Pecan: Skriptverzeichnis bereinigen

Oh gut, ich bin verwirrt! Ich kämpfe gerade damit und versuche, Pekannuss auf einem Server zu installieren, an dem ich arbeite. Ich habe gerade eine neue Kopie von Pekannuss geklont und SHA:82d217e ausgecheckt . Ich habe angefangen, die verschiedenen Installationsskripte im Verzeichnis pecan/scripts mit den folgenden Ergebnissen auszuprobieren:

• Rscript install_deps.R : schlägt fehl, weil Paket purrrs
• Rscript dependencies.R : schlägt fehl, weil das Paket nicht gefunden werden kann (ich bin mir nicht sicher, was das Paket war, aber es war nicht purrrs
• Rscript generate_dependencies.R : schlägt fehl, weil Paket schnurren nicht gefunden werden kann
• Rscript install.dependencies.R : Läuft lange Zeit und installiert viele, viele Dinge, bis es schließlich damit fehlschlägt:

ERROR: dependency ‘htmlTable’ is not available for package ‘Hmisc’
* removing ‘/data/home/tcarman/R/library/Hmisc’
ERROR: dependency ‘rgl’ is not available for package ‘Maeswrap’
* removing ‘/data/home/tcarman/R/library/Maeswrap’
ERROR: dependencies ‘usethis’, ‘DT’, ‘memoise’, ‘rcmdcheck’ are not available for package ‘devtools’
* removing ‘/data/home/tcarman/R/library/devtools’

The downloaded source packages are in
  ‘/tmp/Rtmpi2tei7/downloaded_packages’
There were 16 warnings (use warnings() to see them)
Error in loadNamespace(name) : there is no package called ‘devtools’
Calls: :: ... tryCatch -> tryCatchList -> tryCatchOne -> <Anonymous>
Execution halted

Was ist also die bevorzugte Methode, um die Installationsskripts im Skriptverzeichnis zu verwenden?

Ich denke, Sie können die meisten dieser Skripte ignorieren und einfach ausführen make

Leider schlägt make bei der Suche nach Devtools fehl: Error in loadNamespace(name) : there is no package called ‘devtools’

Ja, devtools ist eines von wenigen unterstützenden Paketen, die manuell installiert werden müssen, damit das Make läuft. Es wäre gut, das zu beheben / zu verallgemeinern, aber niemand ist dazu gekommen.

@tobeycarman Make sollte zu Beginn der Installation bei Bedarf zu installieren , aber es scheint leicht zu verwechseln. Hilft make clean && make install ?

Nun, leider hat einfach make clean && make nicht funktioniert, aber ich habe es herausgefunden. Ich weiß, dass der Prozess etwas system- / maschinenspezifisch ist, aber hier sind die Schritte, die ich befolgt habe. Dies ist vielleicht nicht der beste Ort, um diese Informationen aufzuzeichnen, aber hier ist sie - vielleicht hilft es in Zukunft jemandem!

~/R/library gelöscht, abgemeldet, angemeldet, sichergestellt, dass der R-Pfad immer noch auf meine persönliche Bibliothek eingestellt ist.

Aktivierte Module:

$ module load gcc/5.4.0  gfortran/5.4.0  json-c/main  perl/5.22.1  git/2.10.0-rc0  git-lfs/1.3.1  python/3.6.2  udunits/2.2.25  proj/5.2.0  libtiff/4.0.8  geotiff/1.4.2  libkml/devel  geos/3.6.3  gdal/2.4.2  libxml2/2.9.7  jags/4.3.0  maui/3.3.1  redland/1.0.17 ImageMagick/7.0.8-19  hdf5/1.8.19-gcc540  netcdf/4.4.1.1-gnu540

Ich habe versucht, Devtools zu installieren, beschwerte sich jedoch über eine Menge kompilierter Bytes
abhängig, für die falschen Interna gebaut zu werden.

Versuchen Sie dann, das Update auszuführen, und denken Sie daran, dass dies die Abhängigkeiten für Devtools beheben könnte:

> update.packages(checkBuilt=TRUE, ask=FALSE)

Versuchen Sie dann erneut, devtools zu installieren:

> install.packages("devtools")

Es funktionierte! Als nächstes brauchen rgdal und sf die ich von S. Serbin kenne, funktionieren nicht gut
bei Installation mit automatischer Abhängigkeitsauflösung. Und wir haben einen Fehler entdeckt
mit dem neuesten rgdal , also greife ich zu einer neueren Version.

$ cd ~/downloads && wget https://cran.r-project.org/src/contrib/Archive/rgdal/rgdal_1.4-4.tar.gz

Starten Sie R mit einigen eingestellten env vars und installieren Sie rgdal aus der Quelle:

$ CXX="g++ -std=gnu++11" R

> install.packages('~/downloads/rgdal_1.4-4.tar.gz', repos = NULL, type="source", configure.args=c('--with-proj-include=/data/software/proj/5.2.0/include','--with-proj-lib=/data/software/proj/5.2.0/lib'))

Melden Sie sich ab und wieder an (denken Sie daran, Module zu laden!!). Dies behebt einen Fehler bei der Suche nach proj_api.h . Jetzt installieren
sf :

$ CXX="g++ -std=gnu++11" R

> install.packages('sf', configure.args=c('--with-proj-include=/data/software/proj/5.2.0/include','--with-proj-lib=/data/software/proj/5.2.0/lib', '--with-proj=/data/software/proj/5.2.0/'))

Wechseln Sie nun in mein geklontes Pekannuss-Verzeichnis und versuchen Sie make . Dies schlägt mit einer Reihe von Fehlern beim Finden von Headern und Bibliotheken für postgres und redland fehl. Nachdem ich einige Zeit herumgestöbert habe, um die richtigen Pfade zu finden, kann ich diese endlich installieren, indem ich env-Variablen setze
vor dem Starten von R:

