Gracias por el informe.

Elemento 4 de NOTICIAS para 1.10.4-1:

Intento de mejora en Mac con OpenMP de Intel cuando el paquete se bifurca en "paralelo" después de que data.table se haya realizado en paralelo con OpenMP. Esa implementación de OpenMP parece dejar los subprocesos ejecutándose después de que finaliza la región paralela. Si esta solución aún no funciona, llame a setDTthreads(1) inmediatamente después de library(data.table) que se ha informado para solucionar el problema.

En desarrollo, mejoré ese mismo elemento, pero me olvidé de respaldar ese cambio de elementos de noticias al parche CRAN. Del archivo dev NEWS :

Intento de mejora solo en Mac cuando también se usa el paquete paralelo (que se bifurca), #2137. La implementación de OpenMP de Intel parece dejar los subprocesos en ejecución después de que la región paralela de OpenMP (dentro de la tabla de datos) haya terminado, a diferencia de GNU libgomp. Por lo tanto, si el usuario invoca la bifurcación de Parallel después de que data.table ya se haya ejecutado en paralelo, se produce inestabilidad. El problema solo ocurre con los binarios de paquetes Mac de CRAN porque CRAN los crea con la biblioteca OpenMP de Intel. No hay problemas conocidos en Windows o Linux y no hay problemas conocidos en ninguna plataforma cuando no se usa el paralelo. Si esta solución solo para Mac sigue sin funcionar, llame a setDTthreads(1) inmediatamente después de library(data.table), que se ha informado que soluciona el problema poniendo data.table en modo de subproceso único anteriormente.

Sin embargo, en su caso, ni siquiera ha usado data.table antes de bifurcar. Así que ese es un aspecto nuevo que no se ha informado antes. ¿Es su ejemplo reproducible estrictamente correcto en el sentido de que esas 3 líneas son literalmente todo lo que ocurre en una nueva sesión de R? es decir, no se usa data.table entre cargarlo y llamar a mclapply ? Podría intentar llamar a setDTthreads(1) inmediatamente después library(data.table) todos modos, pero dudo que ayude si realmente no hay uso de data.table antes de mclapply .

¿Ha instalado el binario CRAN mac, o desde la fuente? Parece ser crítico en MacOS, con respecto a este problema de mclapply qué biblioteca OpenMP usa. ¿Puede establecer si es la implementación OpenMP de Intel (libomp) o GNU (libgomp) la que se está utilizando en la máquina?

¿Puedes compilar desde la fuente usando las instrucciones de MacOS y eso ayuda? Tal vez eso se vincule a la biblioteca OpenMP adecuada localmente para usted, o algo así. Algunas personas no han seguido las instrucciones con suficiente precisión, por lo que deben seguirse con precisión en MacOS.

¿Te funciona test.data.table() ? La prueba 1705 prueba mclapply y pasa CRAN. Supongo que CRAN prueba los binarios de Mac en MacOS, pero es posible, supongo, que prueba una compilación diferente.

El elemento 1 de NOTICIAS de 1.10.4-2 dudo que esté relacionado, pero lo mencionaré para completarlo:

OpenMP en MacOS ahora es compatible con CRAN y se incluye en los archivos binarios de paquetes de CRAN para Mac. Pero la instalación de v1.10.4-1 desde la fuente en MacOS falló cuando OpenMP no estaba habilitado en tiempo de compilación, #2409. Gracias a Liz Macfie y @fupangpangpang por informar. Se actualizó el mensaje de inicio cuando OpenMP no está habilitado.

Aquí hay problemas relacionados:
https://github.com/Rdatatable/data.table/issues/2413
https://github.com/Rdatatable/data.table/issues/2409
https://github.com/Rdatatable/data.table/issues/2406
https://github.com/Rdatatable/data.table/issues/2137

Básicamente estoy luchando con MacOS. Si hay alguien escuchando de Apple y/o Intel que pueda respaldar sus productos, sería genial. Lucho por ver cómo es realmente un problema de tabla de datos. Intenté todo lo que se me ocurrió para solucionarlo y documentarlo en NOTICIAS. Ayuda y sugerencias muy apreciadas.

Sí, el script simple con solo

library(parallel)
library(data.table)
mclapply(1:2, sqrt)

Esto está en las máquinas de construcción Bioconductor. Creo que esta es una instalación binaria simple, pero lo confirmaré. Tenemos

$ ls /Library/Frameworks/R.framework/Resources/lib
libR.dylib      libRlapack.dylib.dSYM   libquadmath.0.dylib
libR.dylib.dSYM     libc++.1.dylib      libreadline.5.2.dylib
libRblas.0.dylib    libc++abi.1.dylib   libreadline.dylib
libRblas.dylib      libgcc_s.1.dylib    libunwind.1.dylib
libRblas.dylib.dSYM libgfortran.3.dylib
libRlapack.dylib    libomp.dylib

y

$ otool -L  /Library/Frameworks/R.framework/Resources/bin/exec/R 
/Library/Frameworks/R.framework/Resources/bin/exec/R:
    /Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.4/Resources/lib/libR.dylib (compatibility version 3.4.0, current version 3.4.2)
    /Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.4/Resources/lib/libRblas.dylib (compatibility version 0.0.0, current version 0.0.0)
    /Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.4/Resources/lib/libomp.dylib (compatibility version 5.0.0, current version 5.0.0)
    /usr/lib/libSystem.B.dylib (compatibility version 1.0.0, current version 1226.10.1)

Entonces, presumiblemente, se vincula a libomp.

test.data.table() dice

Running test id 1705     Assertion failure at kmp_runtime.cpp(6480): __kmp_thread_pool == __null.
Assertion failure at kmp_runtime.cpp(6480): __kmp_thread_pool == __null.
OMP: Error #13: Assertion failure at kmp_runtime.cpp(6480).
OMP: Hint: Please submit a bug report with this message, compile and run commands used, and machine configuration info including native compiler and operating system versions. Faster response will be obtained by including all program sources. For information on submitting this issue, please see http://www.intel.com/software/products/support/.
OMP: Error #13: Assertion failure at kmp_runtime.cpp(6480).
OMP: Hint: Please submit a bug report with this message, compile and run commands used, and machine configuration info including native compiler and operating system versions. Faster response will be obtained by including all program sources. For information on submitting this issue, please see http://www.intel.com/software/products/support/.
Assertion failure at kmp_runtime.cpp(6480): __kmp_thread_pool == __null.
OMP: Error #13: Assertion failure at kmp_runtime.cpp(6480).
OMP: Hint: Please submit a bug report with this message, compile and run commands used, and machine configuration info including native compiler and operating system versions. Faster response will be obtained by including all program sources. For information on submitting this issue, please see http://www.intel.com/software/products/support/.
Assertion failure at kmp_runtime.cpp(6480): __kmp_thread_pool == __null.
OMP: Error #13: Assertion failure at kmp_runtime.cpp(6480).
OMP: Hint: Please submit a bug report with this message, compile and run commands used, and machine configuration info including native compiler and operating system versions. Faster response will be obtained by including all program sources. For information on submitting this issue, please see http://www.intel.com/software/products/support/.
Running test id 1750     Test 1751 not run. If required call library(nanotime) first.

endian==little, sizeof(long double)==16, sizeof(pointer)==8

All 5936 tests in inst/tests/tests.Rraw completed ok in 00:01:45 on Sat Oct 14 21:25:30 2017

Gracias por esto. Sí, creo que esas llamadas __kmp_* son específicas del tiempo de ejecución Intel OpenMP y las he visto reportadas antes. La prueba 1705 está probando específicamente eso. Utiliza 2 subprocesos OpenMP dentro de data.table seguido de llamar a parallel::mclapply . Los errores __kmp_ se deben a que, iiuc, la implementación de Intel deja los subprocesos ejecutándose incluso después de que todas las regiones paralelas hayan terminado, por lo que la bifurcación posterior es inestable. En este caso, parece que no se estrelló, pero eso es solo suerte. El hecho de que esté viendo ese resultado con 1.10.4-2 significa que mi intento de solución no funcionó. Hay una devolución de llamada previa a la bifurcación en la que ahora llama a omp_set_num_threads(1) con la esperanza de que la biblioteca de Intel aclare sus subprocesos en ejecución antes de la bifurcación. Pero parece que no. Entonces, nos quedamos con lo que se ha informado que funciona, que es llamar a setDTthreads(1) inmediatamente después library(data.table) para evitar que OpenMP de Intel cree los subprocesos en primer lugar.

Sin embargo, al final con las meras 3 líneas, ¿es posible que la biblioteca OpenMP de Intel cree sus subprocesos al vincularse o inicializarse? Si es así, eso podría explicar eso. De lo contrario, estoy perdido en eso.

Además, no sé cómo se relacionan las capacidades OpenMP de clang y gcc con las 3 bibliotecas OpenMP: libomp , libiomp y libgomp . Parece que tienes libomp . Pero creo que CRAN compila con libiomp ? Tal vez eso tiene que ver con eso. Además, una persona informó ( aquí ) que "cambiar llvm a gcc" detuvo los bloqueos en MacOS, pero estaban compilando desde la fuente.

Acabo de encontrar el código fuente del tiempo de ejecución de Intel OpenMP. No sé qué es este proyecto porque pensé que la biblioteca de Intel era de código cerrado. Pero tal vez sea posible compilar contra él y depurarlo. https://www.openmprtl.org/ Probablemente sea más fácil compilar localmente primero y ver si funciona, o usar la biblioteca GNU.

La prueba 1705 está pasando en CRAN, por lo que quizás sea esperanzador, al descubrir qué es diferente entre la(s) máquina(s) CRAN y su máquina. La prueba 1705 en realidad está pasando por usted y en CRAN, pero libomp está enviando errores de aserción a la consola que la prueba no detecta. Me pregunto si es posible ver los registros de CRAN de alguna manera para ver si esos mensajes __kmp también están en los registros de CRAN. Si los mensajes no están presentes en los registros de CRAN, entonces podría valer la pena explorar la diferencia entre la máquina CRAN y su máquina.

