Pecan: Leerzeichenprobleme in sipnet.out

Erstellt am 29. Jan. 2019  ·  38Kommentare  ·  Quelle: PecanProject/pecan

Fehlerbeschreibung

Hier ist ein interessanter:

```0 0,00 1,799 2,504 0,065 1,865 2,438 4,303 0,00927986 0,0000 0,9355
0 1990 61 12,00 18220,08 4009.33 40119,38 5,00 9992,40 561,10 280,00 0,500 12,00 1,000 1,87 18,10 -15,65 -22512,25 20,32 2,158 2,521 0,066 2,224 2,455 4,679 0,09623698 0,3799 0,9355
0 1990 61 18,00 18242,48 4010,38 40120,27 5,00 9993,55 562,48 280,00 0,500 11,98 0,999 1,60 27,63 -25,17 -22537,41 30,63 2,935 2,525 0,066 3,001 2,460 5,460 0,26431242 1,0560 0,9355
0 1990 62 0,00 18260,90 4011,44 40121,20 5,00 9994,72 563,88 280,00 0,500 11,98 0,998 1,46 23,69 -21,25 -22558,66 26,08 2,324 2,506 0,065 2,389 2,441 4,830 0,13752464 0,5463 0,9355
0 1990 62 6,00 18252,77 4012,71 40122,15 5,00 9996,09 565,68 280,00 0,500 12,00 0,999 1,35 -2,23 4,67 -22553,99 0,00 2,169 2,506 0,065 2,234 2,440 4,674 0,01249517 0,0000 0,9355
0 1990 62 12,00 18275,91 4013,97 40123,09 5,00 9997,44 567,46 280,00 0,500 11,97 0,999 1,18 29,01 -26,57 -22580,56 31,52 2,444 2,513 0,065 2,509 2,448 4,957 0,18131000 0,7240 0,9355
0 1990 62 18,00 18298,67 4015,49 40124,08 5,00 9999,05 569,75 280,00 0,500 12,00 0,999 0,92 29,41 -26,97 -22607,53 32,34 2,865 2,505 0,065 2,930 2,439 5,370 0,28156178 1,0538 0,9356
0 1990 63 0,00 18312,51 4016,98 40125,09 5,0010000.62 571,95 280,00 0,500 12,00 1,000 0,80 20,40 -17,97 -22625,50 22,71 2,244 2,496 0,065 2,308 2,431 4,739 0,12983690 0,4781 0,9356
0 1990 63 6,00 18303,16 4018,68 40126,12 5,0010002,39 574,56 280,00 0,500 12,00 1,000 0,71 -2,17 4,60 -22620,90 0,00 2,105 2,497 0,065 2,170 2,432 4,602 0,00447029 0,000 0,9356
0 1990 63 12,00 18322,13 4020,37 40127,15 5.0010004.15 577,15 280,00 0,500 11,98 0,999 0,56 26,12 -23,68 -22644,58 28,55 2,363 2,503 0,065 2,428 2,438 4,866 0,16069134 0,6428 0,9356
0 1990 63 18,00 18342,92 4022,34 40128,23 5.0010006.18 580,27 280,00 0,500 12,00 0,999 0,29 28,80 -26,36 -22670,95 31,79 2,924 2,497 0,065 2,990 2,432 5,421 0,28407539 1,0538 0,9356
0 1990 64 0,00 18347,64 4024,29 40129,33 5.0010008.19 583,34 280,00 0,500 12,00 1,000 0,21 12,66 -10,24 -22681,18 14,79 2,063 2,486 0,065 2,128 2,422 4,549 0,07714610 0,2811 0,9356
0 1990 64 6,00 18337,33 4026,38 40130,45 5.0010010,34 586,69 280,00 0,500 12,00 1,000 0,18 -1,93 4,36 -22676,83 0,00 1,862 2,493 0,065 1,927 2,429 4,355 0,01667615 0,0000 0,9356
0 1990 64 12,00 18349,55 4028,47 40131,57 5.0010012,48 590,02 280,00 0,500 12,00 1,000 0,06 20,59 -18,15 -22694,98 22,88 2,220 2,507 0,065 2,286 2,442 4,728 0,13080908 0,4895 0,9356
0 1990 64 18,00 18371,20 4030,78 40132,71 5.0010014,83 593,75 280,00 0,500 11,93 0,997 0,00 30,65 -28,21 -22723,19 33,36 2,644 2,510 0,065 2,709 2,445 5,154 0,28118085 1,0560 0,9357
0 1990 65 0,00 18372,05 4033,20 40133,91 5,0010017,29 597,70 280,00 0,500 11,86 0,991 0,00 10,22 -7,79 -22730,98 12,29 2,013 2,487 0,065 2,078 2,422 4,500 0,07972388 0,2320 0,9357
0 1990 65 6,00 18360,77 4035,63 40135,12 5,0010019,76 601,65 280,00 0,500 11,85 0,988 0,00 -1,88 4,30 -22726,68 0,00 1,818 2,483 0,066 1,883 2,417 4,301 0,02607537 0,0000 0,9357


in the above, you can see that in the raw sipnet.out for US-Me2 for dates 1980-2010 using CRUNCEP we get a collapse of whitespace which then crashes pecan's model2netCDF with this error:

sipnet_output <- read.table(sipnet_out_file, header = T, skip = 1, sep = "")
Fehler beim Scannen (Datei = Datei, Was = Was, Sep = Sep, Zitat = Zitat, Dez = Dez, :
Zeile 14861 hatte keine 28 Elemente


Namen (sipnet_output)
[1] "loc" "Jahr" "Tag"
[4] "time" "plantWoodC" "plantLeafC"
[7] „Boden“ „MikrobeC“ „grobe Wurzel“
[10] „fineRootC“ „Wurf“ „WurfWasser“
[13] "BodenWasser" "BodenFeuchtigkeitFrac" "Schnee"
[16] "npp" "nee" "cumNEE"
[19] "gpp" "rAboveground" "rSoil"
[22] "rRoot" "ra" "rh"
[25] "rtot" "evapotranspiration" "fluxestraspiration"
[28] "fPAR"
```