$ INCLUDE_DIR="/data/software/postgresql/9.3.5/include" LIB_DIR="/data/software/postgresql/9.3.5/lib" R
> install.packages("RPostgres")

Und

$ PKG_CONFIG_PATH="/data/software/redland/1.0.17/lib/pkgconfig:/data/software/raptor/2.0.15/lib/pkgconfig:/data/software/rasqal/0.9.33/lib/pkgconfig" R

> install.packages("redland")

Dann probieren Sie Pekannuss make einmal, und (nach weit über einer Stunde!) scheint es zu funktionieren!
Ich habe mit einem leeren ~/R/library angefangen und am Ende habe ich folgendes:

$ ls ~/R/library
abind
ape
askpass
assertthat
backports
base64enc
BayesianTools
BH
bibtex
binaryLogic
BioCro
bit
bit64
bitops
blob
boot
brew
bridgesampling
Brobdingnag
broom
callr
car
carData
CDM
cellranger
class
classInt
cli
clipr
clisymbols
cluster
coda
codetools
colorspace
commonmark
covr
crayon
crosstalk
crul
curl
dataone
datapack
data.table
DBI
dbplyr
desc
devtools
DHARMa
digest
doParallel
dotCall64
dplyr
DT
e1071
ellipse
ellipsis
emulator
evaluate
expm
fansi
fastmap
fauxpas
fields
forcats
foreach
foreign
fs
furrr
future
gap
generics
geometry
geonames
getPass
ggmap
ggplot2
gh
git2r
glmmTMB
globals
glue
gmm
gridExtra
gtable
hash
haven
hdf5r
here
highr
hms
hoardr
htmltools
htmlwidgets
httpcode
httpuv
httr
IDPmisc
igraph
ini
isdparser
iterators
jpeg
jsonlite
KernSmooth
knitr
labeling
later
lazyeval
lifecycle
linkages
linprog
listenv
lme4
lmtest
lpSolve
lubridate
Maeswrap
magic
magrittr
manipulateWidget
maps
maptools
markdown
MASS
Matrix
MatrixModels
mclust
mcmc
MCMCpack
memoise
mgcv
microbenchmark
mime
miniUI
minpack.lm
minqa
mlegp
mockery
modelr
MODISTools
msm
munsell
mvnfast
mvtnorm
ncdf4
ncdf4.helpers
nimble
nlme
nloptr
nneo
numDeriv
openssl
openxlsx
parsedate
pbapply
pbkrtest
pbv
PCICt
PEcAn.all
PEcAn.allometry
PEcAn.assim.batch
PEcAn.assim.sequential
PEcAn.BASGRA
PEcAn.benchmark
PEcAn.BIOCRO
PEcAn.CLM45
PEcAn.DALEC
PEcAn.data.atmosphere
PEcAn.data.hydrology
PEcAn.data.land
PEcAn.data.remote
PEcAn.DB
PEcAn.dvmdostem
PEcAn.ED2
PEcAn.emulator
PEcAn.FATES
PEcAn.GDAY
PEcAn.JULES
PEcAn.LINKAGES
PEcAn.logger
PEcAn.LPJGUESS
PEcAn.MA
PEcAn.MAAT
PEcAn.MAESPA
PEcAn.ModelName
PEcAn.photosynthesis
PEcAn.PRELES
PEcAn.priors
PEcAn.qaqc
PEcAn.remote
PEcAnRTM
PEcAn.settings
PEcAn.SIPNET
PEcAn.uncertainty
PEcAn.utils
PEcAn.visualization
PEcAn.workflow
pillar
pkgbuild
pkgconfig
pkgload
plogr
plotrix
plyr
png
polycor
praise
prettyunits
processx
progress
promises
proxy
ps
purrr
pwr
qrnn
quantreg
R6
randtoolbox
rappdirs
raster
rcmdcheck
RColorBrewer
Rcpp
RcppArmadillo
RcppEigen
RcppProgress
rcrossref
RCurl
readr
readxl
REddyProc
redland
rematch
rematch2
remotes
reprex
reshape
reshape2
reticulate
rex
rgdal
rgl
RgoogleMaps
rio
rjags
rjson
rlang
rmarkdown
rngWELL
rnoaa
roxygen2
rpart
RPostgres
RPostgreSQL
Rpreles
rprojroot
RSQLite
rstudioapi
rversions
rvest
sandwich
scales
selectr
sessioninfo
sf
sfsmisc
shiny
SimilarityMeasures
sirt
solartime
sourcetools
sp
spam
spaMM
SparseM
stringi
stringr
survival
sys
TAM
testthat
tibble
tictoc
tidyr
tidyselect
tidyverse
tinytex
TMB
tmvtnorm
triebeard
truncnorm
udunits2
units
urltools
usethis
utf8
uuid
vctrs
viridisLite
webshot
whisker
withr
xfun
XML
xml2
xopen
xtable
xts
yaml
zeallot
zip
zoo

@tobeycarman Dies ist eine wirklich einfacher sein sollte. Danke, dass du dabei bleibst!

Ein Teil der @tobeycarman- Herausforderung kommt von der Arbeit an modex, einem HPC mit gemeinsam genutztem Speicher, daher wird alles von Hand an nicht standardmäßigen Orten kompiliert, z Automatisierte Voraussetzungstools für die Ausführung make install kugelsicher

@infotroph hey, danke! @serbinsh , während kugelsicheres make install großartig wäre, kann ich mir vorstellen , dass es eine große