신고해 주셔서 감사합니다.

1.10.4-1에 대한 NEWS의 항목 4:

data.table 이후 패키지 '병렬' 포크가 OpenMP와 병렬로 수행될 때 Intel의 OpenMP를 사용하여 Mac에서 개선을 시도했습니다. 해당 OpenMP 구현은 병렬 영역이 완료된 후 스레드를 계속 실행하는 것으로 보입니다. 이 수정 사항이 여전히 작동하지 않으면 문제를 해결하는 것으로 보고된 library(data.table) 직후에 setDTthreads(1)를 호출하십시오.

dev에서 동일한 항목을 개선했지만 뉴스 항목이 CRAN 패치로 변경된다는 백포트를 무시했습니다. 개발자 뉴스 파일 에서:

병렬 패키지도 사용할 때 Mac 전용 개선 시도(포크), #2137. Intel의 OpenMP 구현은 GNU libgomp와 달리 OpenMP 병렬 영역(data.table 내부)이 완료된 후 스레드를 계속 실행하는 것으로 보입니다. 따라서 data.table이 이미 병렬로 실행된 후 사용자가 병렬의 포크를 호출하면 불안정이 발생합니다. 문제는 Intel의 OpenMP 라이브러리를 사용하여 CRAN에 의해 ​​구축되었기 때문에 CRAN의 Mac 패키지 바이너리에서만 발생합니다. Windows 또는 Linux에서 알려진 문제가 없으며 병렬이 사용되지 않을 때 모든 플랫폼에서 알려진 문제가 없습니다. 이 Mac 전용 수정 프로그램이 여전히 작동하지 않으면 이전에 data.table을 단일 스레드 모드로 설정하여 문제를 해결하는 것으로 보고된 library(data.table) 직후에 setDTthreads(1)를 호출하십시오.

그러나 귀하의 경우 포크하기 전에 data.table을 사용하지도 않았습니다. 그래서 그것은 이전에 보고된 적이 없는 새로운 측면입니다. 그 3줄이 말 그대로 새로운 R 세션에서 발생하는 모든 것이라는 점에서 재현 가능한 예가 엄격히 정확합니까? 즉, 로드와 mclapply 호출 사이에 data.table을 사용하지 않습니까? 어쨌든 library(data.table) setDTthreads(1) 을 호출할 수 있지만 mclapply 전에 data.table 을 실제로 사용하지 않으면 도움이 될지 의심됩니다.

CRAN mac 바이너리를 설치했습니까, 아니면 소스에서 설치했습니까? OpenMP 라이브러리를 사용하는 이 mclapply 문제와 관련하여 MacOS에서 중요한 것으로 보입니다. 컴퓨터에서 사용 중인 것이 Intel(libomp) 또는 GNU(libgomp) OpenMP 구현인지 확인할 수 있습니까?

MacOS 지침 을 사용하여 소스에서 컴파일할 수 있으며 도움이 됩니까? 적절한 OpenMP 라이브러리에 대한 로컬 링크 또는 이와 유사한 것일 수 있습니다. 일부 사람들은 지침을 정확하게 따르지 않았기 때문에 MacOS에서 정확하게 따라야 합니다.

test.data.table() 이(가) 효과가 있습니까? 테스트 1705는 mclapply 를 테스트하고 CRAN을 통과합니다. CRAN이 MacOS에서 Mac 바이너리를 테스트한다고 가정하지만 다른 빌드를 테스트한다고 가정할 수도 있습니다.

1.10.4-2의 NEWS 항목 1은 관련이 있는지 의심되지만 완전성을 위해 언급하겠습니다.

MacOS의 OpenMP는 이제 CRAN에서 지원되며 Mac용 CRAN 패키지 바이너리에 포함됩니다. 그러나 컴파일 타임 #2409에서 OpenMP가 활성화되지 않았을 때 MacOS의 소스에서 v1.10.4-1을 설치하는 데 실패했습니다. 보고해 주신 Liz Macfie와 @fupangpangpang 에게 감사드립니다. OpenMP가 활성화되지 않았을 때 시작 메시지가 업데이트되었습니다.

관련 문제는 다음과 같습니다.
https://github.com/Rdatatable/data.table/issues/2413
https://github.com/Rdatatable/data.table/issues/2409
https://github.com/Rdatatable/data.table/issues/2406
https://github.com/Rdatatable/data.table/issues/2137

저는 기본적으로 MacOS로 어려움을 겪고 있습니다. Apple 및/또는 Intel의 제품을 지원할 수 있는 사람이 있다면 정말 좋을 것입니다. 나는 그것이 어떻게 data.table 문제인지 확인하기 위해 고군분투합니다. 나는 그것을 해결하고 그것을 NEWS에 문서화할 수 있다고 생각할 수 있는 모든 것을 시도했습니다. 도움과 제안에 감사드립니다.

예, 만 있는 간단한 스크립트

library(parallel)
library(data.table)
mclapply(1:2, sqrt)

이것은 Bioconductor 빌드 머신에 있습니다. 나는 이것이 간단한 바이너리 설치라고 생각하지만 확인하겠습니다. 우리는

$ ls /Library/Frameworks/R.framework/Resources/lib
libR.dylib      libRlapack.dylib.dSYM   libquadmath.0.dylib
libR.dylib.dSYM     libc++.1.dylib      libreadline.5.2.dylib
libRblas.0.dylib    libc++abi.1.dylib   libreadline.dylib
libRblas.dylib      libgcc_s.1.dylib    libunwind.1.dylib
libRblas.dylib.dSYM libgfortran.3.dylib
libRlapack.dylib    libomp.dylib

그리고

$ otool -L  /Library/Frameworks/R.framework/Resources/bin/exec/R 
/Library/Frameworks/R.framework/Resources/bin/exec/R:
    /Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.4/Resources/lib/libR.dylib (compatibility version 3.4.0, current version 3.4.2)
    /Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.4/Resources/lib/libRblas.dylib (compatibility version 0.0.0, current version 0.0.0)
    /Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.4/Resources/lib/libomp.dylib (compatibility version 5.0.0, current version 5.0.0)
    /usr/lib/libSystem.B.dylib (compatibility version 1.0.0, current version 1226.10.1)

따라서 아마도 libomp에 연결될 것입니다.

test.data.table() 라고

Running test id 1705     Assertion failure at kmp_runtime.cpp(6480): __kmp_thread_pool == __null.
Assertion failure at kmp_runtime.cpp(6480): __kmp_thread_pool == __null.
OMP: Error #13: Assertion failure at kmp_runtime.cpp(6480).
OMP: Hint: Please submit a bug report with this message, compile and run commands used, and machine configuration info including native compiler and operating system versions. Faster response will be obtained by including all program sources. For information on submitting this issue, please see http://www.intel.com/software/products/support/.
OMP: Error #13: Assertion failure at kmp_runtime.cpp(6480).
OMP: Hint: Please submit a bug report with this message, compile and run commands used, and machine configuration info including native compiler and operating system versions. Faster response will be obtained by including all program sources. For information on submitting this issue, please see http://www.intel.com/software/products/support/.
Assertion failure at kmp_runtime.cpp(6480): __kmp_thread_pool == __null.
OMP: Error #13: Assertion failure at kmp_runtime.cpp(6480).
OMP: Hint: Please submit a bug report with this message, compile and run commands used, and machine configuration info including native compiler and operating system versions. Faster response will be obtained by including all program sources. For information on submitting this issue, please see http://www.intel.com/software/products/support/.
Assertion failure at kmp_runtime.cpp(6480): __kmp_thread_pool == __null.
OMP: Error #13: Assertion failure at kmp_runtime.cpp(6480).
OMP: Hint: Please submit a bug report with this message, compile and run commands used, and machine configuration info including native compiler and operating system versions. Faster response will be obtained by including all program sources. For information on submitting this issue, please see http://www.intel.com/software/products/support/.
Running test id 1750     Test 1751 not run. If required call library(nanotime) first.

endian==little, sizeof(long double)==16, sizeof(pointer)==8

All 5936 tests in inst/tests/tests.Rraw completed ok in 00:01:45 on Sat Oct 14 21:25:30 2017

감사합니다. 예, 이러한 __kmp_* 호출은 Intel OpenMP 런타임에만 해당되며 이전에 보고된 것을 본 적이 있습니다. 테스트 1705는 특히 그것을 테스트하고 있습니다. data.table 자체 내에서 2개의 OpenMP 스레드를 사용하고 parallel::mclapply 를 호출합니다. __kmp_ 오류는 iiuc, Intel의 구현이 모든 병렬 영역이 완료된 후에도 스레드를 계속 실행하도록 놔두기 때문에 후속 포크가 불안정하기 때문입니다. 이 경우 충돌하지 않은 것처럼 보이지만 그것은 단지 운입니다. 1.10.4-2에서 해당 출력을 보고 있다는 사실은 내가 시도한 해결 방법이 작동하지 않았음을 의미합니다. Intel 라이브러리가 분기 전에 실행 중인 스레드를 정리할 수 있기를 바라며 이제 omp_set_num_threads(1) 를 호출하는 사전 분기 콜백이 있습니다. 하지만 그렇지 않은 것 같습니다. 따라서 작동하는 것으로 보고된 내용이 남아 있습니다. 즉, library(data.table) setDTthreads(1) 를 호출하여 Intel의 OpenMP가 스레드를 생성하지 못하도록 막는 것입니다.

단 3줄로 중단하면 Intel의 OpenMP 라이브러리가 연결되거나 초기화될 때 스레드를 생성할 수 있습니까? 그렇다면 그것을 설명할 수 있을 것입니다. 그렇지 않으면 나는 그것에 대해 손실을 입습니다.

또한 clang 및 gcc 의 OpenMP 기능이 $ libomp , libiomp 및 libgomp 의 3가지 OpenMP 라이브러리와 어떻게 관련되는지 모르겠습니다. libomp 가 있는 것 같습니다. 그러나 CRAN은 libiomp 로 컴파일됩니까? 아마도 그것과 관련이 있습니다. 또한 한 사람은 "llvm을 gcc로 변경"이 MacOS에서 충돌을 중지했지만 소스에서 컴파일한다고 보고했습니다( here ).

