Zenodo: github: включать подмодули в zip-архивы из github

Спасибо за предложение!

Одна вещь, которую следует учитывать, - будем ли мы иметь право включать весь код подмодулей в архив вместе с кодом пользователя.

Что касается прав: это не будет проблемой для репозиториев, где все подмодули также находятся в zenodo, поэтому это можно было бы включить, по крайней мере, в ограниченных случаях. Включение подмодулей, конечно, необходимо для того, чтобы код действительно воспроизводился.

В качестве обходного пути можно использовать сценарий CI, который генерирует выпуски, которые включают в себя содержимое соответствующих подмодулей в качестве актива. Однако из-за # 1235 это в настоящее время также не работает.

Например, это настройка, которую я использую для Travis CI:

before_deploy:
  - zip -r inamo-${TRAVIS_TAG}.zip . -x out\* plots\* .git\* regRefData/.git\*

deploy:
  provider: releases
  edge: true
  api_key:
    secure: "***"
  file: inamo-${TRAVIS_TAG}.zip
  release_notes_file: README.md
  tag_name: ${TRAVIS_TAG}
  name: InaMo ${TRAVIS_TAG}
  on:
    tags: true
  draft: true

С другой стороны, может ли что-то подобное быть решением проблем с лицензированием? Или это будет означать слишком много усилий по настройке серверной части?

Я думаю, что отказ от включения подмодулей и предупреждения пользователей о том, что важные файлы могут отсутствовать, может стать серьезной проблемой для воспроизводимости. Например, я заметил, что содержимое подмодуля отсутствует для одной из моих загрузок, потому что особенно прилежный рецензент фактически загрузил версию Zenodo и попытался запустить моделирование, описанное в моей статье.

Для Zenodo неразумно знать или пытаться проверить, какие подмодули пользователь намеревается включить или имеет права, поэтому просто позвольте ему быть элементом конфигурации в .zenodo.json