Sieht aus wie "coarseRootC", basierend auf den "Namen" der Ausgabe

Fortpflanzen

Führen Sie SIPNET (v136) auf US-Me2 für die Daten vom 1980/01/31 bis 2010/12/31 aus und versuchen Sie dann, die Ausgaben in netCDF zu parsen. Aus irgendeinem Grund tut es dies in den meisten, aber nicht in allen sipnet.out-Dateien für meinen Lauf?

Ich bin mir nicht wirklich sicher, wie man mit diesem fortfahren soll.

Bug Question models - SIPNET 02 - Normal Stale

Alle 38 Kommentare

Das ist doch sicher noch jemandem aufgefallen? Ich habe das bisher NUR bei US-Me2 getroffen......jemand sonst?

Meine derzeitige "Lösung" besteht darin, von der Verwendung von PFT "boreal.coniferous" zu "
temperate.needleleaf.evergreen", was sowieso genauer ist, aber das ist wahrscheinlich ein SIPNET-Bug

Ich erinnere mich, dass ich auf diesen Fehler gestoßen bin. Es ist schon eine Weile her, also erinnere ich mich nicht mehr ganz an die Details, aber ich denke, meine Lösung bestand darin, den SIPnet-Code selbst zu ändern, um mehr Ziffern in fprinf zuzulassen

@istfer Danke! @para2x versucht, den SDA-Code auszuführen, und dies tritt nur auf, während ich meine Sipnet-Läufe einrichte, insbesondere wenn ich das boreal.coniferous PFT verwende. Konnten Sie Websites mit diesem PFT betreiben? Es scheint, dass jedes Mal, wenn ich versuche, dieses PFT zu verwenden, dieses Problem fehlschlägt. Vielleicht verwenden Sie die Modell-Binärdatei, die @istfer nach der Aktualisierung des Codes erstellt hat, wie sie es erwähnt.

Sieht so aus, als ob das Problem so ist, wie Sie es mit grobRootC gesagt haben, speziell mit dem Wert 5.0010000.62 . Dies ist eine Verkettung von 5,00 und 10000,62. Wie groß darf grobRootC sein? Im Moment wird ein Maximum von 9999,99 angenommen. Wie @serbinsh sagte, möchten wir vielleicht nur einige zusätzliche Leerzeichen hinzufügen, damit es richtig passt. Dadurch sollten keine vorhandenen Dateien beschädigt werden.

@robkooper Ich vermute, dass das Problem in der Parametrisierung dieser PFT durch Pekannuss liegt, da ich in SIPNET sehr große resultierende Parameter für Roots mit einigen Pfts gefunden habe, die dann wahrscheinlich große Root-Pools in SIPNET erstellen. Ich mag die Idee, nur das Maximum zu erhöhen .... obwohl dies möglicherweise nur unsinnigere Zahlen ausspucken lässt.

Vielleicht verwenden Sie die Modell-Binärdatei, die @istfer nach der Aktualisierung des Codes erstellt hat, wie sie es erwähnt.

Ja, ich will. Ich habe meine XML-Dateien in Istems erstellt, wobei wir explizit ein Tag in XML haben, das auf eine Version von SIPNET verweist.

Ja, das ist im Allgemeinen ein Problem, da ich jetzt bei meinen SDA-Testläufen auf dieses Problem stoße .... was in diesem Fall nicht mit boreal.coniferous pft zusammenhängt, außer vielleicht, weil die Parameterdatei für IC auf Bartlet basiert, was IST ein BC-Pft, @para2x? die Gedanken?

> require (PEcAn.SIPNET)
Loading required package: PEcAn.SIPNET
Loading required package: PEcAn.data.atmosphere
>     model2netcdf.SIPNET('/data/sserbin/Modeling/sipnet/NASA_CMS/SDA/out/ENS-00013-1000025731', 40.6658, -77.904, '1980/01/01', '2010/12/31', FALSE, 'r136')
Error in scan(file = file, what = what, sep = sep, quote = quote, dec = dec,  :
  line 11126 did not have 28 elements
Calls: model2netcdf.SIPNET -> read.table -> scan
Execution halted

Ich weiß wirklich nicht genug über den SIPNET-Code selbst, um hier einen Vorschlag zu machen.