방금 Intel OpenMP 런타임의 소스 코드를 발견했습니다. 인텔의 라이브러리가 비공개 소스라고 생각했기 때문에 이 프로젝트가 무엇인지 모르겠습니다. 그러나 그것에 대해 컴파일하고 디버그하는 것이 가능할 수도 있습니다. https://www.openmprtl.org/ 먼저 로컬에서 컴파일하고 작동하는지 확인하거나 GNU 라이브러리를 사용하는 것이 더 쉬울 것입니다.

테스트 1705는 CRAN을 통과하고 있으므로 CRAN 기계와 귀하의 기계 사이의 차이점을 알아내서 아마도 희망적일 것입니다. 테스트 1705는 실제로 당신과 CRAN에 대해 통과하고 있지만 libomp 은 테스트에서 선택하지 못하는 어설션 오류를 콘솔에 출력하고 있습니다. __kmp 메시지가 CRAN 로그에도 있는지 확인하기 위해 CRAN 로그를 볼 수 있는지 궁금합니다. 메시지가 CRAN의 로그에 없으면 CRAN 시스템과 사용자 시스템의 차이점을 살펴보는 것이 좋습니다.

아마도 이것은 CRAN 패키지 바이너리에 필요할 것입니다: http://macappstore.org/libiomp/
아니면 libiomp가 CRAN에 의해 ​​패키지 바이너리로 정적으로 컴파일됩니까? ?install.packages 의 'Binary packages' 섹션은 MacOS에서 상당히 복잡하고 type= 인수에 대한 여러 바이너리 옵션이 있다는 것을 알았습니다.

인텔의 라이브러리가 인쇄 중입니다.

OMP: 오류 #13: kmp_runtime.cpp(6480)에서 어설션 실패
OMP: 힌트: 이 메시지와 함께 버그 보고서를 제출하고, 사용된 명령을 컴파일 및 실행하고, 기본 컴파일러 및 운영 체제 버전을 포함한 시스템 구성 정보를 제출하십시오. 모든 프로그램 소스를 포함하면 더 빠른 응답을 얻을 수 있습니다. 이 문제 제출에 대한 정보는 http://www.intel.com/software/products/support/를 참조하십시오.

MacOS에 문제가 있는 사람이 Intel에 문제를 제기할 수 있습니까?

안녕하세요, 저는 원래 해당 패키지의 기능을 사용하는 동안 문제가 발생하여 BiocParallel 리포지토리에 문제를 보고했습니다. 그들은 data.table이 로드되는 동안 호출되는 mclapply로 문제를 좁혔습니다.

여기 의 지침에 따라 MacOS에 최신 버전의 data.table을 설치했지만 여전히 문제가 발생했습니다.

흥미롭게도 동료는 자신의 Mac에 최신 버전의 data.table을 설치했는데 문제가 없었습니다. 그러나 그는 자신의 시스템에 OpenMP를 설치하지 않았습니다.

data.table 1.10.2로 롤백하여 문제를 해결할 수 있었습니다.

@asenabouth 인텔에 지원 요청을 제기할 수 있습니까(위의 제 의견 참조)? 라이브러리에 문제가 있는 것 같습니다. 또는 Apple의 누군가가 도움을 줄 수 있습니다. 그들의 지원을 전혀 받을 수 있습니까? 소스에서 설치해도 문제가 해결되지 않는다는 확신이 없습니다. 명령과 출력을 보여줄 수 있습니까? 소스에서 컴파일하고 CRAN 바이너리를 피한 후에도 data.table 1.10.4가 로드된 후에 다른 사람이 parallel::mclapply 를 사용할 수 없습니까?

인텔에 지원 요청을 제출하겠습니다.

소스에서 설치하는 경우 설치 및 후속 테스트는 다음과 같습니다.
```{r}
[이전에 저장한 작업 공간 복원]

remove.packages("data.table")
'/Users/a.senabouth/Library/R/3.4/library'에서 패키지 제거
('lib'가 지정되지 않았기 때문에)
install.packages("data.table", 유형 = "소스",

• repos = "http://Rdatatable.github.io/data.table")
  '/Users/a.senabouth/Library/R/3.4/library'에 패키지 설치
  ('lib'가 지정되지 않았기 때문에)
  URL ' http://Rdatatable.github.io/data.table/src/contrib/data.table_1.10.5.tar.gz ' 시도 중

콘텐츠 유형 'application/gzip' 길이 3312731바이트(3.2MB)

다운로드 3.2MB

• 소스 패키지 'data.table' 설치 중...
  * 라이브러리/usr/local/opt/llvm/bin/clang -fopenmp -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG -I/usr/local/opt/gettext/include -I/usr/local/opt /llvm/include -fopenmp -fPIC -g -O3 -Wall -pedantic -std=gnu99 -mtune=native -pipe -c assign.c -o assign.o/usr/local/opt/llvm/bin/clang -fopenmp -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG -I/usr/local/opt/gettext/include -I/usr/local/opt /llvm/include -fopenmp -fPIC -g -O3 -Wall -pedantic -std=gnu99 -mtune=native -pipe -c between.c -o between.o/usr/local/opt/llvm/bin/clang -fopenmp -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG -I/usr/local/opt/gettext/include -I/usr/local/opt /llvm/include -fopenmp -fPIC -g -O3 -Wall -pedantic -std=gnu99 -mtune=native -pipe -c bmerge.c -o bmerge.o/usr/local/opt/llvm/bin/clang -fopenmp -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG -I/usr/local/opt/gettext/include -I/usr/local/opt /llvm/include -fopenmp -fPIC -g -O3 -Wall -pedantic -std=gnu99 -mtune=native -pipe -c chmatch.c -o chmatch.o/usr/local/opt/llvm/bin/clang -fopenmp -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG -I/usr/local/opt/gettext/include -I/usr/local/opt /llvm/include -fopenmp -fPIC -g -O3 -Wall -pedantic -std=gnu99 -mtune=native -pipe -c dogroups.c -o dogroups.o/usr/local/opt/llvm/bin/clang -fopenmp -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG -I/usr/local/opt/gettext/include -I/usr/local/opt /llvm/include -fopenmp -fPIC -g -O3 -Wall -pedantic -std=gnu99 -mtune=native -pipe -c fastmean.c -o fastmean.o/usr/local/opt/llvm/bin/clang -fopenmp -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG -I/usr/local/opt/gettext/include -I/usr/local/opt /llvm/include -fopenmp -fPIC -g -O3 -Wall -pedantic -std=gnu99 -mtune=native -pipe -c fcast.c -o fcast.o/usr/local/opt/llvm/bin/clang -fopenmp -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG -I/usr/local/opt/gettext/include -I/usr/local/opt /llvm/include -fopenmp -fPIC -g -O3 -Wall -pedantic -std=gnu99 -mtune=native -pipe -c fmelt.c -o fmelt.o/usr/local/opt/llvm/bin/clang -fopenmp -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG -I/usr/local/opt/gettext/include -I/usr/local/opt /llvm/include -fopenmp -fPIC -g -O3 -Wall -pedantic -std=gnu99 -mtune=native -pipe -c forder.c -o forder.o/usr/local/opt/llvm/bin/clang -fopenmp -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG -I/usr/local/opt/gettext/include -I/usr/local/opt /llvm/include -fopenmp -fPIC -g -O3 -Wall -pedantic -std=gnu99 -mtune=native -pipe -c frank.c -o frank.o/usr/local/opt/llvm/bin/clang -fopenmp -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG -I/usr/local/opt/gettext/include -I/usr/local/opt /llvm/include -fopenmp -fPIC -g -O3 -Wall -pedantic -std=gnu99 -mtune=native -pipe -c fread.c -o fread.o/usr/local/opt/llvm/bin/clang -fopenmp -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG -I/usr/local/opt/gettext/include -I/usr/local/opt /llvm/include -fopenmp -fPIC -g -O3 -Wall -pedantic -std=gnu99 -mtune=native -pipe -c freadR.c -o freadR.o/usr/local/opt/llvm/bin/clang -fopenmp -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG -I/usr/local/opt/gettext/include -I/usr/local/opt /llvm/include -fopenmp -fPIC -g -O3 -Wall -pedantic -std=gnu99 -mtune=native -pipe -c fsort.c -o fsort.o/usr/local/opt/llvm/bin/clang -fopenmp -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG -I/usr/local/opt/gettext/include -I/usr/local/opt /llvm/include -fopenmp -fPIC -g -O3 -Wall -pedantic -std=gnu99 -mtune=native -pipe -c fwrite.c -o fwrite.o/usr/local/opt/llvm/bin/clang -fopenmp -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG -I/usr/local/opt/gettext/include -I/usr/local/opt /llvm/include -fopenmp -fPIC -g -O3 -Wall -pedantic -std=gnu99 -mtune=native -pipe -c fwriteR.c -o fwriteR.o/usr/local/opt/llvm/bin/clang -fopenmp -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG -I/usr/local/opt/gettext/include -I/usr/local/opt /llvm/include -fopenmp -fPIC -g -O3 -Wall -pedantic -std=gnu99 -mtune=native -pipe -c gsumm.c -o gsumm.o/usr/local/opt/llvm/bin/clang -fopenmp -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG -I/usr/local/opt/gettext/include -I/usr/local/opt /llvm/include -fopenmp -fPIC -g -O3 -Wall -pedantic -std=gnu99 -mtune=native -pipe -c ijoin.c -o ijoin.o/usr/local/opt/llvm/bin/clang -fopenmp -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG -I/usr/local/opt/gettext/include -I/usr/local/opt /llvm/include -fopenmp -fPIC -g -O3 -Wall -pedantic -std=gnu99 -mtune=native -pipe -c init.c -o init.o/usr/local/opt/llvm/bin/clang -fopenmp -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG -I/usr/local/opt/gettext/include -I/usr/local/opt /llvm/include -fopenmp -fPIC -g -O3 -Wall -pedantic -std=gnu99 -mtune=native -pipe -c inrange.c -o inrange.o/usr/local/opt/llvm/bin/clang -fopenmp -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG -I/usr/local/opt/gettext/include -I/usr/local/opt /llvm/include -fopenmp -fPIC -g -O3 -Wall -pedantic -std=gnu99 -mtune=native -pipe -c openmp-utils.c -o openmp-utils.o/usr/local/opt/llvm/bin/clang -fopenmp -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG -I/usr/local/opt/gettext/include -I/usr/local/opt /llvm/include -fopenmp -fPIC -g -O3 -Wall -pedantic -std=gnu99 -mtune=native -pipe -c quickselect.c -o quickselect.o/usr/local/opt/llvm/bin/clang -fopenmp -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG -I/usr/local/opt/gettext/include -I/usr/local/opt /llvm/include -fopenmp -fPIC -g -O3 -Wall -pedantic -std=gnu99 -mtune=native -pipe -c rbindlist.c -o rbindlist.o/usr/local/opt/llvm/bin/clang -fopenmp -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG -I/usr/local/opt/gettext/include -I/usr/local/opt /llvm/include -fopenmp -fPIC -g -O3 -Wall -pedantic -std=gnu99 -mtune=native -pipe -c reorder.c -o reorder.o/usr/local/opt/llvm/bin/clang -fopenmp -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG -I/usr/local/opt/gettext/include -I/usr/local/opt /llvm/include -fopenmp -fPIC -g -O3 -Wall -pedantic -std=gnu99 -mtune=native -pipe -c shift.c -o shift.o/usr/local/opt/llvm/bin/clang -fopenmp -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG -I/usr/local/opt/gettext/include -I/usr/local/opt /llvm/include -fopenmp -fPIC -g -O3 -Wall -pedantic -std=gnu99 -mtune=native -pipe -c 하위 집합.c -o 하위 집합.o/usr/local/opt/llvm/bin/clang -fopenmp -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG -I/usr/local/opt/gettext/include -I/usr/local/opt /llvm/include -fopenmp -fPIC -g -O3 -Wall -pedantic -std=gnu99 -mtune=native -pipe -c transpose.c -o transpose.o/usr/local/opt/llvm/bin/clang -fopenmp -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG -I/usr/local/opt/gettext/include -I/usr/local/opt /llvm/include -fopenmp -fPIC -g -O3 -Wall -pedantic -std=gnu99 -mtune=native -pipe -c uniqlist.c -o uniqlist.o/usr/local/opt/llvm/bin/clang -fopenmp -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG -I/usr/local/opt/gettext/include -I/usr/local/opt /llvm/include -fopenmp -fPIC -g -O3 -Wall -pedantic -std=gnu99 -mtune=native -pipe -c vecseq.c -o vecseq.o/usr/local/opt/llvm/bin/clang -fopenmp -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG -I/usr/local/opt/gettext/include -I/usr/local/opt /llvm/include -fopenmp -fPIC -g -O3 -Wall -pedantic -std=gnu99 -mtune=native -pipe -c wrappers.c -o wrappers.o/usr/local/opt/llvm/bin/clang -fopenmp -dynamiclib -Wl,-headerpad_max_install_names -undefined dynamic_lookup -single_module -multiply_defined 억제 -L/Library/Frameworks/R.framework/Resources/lib -L/usr/local/ opt/gettext/lib -L/usr/local/opt/llvm/lib -Wl,-rpath,/usr/local/opt/llvm/lib -o data.table.so assign.o between.o bmerge.o chmatch .o dogroups.o fastmean.o fcast.o fmelt.o forder.o frank.o fread.o freadR.o fsort.o fwrite.o fwriteR.o gsumm.o ijoin.o init.o inrange.o openmp-utils .o quickselect.o rbindlist.o reorder.o shift.o 하위 집합.o transpose.o uniqlist.o vecseq.o wrappers.o -fopenmp -F/Library/Frameworks/R.framework/.. -framework R -Wl, -프레임워크 -Wl,CoreFoundationmv data.table.so datatable.soif [ "" != "Windows_NT" ] && [ uname -s = '다윈' ]; 파이/Users/a.senabouth/Library/R/3.4/library/data.table/libs에 설치* 르
  * 인스* 바이트 컴파일 및 지연 로딩을 위한 패키지 준비
  * 돕다* * 도움말 색인 설치
  * 빌드 패키지 인덱스* 비네트 설치
  ** 설치된 패키지를 로드할 수 있는지 테스트
• 완료(data.table)

다운로드한 소스 패키지는
'/개인/var/folders/zz/zyxvpxvq6csfxvn_n0001lp0000cxh/T/Rtmpl7TqS4/downloaded_packages'

아르 자형
오류: 개체 'R'을 찾을 수 없습니다.
라이브러리(병렬)
라이브러리(data.table)
data.table 1.10.5 IN DEVELOPMENT 구축 2017-10-16 07:29:07 UTC; 트래비스
가장 빠른 학습 방법(data.table 작성자 기준): https://www.datacamp.com/courses/data-analysis-the-data-table-way
문서: ?data.table, example(data.table) 및 browseVignettes("data.table")
릴리스 정보, 비디오 및 슬라이드: http://r-datatable.com
mclapply(1:2, 제곱미터)

* 불법 조작 적발 *
주소 0x7fffa9730ae4, '불법 opcode' 발생

역 추적:
1: 맥포크()
2: 펀(X[[i]], ...)
3: lapply(seq_len(코어), inner.do)
4: mclapply(1:2, 제곱미터)

가능한 조치:
1: 중단(활성화된 경우 코어 덤프 사용)
2: 일반 R 종료
3: 작업 공간을 저장하지 않고 R 종료
4: R 저장 작업 공간 종료

And here's the session info:
```{r}
R version 3.4.2 (2017-09-28)
Platform: x86_64-apple-darwin15.6.0 (64-bit)
Running under: macOS Sierra 10.12.6

