Data.table: error al usar la tecla de conjunto de funciones

Puedo reproducir esto con data.table 1.12.0 tanto en Windows 10 como en macOS 10.13.6. Después de actualizar mi sistema macOS tot data.table 1.12.2, puedo confirmar que todos los ejemplos a continuación dan el mismo resultado.

Un ejemplo algo más simple:

> set.seed(1)
> d <- data.frame(x = paste0("chr",sample(17)[3:6]), y = 1:4)
> d$x2 <- d$x
> d
      x y    x2
1  chr9 1  chr9
2 chr13 2 chr13
3  chr3 3  chr3
4 chr11 4 chr11
> setDT(d)
> setkey(d,x2,y)
> d
       x y    x2
1:  chr9 4  chr9
2: chr13 2 chr13
3:  chr3 3  chr3
4: chr11 1 chr11

Esto también sucede cuando asigna la clave directamente con setDT (que podría esperarse como setDT usa setkeyv para configurar las claves):

> set.seed(1)
> d <- data.frame(x = paste0("chr",sample(17)[3:6]), y = 1:4)
> d$x2 <- d$x
> d
      x y    x2
1  chr9 1  chr9
2 chr13 2 chr13
3  chr3 3  chr3
4 chr11 4 chr11
> setDT(d, key = c("x2","y"))
> d
       x y    x2
1:  chr9 4  chr9
2: chr13 2 chr13
3:  chr3 3  chr3
4: chr11 1 chr11

Como puede ver, el orden de la columna y cambia, mientras que el orden de las otras columnas no. Aparentemente, esto solo sucede cuando copia una columna en la forma data.frame, luego usa setDT y luego usa setkey . Considere los siguientes cinco casos que dan el resultado deseado:

1) no copiar una columna de marco de datos

> set.seed(1)
> d <- data.frame(x = paste0("chr",sample(17)[3:6]), y = 1:4)
> d
      x y
1  chr9 1
2 chr13 2
3  chr3 3
4 chr11 4
> setDT(d)
> setkey(d,x)
> d
       x y
1: chr11 4
2: chr13 2
3:  chr3 3
4:  chr9 1

2) creando una nueva columna arbitraria en el marco de datos

> set.seed(1)
> d <- data.frame(x = paste0("chr",sample(17)[3:6]), y = 1:4)
> set.seed(1)
> d$x2 <- paste0("chr",sample(17)[1:4])
> d
      x y    x2
1  chr9 1  chr5
2 chr13 2  chr6
3  chr3 3  chr9
4 chr11 4 chr13
> setDT(d)
> setkey(d,x2,y)
> d
       x y    x2
1: chr11 4 chr13
2:  chr9 1  chr5
3: chr13 2  chr6
4:  chr3 3  chr9

3) crear una nueva columna muestreando una columna existente y pegando algunos caracteres externos en ella

> set.seed(1)
> d <- data.frame(x = paste0("chr",sample(17)[3:6]), y = 1:4)
> set.seed(1)
> d$x2 <- paste0("new_",sample(d$x,4))
> d
      x y        x2
1  chr9 1 new_chr13
2 chr13 2 new_chr11
3  chr3 3  new_chr3
4 chr11 4  new_chr9
> setDT(d)
> setkey(d,x2,y)
> d
       x y        x2
1: chr13 2 new_chr11
2:  chr9 1 new_chr13
3:  chr3 3  new_chr3
4: chr11 4  new_chr9

4) crear una nueva columna simplemente muestreando una columna existente

> set.seed(1)
> d <- data.frame(x = paste0("chr",sample(17)[3:6]), y = 1:4)
> set.seed(1)
> d$x2 <- sample(d$x,4)
> d
      x y    x2
1  chr9 1 chr13
2 chr13 2 chr11
3  chr3 3  chr3
4 chr11 4  chr9
> setDT(d)
> setkey(d,x2,y)
> d
       x y    x2
1: chr13 2 chr11
2:  chr9 1 chr13
3:  chr3 3  chr3
4: chr11 4  chr9

5) copiar una columna de la forma data.table

> set.seed(1)
> d <- data.frame(x = paste0("chr",sample(17)[3:6]), y = 1:4)
> d
      x y
1  chr9 1
2 chr13 2
3  chr3 3
4 chr11 4
> setDT(d)
> d[, x2 := x][]
       x y    x2
1:  chr9 1  chr9
2: chr13 2 chr13
3:  chr3 3  chr3
4: chr11 4 chr11
> setkey(d,x2,y)
> d
       x y    x2
1: chr11 4 chr11
2: chr13 2 chr13
3:  chr3 3  chr3
4:  chr9 1  chr9

Aunque este error parece ocurrir en un caso de uso (muy) específico, esto podría ser crítico para mí porque uso setkey en varios sistemas de producción. Verificará si este caso específico ocurre en mi código de producción.

Confirmando @jaapwalhout 's observaciones (con data.table_1.12.3).
Además, (i) pensé que podría estar relacionado con factores pero no lo es (ocurre también con carácter o entero), (ii) sucede cualquiera que sea la clave (xoy).
A continuación, un ejemplo reproducible más sencillo.
La advertencia en la tarea puede estar relacionada, pero no estoy seguro de entenderla.

options(datatable.verbose = TRUE)

## KO
d <- data.frame(x = c(9, 1), y = c(9, 1))
d$x2 <- d$x
d
#   x y x2
# 1 9 9  9
# 2 1 1  1
setDT(d, key  = "x")[]
# forder took 0 sec
# reorder took 0 sec
#    x y x2
# 1: 9 1  9
# 2: 1 9  1

## KO
d <- data.frame(x = c("9", "1"), y = c(9, 1), stringsAsFactors = FALSE)
d$x2 <- d$x
d
#   x y x2
# 1 9 9  9
# 2 1 1  1
setDT(d, key  = "x")[]
# forder took 0 sec
# reorder took 0 sec
#    x y x2
# 1: 9 1  9
# 2: 1 9  1

## OK (with warning)
d <- data.frame(x = c("9", "1"), y = c(9, 1))
setDT(d)
d$x2 <- d$x
# Assigning to all 2 rows
# RHS for item 1 has been duplicated because NAMED is 2, but then is being plonked. length(values)==2; length(cols)==1)
setkey(d, y, verbose = TRUE)[]
# forder took 0 sec
# reorder took 0 sec
#    x y x2
# 1: 1 1  1
# 2: 9 9  9

iiuc, al duplicar una columna o elemento de lista sin modificación, la dirección de memoria será la misma y la configuración de la clave "estropeará las cosas".
Funciona bien cuando se usa copy() .

# KO
l <- list(x = c(9, 1), y = c(9, 1))
l[["z"]] <- l[["x"]]
l
setDT(l, key  = "x")[]

address(l$x) == address(l$z)
# TRUE

# OK
l <- list(x = c(9, 1), y = c(9, 1))
l[["z"]] <- copy(l[["x"]])
l
setDT(l, key  = "x")[]