何改变来解决这个问题。

prabhuramachandran 于 2018-08-26

@prabhuramachandran我会看看我是否可以进一步诊断以隔离（a）根本原因；事实上，mayavi 不太可能是需要修复的地方，但如果我能指出一些有用的东西，我会在这个线程中报告。

jmp75 于 2018-08-27

我可以在 RHEL 7、PyQt5 和 Mayavi 4.6.2 上重现该问题（使用上面的彩色球示例）。通过卸载 PyQt5 并安装 wxPython，我已经能够使其正常工作。不幸的是，我需要 PyQt5。在我使用的两台机器之一上，我可以在 VirtualGL 下运行它（仍然使用 RHEL 7、PyQt5 和 Mayavi 4.6.2），问题就消失了。但是，在另一台机器（生产机器）上，VirtualGL 导致 Mayavi 崩溃。

关于如何在使用 PyQt5 时解决此问题的任何建议？

gregoryrd 于 2018-11-02

我在 PyQt5 中而不是在 wxPython 中重现了问题这一事实是否提供了任何线索？

gregoryrd 于 2018-11-02

我在 Linux Mint 18、64 位（Anaconda、Python 3.6、Qt 5.6.2、pyqt 5.6.0、VTK 8.1.1、Mayavi 4.6.2，从 conda-forge 安装）上有类似的问题。

如果我只运行 vanilla mlab.test_points3d()对象顺序是不正确的：

test
test2
我尝试尝试上述设置scene.renderer.use_depth_peeling和f.scene.renderer.maximum_number_of_peels ，但没有成功。
任何想法可能是什么原因？

solarjoe 于 2018-11-11

更新。这个问题看起来像是 Linux 上的 Qt5 问题。我可以在我的 ubuntu 机器上看到这个，但在 OS X 上看不到。不确定 Windows。我没有看到它带有 Qt4 后端。所以当我们使用 Qt5 和 QVTKRenderWindowInteractor 时，看起来渲染有点混乱。我也向上游的 VTK 人员报告了这个问题。我不确定是什么问题。

prabhuramachandran 于 2018-11-12

同样的问题在这里。我搬回 Qt4，一切正常。

ronceray 于 2019-01-23

👍2

我在带有 Qt4 的 Linux 上遇到了这个问题（用 ipython 的 %gui qt4 激活）。虽然可能是因为我有英特尔显卡（已知问题中已经提到了一些相关的东西）。

bsxfun 于 2019-01-28

我也必须安装 Qt4；在此之前以某种方式将“qt4”放在选项中并没有产生错误消息，而是使用了 Qt5。

ronceray 于 2019-02-01

👍2

好吧，我没有意识到 qt4 没有安装在我的一端（实际上， @ronceray ，它不会产生错误）...

PyQt 4.12.3 没有运行，但我能够让它与 4.12.1 版本一起工作。

比 PyQt5 慢得多，但它没有这个前景问题……让我免于设置另一张显卡！

bsxfun 于 2019-02-01

我从 Fedora 27 -> Fedora 29 升级并安装了最新的 NVIDIA 图形驱动程序。在此之后，mayavi 使用 pyqt5 按预期执行。

derekbrokeit 于 2019-03-11

在过去的几周里，我一直在使用 Python3 解决同样的问题（不正确的深度顺序渲染），我想我也会在这里分享我的经验（截至 2019 年 4 月 15 日）。

为了让我们在同一页面上，以下是我正在查看的版本：

玛雅维：4.6.2
特性：5.0.0
特质：6.0.0
视频：8.1.2
设想：4.7.1
pyface：6.0.0
PyQt5：5.12.1
PyQt4: 4.11.4 (_from dpkg_)
PySide: 1.2.2 (_from dpkg_)
PySide2：5.12.2

ETS_TOOLKIT=qt4 和 QT_API=pyqt ：正确呈现
ETS_TOOLKIT=qt4 和 QT_API=pyqt5 ：以错误的顺序呈现
ETS_TOOLKIT=qt4 和 QT_API=pyside ：正确呈现
ETS_TOOLKIT=qt4 和 QT_API=pyside2 ：以错误的顺序呈现

我尝试从源代码编译 PySide2 并且能够编译它；然而，渲染仍然是错误的。

sid5432 于 2019-04-16

👍6

VTK ML 上的这个线程似乎提到了同样的问题。不幸的是，它没有得到答复......

nlgranger 于 2019-04-16

👍1

凭直觉，我在我的 Debian 笔记本电脑上尝试了一些值得报告的东西。这是Debian wiki 中描述的 NVIDIA Optimus 笔记本电脑。这些系统上基本上有两种显卡：NVIDIA 和 Intel。