Matrix products: default
BLAS: /Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.4/Resources/lib/libRblas.0.dylib
LAPACK: /Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.4/Resources/lib/libRlapack.dylib

locale:
[1] en_AU.UTF-8/en_AU.UTF-8/en_AU.UTF-8/C/en_AU.UTF-8/en_AU.UTF-8

attached base packages:
[1] parallel  stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods  
[8] base     

other attached packages:
[1] data.table_1.10.5

loaded via a namespace (and not attached):
[1] compiler_3.4.2

편집 :
소스에서 1.10.4를 설치하여 작동하도록 했습니다.
```{r}

필요(devtools)
필요한 패키지 로드: devtools
install_version("data.table", 버전 = "1.10.4", repos = "http://cran.us.r-project.org")
URL에서 패키지 다운로드: http://cran.us.r-project.org/src/contrib/Archive/data.table/data.table_1.10.4.tar.gz
data.table 설치
'/Library/Frameworks/R.framework/Resources/bin/R' --no-site-file --no-environ
--no-save --no-restore --quiet CMD 설치
'/개인/var/folders/zz/zyxvpxvq6csfxvn_n0001lp0000cxh/T/RtmpXDSgR8/devtoolsdf05280c79d9/data.table'
--library='/Users/a.senabouth/Library/R/3.4/library' --install-tests

• 소스 패키지 'data.table' 설치 중...
  * 패키지 'data.table'이 성공적으로 압축이 풀렸고 MD5 합계가 확인되었습니다.* 라이브러리
  /usr/local/opt/llvm/bin/clang -fopenmp -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG -I/usr/local/opt/gettext/include -I/usr/local/opt /llvm/include -fopenmp -fPIC -g -O3 -Wall -pedantic -std=gnu99 -mtune=native -pipe -c assign.c -o assign.o
  /usr/local/opt/llvm/bin/clang -fopenmp -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG -I/usr/local/opt/gettext/include -I/usr/local/opt /llvm/include -fopenmp -fPIC -g -O3 -Wall -pedantic -std=gnu99 -mtune=native -pipe -c between.c -o between.o
  /usr/local/opt/llvm/bin/clang -fopenmp -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG -I/usr/local/opt/gettext/include -I/usr/local/opt /llvm/include -fopenmp -fPIC -g -O3 -Wall -pedantic -std=gnu99 -mtune=native -pipe -c bmerge.c -o bmerge.o
  /usr/local/opt/llvm/bin/clang -fopenmp -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG -I/usr/local/opt/gettext/include -I/usr/local/opt /llvm/include -fopenmp -fPIC -g -O3 -Wall -pedantic -std=gnu99 -mtune=native -pipe -c chmatch.c -o chmatch.o
  /usr/local/opt/llvm/bin/clang -fopenmp -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG -I/usr/local/opt/gettext/include -I/usr/local/opt /llvm/include -fopenmp -fPIC -g -O3 -Wall -pedantic -std=gnu99 -mtune=native -pipe -c dogroups.c -o dogroups.o
  /usr/local/opt/llvm/bin/clang -fopenmp -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG -I/usr/local/opt/gettext/include -I/usr/local/opt /llvm/include -fopenmp -fPIC -g -O3 -Wall -pedantic -std=gnu99 -mtune=native -pipe -c fastmean.c -o fastmean.o
  /usr/local/opt/llvm/bin/clang -fopenmp -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG -I/usr/local/opt/gettext/include -I/usr/local/opt /llvm/include -fopenmp -fPIC -g -O3 -Wall -pedantic -std=gnu99 -mtune=native -pipe -c fcast.c -o fcast.o
  /usr/local/opt/llvm/bin/clang -fopenmp -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG -I/usr/local/opt/gettext/include -I/usr/local/opt /llvm/include -fopenmp -fPIC -g -O3 -Wall -pedantic -std=gnu99 -mtune=native -pipe -c fmelt.c -o fmelt.o
  /usr/local/opt/llvm/bin/clang -fopenmp -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG -I/usr/local/opt/gettext/include -I/usr/local/opt /llvm/include -fopenmp -fPIC -g -O3 -Wall -pedantic -std=gnu99 -mtune=native -pipe -c forder.c -o forder.o
  /usr/local/opt/llvm/bin/clang -fopenmp -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG -I/usr/local/opt/gettext/include -I/usr/local/opt /llvm/include -fopenmp -fPIC -g -O3 -Wall -pedantic -std=gnu99 -mtune=native -pipe -c frank.c -o frank.o
  /usr/local/opt/llvm/bin/clang -fopenmp -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG -I/usr/local/opt/gettext/include -I/usr/local/opt /llvm/include -fopenmp -fPIC -g -O3 -Wall -pedantic -std=gnu99 -mtune=native -pipe -c fread.c -o fread.o
  /usr/local/opt/llvm/bin/clang -fopenmp -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG -I/usr/local/opt/gettext/include -I/usr/local/opt /llvm/include -fopenmp -fPIC -g -O3 -Wall -pedantic -std=gnu99 -mtune=native -pipe -c fsort.c -o fsort.o
  /usr/local/opt/llvm/bin/clang -fopenmp -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG -I/usr/local/opt/gettext/include -I/usr/local/opt /llvm/include -fopenmp -fPIC -g -O3 -Wall -pedantic -std=gnu99 -mtune=native -pipe -c fwrite.c -o fwrite.o
  /usr/local/opt/llvm/bin/clang -fopenmp -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG -I/usr/local/opt/gettext/include -I/usr/local/opt /llvm/include -fopenmp -fPIC -g -O3 -Wall -pedantic -std=gnu99 -mtune=native -pipe -c gsumm.c -o gsumm.o
  /usr/local/opt/llvm/bin/clang -fopenmp -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG -I/usr/local/opt/gettext/include -I/usr/local/opt /llvm/include -fopenmp -fPIC -g -O3 -Wall -pedantic -std=gnu99 -mtune=native -pipe -c ijoin.c -o ijoin.o
  /usr/local/opt/llvm/bin/clang -fopenmp -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG -I/usr/local/opt/gettext/include -I/usr/local/opt /llvm/include -fopenmp -fPIC -g -O3 -Wall -pedantic -std=gnu99 -mtune=native -pipe -c init.c -o init.o
  /usr/local/opt/llvm/bin/clang -fopenmp -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG -I/usr/local/opt/gettext/include -I/usr/local/opt /llvm/include -fopenmp -fPIC -g -O3 -Wall -pedantic -std=gnu99 -mtune=native -pipe -c inrange.c -o inrange.o
  /usr/local/opt/llvm/bin/clang -fopenmp -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG -I/usr/local/opt/gettext/include -I/usr/local/opt /llvm/include -fopenmp -fPIC -g -O3 -Wall -pedantic -std=gnu99 -mtune=native -pipe -c openmp-utils.c -o openmp-utils.o
  /usr/local/opt/llvm/bin/clang -fopenmp -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG -I/usr/local/opt/gettext/include -I/usr/local/opt /llvm/include -fopenmp -fPIC -g -O3 -Wall -pedantic -std=gnu99 -mtune=native -pipe -c quickselect.c -o quickselect.o
  /usr/local/opt/llvm/bin/clang -fopenmp -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG -I/usr/local/opt/gettext/include -I/usr/local/opt /llvm/include -fopenmp -fPIC -g -O3 -Wall -pedantic -std=gnu99 -mtune=native -pipe -c rbindlist.c -o rbindlist.o
  /usr/local/opt/llvm/bin/clang -fopenmp -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG -I/usr/local/opt/gettext/include -I/usr/local/opt /llvm/include -fopenmp -fPIC -g -O3 -Wall -pedantic -std=gnu99 -mtune=native -pipe -c reorder.c -o reorder.o
  /usr/local/opt/llvm/bin/clang -fopenmp -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG -I/usr/local/opt/gettext/include -I/usr/local/opt /llvm/include -fopenmp -fPIC -g -O3 -Wall -pedantic -std=gnu99 -mtune=native -pipe -c shift.c -o shift.o
  /usr/local/opt/llvm/bin/clang -fopenmp -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG -I/usr/local/opt/gettext/include -I/usr/local/opt /llvm/include -fopenmp -fPIC -g -O3 -Wall -pedantic -std=gnu99 -mtune=native -pipe -c 하위 집합.c -o 하위 집합.o
  /usr/local/opt/llvm/bin/clang -fopenmp -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG -I/usr/local/opt/gettext/include -I/usr/local/opt /llvm/include -fopenmp -fPIC -g -O3 -Wall -pedantic -std=gnu99 -mtune=native -pipe -c transpose.c -o transpose.o
  /usr/local/opt/llvm/bin/clang -fopenmp -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG -I/usr/local/opt/gettext/include -I/usr/local/opt /llvm/include -fopenmp -fPIC -g -O3 -Wall -pedantic -std=gnu99 -mtune=native -pipe -c uniqlist.c -o uniqlist.o
  /usr/local/opt/llvm/bin/clang -fopenmp -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG -I/usr/local/opt/gettext/include -I/usr/local/opt /llvm/include -fopenmp -fPIC -g -O3 -Wall -pedantic -std=gnu99 -mtune=native -pipe -c vecseq.c -o vecseq.o
  /usr/local/opt/llvm/bin/clang -fopenmp -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG -I/usr/local/opt/gettext/include -I/usr/local/opt /llvm/include -fopenmp -fPIC -g -O3 -Wall -pedantic -std=gnu99 -mtune=native -pipe -c wrappers.c -o wrappers.o
  /usr/local/opt/llvm/bin/clang -fopenmp -dynamiclib -Wl,-headerpad_max_install_names -undefined dynamic_lookup -single_module -multiply_defined 억제 -L/Library/Frameworks/R.framework/Resources/lib -L/usr/local/ opt/gettext/lib -L/usr/local/opt/llvm/lib -Wl,-rpath,/usr/local/opt/llvm/lib -o data.table.so assign.o between.o bmerge.o chmatch .o dogroups.o fastmean.o fcast.o fmelt.o forder.o frank.o fread.o fsort.o fwrite.o gsumm.o ijoin.o init.o inrange.o openmp-utils.o quickselect.o rbindlist .o reorder.o shift.o 하위 집합.o transpose.o uniqlist.o vecseq.o wrappers.o -fopenmp -F/Library/Frameworks/R.framework/.. -framework R -Wl,-framework -Wl, CoreFoundation
  mv data.table.so datatable.so
  if [ "" != "Windows_NT" ] && [ uname -s = '다윈' ]; 그런 다음 install_name_tool -id datatable.so datatable.so; 파이
  /Users/a.senabouth/Library/R/3.4/library/data.table/libs에 설치
  * 르* 인스
  * 테스트* 바이트 컴파일 및 지연 로딩을 위한 패키지 준비
  * 돕다* * 도움말 색인 설치
  * 빌드 패키지 인덱스* 비네트 설치
  ** 설치된 패키지를 로드할 수 있는지 테스트
• 완료(data.table)
  > 라이브러리(data.table)
  data.table 1.10.4
  가장 빠른 학습 방법(data.table 작성자 기준): https://www.datacamp.com/courses/data-analysis-the-data-table-way
  문서: ?data.table, example(data.table) 및 browseVignettes("data.table")
  릴리스 정보, 비디오 및 슬라이드: http://r-datatable.com
  > 라이브러리(병렬)
  > mclapply(1:2, 제곱미터)
  [[1]]
  [1] 1

[[2]]
[1] 1.414214
```

다음을 게시했습니다. https://software.intel.com/en-us/forums/intel-c-compiler/topic/746943

그것은 아마도 잘못된 위치에 있을 것이고 나는 아마 불길에 휩싸일 것이지만 바라건대 그것은 공을 굴릴 것입니다.

@mattdowle 내가 추가하거나 하고 싶은 일이 있으면 알려주십시오.

@asenabouth 와 동일한 오류를 재현했으며 소스에서 1.10.4를 다시 설치하여 문제가 해결되었는지 확인하고 싶었습니다.

세션 정보:

R version 3.4.2 (2017-09-28)
Platform: x86_64-apple-darwin15.6.0 (64-bit)
Running under: macOS High Sierra 10.13

Matrix products: default
BLAS: /Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.4/Resources/lib/libRblas.0.dylib
LAPACK: /Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.4/Resources/lib/libRlapack.dylib

locale:
[1] en_US.UTF-8/en_US.UTF-8/en_US.UTF-8/C/en_US.UTF-8/en_US.UTF-8

attached base packages:
[1] parallel  stats     graphics  grDevices utils     datasets  base     

other attached packages:
[1] data.table_1.10.4

loaded via a namespace (and not attached):
[1] compiler_3.4.2 methods_3.4.2 

내 컴퓨터에 몇 가지 세부 정보를 기록하기만 하면 됩니다.

library(parallel)
library(data.table)
mclapply(1:2, sqrt)

생산하다

 *** caught illegal operation ***
address 0x7fffb500eae4, cause 'illegal opcode'

sessionInfo()

R version 3.4.2 (2017-09-28)
Platform: x86_64-apple-darwin15.6.0 (64-bit)
Running under: macOS Sierra 10.12.6

Matrix products: default
BLAS: /Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.4/Resources/lib/libRblas.0.dylib
LAPACK: /Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.4/Resources/lib/libRlapack.dylib

locale:
[1] en_CA.UTF-8/en_CA.UTF-8/en_CA.UTF-8/C/en_CA.UTF-8/en_CA.UTF-8

attached base packages:
[1] parallel  stats     graphics  utils     datasets  grDevices methods  
[8] base     

other attached packages:
[1] data.table_1.10.4-2 testthat_1.0.2      devtools_1.13.3    

loaded via a namespace (and not attached):
[1] compiler_3.4.2 magrittr_1.5   R6_2.2.2       withr_2.0.0    crayon_1.3.4  
[6] memoise_1.1.0  digest_0.6.12

재미있게,

> remove.packages("data.table")
Removing package from ‘/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.4/Resources/library’
(as ‘lib’ is unspecified)
> install.packages("data.table", type = "source",
+ repos = "http://Rdatatable.github.io/data.table")

생산하다

trying URL 'http://Rdatatable.github.io/data.table/src/contrib/data.table_1.10.5.tar.gz'

Content type 'application/gzip' length 3312726 bytes (3.2 MB)
==================================================
downloaded 3.2 MB

* installing *source* package ‘data.table’ ...
** libs
clang -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG   -I/usr/local/include  -fopenmp -fPIC  -Wall -g -O2  -c assign.c -o assign.o
clang: error: unsupported option '-fopenmp'
make: *** [assign.o] Error 1
ERROR: compilation failed for package ‘data.table’
* removing ‘/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.4/Resources/library/data.table’

The downloaded source packages are in
    ‘/private/var/folders/48/q6ltldjs251000_wvjrdy_vm0000gn/T/Rtmp6eZFXj/downloaded_packages’
Warning message:
In install.packages("data.table", type = "source", repos = "http://Rdatatable.github.io/data.table") :
  installation of package ‘data.table’ had non-zero exit status

관련이 있는지 알아보도록 하겠습니다

또한 https://github.com/Rdatatable/data.table/wiki/Installation 의 지침을 따랐는데 문제가 계속 발생합니다....

편집하다:
mclapply 및 illegal operation 의 원래 문제(컴파일러 오류 unsupported option '-fopenmp' 아님 - 지침에 따라 수정됨)

모두 고마워요. 1.10.4는 정상적으로 작동하는 것처럼 보이지만 1.10.4-2는 작동하지 않는다는 점이 흥미롭습니다. 포크가 호출되자마자 충돌하는 것처럼 보입니다. 제가 NEWS에서 언급한 시도는 바로 그 부분이었습니다.