Tal vez esto sea necesario con el binario del paquete CRAN: http://macappstore.org/libiomp/
¿O tal vez CRAN compila estáticamente libiomp en el paquete binario? Noté que la sección 'Paquetes binarios' de ?install.packages es bastante complicada para MacOS y hay varias opciones binarias para el argumento type= .

La biblioteca de Intel está imprimiendo:

OMP: Error n.º 13: error de aserción en kmp_runtime.cpp(6480)
OMP: Sugerencia: envíe un informe de error con este mensaje, compile y ejecute los comandos utilizados y la información de configuración de la máquina, incluidas las versiones nativas del compilador y del sistema operativo. Se obtendrá una respuesta más rápida al incluir todas las fuentes del programa. Para obtener información sobre cómo enviar este problema, consulte http://www.intel.com/software/products/support/.

¿Podría alguien con el problema en MacOS presentar un problema con Intel, por favor?

Hola, originalmente informé el problema con el repositorio de BiocParallel cuando encontré el problema al usar las funciones de ese paquete. Han reducido el problema para que se llame a mclapply mientras se carga data.table.

Seguí las instrucciones aquí para instalar la última versión de data.table en mi MacOS, pero aún encontré el problema.

Curiosamente, un colega tenía instalada la última versión de data.table en su Mac y no tuvo ningún problema. Sin embargo, no tenía OpenMP instalado en su sistema.

Pude solucionar el problema retrocediendo a data.table 1.10.2.

@asenabouth ¿Puede enviar una solicitud de soporte a Intel, por favor (vea mi comentario anterior)? Parece ser un problema con su biblioteca. Alternativamente, tal vez alguien de Apple pueda ayudar. ¿Eres capaz de obtener su apoyo en absoluto? No estoy convencido de que la instalación desde la fuente no lo resuelva. ¿Puede mostrar los comandos y la salida, por favor? ¿Alguien más no puede usar parallel::mclapply después de que se haya cargado data.table 1.10.4, incluso después de compilar desde la fuente y evitar el binario CRAN?

Presentaré una solicitud de soporte con Intel.

En cuanto a la instalación desde la fuente, aquí está la instalación y la prueba posterior:
```{r}
[Área de trabajo previamente guardada restaurada]

remove.packages("data.table")
Eliminando el paquete de '/Users/a.senabouth/Library/R/3.4/library'
(ya que 'lib' no está especificado)
install.packages("data.table", type = "fuente",

• repositorios = "http://Rdatatable.github.io/data.table")
  Instalación del paquete en '/Users/a.senabouth/Library/R/3.4/library'
  (ya que 'lib' no está especificado)
  probando URL ' http://Rdatatable.github.io/data.table/src/contrib/data.table_1.10.5.tar.gz '

Tipo de contenido 'aplicación/gzip' longitud 3312731 bytes (3,2 MB)

descargado 3.2 MB

• instalando el paquete fuente 'data.table'...
  * libretas/usr/local/opt/llvm/bin/clang -fopenmp -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG -I/usr/local/opt/gettext/include -I/usr/local/opt /llvm/include -fopenmp -fPIC -g -O3 -Wall -pedantic -std=gnu99 -mtune=native -pipe -c asignar.c -o asignar.o/usr/local/opt/llvm/bin/clang -fopenmp -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG -I/usr/local/opt/gettext/include -I/usr/local/opt /llvm/include -fopenmp -fPIC -g -O3 -Wall -pedantic -std=gnu99 -mtune=native -pipe -c between.c -o between.o/usr/local/opt/llvm/bin/clang -fopenmp -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG -I/usr/local/opt/gettext/include -I/usr/local/opt /llvm/include -fopenmp -fPIC -g -O3 -Wall -pedantic -std=gnu99 -mtune=native -pipe -c bmerge.c -o bmerge.o/usr/local/opt/llvm/bin/clang -fopenmp -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG -I/usr/local/opt/gettext/include -I/usr/local/opt /llvm/include -fopenmp -fPIC -g -O3 -Wall -pedantic -std=gnu99 -mtune=native -pipe -c chmatch.c -o chmatch.o/usr/local/opt/llvm/bin/clang -fopenmp -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG -I/usr/local/opt/gettext/include -I/usr/local/opt /llvm/include -fopenmp -fPIC -g -O3 -Wall -pedantic -std=gnu99 -mtune=native -pipe -c dogroups.c -o dogroups.o/usr/local/opt/llvm/bin/clang -fopenmp -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG -I/usr/local/opt/gettext/include -I/usr/local/opt /llvm/include -fopenmp -fPIC -g -O3 -Wall -pedantic -std=gnu99 -mtune=native -pipe -c fastmean.c -o fastmean.o/usr/local/opt/llvm/bin/clang -fopenmp -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG -I/usr/local/opt/gettext/include -I/usr/local/opt /llvm/include -fopenmp -fPIC -g -O3 -Wall -pedantic -std=gnu99 -mtune=native -pipe -c fcast.c -o fcast.o/usr/local/opt/llvm/bin/clang -fopenmp -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG -I/usr/local/opt/gettext/include -I/usr/local/opt /llvm/include -fopenmp -fPIC -g -O3 -Wall -pedantic -std=gnu99 -mtune=native -pipe -c fmelt.c -o fmelt.o/usr/local/opt/llvm/bin/clang -fopenmp -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG -I/usr/local/opt/gettext/include -I/usr/local/opt /llvm/include -fopenmp -fPIC -g -O3 -Wall -pedantic -std=gnu99 -mtune=native -pipe -c forder.c -o forder.o/usr/local/opt/llvm/bin/clang -fopenmp -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG -I/usr/local/opt/gettext/include -I/usr/local/opt /llvm/include -fopenmp -fPIC -g -O3 -Wall -pedantic -std=gnu99 -mtune=native -pipe -c frank.c -o frank.o/usr/local/opt/llvm/bin/clang -fopenmp -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG -I/usr/local/opt/gettext/include -I/usr/local/opt /llvm/include -fopenmp -fPIC -g -O3 -Wall -pedantic -std=gnu99 -mtune=native -pipe -c fread.c -o fread.o/usr/local/opt/llvm/bin/clang -fopenmp -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG -I/usr/local/opt/gettext/include -I/usr/local/opt /llvm/include -fopenmp -fPIC -g -O3 -Wall -pedantic -std=gnu99 -mtune=native -pipe -c freadR.c -o freadR.o/usr/local/opt/llvm/bin/clang -fopenmp -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG -I/usr/local/opt/gettext/include -I/usr/local/opt /llvm/include -fopenmp -fPIC -g -O3 -Wall -pedantic -std=gnu99 -mtune=native -pipe -c fsort.c -o fsort.o/usr/local/opt/llvm/bin/clang -fopenmp -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG -I/usr/local/opt/gettext/include -I/usr/local/opt /llvm/include -fopenmp -fPIC -g -O3 -Wall -pedantic -std=gnu99 -mtune=native -pipe -c fwrite.c -o fwrite.o/usr/local/opt/llvm/bin/clang -fopenmp -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG -I/usr/local/opt/gettext/include -I/usr/local/opt /llvm/include -fopenmp -fPIC -g -O3 -Wall -pedantic -std=gnu99 -mtune=native -pipe -c fwriteR.c -o fwriteR.o/usr/local/opt/llvm/bin/clang -fopenmp -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG -I/usr/local/opt/gettext/include -I/usr/local/opt /llvm/include -fopenmp -fPIC -g -O3 -Wall -pedantic -std=gnu99 -mtune=native -pipe -c gsumm.c -o gsumm.o/usr/local/opt/llvm/bin/clang -fopenmp -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG -I/usr/local/opt/gettext/include -I/usr/local/opt /llvm/include -fopenmp -fPIC -g -O3 -Wall -pedantic -std=gnu99 -mtune=native -pipe -c ijoin.c -o ijoin.o/usr/local/opt/llvm/bin/clang -fopenmp -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG -I/usr/local/opt/gettext/include -I/usr/local/opt /llvm/include -fopenmp -fPIC -g -O3 -Wall -pedantic -std=gnu99 -mtune=native -pipe -c init.c -o init.o/usr/local/opt/llvm/bin/clang -fopenmp -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG -I/usr/local/opt/gettext/include -I/usr/local/opt /llvm/include -fopenmp -fPIC -g -O3 -Wall -pedantic -std=gnu99 -mtune=native -pipe -c inrange.c -o inrange.o/usr/local/opt/llvm/bin/clang -fopenmp -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG -I/usr/local/opt/gettext/include -I/usr/local/opt /llvm/include -fopenmp -fPIC -g -O3 -Wall -pedantic -std=gnu99 -mtune=native -pipe -c openmp-utils.c -o openmp-utils.o/usr/local/opt/llvm/bin/clang -fopenmp -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG -I/usr/local/opt/gettext/include -I/usr/local/opt /llvm/include -fopenmp -fPIC -g -O3 -Wall -pedantic -std=gnu99 -mtune=native -pipe -c quickselect.c -o quickselect.o/usr/local/opt/llvm/bin/clang -fopenmp -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG -I/usr/local/opt/gettext/include -I/usr/local/opt /llvm/include -fopenmp -fPIC -g -O3 -Wall -pedantic -std=gnu99 -mtune=native -pipe -c rbindlist.c -o rbindlist.o/usr/local/opt/llvm/bin/clang -fopenmp -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG -I/usr/local/opt/gettext/include -I/usr/local/opt /llvm/include -fopenmp -fPIC -g -O3 -Wall -pedantic -std=gnu99 -mtune=native -pipe -c reorder.c -o reorder.o/usr/local/opt/llvm/bin/clang -fopenmp -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG -I/usr/local/opt/gettext/include -I/usr/local/opt /llvm/include -fopenmp -fPIC -g -O3 -Wall -pedantic -std=gnu99 -mtune=native -pipe -c shift.c -o shift.o/usr/local/opt/llvm/bin/clang -fopenmp -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG -I/usr/local/opt/gettext/include -I/usr/local/opt /llvm/include -fopenmp -fPIC -g -O3 -Wall -pedantic -std=gnu99 -mtune=native -pipe -c subset.c -o subset.o/usr/local/opt/llvm/bin/clang -fopenmp -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG -I/usr/local/opt/gettext/include -I/usr/local/opt /llvm/include -fopenmp -fPIC -g -O3 -Wall -pedantic -std=gnu99 -mtune=native -pipe -c transpose.c -o transpose.o/usr/local/opt/llvm/bin/clang -fopenmp -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG -I/usr/local/opt/gettext/include -I/usr/local/opt /llvm/include -fopenmp -fPIC -g -O3 -Wall -pedantic -std=gnu99 -mtune=native -pipe -c uniqlist.c -o uniqlist.o/usr/local/opt/llvm/bin/clang -fopenmp -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG -I/usr/local/opt/gettext/include -I/usr/local/opt /llvm/include -fopenmp -fPIC -g -O3 -Wall -pedantic -std=gnu99 -mtune=native -pipe -c vecseq.c -o vecseq.o/usr/local/opt/llvm/bin/clang -fopenmp -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG -I/usr/local/opt/gettext/include -I/usr/local/opt /llvm/include -fopenmp -fPIC -g -O3 -Wall -pedantic -std=gnu99 -mtune=native -pipe -c wrappers.c -o wrappers.o/usr/local/opt/llvm/bin/clang -fopenmp -dynamiclib -Wl,-headerpad_max_install_names -undefined dynamic_lookup -single_module -multiply_defined suprimir -L/Library/Frameworks/R.framework/Resources/lib -L/usr/local/ opt/gettext/lib -L/usr/local/opt/llvm/lib -Wl,-rpath,/usr/local/opt/llvm/lib -o data.table.asigne.o between.o bmerge.o chmatch .o dogroups.o fastmean.o fcast.o fmelt.o forder.o frank.o fread.o freadR.o fsort.o fwrite.o fwriteR.o gsumm.o ijoin.o init.o inrange.o openmp-utils .o selección rápida.o rbindlist.o reorder.o shift.o subset.o transpose.o uniqlist.o vecseq.o wrappers.o -fopenmp -F/Library/Frameworks/R.framework/.. -framework R -Wl, -marco -Wl,CoreFoundationmv data.table.so datatable.soif [ "" != "Windows_NT" ] && [ uname -s = 'Darwin' ]; fiinstalando en /Users/a.senabouth/Library/R/3.4/library/data.table/libs* R
  * instante* byte-compile y prepare el paquete para la carga diferida
  * ayuda* * instalación de índices de ayuda
  * índices de paquetes de construcción* instalación de viñetas
  ** probando si se puede cargar el paquete instalado
• HECHO (tabla de datos)

Los paquetes fuente descargados están en
'/private/var/folders/zz/zyxvpxvq6csfxvn_n0001lp0000cxh/T/Rtmpl7TqS4/downloaded_packages'

R
Error: objeto 'R' no encontrado
biblioteca (paralelo)
biblioteca (tabla de datos)
data.table 1.10.5 EN DESARROLLO construido 2017-10-16 07:29:07 UTC; travis
La forma más rápida de aprender (por los autores de data.table): https://www.datacamp.com/courses/data-analysis-the-data-table-way
Documentación: ?data.table, example(data.table) y browserVignettes("data.table")
Notas de la versión, videos y diapositivas: http://r-datatable.com
mclapply(1:2, raíz cuadrada)

* atrapado operación ilegal *
dirección 0x7fffa9730ae4, causa 'código de operación ilegal'

Rastrear:
1: mcfork()
2: DIVERSIÓN (X[[i]], ...)
3: lapply(seq_len(núcleos), interior.do)
4: mclapply(1:2, raíz cuadrada)

Posibles acciones:
1: cancelar (con volcado del núcleo, si está habilitado)
2: salida R normal
3: salir de R sin guardar espacio de trabajo
4: salir de R guardando espacio de trabajo

And here's the session info:
```{r}
R version 3.4.2 (2017-09-28)
Platform: x86_64-apple-darwin15.6.0 (64-bit)
Running under: macOS Sierra 10.12.6

