Data.table: ошибка при использовании функции setkey

Я могу воспроизвести это с помощью data.table 1.12.0 как в Windows 10, так и в macOS 10.13.6. После обновления моей системы macOS tot data.table 1.12.2 я могу подтвердить, что все приведенные ниже примеры дают одинаковый результат.

Несколько более простой пример:

> set.seed(1)
> d <- data.frame(x = paste0("chr",sample(17)[3:6]), y = 1:4)
> d$x2 <- d$x
> d
      x y    x2
1  chr9 1  chr9
2 chr13 2 chr13
3  chr3 3  chr3
4 chr11 4 chr11
> setDT(d)
> setkey(d,x2,y)
> d
       x y    x2
1:  chr9 4  chr9
2: chr13 2 chr13
3:  chr3 3  chr3
4: chr11 1 chr11

Это также происходит, когда вы назначаете ключ напрямую с помощью setDT (чего можно ожидать, поскольку setDT использует setkeyv для установки ключей):

> set.seed(1)
> d <- data.frame(x = paste0("chr",sample(17)[3:6]), y = 1:4)
> d$x2 <- d$x
> d
      x y    x2
1  chr9 1  chr9
2 chr13 2 chr13
3  chr3 3  chr3
4 chr11 4 chr11
> setDT(d, key = c("x2","y"))
> d
       x y    x2
1:  chr9 4  chr9
2: chr13 2 chr13
3:  chr3 3  chr3
4: chr11 1 chr11

Как видите, порядок столбца y изменился, а порядок других столбцов - нет. По-видимому, это происходит только тогда, когда вы копируете столбец способом data.frame, затем используете setDT а затем используете setkey . Рассмотрим следующие пять случаев, каждый из которых дает желаемый результат:

1) не копировать столбец фрейма данных

> set.seed(1)
> d <- data.frame(x = paste0("chr",sample(17)[3:6]), y = 1:4)
> d
      x y
1  chr9 1
2 chr13 2
3  chr3 3
4 chr11 4
> setDT(d)
> setkey(d,x)
> d
       x y
1: chr11 4
2: chr13 2
3:  chr3 3
4:  chr9 1

2) создание произвольного нового столбца в фрейме данных

> set.seed(1)
> d <- data.frame(x = paste0("chr",sample(17)[3:6]), y = 1:4)
> set.seed(1)
> d$x2 <- paste0("chr",sample(17)[1:4])
> d
      x y    x2
1  chr9 1  chr5
2 chr13 2  chr6
3  chr3 3  chr9
4 chr11 4 chr13
> setDT(d)
> setkey(d,x2,y)
> d
       x y    x2
1: chr11 4 chr13
2:  chr9 1  chr5
3: chr13 2  chr6
4:  chr3 3  chr9

3) создание нового столбца путем выборки существующего столбца и вставки в него некоторых символов extr

> set.seed(1)
> d <- data.frame(x = paste0("chr",sample(17)[3:6]), y = 1:4)
> set.seed(1)
> d$x2 <- paste0("new_",sample(d$x,4))
> d
      x y        x2
1  chr9 1 new_chr13
2 chr13 2 new_chr11
3  chr3 3  new_chr3
4 chr11 4  new_chr9
> setDT(d)
> setkey(d,x2,y)
> d
       x y        x2
1: chr13 2 new_chr11
2:  chr9 1 new_chr13
3:  chr3 3  new_chr3
4: chr11 4  new_chr9

4) создание нового столбца путем простой выборки существующего столбца

> set.seed(1)
> d <- data.frame(x = paste0("chr",sample(17)[3:6]), y = 1:4)
> set.seed(1)
> d$x2 <- sample(d$x,4)
> d
      x y    x2
1  chr9 1 chr13
2 chr13 2 chr11
3  chr3 3  chr3
4 chr11 4  chr9
> setDT(d)
> setkey(d,x2,y)
> d
       x y    x2
1: chr13 2 chr11
2:  chr9 1 chr13
3:  chr3 3  chr3
4: chr11 4  chr9

5) копирование столбца способом data.table

> set.seed(1)
> d <- data.frame(x = paste0("chr",sample(17)[3:6]), y = 1:4)
> d
      x y
1  chr9 1
2 chr13 2
3  chr3 3
4 chr11 4
> setDT(d)
> d[, x2 := x][]
       x y    x2
1:  chr9 1  chr9
2: chr13 2 chr13
3:  chr3 3  chr3
4: chr11 4 chr11
> setkey(d,x2,y)
> d
       x y    x2
1: chr11 4 chr11
2: chr13 2 chr13
3:  chr3 3  chr3
4:  chr9 1  chr9

Хотя эта ошибка, кажется, возникает в (очень) конкретном случае использования, она может быть критичной для меня, потому что я использую setkey в нескольких производственных системах. Проверим, встречается ли этот конкретный случай в моем производственном коде.

Подтверждая @jaapwalhout «s наблюдения (с data.table_1.12.3).
Кроме того, (i) думал, что это может быть связано с факторами, но это не так (бывает также с символом или целым числом), (ii) это происходит независимо от ключа (x или y).
Ниже более простой воспроизводимый пример.
Предупреждение в задании может быть связано, но я не уверен, что понимаю его.

options(datatable.verbose = TRUE)

## KO
d <- data.frame(x = c(9, 1), y = c(9, 1))
d$x2 <- d$x
d
#   x y x2
# 1 9 9  9
# 2 1 1  1
setDT(d, key  = "x")[]
# forder took 0 sec
# reorder took 0 sec
#    x y x2
# 1: 9 1  9
# 2: 1 9  1

## KO
d <- data.frame(x = c("9", "1"), y = c(9, 1), stringsAsFactors = FALSE)
d$x2 <- d$x
d
#   x y x2
# 1 9 9  9
# 2 1 1  1
setDT(d, key  = "x")[]
# forder took 0 sec
# reorder took 0 sec
#    x y x2
# 1: 9 1  9
# 2: 1 9  1

## OK (with warning)
d <- data.frame(x = c("9", "1"), y = c(9, 1))
setDT(d)
d$x2 <- d$x
# Assigning to all 2 rows
# RHS for item 1 has been duplicated because NAMED is 2, but then is being plonked. length(values)==2; length(cols)==1)
setkey(d, y, verbose = TRUE)[]
# forder took 0 sec
# reorder took 0 sec
#    x y x2
# 1: 1 1  1
# 2: 9 9  9

iiuc, при дублировании элемента столбца или списка без изменений адрес памяти будет таким же, и установка ключа «испортит дело».
Работает нормально при использовании copy() .

# KO
l <- list(x = c(9, 1), y = c(9, 1))
l[["z"]] <- l[["x"]]
l
setDT(l, key  = "x")[]

address(l$x) == address(l$z)
# TRUE

# OK
l <- list(x = c(9, 1), y = c(9, 1))
l[["z"]] <- copy(l[["x"]])
l
setDT(l, key  = "x")[]