Keine Sorge, @para2x mein Q war mehr darüber, wie Sie die Datei https://github.com/PecanProject/pecan/blob/develop/modules/assim.sequential/inst/MultiSite-Exs/SDA/Bartlett.param verwenden, die kann einen Parameterwert haben, der RootC beeinflusst, der wirklich große Werte verursacht

Der einzige Grund, warum ich Bartlett.param besteht darin, das Ausgangsholz der Pflanze anzugeben, das die erste Reihe ist. Sie könnten hier zwei Dinge versuchen: Zum einen wird diese Datei nicht verwendet oder nur die erste Zeile beibehalten.

Jemand von BU, könnten Sie mir sagen, wie Ihre Datei sipnet.c in den Zeilen 782-785 und 813 aussieht? Das ist für BETY-Modell-ID-Nummer 1000000014. Ich möchte sehen, ob dies eine Version ist, bei der die Ausgabe bearbeitet wurde

Ich denke das ist es

der letzte Variablenname im Header nach LAI ist irgendwie abgeschnitten, aber es sollte eine Holzerstellung sein (und beachten Sie, dass dies möglicherweise nicht in anderen sipnet.c-Dateien enthalten ist, dies war ein anderer Tracker, den ich erstellt habe (ich hätte ihn unter ein anderes sipnet verschieben sollen) Ausführung)

void outputHeader(FILE *out) {
  fprintf(out, "Notes: (PlantWoodC, PlantLeafC, Soil and Litter in g C/m^2; Water and Snow in cm; SoilWetness is fraction of WHC;\n");
  fprintf(out, "loc year day time plantWoodC plantLeafC ");

        #if SOIL_MULTIPOOL
            int counter;

            for(counter=0; counter<NUMBER_SOIL_CARBON_POOLS; counter++) {
                fprintf(out, "soil(%8.2f) ",envi.soil[counter]);
            }
                fprintf(out,"totSoilC ");

        #else
            fprintf(out, "soil ");
        #endif

            fprintf(out, "microbeC ");
            fprintf(out, "coarseRootC fineRootC ");
  fprintf(out, "litter litterWater soilWater soilWetnessFrac snow ");
  fprintf(out, "npp nee cumNEE gpp rAboveground rSoil rRoot ra rh rtot evapotranspiration fluxestranspiration fPAR LAI ation\n");
}

// pre: out is open for writing
// print current state to output file
void outputState(FILE *out, int loc, int year, int day, double time) {


        fprintf(out,"%8d %4d %3d %5.2f %8.2f %8.2f ",loc,year,day,time,envi.plantWoodC,envi.plantLeafC);


        #if SOIL_MULTIPOOL
            int counter;

            for(counter=0; counter<NUMBER_SOIL_CARBON_POOLS; counter++) {
                fprintf(out, "%8.2f ",envi.soil[counter]);
            }
                fprintf(out,"%8.2f ",trackers.totSoilC);



        #else
            fprintf(out, "%8.2f ",envi.soil);
        #endif



            fprintf(out, "%8.2f ", envi.microbeC);

            fprintf(out, "%8.2f %8.2f", envi.coarseRootC,envi.fineRootC);

    fprintf(out, " %8.2f %8.3f %8.2f %8.3f %8.2f ",
         envi.litter, envi.litterWater, envi.soilWater, trackers.soilWetnessFrac, envi.snow);
    fprintf(out,"%8.2f %8.2f %8.2f %8.8f %8.3f %8.3f %8.3f %8.3f %8.3f %8.3f %8.8f %8.4f %8.4f %8.4f %8.4f\n", trackers.npp, trackers.nee, trackers.totNee, trackers.gpp, trackers.rAboveground,
           trackers.rSoil, trackers.rRoot, trackers.ra, trackers.rh, trackers.rtot, trackers.evapotranspiration, fluxes.transpiration, trackers.fpar, trackers.LAI, trackers.wcr);

//note without modeling root dynamics

//trackers.fa, trackers.fr, fluxes.rLeaf*climate->length,trackers.evapotranspiration

}

Ja, nicht dasselbe in meinem sipnet.c, das die Basis von r136 ist

Linien 787-840

// pre: out is open for writing
// print current state to output file
void outputState(FILE *out, int loc, int year, int day, double time) {


                fprintf(out,"%8d %4d %3d %5.2f %8.2f %8.2f ",loc,year,day,time,envi.plantWoodC,envi.plantLeafC);


                #if SOIL_MULTIPOOL
                        int counter;

                        for(counter=0; counter<NUMBER_SOIL_CARBON_POOLS; counter++) {
                                fprintf(out, "%8.2f ",envi.soil[counter]);
                        }
                                fprintf(out,"%8.2f ",trackers.totSoilC);



                #else
                        fprintf(out, "%8.2f ",envi.soil);
                #endif



                        fprintf(out, "%8.2f", envi.microbeC);