Matrix products: default
BLAS: /Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.4/Resources/lib/libRblas.0.dylib
LAPACK: /Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.4/Resources/lib/libRlapack.dylib

locale:
[1] en_AU.UTF-8/en_AU.UTF-8/en_AU.UTF-8/C/en_AU.UTF-8/en_AU.UTF-8

attached base packages:
[1] parallel  stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods  
[8] base     

other attached packages:
[1] data.table_1.10.5

loaded via a namespace (and not attached):
[1] compiler_3.4.2

EDITAR :
Lo hice funcionar instalando 1.10.4 desde la fuente.
```{r}

requerir (herramientas de desarrollo)
Cargando el paquete requerido: devtools
install_version("data.table", version = "1.10.4", repositorios = "http://cran.us.r-project.org")
Descargando el paquete desde la URL: http://cran.us.r-project.org/src/contrib/Archive/data.table/data.table_1.10.4.tar.gz
Instalación de tabla de datos
'/Library/Frameworks/R.framework/Resources/bin/R' --no-site-file --no-environ
--no-guardar --no-restaurar --quiet CMD INSTALACIÓN
'/private/var/folders/zz/zyxvpxvq6csfxvn_n0001lp0000cxh/T/RtmpXDSgR8/devtoolsdf05280c79d9/data.table'
--library='/Users/a.senabouth/Library/R/3.4/library' --install-tests

• instalando el paquete fuente 'data.table'...
  * paquete 'data.table' desempaquetado con éxito y sumas MD5 verificadas* libretas
  /usr/local/opt/llvm/bin/clang -fopenmp -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG -I/usr/local/opt/gettext/include -I/usr/local/opt /llvm/include -fopenmp -fPIC -g -O3 -Wall -pedantic -std=gnu99 -mtune=native -pipe -c asignar.c -o asignar.o
  /usr/local/opt/llvm/bin/clang -fopenmp -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG -I/usr/local/opt/gettext/include -I/usr/local/opt /llvm/include -fopenmp -fPIC -g -O3 -Wall -pedantic -std=gnu99 -mtune=native -pipe -c between.c -o between.o
  /usr/local/opt/llvm/bin/clang -fopenmp -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG -I/usr/local/opt/gettext/include -I/usr/local/opt /llvm/include -fopenmp -fPIC -g -O3 -Wall -pedantic -std=gnu99 -mtune=native -pipe -c bmerge.c -o bmerge.o
  /usr/local/opt/llvm/bin/clang -fopenmp -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG -I/usr/local/opt/gettext/include -I/usr/local/opt /llvm/include -fopenmp -fPIC -g -O3 -Wall -pedantic -std=gnu99 -mtune=native -pipe -c chmatch.c -o chmatch.o
  /usr/local/opt/llvm/bin/clang -fopenmp -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG -I/usr/local/opt/gettext/include -I/usr/local/opt /llvm/include -fopenmp -fPIC -g -O3 -Wall -pedantic -std=gnu99 -mtune=native -pipe -c dogroups.c -o dogroups.o
  /usr/local/opt/llvm/bin/clang -fopenmp -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG -I/usr/local/opt/gettext/include -I/usr/local/opt /llvm/include -fopenmp -fPIC -g -O3 -Wall -pedantic -std=gnu99 -mtune=native -pipe -c fastmean.c -o fastmean.o
  /usr/local/opt/llvm/bin/clang -fopenmp -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG -I/usr/local/opt/gettext/include -I/usr/local/opt /llvm/include -fopenmp -fPIC -g -O3 -Wall -pedantic -std=gnu99 -mtune=native -pipe -c fcast.c -o fcast.o
  /usr/local/opt/llvm/bin/clang -fopenmp -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG -I/usr/local/opt/gettext/include -I/usr/local/opt /llvm/include -fopenmp -fPIC -g -O3 -Wall -pedantic -std=gnu99 -mtune=native -pipe -c fmelt.c -o fmelt.o
  /usr/local/opt/llvm/bin/clang -fopenmp -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG -I/usr/local/opt/gettext/include -I/usr/local/opt /llvm/include -fopenmp -fPIC -g -O3 -Wall -pedantic -std=gnu99 -mtune=native -pipe -c forder.c -o forder.o
  /usr/local/opt/llvm/bin/clang -fopenmp -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG -I/usr/local/opt/gettext/include -I/usr/local/opt /llvm/include -fopenmp -fPIC -g -O3 -Wall -pedantic -std=gnu99 -mtune=native -pipe -c frank.c -o frank.o
  /usr/local/opt/llvm/bin/clang -fopenmp -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG -I/usr/local/opt/gettext/include -I/usr/local/opt /llvm/include -fopenmp -fPIC -g -O3 -Wall -pedantic -std=gnu99 -mtune=native -pipe -c fread.c -o fread.o
  /usr/local/opt/llvm/bin/clang -fopenmp -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG -I/usr/local/opt/gettext/include -I/usr/local/opt /llvm/include -fopenmp -fPIC -g -O3 -Wall -pedantic -std=gnu99 -mtune=native -pipe -c fsort.c -o fsort.o
  /usr/local/opt/llvm/bin/clang -fopenmp -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG -I/usr/local/opt/gettext/include -I/usr/local/opt /llvm/include -fopenmp -fPIC -g -O3 -Wall -pedantic -std=gnu99 -mtune=native -pipe -c fwrite.c -o fwrite.o
  /usr/local/opt/llvm/bin/clang -fopenmp -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG -I/usr/local/opt/gettext/include -I/usr/local/opt /llvm/include -fopenmp -fPIC -g -O3 -Wall -pedantic -std=gnu99 -mtune=native -pipe -c gsumm.c -o gsumm.o
  /usr/local/opt/llvm/bin/clang -fopenmp -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG -I/usr/local/opt/gettext/include -I/usr/local/opt /llvm/include -fopenmp -fPIC -g -O3 -Wall -pedantic -std=gnu99 -mtune=native -pipe -c ijoin.c -o ijoin.o
  /usr/local/opt/llvm/bin/clang -fopenmp -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG -I/usr/local/opt/gettext/include -I/usr/local/opt /llvm/include -fopenmp -fPIC -g -O3 -Wall -pedantic -std=gnu99 -mtune=native -pipe -c init.c -o init.o
  /usr/local/opt/llvm/bin/clang -fopenmp -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG -I/usr/local/opt/gettext/include -I/usr/local/opt /llvm/include -fopenmp -fPIC -g -O3 -Wall -pedantic -std=gnu99 -mtune=native -pipe -c inrange.c -o inrange.o
  /usr/local/opt/llvm/bin/clang -fopenmp -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG -I/usr/local/opt/gettext/include -I/usr/local/opt /llvm/include -fopenmp -fPIC -g -O3 -Wall -pedantic -std=gnu99 -mtune=native -pipe -c openmp-utils.c -o openmp-utils.o
  /usr/local/opt/llvm/bin/clang -fopenmp -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG -I/usr/local/opt/gettext/include -I/usr/local/opt /llvm/include -fopenmp -fPIC -g -O3 -Wall -pedantic -std=gnu99 -mtune=native -pipe -c quickselect.c -o quickselect.o
  /usr/local/opt/llvm/bin/clang -fopenmp -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG -I/usr/local/opt/gettext/include -I/usr/local/opt /llvm/include -fopenmp -fPIC -g -O3 -Wall -pedantic -std=gnu99 -mtune=native -pipe -c rbindlist.c -o rbindlist.o
  /usr/local/opt/llvm/bin/clang -fopenmp -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG -I/usr/local/opt/gettext/include -I/usr/local/opt /llvm/include -fopenmp -fPIC -g -O3 -Wall -pedantic -std=gnu99 -mtune=native -pipe -c reorder.c -o reorder.o