첫째, 변하지 않은 것. data.table을 로드할 때 init.c 는 다음을 openmp-utils.c 에서 호출합니다.

void avoid_openmp_hang_within_fork() {
  // Called once on loading data.table from init.c
  #ifdef _OPENMP
    pthread_atfork(&when_fork, NULL, NULL);
  #endif
}

따라서 parallel::mclapply 가 fork() $ 를 호출하면 when_fork 함수가 실행됩니다. 1.10.4-2에서 다음과 같이 보입니다.

void when_fork() {    # v 1.10.4-2
  // attempted workaround for Intel's OpenMP implementation which leaves threads
  // running after parallel region; these crash when forked.
  #ifdef _OPENMP
    omp_set_num_threads(1);
  #endif

  DTthreads = 1;
}

(1.10.4에서) 이전에는 omp_set_num_threads(1) 를 호출하는 데 사용되지 않았으며 정적 변수 DTthreads 를 설정했을 뿐입니다.

void when_fork() {    # v 1.10.4
  DTthreads = 1;
}

내가 생각할 수 있는 것은 omp_set_num_threads(1) 에 대한 호출이 충돌한다는 것뿐입니다. 그러나 이것은 OpenMP에서 호출할 수 있는 가장 간단한 함수입니다. 아마도 그것은 어떻게 든 라이브러리에 제대로 바인딩되지 않았습니까?

1. parallel::mclapply 를 호출할 때 충돌을 재현할 수 있는 사람들의 경우 parallel 패키지를 로드하지 않고 새 세션에서 간단한 fwrite() 가 잘 작동합니까? 많은 CPU를 사용해야 합니까? 테스트하려면 큰 DT 가 필요합니다. 그렇지 않으면 작은 데이터에 대해 1개의 스레드만 사용합니다. OpenMP를 사용할 때 충돌이 발생하면 연결 문제가 있는 것입니다. 링크 라인에 있는 이 플래그가 무엇을 의미하는지 아는 사람이 있습니까? MacOS에서 플래그와 관련이 있을 수 있습니까? : -dynamiclib -Wl,-headerpad_max_install_names -undefined dynamic_lookup -single_module -multiply_defined suppress

2. dev에서 omp_set_num_threads(1) 에 대한 호출을 다시 제거하려고 시도할 수 있으며 현재 1.10.5에서 문제가 있는 사람이 내가 변경한 후 dev를 다시 시도할 수 있습니까?

3. 이상한 점은 테스트가 충돌 없이 MacOS에서 CRAN을 통과한다는 것입니다. parallel::mclapply 를 호출하는 테스트 1705 테스트와 모든 테스트는 2개의 스레드를 사용하여 CRAN에서 실행됩니다. CRAN 기계와 사람들이 문제가 있는 기계의 차이점은 무엇입니까?

@joethorley 이상하네요. 여기 에서 MacOS 지침을 실행한 후에도 unsupported option '-fopenmp' 를 받습니다. 다른 사람이 진행 방법을 제안할 수 있습니까? 나는 길을 잃었다.

@joethorley gettext가 설치되어 있습니까? 나는하지 않았다. 일단 완료되면 내 시스템에서 패키지를 올바르게 컴파일할 수 있었습니다.

@mattdowle 아니요 unsupported option '-fopenmp' 오류는 여기 의 지침을 따랐지만 오류가 사라졌습니다.

 *** caught illegal operation ***
address 0x7fffb500eae4, cause 'illegal opcode'

발생했습니다.

내 Makevars는

CC=/usr/local/opt/llvm/bin/clang -fopenmp
CXX=/usr/local/opt/llvm/bin/clang++
# -O3 should be faster than -O2 (default) level optimisation ..
CFLAGS=-g -O3 -Wall -pedantic -std=gnu99 -mtune=native -pipe
CXXFLAGS=-g -O3 -Wall -pedantic -std=c++11 -mtune=native -pipe
LDFLAGS=-L/usr/local/opt/gettext/lib -L/usr/local/opt/llvm/lib -Wl,-rpath,/usr/local/opt/llvm/lib
CPPFLAGS=-I/usr/local/opt/gettext/include -I/usr/local/opt/llvm/include

내 세션 정보()

R version 3.4.2 (2017-09-28)
Platform: x86_64-apple-darwin15.6.0 (64-bit)
Running under: macOS Sierra 10.12.6

Matrix products: default
BLAS: /Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.4/Resources/lib/libRblas.0.dylib
LAPACK: /Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.4/Resources/lib/libRlapack.dylib

locale:
[1] en_CA.UTF-8/en_CA.UTF-8/en_CA.UTF-8/C/en_CA.UTF-8/en_CA.UTF-8

attached base packages:
[1] stats     graphics  utils     datasets  grDevices methods   base     

other attached packages:
[1] testthat_1.0.2  devtools_1.13.3

loaded via a namespace (and not attached):
[1] compiler_3.4.2 magrittr_1.5   R6_2.2.2       withr_2.0.0    crayon_1.3.4  
[6] memoise_1.1.0  digest_0.6.12 

내 R 세션

> remove.packages("data.table")
Removing package from ‘/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.4/Resources/library’
(as ‘lib’ is unspecified)
> install.packages("data.table", type = "source", repos = "http://Rdatatable.github.io/data.table")
trying URL 'http://Rdatatable.github.io/data.table/src/contrib/data.table_1.10.5.tar.gz'
Content type 'application/gzip' length 3312684 bytes (3.2 MB)
==================================================
downloaded 3.2 MB