                        fprintf(out, "%8.2f %8.2f", envi.coarseRootC,envi.fineRootC);

        fprintf(out, " %8.2f %8.3f %8.2f %8.3f %8.2f ",
                 envi.litter, envi.litterWater, envi.soilWater, trackers.soilWetnessFrac, envi.snow);
        fprintf(out,"%8.2f %8.2f %8.2f %8.2f %8.3f %8.3f %8.3f %8.3f %8.3f %8.3f %8.8f %8.4f %8.4f\n", trackers.npp, trackers.nee, trackers.totNee, trackers.gpp, trackers.rAboveground,
           trackers.rSoil, trackers.rRoot, trackers.ra, trackers.rh, trackers.rtot, trackers.evapotranspiration, fluxes.transpiration, trackers.fpar);

//note without modeling root dynamics

//trackers.fa, trackers.fr, fluxes.rLeaf*climate->length,trackers.evapotranspiration
}

void outputStatecsv(FILE *out, int loc, int year, int day, double time) {
  fprintf(out, "%8d , %4d , %3d , %5.2f , %8.2f , %8.2f , ", loc, year, day, time,
                envi.plantWoodC, envi.plantLeafC);

        #if SOIL_MULTIPOOL
                fprintf(out, "%8.2f ,", trackers.totSoilC);
        #else
                fprintf(out, "%8.2f ,", envi.soil);
        #endif

        fprintf(out, "%8.2f , %8.3f, %8.2f , %8.3f , %8.2f , %8.2f , %8.2f , %8.2f , %8.2f , %8.3f , %8.3f , %8.3f, %8.3f , %8.3f , %8.3f %8.8f %8.4f %8.4f\n",
          envi.litter, envi.litterWater, envi.soilWater, trackers.soilWetnessFrac, envi.snow,
          trackers.npp, trackers.nee, trackers.totNee, trackers.gpp, trackers.rAboveground, trackers.rSoil, trackers.rRoot, trackers.ra, trackers.rh, trackers.rtot, trackers.evapotranspiration, fluxes.transpiration, trackers.fpar);

}

Ich werde zuerst versuchen, die Ausgabegröße für grobeRootC in sipnet.C auf etwa 9.2f zu erhöhen; Ich bin mir nicht sicher, ob wir es größer erhöhen sollten

Mein Bauchgefühl ist, dass die write.table ein bestimmtes Format für eine Gleitkommazahl hat (4,2%f ist das, was es scheint) und es führt zu einer ungültigen Datei (wird immer noch damit experimentiert).

@robkooper nicht sicher, ob ich das verstehe ..... meintest du read.table? Ich habe zu 9.4f gewechselt und habe den Fehler noch nicht für die gleiche Site / PFT-Kombination gefunden

dh in der Datei sipnet.C für die Ausgabevariable grobRootC

Ja . hat nicht geholfen. Ich denke, wir müssen nur den Leerraum erhöhen

Versuchen Sie herauszufinden, wie die von Ihnen eingefügte Datei erstellt wurde. Wurde dies von PEcAn erstellt? Ich habe versucht, den gleichen Lauf auszuführen und die Eingabedatei (https://pecan-docker.ncsa.illinois.edu/minio/dbfiles/CRUNCEP_SIPNET_site_0-763/) generiert. Ich sehe dieses Problem in der Datei dort nicht. Die Zahlen sollten tabulatorgetrennt sein, kein Leerzeichen.

@bailsofhay Zu Ihrer Information - dies könnte eine Ursache für Ihre mysteriösen SIPNET-Abstürze sein. Wir sollten das weiter untersuchen

Versuchen Sie, dies zu beheben, indem Sie sipnet.C aktualisieren

        fprintf(out,"%8.2f %8.2f %8.2f %8.8f %8.3f %8.3f %8.3f %8.3f %8.3f %8.3f %8.8f %8.4f %8.4f %8.4f\n", trackers.npp, trackers.nee, trackers.totNee, trackers.gpp, trackers.rAboveground,
           trackers.rSoil, trackers.rRoot, trackers.ra, trackers.rh, trackers.rtot, trackers.evapotranspiration, fluxes.transpiration, trackers.fpar, trackers.LAI);

geändert von 4 auf 8,8

Trackers.LAI basierend auf @istfer Beispiel hinzugefügt

Ich habe die Kopfzeile aktualisiert:

void outputHeader(FILE *out) {
  fprintf(out, "Notes: (PlantWoodC, PlantLeafC, Soil and Litter in g C/m^2; Water and Snow in cm; SoilWetness is fraction of WHC);\n");
  fprintf(out, "loc year day time plantWoodC plantLeafC ");

        #if SOIL_MULTIPOOL
                        int counter;

                        for(counter=0; counter<NUMBER_SOIL_CARBON_POOLS; counter++) {
                                fprintf(out, "soil(%8.2f) ",envi.soil[counter]);
                        }
                                fprintf(out,"totSoilC ");