  /usr/local/opt/llvm/bin/clang -fopenmp -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG -I/usr/local/opt/gettext/include -I/usr/local/opt /llvm/include -fopenmp -fPIC -g -O3 -Wall -pedantic -std=gnu99 -mtune=native -pipe -c shift.c -o shift.o
  /usr/local/opt/llvm/bin/clang -fopenmp -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG -I/usr/local/opt/gettext/include -I/usr/local/opt /llvm/include -fopenmp -fPIC -g -O3 -Wall -pedantic -std=gnu99 -mtune=native -pipe -c subset.c -o subset.o
  /usr/local/opt/llvm/bin/clang -fopenmp -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG -I/usr/local/opt/gettext/include -I/usr/local/opt /llvm/include -fopenmp -fPIC -g -O3 -Wall -pedantic -std=gnu99 -mtune=native -pipe -c transpose.c -o transpose.o
  /usr/local/opt/llvm/bin/clang -fopenmp -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG -I/usr/local/opt/gettext/include -I/usr/local/opt /llvm/include -fopenmp -fPIC -g -O3 -Wall -pedantic -std=gnu99 -mtune=native -pipe -c uniqlist.c -o uniqlist.o
  /usr/local/opt/llvm/bin/clang -fopenmp -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG -I/usr/local/opt/gettext/include -I/usr/local/opt /llvm/include -fopenmp -fPIC -g -O3 -Wall -pedantic -std=gnu99 -mtune=native -pipe -c vecseq.c -o vecseq.o
  /usr/local/opt/llvm/bin/clang -fopenmp -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG -I/usr/local/opt/gettext/include -I/usr/local/opt /llvm/include -fopenmp -fPIC -g -O3 -Wall -pedantic -std=gnu99 -mtune=native -pipe -c wrappers.c -o wrappers.o
  /usr/local/opt/llvm/bin/clang -fopenmp -dynamiclib -Wl,-headerpad_max_install_names -undefined dynamic_lookup -single_module -multiply_defined suprimir -L/Library/Frameworks/R.framework/Resources/lib -L/usr/local/ opt/gettext/lib -L/usr/local/opt/llvm/lib -Wl,-rpath,/usr/local/opt/llvm/lib -o data.table.asigne.o between.o bmerge.o chmatch .o dogroups.o fastmean.o fcast.o fmelt.o forder.o frank.o fread.o fsort.o fwrite.o gsumm.o ijoin.o init.o inrange.o openmp-utils.o quickselect.o binndlist .o reorder.o shift.o subset.o transpose.o uniqlist.o vecseq.o wrappers.o -fopenmp -F/Library/Frameworks/R.framework/.. -framework R -Wl,-framework -Wl,CoreFoundation
  mv data.table.so datatable.so
  if [ "" != "Windows_NT" ] && [ uname -s = 'Darwin' ]; luego install_name_tool -id datatable.so datatable.so; fi
  instalando en /Users/a.senabouth/Library/R/3.4/library/data.table/libs
  * R* instante
  * pruebas* byte-compile y prepare el paquete para la carga diferida
  * ayuda* * instalación de índices de ayuda
  * índices de paquetes de construcción* instalación de viñetas
  ** probando si se puede cargar el paquete instalado
• HECHO (tabla de datos)
  > biblioteca (tabla de datos)
  data.table 1.10.4
  La forma más rápida de aprender (por los autores de data.table): https://www.datacamp.com/courses/data-analysis-the-data-table-way
  Documentación: ?data.table, example(data.table) y browserVignettes("data.table")
  Notas de la versión, videos y diapositivas: http://r-datatable.com
  > biblioteca (paralelo)
  > mclapply(1:2, raíz cuadrada)
  [[1]]
  [1] 1

[[2]]
[1] 1.414214
```

He publicado lo siguiente https://software.intel.com/en-us/forums/intel-c-compiler/topic/746943

Probablemente esté en el lugar equivocado y probablemente me llamen, pero espero que haga rodar la pelota.

@mattdowle déjame saber si hay cosas que te gustaría que agregue/haga

Quería confirmar que reproduje el mismo error que @asenabouth y que reinstalar 1.10.4 desde la fuente solucionó el problema.

información de la sesión:

R version 3.4.2 (2017-09-28)
Platform: x86_64-apple-darwin15.6.0 (64-bit)
Running under: macOS High Sierra 10.13

Matrix products: default
BLAS: /Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.4/Resources/lib/libRblas.0.dylib
LAPACK: /Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.4/Resources/lib/libRlapack.dylib

locale:
[1] en_US.UTF-8/en_US.UTF-8/en_US.UTF-8/C/en_US.UTF-8/en_US.UTF-8

attached base packages:
[1] parallel  stats     graphics  grDevices utils     datasets  base     

other attached packages:
[1] data.table_1.10.4

loaded via a namespace (and not attached):
[1] compiler_3.4.2 methods_3.4.2 

Solo registrando algunos detalles en mi máquina

library(parallel)
library(data.table)
mclapply(1:2, sqrt)

produce

 *** caught illegal operation ***
address 0x7fffb500eae4, cause 'illegal opcode'

con sessionInfo()

R version 3.4.2 (2017-09-28)
Platform: x86_64-apple-darwin15.6.0 (64-bit)
Running under: macOS Sierra 10.12.6

Matrix products: default
BLAS: /Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.4/Resources/lib/libRblas.0.dylib
LAPACK: /Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.4/Resources/lib/libRlapack.dylib

locale:
[1] en_CA.UTF-8/en_CA.UTF-8/en_CA.UTF-8/C/en_CA.UTF-8/en_CA.UTF-8

attached base packages:
[1] parallel  stats     graphics  utils     datasets  grDevices methods  
[8] base     

other attached packages:
[1] data.table_1.10.4-2 testthat_1.0.2      devtools_1.13.3    

loaded via a namespace (and not attached):
[1] compiler_3.4.2 magrittr_1.5   R6_2.2.2       withr_2.0.0    crayon_1.3.4  
[6] memoise_1.1.0  digest_0.6.12

Curiosamente,

> remove.packages("data.table")
Removing package from ‘/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.4/Resources/library’
(as ‘lib’ is unspecified)
> install.packages("data.table", type = "source",
+ repos = "http://Rdatatable.github.io/data.table")

produce

trying URL 'http://Rdatatable.github.io/data.table/src/contrib/data.table_1.10.5.tar.gz'

Content type 'application/gzip' length 3312726 bytes (3.2 MB)
==================================================
downloaded 3.2 MB

* installing *source* package ‘data.table’ ...
** libs
clang -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG   -I/usr/local/include  -fopenmp -fPIC  -Wall -g -O2  -c assign.c -o assign.o
clang: error: unsupported option '-fopenmp'
make: *** [assign.o] Error 1
ERROR: compilation failed for package ‘data.table’
* removing ‘/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.4/Resources/library/data.table’

The downloaded source packages are in
    ‘/private/var/folders/48/q6ltldjs251000_wvjrdy_vm0000gn/T/Rtmp6eZFXj/downloaded_packages’
Warning message:
In install.packages("data.table", type = "source", repos = "http://Rdatatable.github.io/data.table") :
  installation of package ‘data.table’ had non-zero exit status

voy a ver si esto tiene relacion

También seguí las instrucciones en https://github.com/Rdatatable/data.table/wiki/Installation y el problema persiste....

EDITAR:
El problema original con mclapply y el illegal operation (no el error del compilador unsupported option '-fopenmp' , que se solucionó siguiendo las instrucciones)

Gracias a todos. Es interesante que 1.10.4 parezca funcionar bien pero 1.10.4-2 no. Parece bloquearse tan pronto como se llama a la bifurcación. El intento que mencioné en NOTICIAS fue en esa zona.

