Devtools: @importFrom 更改时命名空间不会删除旧信息

您使用的是最新版本的 roxygen2 吗？ 它应该每次都从头开始重新创建 NAMESPACE 文件。

是的，我使用的是 roxygen2 v3.0.0

会话信息（）
R 版本 3.0.2 (2013-09-25)
平台：x86_64-apple-darwin10.8.0（64位）

语言环境：
[1] en_US.UTF-8/en_US.UTF-8/en_US.UTF-8/C/en_US.UTF-8/en_US.UTF-8

附加的基础包：
[1] 统计图形数据集 grDevices utils 方法库

其他附加包：
[1] plyr_1.8 ...
extrafont_0.15
[25] roxygen2_3.0.0 testthat_0.7.1
[27] 开发工具_1.4.1

通过命名空间加载（未附加）：
[1] biglm_0.9-1 boot_1.3-9 brew_1.0-6 cluster_1.14.4 codetools_0.2-8
[6] colorspace_1.2-4 corrplot_0.73 data.table_1.8.10 dichromat_2.0-0 digest_0.6.4
[11] evaluate_0.5.1 extrafontdb_1.0 formatR_0.10 Formula_1.1-1 ggplot2_0.9.3.1
[16] gmp_0.5-11 grid_3.0.2 gtable_0.1.2 Hmisc_3.13-0 httr_0.2
[21] knitr_1.5 labeling_0.2 lattice_0.20-24 lubridate_1.3.3 MASS_7.3-29
[26] memoise_0.1 munsell_0.4.2 parallel_3.0.2 proto_0.3-10 R.cache_0.9.0
[31] R.methodsS3_1.5.2 R.oo_1.15.8 R.utils_1.28.4 RColorBrewer_1.0-5 RCurl_1.95-4.1
[36] reshape2_1.2.2 rjson_0.2.13 Rttf2pt1_1.2 scales_0.2.3 splines_3.0.2
[41] stringr_0.6.2 生存_2.37-4 工具_3.0.2 晶须_0.3-2 xtable_1.7-1

你确定你在别处没有其他<strong i="5">@importFrom</strong> x y吗？

没有什么明显的，但似乎我必须在我没想到的地方留下一些挥之不去的东西。 我会继续寻找； 很抱歉打扰了。

我重新打开这个问题是因为我已经能够创建一个产生与@importFrom相关的错误的 MWE（尽管我不完全确定与我的原始帖子相关）。

我用准系统文件构建了一个骨架包，只编辑了help.R文件，非常简单：

#' <strong i="9">@docType</strong> package
#'
#' <strong i="10">@importFrom</strong> plyr ddply
NULL

当我调用document(package_directory, clean = TRUE) （其中package_directory是一个保存包路径的变量）时，一切正常。 现在，我将help.R更改为：

#' <strong i="17">@docType</strong> package
#'
#' <strong i="18">@importFrom</strong> plyr
NULL

并调用document(package_directory, clean = TRUE) ，这会导致错误，如预期的那样：

Error in asChar(ivars) : 
  empty name in directive 'importFrom' in 'NAMESPACE' file

现在，让我们返回并修复help.R使其恢复原状：

#' <strong i="27">@docType</strong> package
#'
#' <strong i="28">@importFrom</strong> plyr ddply
NULL

当我调用document(package_directory, clean = TRUE)时，令人惊讶的是，我仍然得到了打破help.R时遇到的错误。 我原以为它会在这里工作得很好，因为document忽略了NAMESPACE文件。

另一个转折是，如果不是在破坏事物后使用document ，而是使用roxygenize ，它可以正常工作。

根据roxygen文档，“如果你有一个简单的包，你可以使用roxygenise() ，但对于更复杂的东西，我建议你使用document() 。” 那么，为什么document在这里不起作用而roxygenize在这里起作用呢？ 什么时候应该使用它们？

至于版本，我是最新的：

> sessionInfo()
R version 3.0.3 (2014-03-06)
Platform: x86_64-apple-darwin10.8.0 (64-bit)

locale:
[1] en_US.UTF-8/en_US.UTF-8/en_US.UTF-8/C/en_US.UTF-8/en_US.UTF-8

attached base packages:
[1] stats     graphics  datasets  grDevices utils     methods   base     

other attached packages:
[1] plyr_1.8.1     extrafont_0.16 roxygen2_3.1.0 testthat_0.8.1 devtools_1.4.1

啊，问题是document()首先需要运行load_all()来加载包，一旦你破坏了命名空间，就无法加载它。 在这种情况下，我通常只是撤消 git 中的更改。

删除命名空间文件并执行 load_all()，然后执行 devtools::docuement()。 它应该做的工作。

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