                #else
                        fprintf(out, "soil ");
                #endif

                        fprintf(out, "microbeC ");
                        fprintf(out, "coarseRootC fineRootC ");
  fprintf(out, "litter litterWater soilWater soilWetnessFrac snow ");
  fprintf(out, "npp nee cumNEE gpp rAboveground rSoil rRoot ra rh rtot evapotranspiration fluxestranspiration fPAR LAI\n");
}

OK, das hat funktioniert, außer ich finde eine Trennung zwischen dem, was PEcAn für LAI in den NC-Dateien bereitstellt, und dem, was in der LAI-Spalte der SIPNET-Ausgabe steht. Ich weiß, dass dies ein Problem ist, auf das @istfer und @mdietze bereits hingewiesen haben, aber ich vergesse, wie wir damit

Hier ist zum Beispiel die LAI-Ausgabe von 2010 in SIPET (von sipnet.out), zwischen 0,2 und ~23 m2/m2, ABER hier ist die PEcAN-Ausgabe LAI

Screen Shot 2019-06-24 at 4 58 48 PM

@istfer haben Sie SIPNET LAI oder PEcAn berechneten LAI verwendet?

OK, hmmm...auch SIPNET LAI geht nicht auf 0...schwebt oft um 0,1 oder 0,2, aber im Winter manchmal bis zu 0,5?! Für eine breitblättrige Website

Screen Shot 2019-06-24 at 5 01 11 PM

Ich werde heute mit @istem sprechen,

Hier ist ein neues Problem, das meiner Meinung nach damit zusammenhängt, seit wir die Datei signet.c geändert haben

loc year day time plantWoodC plantLeafC soil microbeC coarseRootC fineRootC litter litterWater soilWater soilWetnessFrac snow npp nee cumNEE gpp rAboveground rSoil rRoot ra rh rtot evapotranspiration fluxestranspiration fPAR LAI
       0 2002 197  0.00 15311.11     0.00 143942.45    71.97 911070.92 23093.15   280.00    0.500     6.89    0.537     0.08   -17.83    64.48    64.48 0.00000000    0.128   64.356   17.699   17.827   46.657   64.484 0.00697267   0.0000   0.0000   0.0000
       0 2002 197  6.00 15310.95     0.00 143943.92    71.97 911018.37 23072.85   280.00    0.500     6.96    0.577     0.00   -17.85    71.53   136.02 0.00000000    0.126   71.408   17.721   17.846   53.687   71.533 0.00000001   0.0000   0.0000   0.0000
       0 2002 197 12.00 15310.74     0.00 143944.66    71.97 910965.80 23052.57   280.00    0.500     6.92    0.578     0.00   -17.92    72.31   208.33 -0.00000000    0.165   72.148   17.752   17.917   54.396   72.313 0.03588458   0.0000   0.0000   0.0000
       0 2002 197 18.00 15310.55     0.00 143946.14    71.97 910913.31 23032.32   280.00    0.500     6.89    0.575     0.00   -17.82    71.45   279.78 -0.00000000    0.156   71.297   17.661   17.816   53.637   71.453 0.03566278   0.0000   0.0000   0.0000
       0 2002 198  0.00 15310.39     0.00 143948.22    71.97 910860.90 23012.08   280.00    0.500     6.85    0.572     0.00   -17.72    70.74   350.53 0.00000000    0.128   70.616   17.596   17.723   53.020   70.743 0.03615626   0.0000   0.0000   0.0000
       0 2002 198  6.00 15310.23     0.00 143950.43    71.97 910808.46 22991.85   280.00    0.500     6.81    0.569     0.00   -17.74    70.61   421.14 0.00000000    0.125   70.483   17.618   17.743   52.866   70.609 0.03677418   0.0000   0.0000   0.0000
       0 2002 198 12.00 15310.01     0.00 143952.75    71.97 910755.99 22971.65   280.00    0.500     6.79    0.567     0.00   -17.82    70.57   491.71 -0.00000000    0.176   70.393   17.647   17.824   52.746   70.569 0.02752184   0.0000   0.0000   0.0000
       0 2002 198 18.00 15309.82     0.00 143955.88    71.97 910703.65 22951.46   280.00    0.500     6.76    0.564     0.00   -17.69    69.60   561.30 -0.00000000    0.160   69.436   17.527   17.687   51.909   69.596 0.02520775   0.0000   0.0000   0.0000
       0 2002 199  0.00 15309.65     0.00 143959.58    71.97 910651.39 22931.30   280.00    0.500     6.73    0.562     0.00   -17.58    68.90   630.20 0.00000000    0.135   68.762   17.449   17.584   51.314   68.897 0.02564393   0.0000   0.0000   0.0000
       0 2002 199  6.00 15309.48     0.00 143963.49    71.97 910599.13 22911.15   280.00    0.500     6.71    0.560     0.00   -17.58    68.67   698.87 0.00000000    0.134   68.540   17.443   17.577   51.097   68.674 0.02672652   0.0000   0.0000   0.0000
       0 2002 199 12.00 15309.28     0.00 143967.57    71.97 910546.87 22891.02   280.00    0.500     6.87    0.566     0.00   -17.60    68.50   767.37 0.00000000    0.159   68.341   17.441   17.600   50.900   68.501 0.03973389   0.0000   0.0000   0.0000
       0 2002 199 18.00 15309.10     0.00 143970.78    71.97 910494.70 22870.90   280.00    0.500     6.99    0.578     0.00   -17.51    69.26   836.63 0.00000000    0.145   69.112   17.363   17.508   51.748   69.256 0.03744034   0.0000   0.0000   0.0000

Warum bekommen wir -0.000 Werte für AGB????