Primero, lo que no cambió. Al cargar data.table, init.c llama a esto en openmp-utils.c :

void avoid_openmp_hang_within_fork() {
  // Called once on loading data.table from init.c
  #ifdef _OPENMP
    pthread_atfork(&when_fork, NULL, NULL);
  #endif
}

así que cuando parallel::mclapply llama a su fork() , se ejecuta la función when_fork . Que en 1.10.4-2 se ve así:

void when_fork() {    # v 1.10.4-2
  // attempted workaround for Intel's OpenMP implementation which leaves threads
  // running after parallel region; these crash when forked.
  #ifdef _OPENMP
    omp_set_num_threads(1);
  #endif

  DTthreads = 1;
}

antes (en 1.10.4), no solía llamar a omp_set_num_threads(1) , y solo estaba configurando esa variable estática DTthreads :

void when_fork() {    # v 1.10.4
  DTthreads = 1;
}

Todo lo que puedo pensar es que la llamada a omp_set_num_threads(1) lo está bloqueando. Pero esa es la función más simple que puede llamar en OpenMP. ¿Quizás no se ha encuadernado correctamente en la biblioteca, de alguna manera?

1. Para las personas que pueden reproducir el bloqueo al llamar a parallel::mclapply , ¿funciona bien el simple fwrite() en una sesión nueva sin cargar el paquete parallel ? ¿Utiliza tantas CPU como debería? Necesitará DT grandes para probar, de lo contrario, solo usa 1 subproceso para datos pequeños. Si falla con cualquier uso de OpenMP, entonces tenemos un problema de vinculación. ¿Alguien sabe qué significan estas banderas en la línea de enlace y podrían tener algo que ver con MacOS? : -dynamiclib -Wl,-headerpad_max_install_names -undefined dynamic_lookup -single_module -multiply_defined suppress

2. Podría intentar eliminar esa llamada a omp_set_num_threads(1) nuevamente en desarrollo y alguien con el problema ahora con 1.10.5 podría intentarlo nuevamente después de que lo cambie.

3. Lo extraño es que las pruebas están pasando en CRAN en MacOS sin fallas. Pruebe las pruebas 1705 llamando a parallel::mclapply y todas las pruebas se ejecutan en CRAN usando 2 subprocesos. ¿Cuál es la diferencia entre la máquina CRAN y las máquinas con las que la gente tiene problemas?

@joethorley Eso es extraño. Obtiene unsupported option '-fopenmp' incluso después de ejecutar las instrucciones de MacOS aquí . ¿Alguien más puede sugerir cómo progresar entonces? Estoy perdido.

@joethorley ¿Tiene instalado gettext? Resulta que no lo hice. Pude compilar el paquete correctamente en mi sistema una vez que lo hice.

@mattdowle no, el error unsupported option '-fopenmp' desapareció después de seguir las instrucciones aquí, pero el error

 *** caught illegal operation ***
address 0x7fffb500eae4, cause 'illegal opcode'

ocurrió.

Mi Makevars es

CC=/usr/local/opt/llvm/bin/clang -fopenmp
CXX=/usr/local/opt/llvm/bin/clang++
# -O3 should be faster than -O2 (default) level optimisation ..
CFLAGS=-g -O3 -Wall -pedantic -std=gnu99 -mtune=native -pipe
CXXFLAGS=-g -O3 -Wall -pedantic -std=c++11 -mtune=native -pipe
LDFLAGS=-L/usr/local/opt/gettext/lib -L/usr/local/opt/llvm/lib -Wl,-rpath,/usr/local/opt/llvm/lib
CPPFLAGS=-I/usr/local/opt/gettext/include -I/usr/local/opt/llvm/include

Mi información de sesión ()

R version 3.4.2 (2017-09-28)
Platform: x86_64-apple-darwin15.6.0 (64-bit)
Running under: macOS Sierra 10.12.6

Matrix products: default
BLAS: /Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.4/Resources/lib/libRblas.0.dylib
LAPACK: /Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.4/Resources/lib/libRlapack.dylib

locale:
[1] en_CA.UTF-8/en_CA.UTF-8/en_CA.UTF-8/C/en_CA.UTF-8/en_CA.UTF-8

attached base packages:
[1] stats     graphics  utils     datasets  grDevices methods   base     

other attached packages:
[1] testthat_1.0.2  devtools_1.13.3

loaded via a namespace (and not attached):
[1] compiler_3.4.2 magrittr_1.5   R6_2.2.2       withr_2.0.0    crayon_1.3.4  
[6] memoise_1.1.0  digest_0.6.12 

y mi sesión de R

> remove.packages("data.table")
Removing package from ‘/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.4/Resources/library’
(as ‘lib’ is unspecified)
> install.packages("data.table", type = "source", repos = "http://Rdatatable.github.io/data.table")
trying URL 'http://Rdatatable.github.io/data.table/src/contrib/data.table_1.10.5.tar.gz'
Content type 'application/gzip' length 3312684 bytes (3.2 MB)
==================================================
downloaded 3.2 MB

* installing *source* package ‘data.table’ ...
** libs
/usr/local/opt/llvm/bin/clang -fopenmp -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG   -I/usr/local/opt/gettext/include -I/usr/local/opt/llvm/include  -fopenmp -fPIC  -g -O3 -Wall -pedantic -std=gnu99 -mtune=native -pipe -c assign.c -o assign.o
/usr/local/opt/llvm/bin/clang -fopenmp -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG   -I/usr/local/opt/gettext/include -I/usr/local/opt/llvm/include  -fopenmp -fPIC  -g -O3 -Wall -pedantic -std=gnu99 -mtune=native -pipe -c between.c -o between.o
/usr/local/opt/llvm/bin/clang -fopenmp -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG   -I/usr/local/opt/gettext/include -I/usr/local/opt/llvm/include  -fopenmp -fPIC  -g -O3 -Wall -pedantic -std=gnu99 -mtune=native -pipe -c bmerge.c -o bmerge.o
/usr/local/opt/llvm/bin/clang -fopenmp -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG   -I/usr/local/opt/gettext/include -I/usr/local/opt/llvm/include  -fopenmp -fPIC  -g -O3 -Wall -pedantic -std=gnu99 -mtune=native -pipe -c chmatch.c -o chmatch.o
/usr/local/opt/llvm/bin/clang -fopenmp -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG   -I/usr/local/opt/gettext/include -I/usr/local/opt/llvm/include  -fopenmp -fPIC  -g -O3 -Wall -pedantic -std=gnu99 -mtune=native -pipe -c dogroups.c -o dogroups.o
/usr/local/opt/llvm/bin/clang -fopenmp -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG   -I/usr/local/opt/gettext/include -I/usr/local/opt/llvm/include  -fopenmp -fPIC  -g -O3 -Wall -pedantic -std=gnu99 -mtune=native -pipe -c fastmean.c -o fastmean.o
/usr/local/opt/llvm/bin/clang -fopenmp -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG   -I/usr/local/opt/gettext/include -I/usr/local/opt/llvm/include  -fopenmp -fPIC  -g -O3 -Wall -pedantic -std=gnu99 -mtune=native -pipe -c fcast.c -o fcast.o
/usr/local/opt/llvm/bin/clang -fopenmp -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG   -I/usr/local/opt/gettext/include -I/usr/local/opt/llvm/include  -fopenmp -fPIC  -g -O3 -Wall -pedantic -std=gnu99 -mtune=native -pipe -c fmelt.c -o fmelt.o
/usr/local/opt/llvm/bin/clang -fopenmp -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG   -I/usr/local/opt/gettext/include -I/usr/local/opt/llvm/include  -fopenmp -fPIC  -g -O3 -Wall -pedantic -std=gnu99 -mtune=native -pipe -c forder.c -o forder.o
/usr/local/opt/llvm/bin/clang -fopenmp -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG   -I/usr/local/opt/gettext/include -I/usr/local/opt/llvm/include  -fopenmp -fPIC  -g -O3 -Wall -pedantic -std=gnu99 -mtune=native -pipe -c frank.c -o frank.o
/usr/local/opt/llvm/bin/clang -fopenmp -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG   -I/usr/local/opt/gettext/include -I/usr/local/opt/llvm/include  -fopenmp -fPIC  -g -O3 -Wall -pedantic -std=gnu99 -mtune=native -pipe -c fread.c -o fread.o
/usr/local/opt/llvm/bin/clang -fopenmp -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG   -I/usr/local/opt/gettext/include -I/usr/local/opt/llvm/include  -fopenmp -fPIC  -g -O3 -Wall -pedantic -std=gnu99 -mtune=native -pipe -c freadR.c -o freadR.o
/usr/local/opt/llvm/bin/clang -fopenmp -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG   -I/usr/local/opt/gettext/include -I/usr/local/opt/llvm/include  -fopenmp -fPIC  -g -O3 -Wall -pedantic -std=gnu99 -mtune=native -pipe -c fsort.c -o fsort.o
/usr/local/opt/llvm/bin/clang -fopenmp -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG   -I/usr/local/opt/gettext/include -I/usr/local/opt/llvm/include  -fopenmp -fPIC  -g -O3 -Wall -pedantic -std=gnu99 -mtune=native -pipe -c fwrite.c -o fwrite.o
/usr/local/opt/llvm/bin/clang -fopenmp -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG   -I/usr/local/opt/gettext/include -I/usr/local/opt/llvm/include  -fopenmp -fPIC  -g -O3 -Wall -pedantic -std=gnu99 -mtune=native -pipe -c fwriteR.c -o fwriteR.o
/usr/local/opt/llvm/bin/clang -fopenmp -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG   -I/usr/local/opt/gettext/include -I/usr/local/opt/llvm/include  -fopenmp -fPIC  -g -O3 -Wall -pedantic -std=gnu99 -mtune=native -pipe -c gsumm.c -o gsumm.o
/usr/local/opt/llvm/bin/clang -fopenmp -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG   -I/usr/local/opt/gettext/include -I/usr/local/opt/llvm/include  -fopenmp -fPIC  -g -O3 -Wall -pedantic -std=gnu99 -mtune=native -pipe -c ijoin.c -o ijoin.o
/usr/local/opt/llvm/bin/clang -fopenmp -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG   -I/usr/local/opt/gettext/include -I/usr/local/opt/llvm/include  -fopenmp -fPIC  -g -O3 -Wall -pedantic -std=gnu99 -mtune=native -pipe -c init.c -o init.o
/usr/local/opt/llvm/bin/clang -fopenmp -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG   -I/usr/local/opt/gettext/include -I/usr/local/opt/llvm/include  -fopenmp -fPIC  -g -O3 -Wall -pedantic -std=gnu99 -mtune=native -pipe -c inrange.c -o inrange.o
/usr/local/opt/llvm/bin/clang -fopenmp -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG   -I/usr/local/opt/gettext/include -I/usr/local/opt/llvm/include  -fopenmp -fPIC  -g -O3 -Wall -pedantic -std=gnu99 -mtune=native -pipe -c openmp-utils.c -o openmp-utils.o
/usr/local/opt/llvm/bin/clang -fopenmp -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG   -I/usr/local/opt/gettext/include -I/usr/local/opt/llvm/include  -fopenmp -fPIC  -g -O3 -Wall -pedantic -std=gnu99 -mtune=native -pipe -c quickselect.c -o quickselect.o
/usr/local/opt/llvm/bin/clang -fopenmp -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG   -I/usr/local/opt/gettext/include -I/usr/local/opt/llvm/include  -fopenmp -fPIC  -g -O3 -Wall -pedantic -std=gnu99 -mtune=native -pipe -c rbindlist.c -o rbindlist.o
/usr/local/opt/llvm/bin/clang -fopenmp -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG   -I/usr/local/opt/gettext/include -I/usr/local/opt/llvm/include  -fopenmp -fPIC  -g -O3 -Wall -pedantic -std=gnu99 -mtune=native -pipe -c reorder.c -o reorder.o
/usr/local/opt/llvm/bin/clang -fopenmp -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG   -I/usr/local/opt/gettext/include -I/usr/local/opt/llvm/include  -fopenmp -fPIC  -g -O3 -Wall -pedantic -std=gnu99 -mtune=native -pipe -c shift.c -o shift.o
/usr/local/opt/llvm/bin/clang -fopenmp -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG   -I/usr/local/opt/gettext/include -I/usr/local/opt/llvm/include  -fopenmp -fPIC  -g -O3 -Wall -pedantic -std=gnu99 -mtune=native -pipe -c subset.c -o subset.o
/usr/local/opt/llvm/bin/clang -fopenmp -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG   -I/usr/local/opt/gettext/include -I/usr/local/opt/llvm/include  -fopenmp -fPIC  -g -O3 -Wall -pedantic -std=gnu99 -mtune=native -pipe -c transpose.c -o transpose.o
/usr/local/opt/llvm/bin/clang -fopenmp -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG   -I/usr/local/opt/gettext/include -I/usr/local/opt/llvm/include  -fopenmp -fPIC  -g -O3 -Wall -pedantic -std=gnu99 -mtune=native -pipe -c uniqlist.c -o uniqlist.o
/usr/local/opt/llvm/bin/clang -fopenmp -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG   -I/usr/local/opt/gettext/include -I/usr/local/opt/llvm/include  -fopenmp -fPIC  -g -O3 -Wall -pedantic -std=gnu99 -mtune=native -pipe -c vecseq.c -o vecseq.o
/usr/local/opt/llvm/bin/clang -fopenmp -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG   -I/usr/local/opt/gettext/include -I/usr/local/opt/llvm/include  -fopenmp -fPIC  -g -O3 -Wall -pedantic -std=gnu99 -mtune=native -pipe -c wrappers.c -o wrappers.o
/usr/local/opt/llvm/bin/clang -fopenmp -dynamiclib -Wl,-headerpad_max_install_names -undefined dynamic_lookup -single_module -multiply_defined suppress -L/Library/Frameworks/R.framework/Resources/lib -L/usr/local/opt/gettext/lib -L/usr/local/opt/llvm/lib -Wl,-rpath,/usr/local/opt/llvm/lib -o data.table.so assign.o between.o bmerge.o chmatch.o dogroups.o fastmean.o fcast.o fmelt.o forder.o frank.o fread.o freadR.o fsort.o fwrite.o fwriteR.o gsumm.o ijoin.o init.o inrange.o openmp-utils.o quickselect.o rbindlist.o reorder.o shift.o subset.o transpose.o uniqlist.o vecseq.o wrappers.o -fopenmp -F/Library/Frameworks/R.framework/.. -framework R -Wl,-framework -Wl,CoreFoundation
mv data.table.so datatable.so
if [ "" != "Windows_NT" ] && [ `uname -s` = 'Darwin' ]; then install_name_tool -id datatable.so datatable.so; fi
installing to /Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.4/Resources/library/data.table/libs
** R
** inst
** byte-compile and prepare package for lazy loading
** help
*** installing help indices
** building package indices
** installing vignettes
** testing if installed package can be loaded
* DONE (data.table)

