Shinyproxy: 在运行时使用 Shinyproxy application.yml 传递 SQL 凭据

创建于 2020-10-27 · 5评论 · 资料来源: openanalytics/shinyproxy

你好，

我有一个带有 ldap 身份验证的工作 Shinyproxy 应用程序。但是，为了从 SQL 数据库中检索数据，我现在在 R 代码中使用（不推荐）硬编码的连接字符串，其中包含此处提到的凭据（我使用服务用户，因为我的最终用户无权查询数据库）：

con <- DBI::dbConnect(odbc::odbc(), encoding = "latin1", .connection_string = 'Driver={Driver};Server=Server;Database=dbb;UID=UID;PWD=PWD')

我试图用一个环境变量替换这个连接字符串，我从我的 linux 主机传递到容器。 R 代码现在更改为：

connString <- Sys.getenv("CONNSTRING")
connString <- sub("\\\\","\\", connString)
con <- DBI::dbConnect(odbc::odbc(), encoding = "latin1", .connection_string = connString)

这在 ShinyProxy 之外运行容器时工作正常，因此通过在运行时使用以下 docker 命令传递环境变量：

docker run -it --env-file .env.list app123

进入正在运行的容器并输入'env'时也会找到环境变量。

但是，在使用 ShinyProxy 时，我不清楚如何在运行时在 yaml 配置文件和 bash-command 中配置它。如何为应用程序容器定义参数 container-env-file？我如何在运行时传递语句 --env-file .env.list 以便在链接的容器中提取它？

我的应用程序 yaml 现在看起来像这样（我故意将 ldap 配置留空）：

proxy:
  port: 8080
  authentication: ldap
  admin-groups: admins
  ldap:
    url: url
    manager-dn: manager-dn
    manager-password: manager-password
    user-search-base: user-search-base
    user-search-filter: user-search-filter
    group-search-filter:  group-search-filter
    group-search-base: group-search-base  
  docker:
      internal-networking: true
  specs:
  - id: 01_ok
    display-name: dashboard
    description: Dashboard 
    container-cmd: ["R", "-e", "shiny::runApp('/root/R')"]
    container-image: hberten/app123
    container-env-file: .env.list
    container-network: shineyproxyn-net
    access-groups: [GG_APP_ShinyProxy]

logging:
  file:
    shinyproxy.log

然后我运行以下命令来启动 ShinyProxy 容器：

sudo docker run -d --env-file ~/.env.list -v /var/run/docker.sock:/var/run/docker.sock --net shineyproxyn-net -p 8080:8080 hberten/shinyproxy

在这里找到

任何帮助表示感谢！

question

资料来源

Bertusian

最有用的评论

我将尝试更清楚地解释：您有一个主机系统和 2 个容器：一个在外部运行 Shinyproxy，另一个在您的应用程序内部。
通过在您的主机系统上运行docker run --env-file ... ，您可以将主机系统上该文件的环境变量作为 env vars 提供给外部容器。现在您可以使用container-env变量将它们进一步传递到内部容器。
或者，您可以将带有文件的主机文件夹安装到外部容器中，然后您可以使用container-env-file变量使该文件中的环境变量在内部容器中可用。

第二种选择的示例命令可能类似于：

sudo docker run -d -v /home/envs:/tmp/envs -v /var/run/docker.sock:/var/run/docker.sock --net shineyproxyn-net -p 8080:8080 hberten/shinyproxy

假设您的 .env.list 文件位于主机上的 /home/envs/ - 您可以在 /tmp/envs/env.list 下的外部容器中使用卷挂载 - 现在您可以使用container-env-file: /tmp/envs/.env.list在您的 application.yml 中

第一种选择的示例是使用您的原始命令，然后在 application.yaml 中使用container-env和类似的内容：

container-env:
  VAR11: "${VAR1}"
  VAR22: "${VAR2}"

其中 VAR1 和 VAR2 是在主机上的文件中定义的环境变量，因此可用作外部容器中的环境变量，在这里您将它们作为 VAR11 和 VAR22 传递给内部容器（例如，您当然也可以使用相同的名称)

mnazarov 于 2020-10-28

👍3

所有5条评论

嗨@Bertusian ，
我认为问题在于您在容器中运行 Shinyproxy 本身，因此您需要在该容器内提供.env.list文件（通过卷安装它），或者将container-env与 env 一起使用您通过 docker run 命令中的文件传递的变量。另外，我相信container-env-file需要绝对路径。

mnazarov 于 2020-10-27

嗨@姆纳扎罗夫。

事实上，我正在一个容器中运行 Shinyproxy。您最终能否提供一个用于启动 Shinyproxy 容器（安装了 .env.list 卷）的运行时命令示例，然后它会被 R-app 容器捕获吗？我认为 .env.list 是通过添加 --env-file ~/.env.list 来提供的（在没有shinyproxy的情况下运行容器时有效）。
我还需要调整 application.yml 吗？对我来说仍然不是很清楚。感谢任何帮助或例子......

Bertusian 于 2020-10-27

第二种选择的示例命令可能类似于：

sudo docker run -d -v /home/envs:/tmp/envs -v /var/run/docker.sock:/var/run/docker.sock --net shineyproxyn-net -p 8080:8080 hberten/shinyproxy

第一种选择的示例是使用您的原始命令，然后在 application.yaml 中使用container-env和类似的内容：

container-env:
  VAR11: "${VAR1}"
  VAR22: "${VAR2}"

mnazarov 于 2020-10-28

👍3

我的天啊。这很棒！现在它起作用了。我还没有尝试过第一个建议（但稍后会尝试），但是您的第二个解决方案直接做到了！我知道我很近，但找不到它。

非常感谢！！

你们用 ShinyProxy 做的很棒的事情。

Bertusian 于 2020-10-28

👍2

我很高兴它奏效了！

mnazarov 于 2020-10-28

此页面是否有帮助？

0 / 5 - 0 等级

Shinyproxy: 在运行时使用 Shinyproxy application.yml 传递 SQL 凭据

最有用的评论

所有5条评论

相关问题