Das ist rund. Der reelle Wert ist negativ, aber > -0,0000000005. Und die Spaltenüberschriften sind abgegrenzt, nicht ausgerichtet, also denke ich nicht, dass das eigentlich AGB ist

Ändern Sie dies jetzt in Sci-Notation. Wird aktualisiert, wenn behoben

Ändern von Spalte 19 (gpp) zu: %8.3e

Okay, eigentlich habe ich schon mal einen Fehler gemacht. Was ich eigentlich tun muss, ist, zwei verschiedene Spalten zu reparieren.

Die erste, die das ursprüngliche Problem anspricht, dass die Spalten 8 und 9 manchmal verschmelzen, weil nicht genügend Platz vorhanden ist, und die zweite ist die Notation für GPP (Spalte 19).

@serbinsh Es sieht so aus, als müssten wir zusätzlich zum Thema wissenschaftliche Notation etwas mehr über GPP nachdenken. Ich habe meine signet.out-Datei nach dem Ensemble durchgesehen, das fehlgeschlagen ist, und es gibt keine negativen Punkte in diesem Durchlauf, aber der Spaltenabstand wird später im Jahr durcheinander gebracht, wenn die GPP-Werte von der 1er- zur 10er-Ziffernstelle wechselten. Hier ist ein Beispiel (die Spalten sind die gleichen wie in dem Beispiel, das ich oben gepostet habe:
0 2000 221 18.00 14575.71 113.85 56661.11 17.39 0.00 285788.90 280.00 0.500 10.78 0.898 0.00 4.43 18.77 1947.13 7.93938489 2.561 24.148 0.951 3.512 23.197 26.709 0.17197340 0.6069 0.5578 3.8823 0 2000 222 0.00 14579.71 114.58 56875.78 17.39 0.00 285551.70 280.00 0.500 10.69 0.894 0.00 5.23 17.92 1965.05 8.50201393 2.330 24.090 0.941 3.271 23.149 26.420 0.09273126 0.3709 0.5594 3.9070 0 2000 222 6.00 14583.60 115.44 57090.45 17.39 0.00 285314.87 280.00 0.500 10.59 0.887 0.00 5.41 17.54 1982.59 8.63300350 2.283 23.893 0.935 3.218 22.957 26.176 0.09346984 0.3566 0.5613 3.9363 0 2000 222 12.00 14585.45 116.43 57305.10 17.39 0.00 285078.41 280.00 0.500 10.68 0.886 0.00 3.68 19.10 2001.69 7.51178589 2.897 23.716 0.931 3.828 22.785 26.612 0.20875203 0.7065 0.5635 3.9701 0 2000 222 18.00 14588.05 117.52 57519.55 17.39 0.00 284842.29 280.00 0.500 10.78 0.894 0.00 4.67 18.13 2019.82 8.21516699 2.635 23.712 0.915 3.550 22.797 26.347 0.17083126 0.5641 0.5660 4.0074 0 2000 223 0.00 14591.06 118.73 57733.69 17.39 0.00 284606.53 280.00 0.500 10.68 0.894 0.00 5.36 17.57 2037.39 8.70971254 2.447 23.830 0.904 3.351 22.926 26.277 0.10070652 0.4028 0.5688 4.0487 0 2000 223 6.00 14594.25 120.08 57947.87 17.39 0.00 284371.14 280.00 0.500 10.59 0.886 0.00 5.84 16.85 2054.24 9.03531674 2.297 23.590 0.898 3.195 22.693 25.888 0.08617136 0.3222 0.5718 4.0945 0 2000 223 12.00 14595.80 121.57 58162.01 17.39 0.00 284136.13 280.00 0.500 10.74 0.889 0.00 4.53 18.02 2072.27 8.22739039 2.807 23.443 0.894 3.702 22.549 26.251 0.20809168 0.6766 0.5752 4.1453 0 2000 223 18.00 14597.85 123.17 58375.78 17.39 0.00 283901.48 280.00 0.500 10.96 0.904 0.00 5.29 17.45 2089.72 8.77340379 2.601 23.622 0.882 3.483 22.741 26.223 0.19588011 0.5974 0.5788 4.2000 0 2000 224 0.00 14600.46 124.91 58588.93 17.39 0.00 283667.19 280.00 0.500 11.04 0.917 0.00 6.16 17.01 2106.73 9.39612713 2.366 24.045 0.873 3.239 23.171 26.411 0.10046154 0.3110 0.5827 4.2592 0 2000 224 6.00 14603.09 126.79 58801.70 17.39 0.00 283433.30 280.00 0.500 10.96 0.916 0.00 6.52 16.85 2123.58 9.65203856 2.265 24.233 0.870 3.135 23.363 26.497 0.08316609 0.2768 0.5868 4.3235 0 2000 224 12.00 14604.52 128.70 59014.36 17.39 0.00 283199.63 280.00 0.500 11.10 0.919 0.00 5.37 17.92 2141.49 9.03953546 2.803 24.153 0.869 3.672 23.284 26.956 0.18632810 0.6005 0.5912 4.3884 0 2000 224 18.00 14606.58 130.63 59226.61 17.39 0.00 282966.20 280.00 0.500 11.23 0.930 0.00 6.07 17.43 2158.92 9.52919823 2.598 24.361 0.859 3.457 23.502 26.959 0.17821633 0.5664 0.5956 4.4545 0 2000 225 0.00 14609.44 132.61 59438.41 17.39 0.00 282733.02 280.00 0.500 11.21 0.935 0.00 6.95 16.80 2175.73 10.11249382 2.305 24.612 0.853 3.158 23.759 26.917 0.12228206 0.3314 0.6000 4.5217 0 2000 225 6.00 14612.64 134.62 59649.97 17.39 0.00 282500.08 280.00 0.500 11.09 0.929 0.00 7.40 16.42 2192.15 10.36770066 2.118 24.668 0.854 2.972 23.814 26.786 0.11599917 0.2490 0.6044 4.5903 0 2000 225 12.00 