The downloaded source packages are in
    ‘/private/var/folders/48/q6ltldjs251000_wvjrdy_vm0000gn/T/RtmpWku3yc/downloaded_packages’
> library(parallel)
> library(data.table)
data.table 1.10.5 IN DEVELOPMENT built 2017-10-18 23:12:32 UTC; travis
  The fastest way to learn (by data.table authors): https://www.datacamp.com/courses/data-analysis-the-data-table-way
  Documentation: ?data.table, example(data.table) and browseVignettes("data.table")
  Release notes, videos and slides: http://r-datatable.com
> mclapply(1:2, sqrt)

 *** caught illegal operation ***
address 0x7fffb500eae4, cause 'illegal opcode'

@mattdowle

1. fwrite() parece funcionar en mi máquina

> mtcars <- rbind(mtcars, mtcars)
> nrow(mtcars)                                       
[1] 16777216
> fwrite(mtcars, "mtcars.csv")
Written 45.1% of 16777216 rows in 2 secs using 8 threads. anyBufferGrown=no; max
Written 69.5% of 16777216 rows in 3 secs using 8 threads. anyBufferGrown=no; max
Written 93.9% of 16777216 rows in 4 secs using 8 threads. anyBufferGrown=no; max                                                                         

@asenabouth Tengo gettext instalado y pude compilar el paquete correctamente una vez que seguí las instrucciones. Mi publicación no estaba clara, así que la he editado.

@mattdowle

1. Si elimina esa llamada a omp_set_num_threads(1) en dev, intentaré dev nuevamente.

La instalación de 1.10.4.2 desde CRAN, ya sea fuente o binario, provoca el bloqueo de mclapply. Instalando github.com/Rdatatable/data. table@master from source todavía produjo el bloqueo original de mclapply.

Instalación de esta versión modificada del maestro actual

$ git diff
diff --git a/src/openmp-utils.c b/src/openmp-utils.c
index d6e3b70..bf104fc 100644
--- a/src/openmp-utils.c
+++ b/src/openmp-utils.c
@@ -78,7 +78,7 @@ void when_fork() {
 void avoid_openmp_hang_within_fork() {
   // Called once on loading data.table from init.c
 #ifdef _OPENMP
-  pthread_atfork(&when_fork, NULL, NULL);
+//  pthread_atfork(&when_fork, NULL, NULL);
 #endif
 }
 ```

or this version

$ git diferencia
diferencia --git a/src/openmp-utils.cb/src/openmp-utils.c
índice d6e3b70..8c0236d 100644
--- a/src/openmp-utils.c
+++ b/src/openmp-utils.c
@@ -62,7 +62,7 @@ void when_fork() {
// intento de solución para la implementación de OpenMP de Intel que deja los subprocesos ejecutándose después
// región paralela; estos chocan cuando se bifurcan.
#ifdef _OPENMP

• omp_set_num_threads(1);
  +// omp_set_num_threads(1);
  #terminara si

// GNU OpenMP parece estar bien con solo configurar DTthreads en 1, lo que limita la siguiente región paralela

clears the hang for me.

The R we use (installed as a binary from CRAN) is the 3.4.2 release

Versión R
_
plataforma x86_64-apple-darwin15.6.0
arco x86_64
os darwin15.6.0
sistema x86_64, darwin15.6.0
estado
mayor 3
menor 4.2
año 2017
mes 09
día 28
svnrev 73368
idioma R
version.string R versión 3.4.2 (2017-09-28)
apodo verano corto
```

Establecer la variable de entorno OMP_NUM_THREADS=2 no cambió el resultado.

Puedo confirmar que comentar omp_set_num_threads(1); en when_fork() también soluciona el problema en mi máquina

> mclapply(1:2, sqrt)
[[1]]
[1] 1

[[2]]
[1] 1.414214

Gracias a todos. Hizo la corrección en desarrollo y está pasando. @joethorley ¿Podría usted u otra persona confirmar que la última versión 1.10.5 está bien ahora? Comenzaré a preparar 1.10.4-3 para ir a CRAN.

@mattdowle

Puedo confirmar que está arreglado.

$ R

R version 3.4.2 (2017-09-28) -- "Short Summer"
Copyright (C) 2017 The R Foundation for Statistical Computing
Platform: x86_64-apple-darwin15.6.0 (64-bit)

R is free software and comes with ABSOLUTELY NO WARRANTY.
You are welcome to redistribute it under certain conditions.
Type 'license()' or 'licence()' for distribution details.

  Natural language support but running in an English locale

R is a collaborative project with many contributors.
Type 'contributors()' for more information and
'citation()' on how to cite R or R packages in publications.

Type 'demo()' for some demos, 'help()' for on-line help, or
'help.start()' for an HTML browser interface to help.
Type 'q()' to quit R.