* installing *source* package ‘data.table’ ...
** libs
/usr/local/opt/llvm/bin/clang -fopenmp -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG   -I/usr/local/opt/gettext/include -I/usr/local/opt/llvm/include  -fopenmp -fPIC  -g -O3 -Wall -pedantic -std=gnu99 -mtune=native -pipe -c assign.c -o assign.o
/usr/local/opt/llvm/bin/clang -fopenmp -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG   -I/usr/local/opt/gettext/include -I/usr/local/opt/llvm/include  -fopenmp -fPIC  -g -O3 -Wall -pedantic -std=gnu99 -mtune=native -pipe -c between.c -o between.o
/usr/local/opt/llvm/bin/clang -fopenmp -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG   -I/usr/local/opt/gettext/include -I/usr/local/opt/llvm/include  -fopenmp -fPIC  -g -O3 -Wall -pedantic -std=gnu99 -mtune=native -pipe -c bmerge.c -o bmerge.o
/usr/local/opt/llvm/bin/clang -fopenmp -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG   -I/usr/local/opt/gettext/include -I/usr/local/opt/llvm/include  -fopenmp -fPIC  -g -O3 -Wall -pedantic -std=gnu99 -mtune=native -pipe -c chmatch.c -o chmatch.o
/usr/local/opt/llvm/bin/clang -fopenmp -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG   -I/usr/local/opt/gettext/include -I/usr/local/opt/llvm/include  -fopenmp -fPIC  -g -O3 -Wall -pedantic -std=gnu99 -mtune=native -pipe -c dogroups.c -o dogroups.o
/usr/local/opt/llvm/bin/clang -fopenmp -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG   -I/usr/local/opt/gettext/include -I/usr/local/opt/llvm/include  -fopenmp -fPIC  -g -O3 -Wall -pedantic -std=gnu99 -mtune=native -pipe -c fastmean.c -o fastmean.o
/usr/local/opt/llvm/bin/clang -fopenmp -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG   -I/usr/local/opt/gettext/include -I/usr/local/opt/llvm/include  -fopenmp -fPIC  -g -O3 -Wall -pedantic -std=gnu99 -mtune=native -pipe -c fcast.c -o fcast.o
/usr/local/opt/llvm/bin/clang -fopenmp -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG   -I/usr/local/opt/gettext/include -I/usr/local/opt/llvm/include  -fopenmp -fPIC  -g -O3 -Wall -pedantic -std=gnu99 -mtune=native -pipe -c fmelt.c -o fmelt.o
/usr/local/opt/llvm/bin/clang -fopenmp -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG   -I/usr/local/opt/gettext/include -I/usr/local/opt/llvm/include  -fopenmp -fPIC  -g -O3 -Wall -pedantic -std=gnu99 -mtune=native -pipe -c forder.c -o forder.o
/usr/local/opt/llvm/bin/clang -fopenmp -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG   -I/usr/local/opt/gettext/include -I/usr/local/opt/llvm/include  -fopenmp -fPIC  -g -O3 -Wall -pedantic -std=gnu99 -mtune=native -pipe -c frank.c -o frank.o
/usr/local/opt/llvm/bin/clang -fopenmp -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG   -I/usr/local/opt/gettext/include -I/usr/local/opt/llvm/include  -fopenmp -fPIC  -g -O3 -Wall -pedantic -std=gnu99 -mtune=native -pipe -c fread.c -o fread.o
/usr/local/opt/llvm/bin/clang -fopenmp -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG   -I/usr/local/opt/gettext/include -I/usr/local/opt/llvm/include  -fopenmp -fPIC  -g -O3 -Wall -pedantic -std=gnu99 -mtune=native -pipe -c freadR.c -o freadR.o
/usr/local/opt/llvm/bin/clang -fopenmp -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG   -I/usr/local/opt/gettext/include -I/usr/local/opt/llvm/include  -fopenmp -fPIC  -g -O3 -Wall -pedantic -std=gnu99 -mtune=native -pipe -c fsort.c -o fsort.o
/usr/local/opt/llvm/bin/clang -fopenmp -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG   -I/usr/local/opt/gettext/include -I/usr/local/opt/llvm/include  -fopenmp -fPIC  -g -O3 -Wall -pedantic -std=gnu99 -mtune=native -pipe -c fwrite.c -o fwrite.o
/usr/local/opt/llvm/bin/clang -fopenmp -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG   -I/usr/local/opt/gettext/include -I/usr/local/opt/llvm/include  -fopenmp -fPIC  -g -O3 -Wall -pedantic -std=gnu99 -mtune=native -pipe -c fwriteR.c -o fwriteR.o
/usr/local/opt/llvm/bin/clang -fopenmp -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG   -I/usr/local/opt/gettext/include -I/usr/local/opt/llvm/include  -fopenmp -fPIC  -g -O3 -Wall -pedantic -std=gnu99 -mtune=native -pipe -c gsumm.c -o gsumm.o
/usr/local/opt/llvm/bin/clang -fopenmp -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG   -I/usr/local/opt/gettext/include -I/usr/local/opt/llvm/include  -fopenmp -fPIC  -g -O3 -Wall -pedantic -std=gnu99 -mtune=native -pipe -c ijoin.c -o ijoin.o
/usr/local/opt/llvm/bin/clang -fopenmp -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG   -I/usr/local/opt/gettext/include -I/usr/local/opt/llvm/include  -fopenmp -fPIC  -g -O3 -Wall -pedantic -std=gnu99 -mtune=native -pipe -c init.c -o init.o
/usr/local/opt/llvm/bin/clang -fopenmp -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG   -I/usr/local/opt/gettext/include -I/usr/local/opt/llvm/include  -fopenmp -fPIC  -g -O3 -Wall -pedantic -std=gnu99 -mtune=native -pipe -c inrange.c -o inrange.o
/usr/local/opt/llvm/bin/clang -fopenmp -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG   -I/usr/local/opt/gettext/include -I/usr/local/opt/llvm/include  -fopenmp -fPIC  -g -O3 -Wall -pedantic -std=gnu99 -mtune=native -pipe -c openmp-utils.c -o openmp-utils.o
/usr/local/opt/llvm/bin/clang -fopenmp -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG   -I/usr/local/opt/gettext/include -I/usr/local/opt/llvm/include  -fopenmp -fPIC  -g -O3 -Wall -pedantic -std=gnu99 -mtune=native -pipe -c quickselect.c -o quickselect.o
/usr/local/opt/llvm/bin/clang -fopenmp -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG   -I/usr/local/opt/gettext/include -I/usr/local/opt/llvm/include  -fopenmp -fPIC  -g -O3 -Wall -pedantic -std=gnu99 -mtune=native -pipe -c rbindlist.c -o rbindlist.o
/usr/local/opt/llvm/bin/clang -fopenmp -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG   -I/usr/local/opt/gettext/include -I/usr/local/opt/llvm/include  -fopenmp -fPIC  -g -O3 -Wall -pedantic -std=gnu99 -mtune=native -pipe -c reorder.c -o reorder.o
/usr/local/opt/llvm/bin/clang -fopenmp -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG   -I/usr/local/opt/gettext/include -I/usr/local/opt/llvm/include  -fopenmp -fPIC  -g -O3 -Wall -pedantic -std=gnu99 -mtune=native -pipe -c shift.c -o shift.o
/usr/local/opt/llvm/bin/clang -fopenmp -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG   -I/usr/local/opt/gettext/include -I/usr/local/opt/llvm/include  -fopenmp -fPIC  -g -O3 -Wall -pedantic -std=gnu99 -mtune=native -pipe -c subset.c -o subset.o
/usr/local/opt/llvm/bin/clang -fopenmp -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG   -I/usr/local/opt/gettext/include -I/usr/local/opt/llvm/include  -fopenmp -fPIC  -g -O3 -Wall -pedantic -std=gnu99 -mtune=native -pipe -c transpose.c -o transpose.o
/usr/local/opt/llvm/bin/clang -fopenmp -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG   -I/usr/local/opt/gettext/include -I/usr/local/opt/llvm/include  -fopenmp -fPIC  -g -O3 -Wall -pedantic -std=gnu99 -mtune=native -pipe -c uniqlist.c -o uniqlist.o
/usr/local/opt/llvm/bin/clang -fopenmp -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG   -I/usr/local/opt/gettext/include -I/usr/local/opt/llvm/include  -fopenmp -fPIC  -g -O3 -Wall -pedantic -std=gnu99 -mtune=native -pipe -c vecseq.c -o vecseq.o
/usr/local/opt/llvm/bin/clang -fopenmp -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG   -I/usr/local/opt/gettext/include -I/usr/local/opt/llvm/include  -fopenmp -fPIC  -g -O3 -Wall -pedantic -std=gnu99 -mtune=native -pipe -c wrappers.c -o wrappers.o
/usr/local/opt/llvm/bin/clang -fopenmp -dynamiclib -Wl,-headerpad_max_install_names -undefined dynamic_lookup -single_module -multiply_defined suppress -L/Library/Frameworks/R.framework/Resources/lib -L/usr/local/opt/gettext/lib -L/usr/local/opt/llvm/lib -Wl,-rpath,/usr/local/opt/llvm/lib -o data.table.so assign.o between.o bmerge.o chmatch.o dogroups.o fastmean.o fcast.o fmelt.o forder.o frank.o fread.o freadR.o fsort.o fwrite.o fwriteR.o gsumm.o ijoin.o init.o inrange.o openmp-utils.o quickselect.o rbindlist.o reorder.o shift.o subset.o transpose.o uniqlist.o vecseq.o wrappers.o -fopenmp -F/Library/Frameworks/R.framework/.. -framework R -Wl,-framework -Wl,CoreFoundation
mv data.table.so datatable.so
if [ "" != "Windows_NT" ] && [ `uname -s` = 'Darwin' ]; then install_name_tool -id datatable.so datatable.so; fi
installing to /Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.4/Resources/library/data.table/libs
** R
** inst
** byte-compile and prepare package for lazy loading
** help
*** installing help indices
** building package indices
** installing vignettes
** testing if installed package can be loaded
* DONE (data.table)

The downloaded source packages are in
    ‘/private/var/folders/48/q6ltldjs251000_wvjrdy_vm0000gn/T/RtmpWku3yc/downloaded_packages’
> library(parallel)
> library(data.table)
data.table 1.10.5 IN DEVELOPMENT built 2017-10-18 23:12:32 UTC; travis
  The fastest way to learn (by data.table authors): https://www.datacamp.com/courses/data-analysis-the-data-table-way
  Documentation: ?data.table, example(data.table) and browseVignettes("data.table")
  Release notes, videos and slides: http://r-datatable.com
> mclapply(1:2, sqrt)

 *** caught illegal operation ***
address 0x7fffb500eae4, cause 'illegal opcode'

@mattdowle

1. fwrite() 가 내 컴퓨터에서 작동하는 것 같습니다.

> mtcars <- rbind(mtcars, mtcars)
> nrow(mtcars)                                       
[1] 16777216
> fwrite(mtcars, "mtcars.csv")
Written 45.1% of 16777216 rows in 2 secs using 8 threads. anyBufferGrown=no; max
Written 69.5% of 16777216 rows in 3 secs using 8 threads. anyBufferGrown=no; max
Written 93.9% of 16777216 rows in 4 secs using 8 threads. anyBufferGrown=no; max                                                                         

@asenabouth gettext가 설치되어 있고 지침을 따르면 패키지를 올바르게 컴파일할 수 있었습니다. 제 글이 좀 애매해서 수정했습니다.

@mattdowle

1. dev에서 omp_set_num_threads(1)에 대한 호출을 제거하면 dev를 다시 시도하겠습니다.

소스 또는 바이너리 CRAN에서 1.10.4.2를 설치하면 mclapply가 중단됩니다. github.com/Rdatatable/data를 설치합니다. 소스의 table@master 는 여전히 원래의 mclapply 중단을 생성했습니다.

현재 마스터의 수정된 버전 설치

$ git diff
diff --git a/src/openmp-utils.c b/src/openmp-utils.c
index d6e3b70..bf104fc 100644
--- a/src/openmp-utils.c
+++ b/src/openmp-utils.c
@@ -78,7 +78,7 @@ void when_fork() {
 void avoid_openmp_hang_within_fork() {
   // Called once on loading data.table from init.c
 #ifdef _OPENMP
-  pthread_atfork(&when_fork, NULL, NULL);
+//  pthread_atfork(&when_fork, NULL, NULL);
 #endif
 }
 ```

or this version

$ 자식 차이
diff --git a/src/openmp-utils.cb/src/openmp-utils.c
색인 d6e3b70..8c0236d 100644
--- a/src/openmp-utils.c
+++ b/src/openmp-utils.c
@@ -62,7 +62,7 @@ 무효 when_fork() {
// Intel의 OpenMP 구현에 대한 해결 방법을 시도한 후 스레드를 계속 실행
// 병렬 영역; 이러한 충돌은 분기될 때 발생합니다.
#ifdef _OPENMP

• omp_set_num_threads(1);
  +// omp_set_num_threads(1);
  #endif

// GNU OpenMP는 다음 병렬 영역을 제한하는 DTthreads를 1로 설정하면 괜찮아 보입니다.

clears the hang for me.

The R we use (installed as a binary from CRAN) is the 3.4.2 release

R.버전
_
플랫폼 x86_64-apple-darwin15.6.0
아치 x86_64
OS darwin15.6.0
시스템 x86_64, darwin15.6.0
상태
메이저 3
마이너 4.2
2017년
09월
28일
svn rev 73368
언어 R
version.string R 버전 3.4.2(2017-09-28)
별명 짧은 여름
```

환경 변수 OMP_NUM_THREADS=2를 설정해도 결과가 변경되지 않았습니다.

when_fork() omp_set_num_threads(1); 주석 처리를 확인하면 내 컴퓨터의 문제도 해결됩니다.

> mclapply(1:2, sqrt)
[[1]]
[1] 1

[[2]]
[1] 1.414214

감사합니다. dev에서 수정했으며 통과 중입니다. @joethorley 당신이나 다른 누군가가 최신 1.10.5가 지금 괜찮은지 확인하시겠습니까? CRAN으로 가기 위해 1.10.4-3 준비를 시작하겠습니다.

@mattdowle

고정된 것을 확인할 수 있습니다.

$ R

R version 3.4.2 (2017-09-28) -- "Short Summer"
Copyright (C) 2017 The R Foundation for Statistical Computing
Platform: x86_64-apple-darwin15.6.0 (64-bit)

R is free software and comes with ABSOLUTELY NO WARRANTY.
You are welcome to redistribute it under certain conditions.
Type 'license()' or 'licence()' for distribution details.

  Natural language support but running in an English locale

R is a collaborative project with many contributors.
Type 'contributors()' for more information and
'citation()' on how to cite R or R packages in publications.

Type 'demo()' for some demos, 'help()' for on-line help, or
'help.start()' for an HTML browser interface to help.
Type 'q()' to quit R.