14614.56 136.67 59861.39 17.39 0.00 282267.39 280.00 0.500 10.89 0.916 0.00 6.20 17.55 2209.70 9.75227886 2.691 24.614 0.859 3.549 23.756 27.305 0.23872529 0.8320 0.6088 4.6604 0 2000 225 18.00 14617.15 138.80 60073.06 17.39 0.00 282035.00 280.00 0.500 10.74 0.901 0.00 7.05 16.27 2225.97 10.32246739 2.422 24.175 0.853 3.275 23.322 26.597 0.23678459 0.7050 0.6132 4.7330 0 2000 226 0.00 14620.34 140.99 60284.78 17.39 0.00 281802.87 280.00 0.500 10.61 0.889 0.00 7.78 15.30 2241.28 10.81901992 2.186 23.938 0.853 3.039 23.085 26.124 0.14153777 0.3429 0.6176 4.8077 0 2000 226 6.00 14623.66 143.24 60496.39 17.39 0.00 281571.01 280.00 0.500 10.47 0.879 0.00 8.03 14.98 2256.26 10.99722667 2.109 23.865 0.858 2.968 23.007 25.975 0.13726935 0.2748 0.6221 4.8842 0 2000 226 12.00 14623.64 145.53 60707.87 17.39 0.00 281339.40 280.00 0.500 10.35 0.868 0.00 4.81 18.13 2274.39 8.49493616 2.818 23.811 0.866 3.685 22.944 26.629 0.28877915 0.9217 0.6267 4.9626 0 2000 226 18.00 14625.66 147.86 60919.42 17.39 0.00 281108.02 280.00 0.500 10.26 0.859 0.00 6.91 15.78 2290.17 10.38533933 2.612 23.551 0.862 3.474 22.690 26.164 0.29844127 0.9112 0.6312 5.0419 0 2000 227 0.00 14628.99 150.24 61130.90 17.39 0.00 280876.90 280.00 0.500 10.19 0.852 0.00 8.34 14.22 2304.39 11.49566120 2.293 23.421 0.861 3.154 22.560 25.714 0.16840103 0.4209 0.6357 5.1229 0 2000 227 6.00 14632.40 152.68 61342.16 17.39 0.00 280646.05 280.00 0.500 10.03 0.842 0.00 8.56 14.04 2318.43 11.70045859 2.271 23.474 0.867 3.139 22.607 25.745 0.15826026 0.3612 0.6403 5.2061 0 2000 227 12.00 14629.28 155.18 61553.35 17.39 0.00 280415.47 280.00 0.500 9.89 0.830 0.00 2.16 20.32 2338.75 6.26260256 3.230 23.352 0.875 4.105 22.477 26.582 0.27769493 0.8826 0.6448 5.2914 0 2000 227 18.00 14626.96 157.65 61764.71 17.39 0.00 280185.05 280.00 0.500 9.65 0.815 0.00 2.90 19.22 2357.97 6.84262945 3.074 22.989 0.867 3.941 22.122 26.063 0.26190036 0.8707 0.6494 5.3757 0 2000 228 0.00 14630.43 160.08 61976.42 17.39 0.00 279954.77 280.00 0.500 9.43 0.795 0.00 8.61 12.97 2370.94 12.07581213 2.600 22.446 0.862 3.462 21.585 25.046 0.22249240 0.7077 0.6538 5.4586 0 2000 228 6.00 14634.17 162.58 62188.30 17.39 0.00 279724.77 280.00 0.500 9.27 0.779 0.00 9.03 12.19 2383.14 12.42523436 2.528 22.092 0.865 3.393 21.227 24.619 0.16641807 0.5000 0.6580 5.5438 0 2000 228 12.00 14627.63 165.14 62400.19 17.39 0.00 279495.04 280.00 0.500 9.05 0.763 0.00 -1.10 22.13 2405.26 3.72972367 3.961 21.894 0.870 4.831 21.024 25.855 0.22022551 0.8153 0.6623 5.6311 0 2000 228 18.00 14622.48 167.59 62612.55 17.39 0.00 279265.37 280.00 0.500 8.82 0.744 0.00 0.03 20.34 2425.60 4.51935059 3.632 21.223 0.856 4.488 20.367 24.855 0.22887585 0.7960 0.6666 5.7145 0 2000 229 0.00 14625.24 169.92 62825.31 17.39 0.00 279035.75 280.00 0.500 8.60 0.725 0.00 7.72 12.05 2437.65 11.61133388 3.047 20.616 0.846 3.893 19.771 23.663 0.22073243 0.7758 0.6706 5.7941 0 2000 229 6.00 14629.30 172.29 63038.32 17.39 0.00 278806.37 280.00 0.500 8.40 0.708 0.00 9.10 10.23 2447.88 12.96732463 3.023 20.172 0.844 3.867 19.328 23.195 0.19535639 0.6865 0.6743 5.8748 0 2000 229 12.00 14621.47 174.70 63251.53 17.39 0.00 278577.25 280.00 0.500 8.20 0.692 0.00 -2.68 21.64 2469.51 2.74794197 4.588 19.798 0.843 5.432 18.954 24.386 0.20192009 0.7392 0.6781 5.9572 0 2000 229 18.00 14616.93 176.95 63465.20 17.39 0.00 278348.13 280.00 0.500 8.38 0.691 0.00 0.26 18.03 2487.54 4.97890595 3.889 19.115 0.825 4.714 18.290 23.004 0.23649558 0.7214 0.6818 6.0340 0 2000 230 0.00 14622.07 179.08 63678.37 17.39 0.00 278119.05 280.00 0.500 8.22 0.691 0.00 9.69 8.91 2496.45 13.60916949 3.107 19.411 0.814 3.921 18.598 22.519 0.16278224 0.5916 0.6852 6.1066 0 2000 230 6.00 14627.67 181.27 63891.65 17.39 0.00 277890.24 280.00 0.500 8.13 0.681 0.00 10.26 8.04 2504.49 13.96623695 2.889 19.113 0.813 3.703 18.300 22.003 0.12493134 0.4129 0.6884 6.1811 0 2000 230 12.00 14620.98 183.51 64104.82 17.39 0.00 277661.68 280.00 0.500 7.94 0.670 0.00 -1.88 20.11 2524.60 3.22887897 4.295 19.047 0.816 5.112 18.230 23.342 0.18911457 0.7155 0.6916 6.2575

