Zenodo: github: incluye submódulos en archivos zip de github

¡Gracias por la sugerencia!

Una cosa a considerar es si tendríamos los derechos para incluir todo el código de los submódulos en el archivo junto con el código del usuario.

Con respecto a los derechos: esto no sería un problema para los repositorios donde todos los submódulos también están en zenodo, por lo que al menos podría habilitarse para casos restringidos. La inclusión de los submódulos es, por supuesto, esencial para que el código sea realmente reproducible.

Como solución alternativa, se podría usar un script de CI que genera lanzamientos que incluyen el contenido de los submódulos relevantes como activo. Sin embargo, debido a # 1235, esto tampoco funciona actualmente.

Por ejemplo, esta es la configuración que uso para Travis CI:

before_deploy:
  - zip -r inamo-${TRAVIS_TAG}.zip . -x out\* plots\* .git\* regRefData/.git\*

deploy:
  provider: releases
  edge: true
  api_key:
    secure: "***"
  file: inamo-${TRAVIS_TAG}.zip
  release_notes_file: README.md
  tag_name: ${TRAVIS_TAG}
  name: InaMo ${TRAVIS_TAG}
  on:
    tags: true
  draft: true

En una nota diferente, ¿podría algo como esto ser una solución para los problemas de licencias? ¿O eso significaría demasiado esfuerzo de configuración en el backend?

Creo que no incluir submódulos y no advertir a los usuarios sobre el hecho de que pueden faltar archivos importantes podría ser un problema importante para la reproducibilidad. Por ejemplo, solo noté que faltaba el contenido del submódulo para una de mis cargas, porque un revisor especialmente diligente descargó la versión de Zenodo e intentó ejecutar las simulaciones descritas en mi artículo.

No es razonable que Zenodo sepa o intente verificar qué submódulos el usuario tiene la intención de incluir o tiene los derechos, así que déjelo ser un elemento de configuración en .zenodo.json