> remove.packages("data.table")
Removing package from ‘/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.4/Resources/library’
(as ‘lib’ is unspecified)
> install.packages("data.table", type = "source", repos = "http://Rdatatable.github.io/data.table")
trying URL 'http://Rdatatable.github.io/data.table/src/contrib/data.table_1.10.5.tar.gz'
Content type 'application/gzip' length 3313284 bytes (3.2 MB)
==================================================
downloaded 3.2 MB

* installing *source* package ‘data.table’ ...
** libs
/usr/local/opt/llvm/bin/clang -fopenmp -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG   -I/usr/local/opt/gettext/include -I/usr/local/opt/llvm/include  -fopenmp -fPIC  -g -O3 -Wall -pedantic -std=gnu99 -mtune=native -pipe -c assign.c -o assign.o
/usr/local/opt/llvm/bin/clang -fopenmp -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG   -I/usr/local/opt/gettext/include -I/usr/local/opt/llvm/include  -fopenmp -fPIC  -g -O3 -Wall -pedantic -std=gnu99 -mtune=native -pipe -c between.c -o between.o
/usr/local/opt/llvm/bin/clang -fopenmp -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG   -I/usr/local/opt/gettext/include -I/usr/local/opt/llvm/include  -fopenmp -fPIC  -g -O3 -Wall -pedantic -std=gnu99 -mtune=native -pipe -c bmerge.c -o bmerge.o
/usr/local/opt/llvm/bin/clang -fopenmp -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG   -I/usr/local/opt/gettext/include -I/usr/local/opt/llvm/include  -fopenmp -fPIC  -g -O3 -Wall -pedantic -std=gnu99 -mtune=native -pipe -c chmatch.c -o chmatch.o
/usr/local/opt/llvm/bin/clang -fopenmp -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG   -I/usr/local/opt/gettext/include -I/usr/local/opt/llvm/include  -fopenmp -fPIC  -g -O3 -Wall -pedantic -std=gnu99 -mtune=native -pipe -c dogroups.c -o dogroups.o
/usr/local/opt/llvm/bin/clang -fopenmp -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG   -I/usr/local/opt/gettext/include -I/usr/local/opt/llvm/include  -fopenmp -fPIC  -g -O3 -Wall -pedantic -std=gnu99 -mtune=native -pipe -c fastmean.c -o fastmean.o
/usr/local/opt/llvm/bin/clang -fopenmp -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG   -I/usr/local/opt/gettext/include -I/usr/local/opt/llvm/include  -fopenmp -fPIC  -g -O3 -Wall -pedantic -std=gnu99 -mtune=native -pipe -c fcast.c -o fcast.o
/usr/local/opt/llvm/bin/clang -fopenmp -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG   -I/usr/local/opt/gettext/include -I/usr/local/opt/llvm/include  -fopenmp -fPIC  -g -O3 -Wall -pedantic -std=gnu99 -mtune=native -pipe -c fmelt.c -o fmelt.o
/usr/local/opt/llvm/bin/clang -fopenmp -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG   -I/usr/local/opt/gettext/include -I/usr/local/opt/llvm/include  -fopenmp -fPIC  -g -O3 -Wall -pedantic -std=gnu99 -mtune=native -pipe -c forder.c -o forder.o
/usr/local/opt/llvm/bin/clang -fopenmp -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG   -I/usr/local/opt/gettext/include -I/usr/local/opt/llvm/include  -fopenmp -fPIC  -g -O3 -Wall -pedantic -std=gnu99 -mtune=native -pipe -c frank.c -o frank.o
/usr/local/opt/llvm/bin/clang -fopenmp -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG   -I/usr/local/opt/gettext/include -I/usr/local/opt/llvm/include  -fopenmp -fPIC  -g -O3 -Wall -pedantic -std=gnu99 -mtune=native -pipe -c fread.c -o fread.o
/usr/local/opt/llvm/bin/clang -fopenmp -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG   -I/usr/local/opt/gettext/include -I/usr/local/opt/llvm/include  -fopenmp -fPIC  -g -O3 -Wall -pedantic -std=gnu99 -mtune=native -pipe -c freadR.c -o freadR.o
/usr/local/opt/llvm/bin/clang -fopenmp -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG   -I/usr/local/opt/gettext/include -I/usr/local/opt/llvm/include  -fopenmp -fPIC  -g -O3 -Wall -pedantic -std=gnu99 -mtune=native -pipe -c fsort.c -o fsort.o
/usr/local/opt/llvm/bin/clang -fopenmp -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG   -I/usr/local/opt/gettext/include -I/usr/local/opt/llvm/include  -fopenmp -fPIC  -g -O3 -Wall -pedantic -std=gnu99 -mtune=native -pipe -c fwrite.c -o fwrite.o
/usr/local/opt/llvm/bin/clang -fopenmp -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG   -I/usr/local/opt/gettext/include -I/usr/local/opt/llvm/include  -fopenmp -fPIC  -g -O3 -Wall -pedantic -std=gnu99 -mtune=native -pipe -c fwriteR.c -o fwriteR.o
/usr/local/opt/llvm/bin/clang -fopenmp -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG   -I/usr/local/opt/gettext/include -I/usr/local/opt/llvm/include  -fopenmp -fPIC  -g -O3 -Wall -pedantic -std=gnu99 -mtune=native -pipe -c gsumm.c -o gsumm.o
/usr/local/opt/llvm/bin/clang -fopenmp -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG   -I/usr/local/opt/gettext/include -I/usr/local/opt/llvm/include  -fopenmp -fPIC  -g -O3 -Wall -pedantic -std=gnu99 -mtune=native -pipe -c ijoin.c -o ijoin.o
/usr/local/opt/llvm/bin/clang -fopenmp -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG   -I/usr/local/opt/gettext/include -I/usr/local/opt/llvm/include  -fopenmp -fPIC  -g -O3 -Wall -pedantic -std=gnu99 -mtune=native -pipe -c init.c -o init.o
/usr/local/opt/llvm/bin/clang -fopenmp -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG   -I/usr/local/opt/gettext/include -I/usr/local/opt/llvm/include  -fopenmp -fPIC  -g -O3 -Wall -pedantic -std=gnu99 -mtune=native -pipe -c inrange.c -o inrange.o
/usr/local/opt/llvm/bin/clang -fopenmp -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG   -I/usr/local/opt/gettext/include -I/usr/local/opt/llvm/include  -fopenmp -fPIC  -g -O3 -Wall -pedantic -std=gnu99 -mtune=native -pipe -c openmp-utils.c -o openmp-utils.o
/usr/local/opt/llvm/bin/clang -fopenmp -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG   -I/usr/local/opt/gettext/include -I/usr/local/opt/llvm/include  -fopenmp -fPIC  -g -O3 -Wall -pedantic -std=gnu99 -mtune=native -pipe -c quickselect.c -o quickselect.o
/usr/local/opt/llvm/bin/clang -fopenmp -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG   -I/usr/local/opt/gettext/include -I/usr/local/opt/llvm/include  -fopenmp -fPIC  -g -O3 -Wall -pedantic -std=gnu99 -mtune=native -pipe -c rbindlist.c -o rbindlist.o
/usr/local/opt/llvm/bin/clang -fopenmp -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG   -I/usr/local/opt/gettext/include -I/usr/local/opt/llvm/include  -fopenmp -fPIC  -g -O3 -Wall -pedantic -std=gnu99 -mtune=native -pipe -c reorder.c -o reorder.o
/usr/local/opt/llvm/bin/clang -fopenmp -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG   -I/usr/local/opt/gettext/include -I/usr/local/opt/llvm/include  -fopenmp -fPIC  -g -O3 -Wall -pedantic -std=gnu99 -mtune=native -pipe -c shift.c -o shift.o
/usr/local/opt/llvm/bin/clang -fopenmp -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG   -I/usr/local/opt/gettext/include -I/usr/local/opt/llvm/include  -fopenmp -fPIC  -g -O3 -Wall -pedantic -std=gnu99 -mtune=native -pipe -c subset.c -o subset.o
/usr/local/opt/llvm/bin/clang -fopenmp -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG   -I/usr/local/opt/gettext/include -I/usr/local/opt/llvm/include  -fopenmp -fPIC  -g -O3 -Wall -pedantic -std=gnu99 -mtune=native -pipe -c transpose.c -o transpose.o
/usr/local/opt/llvm/bin/clang -fopenmp -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG   -I/usr/local/opt/gettext/include -I/usr/local/opt/llvm/include  -fopenmp -fPIC  -g -O3 -Wall -pedantic -std=gnu99 -mtune=native -pipe -c uniqlist.c -o uniqlist.o
/usr/local/opt/llvm/bin/clang -fopenmp -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG   -I/usr/local/opt/gettext/include -I/usr/local/opt/llvm/include  -fopenmp -fPIC  -g -O3 -Wall -pedantic -std=gnu99 -mtune=native -pipe -c vecseq.c -o vecseq.o
/usr/local/opt/llvm/bin/clang -fopenmp -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG   -I/usr/local/opt/gettext/include -I/usr/local/opt/llvm/include  -fopenmp -fPIC  -g -O3 -Wall -pedantic -std=gnu99 -mtune=native -pipe -c wrappers.c -o wrappers.o
/usr/local/opt/llvm/bin/clang -fopenmp -dynamiclib -Wl,-headerpad_max_install_names -undefined dynamic_lookup -single_module -multiply_defined suppress -L/Library/Frameworks/R.framework/Resources/lib -L/usr/local/opt/gettext/lib -L/usr/local/opt/llvm/lib -Wl,-rpath,/usr/local/opt/llvm/lib -o data.table.so assign.o between.o bmerge.o chmatch.o dogroups.o fastmean.o fcast.o fmelt.o forder.o frank.o fread.o freadR.o fsort.o fwrite.o fwriteR.o gsumm.o ijoin.o init.o inrange.o openmp-utils.o quickselect.o rbindlist.o reorder.o shift.o subset.o transpose.o uniqlist.o vecseq.o wrappers.o -fopenmp -F/Library/Frameworks/R.framework/.. -framework R -Wl,-framework -Wl,CoreFoundation
mv data.table.so datatable.so
if [ "" != "Windows_NT" ] && [ `uname -s` = 'Darwin' ]; then install_name_tool -id datatable.so datatable.so; fi
installing to /Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.4/Resources/library/data.table/libs
** R
** inst
** byte-compile and prepare package for lazy loading
session** help
In*** installing help indices
** building package indices
** installing vignettes
** testing if installed package can be loaded
* DONE (data.table)