> remove.packages("data.table")
Removing package from ‘/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.4/Resources/library’
(as ‘lib’ is unspecified)
> install.packages("data.table", type = "source", repos = "http://Rdatatable.github.io/data.table")
trying URL 'http://Rdatatable.github.io/data.table/src/contrib/data.table_1.10.5.tar.gz'
Content type 'application/gzip' length 3313284 bytes (3.2 MB)
==================================================
downloaded 3.2 MB

* installing *source* package ‘data.table’ ...
** libs
/usr/local/opt/llvm/bin/clang -fopenmp -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG   -I/usr/local/opt/gettext/include -I/usr/local/opt/llvm/include  -fopenmp -fPIC  -g -O3 -Wall -pedantic -std=gnu99 -mtune=native -pipe -c assign.c -o assign.o
/usr/local/opt/llvm/bin/clang -fopenmp -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG   -I/usr/local/opt/gettext/include -I/usr/local/opt/llvm/include  -fopenmp -fPIC  -g -O3 -Wall -pedantic -std=gnu99 -mtune=native -pipe -c between.c -o between.o
/usr/local/opt/llvm/bin/clang -fopenmp -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG   -I/usr/local/opt/gettext/include -I/usr/local/opt/llvm/include  -fopenmp -fPIC  -g -O3 -Wall -pedantic -std=gnu99 -mtune=native -pipe -c bmerge.c -o bmerge.o
/usr/local/opt/llvm/bin/clang -fopenmp -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG   -I/usr/local/opt/gettext/include -I/usr/local/opt/llvm/include  -fopenmp -fPIC  -g -O3 -Wall -pedantic -std=gnu99 -mtune=native -pipe -c chmatch.c -o chmatch.o
/usr/local/opt/llvm/bin/clang -fopenmp -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG   -I/usr/local/opt/gettext/include -I/usr/local/opt/llvm/include  -fopenmp -fPIC  -g -O3 -Wall -pedantic -std=gnu99 -mtune=native -pipe -c dogroups.c -o dogroups.o
/usr/local/opt/llvm/bin/clang -fopenmp -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG   -I/usr/local/opt/gettext/include -I/usr/local/opt/llvm/include  -fopenmp -fPIC  -g -O3 -Wall -pedantic -std=gnu99 -mtune=native -pipe -c fastmean.c -o fastmean.o
/usr/local/opt/llvm/bin/clang -fopenmp -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG   -I/usr/local/opt/gettext/include -I/usr/local/opt/llvm/include  -fopenmp -fPIC  -g -O3 -Wall -pedantic -std=gnu99 -mtune=native -pipe -c fcast.c -o fcast.o
/usr/local/opt/llvm/bin/clang -fopenmp -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG   -I/usr/local/opt/gettext/include -I/usr/local/opt/llvm/include  -fopenmp -fPIC  -g -O3 -Wall -pedantic -std=gnu99 -mtune=native -pipe -c fmelt.c -o fmelt.o
/usr/local/opt/llvm/bin/clang -fopenmp -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG   -I/usr/local/opt/gettext/include -I/usr/local/opt/llvm/include  -fopenmp -fPIC  -g -O3 -Wall -pedantic -std=gnu99 -mtune=native -pipe -c forder.c -o forder.o
/usr/local/opt/llvm/bin/clang -fopenmp -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG   -I/usr/local/opt/gettext/include -I/usr/local/opt/llvm/include  -fopenmp -fPIC  -g -O3 -Wall -pedantic -std=gnu99 -mtune=native -pipe -c frank.c -o frank.o
/usr/local/opt/llvm/bin/clang -fopenmp -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG   -I/usr/local/opt/gettext/include -I/usr/local/opt/llvm/include  -fopenmp -fPIC  -g -O3 -Wall -pedantic -std=gnu99 -mtune=native -pipe -c fread.c -o fread.o
/usr/local/opt/llvm/bin/clang -fopenmp -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG   -I/usr/local/opt/gettext/include -I/usr/local/opt/llvm/include  -fopenmp -fPIC  -g -O3 -Wall -pedantic -std=gnu99 -mtune=native -pipe -c freadR.c -o freadR.o
/usr/local/opt/llvm/bin/clang -fopenmp -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG   -I/usr/local/opt/gettext/include -I/usr/local/opt/llvm/include  -fopenmp -fPIC  -g -O3 -Wall -pedantic -std=gnu99 -mtune=native -pipe -c fsort.c -o fsort.o
/usr/local/opt/llvm/bin/clang -fopenmp -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG   -I/usr/local/opt/gettext/include -I/usr/local/opt/llvm/include  -fopenmp -fPIC  -g -O3 -Wall -pedantic -std=gnu99 -mtune=native -pipe -c fwrite.c -o fwrite.o
/usr/local/opt/llvm/bin/clang -fopenmp -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG   -I/usr/local/opt/gettext/include -I/usr/local/opt/llvm/include  -fopenmp -fPIC  -g -O3 -Wall -pedantic -std=gnu99 -mtune=native -pipe -c fwriteR.c -o fwriteR.o
/usr/local/opt/llvm/bin/clang -fopenmp -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG   -I/usr/local/opt/gettext/include -I/usr/local/opt/llvm/include  -fopenmp -fPIC  -g -O3 -Wall -pedantic -std=gnu99 -mtune=native -pipe -c gsumm.c -o gsumm.o
/usr/local/opt/llvm/bin/clang -fopenmp -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG   -I/usr/local/opt/gettext/include -I/usr/local/opt/llvm/include  -fopenmp -fPIC  -g -O3 -Wall -pedantic -std=gnu99 -mtune=native -pipe -c ijoin.c -o ijoin.o
/usr/local/opt/llvm/bin/clang -fopenmp -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG   -I/usr/local/opt/gettext/include -I/usr/local/opt/llvm/include  -fopenmp -fPIC  -g -O3 -Wall -pedantic -std=gnu99 -mtune=native -pipe -c init.c -o init.o
/usr/local/opt/llvm/bin/clang -fopenmp -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG   -I/usr/local/opt/gettext/include -I/usr/local/opt/llvm/include  -fopenmp -fPIC  -g -O3 -Wall -pedantic -std=gnu99 -mtune=native -pipe -c inrange.c -o inrange.o
/usr/local/opt/llvm/bin/clang -fopenmp -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG   -I/usr/local/opt/gettext/include -I/usr/local/opt/llvm/include  -fopenmp -fPIC  -g -O3 -Wall -pedantic -std=gnu99 -mtune=native -pipe -c openmp-utils.c -o openmp-utils.o
/usr/local/opt/llvm/bin/clang -fopenmp -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG   -I/usr/local/opt/gettext/include -I/usr/local/opt/llvm/include  -fopenmp -fPIC  -g -O3 -Wall -pedantic -std=gnu99 -mtune=native -pipe -c quickselect.c -o quickselect.o
/usr/local/opt/llvm/bin/clang -fopenmp -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG   -I/usr/local/opt/gettext/include -I/usr/local/opt/llvm/include  -fopenmp -fPIC  -g -O3 -Wall -pedantic -std=gnu99 -mtune=native -pipe -c rbindlist.c -o rbindlist.o
/usr/local/opt/llvm/bin/clang -fopenmp -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG   -I/usr/local/opt/gettext/include -I/usr/local/opt/llvm/include  -fopenmp -fPIC  -g -O3 -Wall -pedantic -std=gnu99 -mtune=native -pipe -c reorder.c -o reorder.o
/usr/local/opt/llvm/bin/clang -fopenmp -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG   -I/usr/local/opt/gettext/include -I/usr/local/opt/llvm/include  -fopenmp -fPIC  -g -O3 -Wall -pedantic -std=gnu99 -mtune=native -pipe -c shift.c -o shift.o
/usr/local/opt/llvm/bin/clang -fopenmp -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG   -I/usr/local/opt/gettext/include -I/usr/local/opt/llvm/include  -fopenmp -fPIC  -g -O3 -Wall -pedantic -std=gnu99 -mtune=native -pipe -c subset.c -o subset.o
/usr/local/opt/llvm/bin/clang -fopenmp -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG   -I/usr/local/opt/gettext/include -I/usr/local/opt/llvm/include  -fopenmp -fPIC  -g -O3 -Wall -pedantic -std=gnu99 -mtune=native -pipe -c transpose.c -o transpose.o
/usr/local/opt/llvm/bin/clang -fopenmp -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG   -I/usr/local/opt/gettext/include -I/usr/local/opt/llvm/include  -fopenmp -fPIC  -g -O3 -Wall -pedantic -std=gnu99 -mtune=native -pipe -c uniqlist.c -o uniqlist.o
/usr/local/opt/llvm/bin/clang -fopenmp -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG   -I/usr/local/opt/gettext/include -I/usr/local/opt/llvm/include  -fopenmp -fPIC  -g -O3 -Wall -pedantic -std=gnu99 -mtune=native -pipe -c vecseq.c -o vecseq.o
/usr/local/opt/llvm/bin/clang -fopenmp -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG   -I/usr/local/opt/gettext/include -I/usr/local/opt/llvm/include  -fopenmp -fPIC  -g -O3 -Wall -pedantic -std=gnu99 -mtune=native -pipe -c wrappers.c -o wrappers.o
/usr/local/opt/llvm/bin/clang -fopenmp -dynamiclib -Wl,-headerpad_max_install_names -undefined dynamic_lookup -single_module -multiply_defined suppress -L/Library/Frameworks/R.framework/Resources/lib -L/usr/local/opt/gettext/lib -L/usr/local/opt/llvm/lib -Wl,-rpath,/usr/local/opt/llvm/lib -o data.table.so assign.o between.o bmerge.o chmatch.o dogroups.o fastmean.o fcast.o fmelt.o forder.o frank.o fread.o freadR.o fsort.o fwrite.o fwriteR.o gsumm.o ijoin.o init.o inrange.o openmp-utils.o quickselect.o rbindlist.o reorder.o shift.o subset.o transpose.o uniqlist.o vecseq.o wrappers.o -fopenmp -F/Library/Frameworks/R.framework/.. -framework R -Wl,-framework -Wl,CoreFoundation
mv data.table.so datatable.so
if [ "" != "Windows_NT" ] && [ `uname -s` = 'Darwin' ]; then install_name_tool -id datatable.so datatable.so; fi
installing to /Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.4/Resources/library/data.table/libs
** R
** inst
** byte-compile and prepare package for lazy loading
session** help
In*** installing help indices
** building package indices
** installing vignettes
** testing if installed package can be loaded
* DONE (data.table)