@bailsofhay das ist eigentlich kein Problem und passiert ziemlich oft. Die Probleme, die ich gepostet habe, sind schwerwiegender, 1) nicht genügend Abstand zwischen den Spalten, so dass zwei Spalten zusammengeführt werden und PEcAN dann nicht die richtige Anzahl von Spalten finden kann. Das andere Problem ist der mögliche Rundungsfehler für GPP. Was Sie oben zeigen, ist für sipnet sehr verbreitet und bis zu diesem Punkt habe ich es ignoriert, aber vielleicht ist dies ein Problem? Ich nahm an, nicht. Andere?

@serbinsh Ich denke, es ist irgendwie falsch. Wenn Sie sich einige der anderen Spalten ansehen, in denen die Anzahl der Stellen vor dem Komma zunimmt, bleiben die Dezimalzahlen aufgereiht und die Zahlen links von der Dezimalstelle verschieben sich. GPP ist das Gegenteil, bei dem die Ziffern links von der Dezimalstelle aufgereiht sind, aber die Zahlen rechts von der Dezimalstelle nicht mehr aufgereiht sind. Sie haben vielleicht Recht, dass dies eigentlich kein Problem ist, aber es ist möglich, dass es das Problem ist, das einige Läufe zum Absturz bringt. Ich werde mir einige der erfolgreichen Läufe ansehen und sehen, ob sie die Änderung mit Zahlenreihen haben und wenn sie in anderen Dateien vorhanden sind, dann ist dies wahrscheinlich kein Problem

@bailsofhay Der Grund, warum ich nicht denke, dass es ein Problem ist, ist, dass PEcAn fehlschlagen würde, wenn die Anzahl der Spalten nicht auf 28 hinausging oder sich nicht aufstellte. Suchen Sie also nach diesem Fehler in den Protokollen, wenn Sie ihn nicht finden, ist das kein Problem

Außerdem aktualisiere ich sipnet gerade, um die sci-Notation für GPP zu verwenden, die dies möglicherweise auch angeht. Bitte versuchen Sie, Ihren SDA erneut auszuführen

kk Wird gemacht. Ich habe auch einige der anderen Läufe überprüft und die Ziffern ändern sich wie bei einem fehlgeschlagenen, aber alle Leerzeichen sind vorhanden, also hast du Recht. das ist kein Thema.

Dieses Problem ist veraltet, da es 365 Tage ohne Aktivität geöffnet war.

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