The downloaded source packages are in
    ‘/private/var/folders/48/q6ltldjs251000_wvjrdy_vm0000gn/T/RtmpmAMLnD/downloaded_packages’
> library(parallel)
> library(data.table)
data.table 1.10.5 IN DEVELOPMENT built 2017-10-19 19:32:41 UTC; travis
  The fastest way to learn (by data.table authors): https://www.datacamp.com/courses/data-analysis-the-data-table-way
  Documentation: ?data.table, example(data.table) and browseVignettes("data.table")
  Release notes, videos and slides: http://r-datatable.com
> sessionInfo()
R version 3.4.2 (2017-09-28)
Platform: x86_64-apple-darwin15.6.0 (64-bit)
Running under: macOS Sierra 10.12.6

Matrix products: default
BLAS: /Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.4/Resources/lib/libRblas.0.dylib
LAPACK: /Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.4/Resources/lib/libRlapack.dylib

locale:
[1] en_CA.UTF-8/en_CA.UTF-8/en_CA.UTF-8/C/en_CA.UTF-8/en_CA.UTF-8

attached base packages:
[1] parallel  stats     graphics  utils     datasets  grDevices methods  
[8] base     

other attached packages:
[1] data.table_1.10.5 testthat_1.0.2    devtools_1.13.3  

loaded via a namespace (and not attached):
[1] compiler_3.4.2 magrittr_1.5   R6_2.2.2       tools_3.4.2    withr_2.0.0   
[6] crayon_1.3.4   memoise_1.1.0  digest_0.6.12 
> mclapply(1:2, sqrt)
[[1]]
[1] 1

[[2]]
[1] 1.414214

@joethorley 감사합니다! CRAN에 1.10.4-3에 제출하고 모든 것이 잘되고 있으며 CRAN의 마법이 그 과정을 실행하는 데 며칠이 걸릴 것입니다.

v1.10.4-3의 변경 사항(CRAN에서 2017년 10월 20일)

1. parallel::mclapply 가 사용되고 data.table이 로드될 때 MacOS에서 충돌/정지가 수정되었습니다( #2418 ). 이상하게도 테스트 1705(data.table로 mclapply 테스트)를 포함한 모든 테스트가 CRAN에서 정상적으로 통과했습니다. MacOS의 일부 버전 또는 MacOS의 라이브러리 버전인 것 같습니다. 보고하고 이 수정 사항이 작동하는지 확인해준 Martin Morgan에게 깊은 감사를 드립니다. 또한 asenabouth, Joe Thorley 및 Danton Noriega 덕분에 data.table 내부의 자동 병렬 처리(예: fwrite )가 이러한 MacOS 설치에서도 잘 작동하는지 테스트, 디버깅 및 확인했습니다. 1.10.4-1 및 1.10.4-2에 대한 아래 뉴스 항목도 참조하십시오.

지금은 문을 닫습니다. 1.10.4-3에 문제가 있으면 다시 열거나 새 문제를 여십시오.

@mattdowle : v1.10.4-2가 여전히 CRAN에서 배포하는 버전인 것 같습니다. v1.10.4-3이 여전히 CRAN 제출 대기열에서 대기 중입니까, 아니면 다른 문제가 발생했습니까?

(이 문제에 대한 해결 방법을 너무 빨리 알려주셔서 감사합니다. 불행히도 macOS의 많은 사용자에게 영향을 미치는 것으로 보입니다)

@kevinushey 예 1.10.4-3이 대기열에서 기다리고 있었습니다(6일 동안 그것이 의미하는 바를 모르는 '재확인' 상태에서). CRAN에 이메일을 보냈고 이제 CRAN에 공개되었습니다.

어쩌면 내가 뭔가 잘못하고 있지만 여전히 내 Mac에 문제가 있습니다.

> sessionInfo()
R version 3.4.1 (2017-06-30)
Platform: x86_64-apple-darwin15.6.0 (64-bit)
Running under: macOS Sierra 10.12.6

Matrix products: default
BLAS: /System/Library/Frameworks/Accelerate.framework/Versions/A/Frameworks/vecLib.framework/Versions/A/libBLAS.dylib
LAPACK: /Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.4/Resources/lib/libRlapack.dylib

locale:
[1] fr_FR.UTF-8/fr_FR.UTF-8/fr_FR.UTF-8/C/fr_FR.UTF-8/fr_FR.UTF-8

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     

loaded via a namespace (and not attached):
 [1] httr_1.3.1      compiler_3.4.1  R6_2.2.2        tools_3.4.1     withr_2.0.0     curl_3.0       
 [7] yaml_2.1.14     memoise_1.1.0   knitr_1.17      git2r_0.19.0    digest_0.6.12   devtools_1.13.3

소스에서 크랜 버전을 설치할 때 다음을 얻습니다.

> install.packages("data.table", type = "source", repos = "https://cran.rstudio.com")
essai de l'URL 'https://cran.rstudio.com/src/contrib/data.table_1.10.4-3.tar.gz'
Content type 'application/x-gzip' length 3071833 bytes (2.9 MB)
==================================================
downloaded 2.9 MB

* installing *source* package ‘data.table’ ...
** package ‘data.table’ correctement décompressé et sommes MD5 vérifiées
** libs
clang -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG   -I/usr/local/include  -fopenmp -fPIC  -Wall -g -O2  -c assign.c -o assign.o
clang: error: unsupported option '-fopenmp'
make: *** [assign.o] Error 1
ERROR: compilation failed for package ‘data.table’
* removing ‘/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.4/Resources/library/data.table’
* restoring previous ‘/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.4/Resources/library/data.table’

Les packages source téléchargés sont dans
    ‘/private/var/folders/51/6jygptvs3bb4njv0t6x7br900000gn/T/Rtmp8NJ0di/downloaded_packages’
Warning message:
In install.packages("data.table", type = "source", repos = "https://cran.rstudio.com") :
  l'installation du package ‘data.table’ a eu un statut de sortie non nul

필요한 경우 더 자세한 정보를 제공할 수 있습니다.

@davidgohel : R LLVM 툴체인을 로컬에 설치하려면 이 가이드를 참조하세요. http://thecoatlessprofessor.com/programming/openmp-in-r-on-os-x/

또는 R.home("etc/Makeconf") 에서 파일을 편집하고 거기에 보이는 -fopenmp 의 인스턴스를 제거하여 컴파일 시 Apple 시스템 도구 모음과 함께 OpenMP를 사용하지 않도록 하는 것이 좋습니다.

@kevinushey 알겠습니다. 대체 솔루션을 사용해 보겠습니다. 나는 첫 번째 솔루션으로 뭔가를 망쳤다고 생각합니다.

이것을 내 ~/.R/Makevars 파일에 추가하면 High Sierra에서 OpenMP 없이 data.table을 컴파일할 수 있습니다.

# Suppress `-fopenmp` in R.home("etc/Makeconf")
# MAIN_LDFLAGS = -fopenmp
# SHLIB_OPENMP_CFLAGS = -fopenmp
# SHLIB_OPENMP_CXXFLAGS = -fopenmp
# SHLIB_OPENMP_FCFLAGS = -fopenmp
# SHLIB_OPENMP_FFLAGS = -fopenmp
MAIN_LDFLAGS =
SHLIB_OPENMP_CFLAGS =
SHLIB_OPENMP_CXXFLAGS =
SHLIB_OPENMP_FCFLAGS =
SHLIB_OPENMP_FFLAGS =

@mjsteinbaugh @kevinushey 감사합니다, 효과가 있었습니다

R.home("etc/Makeconf") 에서 파일 편집을 시도했지만 편집할 수 없습니다. 또한 ~/.R/Makevars 라는 파일이 없는 것 같습니다. 추가 제안: 감사합니다.

@ValeriVoev ~/.R/Makevars 에 있는 파일은 일반적으로 존재하지 않습니다. 직접 만들어야 합니다. (즉, 홈 디렉터리에 .R 라는 폴더를 만든 다음 해당 폴더 안에 Makevars 파일을 만듭니다.)

@kevinushey 감사합니다 - 마침내 작동하게 하고 data.table 1.10.4-3을 설치했고 R Studio가 더 이상 충돌하지 않습니다. 나는 또한 clang을 설치했습니다 - 그것이 도움이 되었는지 여부는 확실하지 않습니다.

여전히 이 오류가 무작위로 표시됩니다.

Assertion failure at kmp_runtime.cpp(6480): __kmp_thread_pool == __null.
OMP: Error #13: Assertion failure at kmp_runtime.cpp(6480).
OMP: Hint: Please submit a bug report with this message, compile and run commands used, and machine configuration info including native compiler and operating system versions. Faster response will be obtained by including all program sources. For information on submitting this issue, please see http://www.intel.com/software/products/support/.

그리고 사건은 정말 난해하다.

1. data.table 1.10.4와 1.10.4-3은 저에게 동일합니다.
2. 모든 청크를 실행할 때 문제 없이 실행할 수 있는 일부 병렬 코드가 있는 비네트가 있습니다. 그러나 그 비네트에는 위의 오류가 있습니다.
3. 비네트 시작 부분에 간단한 병렬 코드 mclapply(1:2, sqrt) 를 넣으면 비네트 뜨개질에 더 이상 오류가 발생하지 않습니다!

이는 모두 환경 변화와 관련이 있는 것으로 보입니다. 불행히도 지금은 간단하게 재현할 수 있는 예제가 없습니다. 내 코드는 매우 복잡하고 다른 많은 것들을 포함합니다.

dracodoc과 마찬가지로 (6480)이 무작위로 잡도록 합니다. macOS 10.13.3, R 3.4.3, data.table 1.10.4-3. 여기에는 일반 R만 있고 재현하기에는 너무 복잡한 코드입니다.

코드 시작 부분에 있는 간단한 mclapply가 작동하고 때로는 나머지 코드도 작동하게 합니다. 제 경우에는 mclapply(1:2, sqrt) 를 추가해도 트릭이 작동하지 않지만 겉보기에 임의의 횟수의 시도를 실행하면 됩니다(이제 for (i in 1:10) mclapply(1:10000000, sqrt) 로 코드 시작).

편집: 아아, 실행이 안정적이지 않은 것 같으며 mcmapply가 시작되지만 잠시 후 중단됩니다.

이 추가 댓글을 이제서야 봤습니다. dev 1.10.5를 시도하거나 다음 CRAN 릴리스를 기다리십시오. 그 후에도 문제가 계속되면 새 문제를 제기하십시오.

dev 1.10.5에서 여전히 동일한 문제가 표시됩니다. 새 문제가 생성되었습니다.