The downloaded source packages are in
    ‘/private/var/folders/48/q6ltldjs251000_wvjrdy_vm0000gn/T/RtmpmAMLnD/downloaded_packages’
> library(parallel)
> library(data.table)
data.table 1.10.5 IN DEVELOPMENT built 2017-10-19 19:32:41 UTC; travis
  The fastest way to learn (by data.table authors): https://www.datacamp.com/courses/data-analysis-the-data-table-way
  Documentation: ?data.table, example(data.table) and browseVignettes("data.table")
  Release notes, videos and slides: http://r-datatable.com
> sessionInfo()
R version 3.4.2 (2017-09-28)
Platform: x86_64-apple-darwin15.6.0 (64-bit)
Running under: macOS Sierra 10.12.6

Matrix products: default
BLAS: /Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.4/Resources/lib/libRblas.0.dylib
LAPACK: /Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.4/Resources/lib/libRlapack.dylib

locale:
[1] en_CA.UTF-8/en_CA.UTF-8/en_CA.UTF-8/C/en_CA.UTF-8/en_CA.UTF-8

attached base packages:
[1] parallel  stats     graphics  utils     datasets  grDevices methods  
[8] base     

other attached packages:
[1] data.table_1.10.5 testthat_1.0.2    devtools_1.13.3  

loaded via a namespace (and not attached):
[1] compiler_3.4.2 magrittr_1.5   R6_2.2.2       tools_3.4.2    withr_2.0.0   
[6] crayon_1.3.4   memoise_1.1.0  digest_0.6.12 
> mclapply(1:2, sqrt)
[[1]]
[1] 1

[[2]]
[1] 1.414214

¡Muchas gracias @joethorley! Enviado a 1.10.4-3 a CRAN y todo está bien, tomará algunos días para que la magia de CRAN siga su curso.

Cambios en v1.10.4-3 (en CRAN 20 Oct 2017)

1. Se corrigió el bloqueo/bloqueo en MacOS cuando se usa parallel::mclapply y la tabla de datos simplemente se carga, #2418 . Curiosamente, todas las pruebas, incluida la prueba 1705 (que prueba mclapply con data.table) pasaron bien en CRAN. Parecen ser algunas versiones de MacOS o algunas versiones de bibliotecas en MacOS, tal vez. Muchas gracias a Martin Morgan por informar y confirmar que esta solución funciona. Gracias también a asenabouth, Joe Thorley y Danton Noriega por probar, depurar y confirmar que el paralelismo automático dentro de data.table (como fwrite ) funciona bien incluso en estas instalaciones de MacOS. Consulte también las noticias a continuación para 1.10.4-1 y 1.10.4-2.

Cerrando por ahora. Vuelva a abrir o abra un problema nuevo si hay un problema con 1.10.4-3.

@mattdowle : parece que v1.10.4-2 sigue siendo la versión distribuida por CRAN. ¿La versión 1.10.4-3 sigue esperando en la cola de envío de CRAN o algo más salió mal?

(gracias por encontrar una solución para este problema tan rápido; desafortunadamente, parece estar afectando a una gran cantidad de usuarios en macOS)

@kevinushey Sí, 1.10.4-3 estaba esperando en la cola (en el estado 'volver a verificar', que no sé qué significa eso, durante 6 días). Envié un correo electrónico a CRAN y ahora se ha liberado a CRAN.

tal vez estoy haciendo algo mal, pero todavía tengo el problema en mi mac.

> sessionInfo()
R version 3.4.1 (2017-06-30)
Platform: x86_64-apple-darwin15.6.0 (64-bit)
Running under: macOS Sierra 10.12.6

Matrix products: default
BLAS: /System/Library/Frameworks/Accelerate.framework/Versions/A/Frameworks/vecLib.framework/Versions/A/libBLAS.dylib
LAPACK: /Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.4/Resources/lib/libRlapack.dylib

locale:
[1] fr_FR.UTF-8/fr_FR.UTF-8/fr_FR.UTF-8/C/fr_FR.UTF-8/fr_FR.UTF-8

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     

loaded via a namespace (and not attached):
 [1] httr_1.3.1      compiler_3.4.1  R6_2.2.2        tools_3.4.1     withr_2.0.0     curl_3.0       
 [7] yaml_2.1.14     memoise_1.1.0   knitr_1.17      git2r_0.19.0    digest_0.6.12   devtools_1.13.3

Al instalar la versión de cran desde la fuente, obtengo:

> install.packages("data.table", type = "source", repos = "https://cran.rstudio.com")
essai de l'URL 'https://cran.rstudio.com/src/contrib/data.table_1.10.4-3.tar.gz'
Content type 'application/x-gzip' length 3071833 bytes (2.9 MB)
==================================================
downloaded 2.9 MB

* installing *source* package ‘data.table’ ...
** package ‘data.table’ correctement décompressé et sommes MD5 vérifiées
** libs
clang -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG   -I/usr/local/include  -fopenmp -fPIC  -Wall -g -O2  -c assign.c -o assign.o
clang: error: unsupported option '-fopenmp'
make: *** [assign.o] Error 1
ERROR: compilation failed for package ‘data.table’
* removing ‘/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.4/Resources/library/data.table’
* restoring previous ‘/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.4/Resources/library/data.table’

Les packages source téléchargés sont dans
    ‘/private/var/folders/51/6jygptvs3bb4njv0t6x7br900000gn/T/Rtmp8NJ0di/downloaded_packages’
Warning message:
In install.packages("data.table", type = "source", repos = "https://cran.rstudio.com") :
  l'installation du package ‘data.table’ a eu un statut de sortie non nul

Puedo proporcionar más detalles si es necesario.

@davidgohel : Consulte esta guía para instalar localmente la cadena de herramientas R LLVM. http://thecoatlessprofessor.com/programming/openmp-in-r-on-os-x/

Alternativamente, recomendaría editar el archivo en R.home("etc/Makeconf") y simplemente eliminar cualquier instancia de -fopenmp que vea allí, para que la compilación no intente usar OpenMP con la cadena de herramientas del sistema Apple.

@kevinushey OK, intentaré con la solución alternativa. Creo que metí algo mal con la primera solución.

Agregar esto a mi archivo ~/.R/Makevars funcionó para compilar data.table sin OpenMP en High Sierra:

# Suppress `-fopenmp` in R.home("etc/Makeconf")
# MAIN_LDFLAGS = -fopenmp
# SHLIB_OPENMP_CFLAGS = -fopenmp
# SHLIB_OPENMP_CXXFLAGS = -fopenmp
# SHLIB_OPENMP_FCFLAGS = -fopenmp
# SHLIB_OPENMP_FFLAGS = -fopenmp
MAIN_LDFLAGS =
SHLIB_OPENMP_CFLAGS =
SHLIB_OPENMP_CXXFLAGS =
SHLIB_OPENMP_FCFLAGS =
SHLIB_OPENMP_FFLAGS =

@mjsteinbaugh @kevinushey gracias, funcionó

Intenté editar el archivo en R.home("etc/Makeconf") pero no puedo editarlo. Tampoco parece que tenga un archivo llamado ~/.R/Makevars . Cualquier otra sugerencia :) Gracias

@ValeriVoev El archivo en ~/.R/Makevars normalmente no existe; tendrás que crearlo tú mismo. (Es decir, cree una carpeta llamada .R en su directorio de inicio y luego cree un archivo Makevars dentro de esa carpeta)

Gracias @kevinushey : finalmente lo hice funcionar, instalé data.table 1.10.4-3 y R Studio ya no falla. También instalé clang, no estoy seguro de si eso también ayudó o no.

Todavía veo este error al azar

Assertion failure at kmp_runtime.cpp(6480): __kmp_thread_pool == __null.
OMP: Error #13: Assertion failure at kmp_runtime.cpp(6480).
OMP: Hint: Please submit a bug report with this message, compile and run commands used, and machine configuration info including native compiler and operating system versions. Faster response will be obtained by including all program sources. For information on submitting this issue, please see http://www.intel.com/software/products/support/.

Y el caso es realmente complicado.

1. data.table 1.10.4 y 1.10.4-3 son iguales para mí.
2. Tengo una viñeta con código paralelo que puede ejecutarse sin problemas cuando ejecuto todos los fragmentos. Sin embargo, tejer esa viñeta tendrá el error anterior.
3. Si pongo un código paralelo simple mclapply(1:2, sqrt) al principio de la viñeta, al tejer la viñeta ya no tengo el error!

Todo esto parecía estar relacionado con los cambios ambientales. Desafortunadamente, no tengo un ejemplo reproducible simple ahora. Mi código es bastante complejo e involucra muchas otras cosas.

Al igual que Dracodoc, haz que el (6480) se atrape al azar. macOS 10.13.3, R 3.4.3, tabla de datos 1.10.4-3. Simplemente R aquí y un código demasiado complejo para reproducir.

Simple mclapply's al comienzo del código funciona y, a veces, hace que el resto del código también funcione. En mi caso, agregar mclapply(1:2, sqrt) no funcionaría, pero ejecutar un número aparentemente aleatorio de intentos sí lo hace (ahora comience el código con for (i in 1:10) mclapply(1:10000000, sqrt) ).

EDITAR: Por desgracia, la ejecución no parece ser estable y, aunque se inicia mcmapply, se bloquea después de un tiempo.

Acabo de ver estos comentarios adicionales. Pruebe el dev 1.10.5 o espere el próximo lanzamiento de CRAN (con suerte pronto). Si sigue habiendo un problema después de eso, plantee un nuevo problema.

Sigo viendo el mismo problema con dev 1.10.5. Nuevo problema creado.