小故事：所有其他事情都与我发布的原始测试脚本相同，在 Intel 卡上渲染不正确，但在 NVIDIA 硬件上正确渲染。

环境（相关包）：

envisage                  4.7.2                    pypi_0    pypi
mayavi                    4.6.2                    pypi_0    pypi
pyface                    6.0.0                    pypi_0    pypi
pygments                  2.3.1                    pypi_0    pypi
pyqt5                     5.12.2                   pypi_0    pypi
pyqt5-sip                 4.19.17                  pypi_0    pypi
python                    3.6.8                h0371630_0  
traits                    5.1.1                    pypi_0    pypi
traitsui                  6.0.0                    pypi_0    pypi
vtk                       8.1.2                    pypi_0    pypi

有关如何使用optirun请参阅Debian wiki 。 optirun python ~/src/tmp/qtbug.py工作正常。为了说明有/没有optirun的区别，使用示例应用程序：

glxgears -info返回

GL_RENDERER   = Mesa DRI Intel(R) HD Graphics 630 (Kaby Lake GT2) 
GL_VERSION    = 3.0 Mesa 18.3.4
GL_VENDOR     = Intel Open Source Technology Center

而optirun glxgears -info

GL_RENDERER   = Quadro M1200/PCIe/SSE2
GL_VERSION    = 4.6.0 NVIDIA 418.56
GL_VENDOR     = NVIDIA Corporation

jmp75 于 2019-05-08

再补充一点，在戴尔 Precision 5520 上的 Arch Linux 上，我看到问题在英特尔芯片上运行，但不是通过optirun使用 nvidia 卡。这是通过 Arch 的官方存储库安装的 Python 3.7、Qt5 和 mayavi。

chrisjbillington 于 2019-05-22

同样的问题，使用 PyQt5 后端运行 mayavi 会导致在 Debian Stretch 上使用 Mesa/SGI 驱动程序的渲染顺序不正确，但它适用于ETS_TOOLKIT=wx环境变量集。

agarret7 于 2019-09-12

我通过使用 wxPython 而不是 PyQt 解决了这个问题。

gstfrr 于 2019-12-18

该线程在解决问题方面非常宝贵，非常感谢您的评论。

同样的问题，无法与 wx 一起使用，所以安装了 python-pyqt4，设置了ETS_TOOLKIT=qt4和QT_API=pyqt ，这已经解决了。

jolaem 于 2019-12-19

我想为上述配置之一添加另一个确认。我正在使用 Ubuntu 18.04 作为操作系统的 Linux 机器上工作。我的系统有一个英特尔显卡。我正在使用 anaconda3 为带电粒子的运动设置动画。最终结果应该是一条螺旋线，一条线穿过它的中心。对于带有 mayavi 4.6.2、vtk 8.1.2 和 pyqt 5.9.2 的 Python 3.6.8 环境，我得到如下信息：
snapshot
请注意，红线似乎在螺旋线之外，这是错误的。

为了解决这个问题，我在 anaconda3 中创建了一个新的 Python 3.5 环境并按以下顺序安装了软件包：

来自 conda-forge 的 pyqt 4.11.4
来自 pypi 的 vtk 8.1.2
来自 conda-forge 的 mayavi 4.6.2

并使用在我的 shell 中设置相关变量
出口 ETS_TOOLKIT=qt4
导出 QT_API=pyqt

并运行我的代码以获得正确的图表，如下所示
snapshot_right .
感谢上面所有想出它的聪明人。干杯!

rahulgaur104 于 2020-04-20

👍1

在今天早些时候重现问题（使用上面的彩色球示例）后，我能够在包含以下内容的 conda 环境中解决问题：

1）Python 3.8.5
2) VTK 9.0.1（使用 whl 文件安装）
3）pyqt5
4) Mayavi (4.7.3.dev0) 的最新“出血边缘”版本。

那么也许 VTK 9 解决了这个问题？

gregoryrd 于 2020-10-23

我可以确认带有 pyqt5 和 Mayavi 4.7.2（来自 conda-forge）的 VTK 9.0.1 解决了这个问题。

bburan 于 2020-10-23

是的，我可以确认这个问题现在已经用 VTK-9.0.1 和最新的 Mayavi 解决了，尽管看起来 VTK 是修复的源头。我在一台 Linux 机器上进行了测试，这台机器以前曾经失败过。这很棒。感谢您报告它。

prabhuramachandran 于 2020-10-24

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