Evalml: カテゴリ列またはブール列にNoneがない場合、代入は適合できません

作成日 2020年08月19日  ·  3コメント  ·  ソース: alteryx/evalml

リプロデューサー

from evalml.pipelines.components import Imputer
df = pd.DataFrame({"a": [1, 2, 3], "b": ["1", "2", None]})
imputer = Imputer()
imputer.fit(df)
from evalml.pipelines.components import Imputer
df_with_bool = pd.DataFrame({"a": [1, 2, 3], "b": [True, False, None]})
imputer = Imputer()
imputer.fit(df_with_bool)

どちらも同じスタックトレースを持っています:

---------------------------------------------------------------------------
TypeError                                 Traceback (most recent call last)
<ipython-input-69-9af4cfc17aec> in <module>
      1 df_with_bool = pd.DataFrame({"a": [1, 2, 3], "b": [True, False, None]})
      2 imputer = Imputer()
----> 3 imputer.fit(df_with_bool)

~/sources/evalml/evalml/utils/base_meta.py in _set_fit(self, X, y)
     12         @wraps(method)
     13         def _set_fit(self, X, y=None):
---> 14             return_value = method(self, X, y)
     15             self._is_fitted = True
     16             return return_value

~/sources/evalml/evalml/pipelines/components/transformers/imputers/imputer.py in fit(self, X, y)
     76         X_categorical = X_null_dropped.select_dtypes(include=categorical_dtypes + boolean)
     77         if len(X_categorical.columns) > 0:
---> 78             self._categorical_imputer.fit(X_categorical, y)
     79             self._categorical_cols = X_categorical.columns
     80         return self

~/sources/evalml/evalml/utils/base_meta.py in _set_fit(self, X, y)
     12         @wraps(method)
     13         def _set_fit(self, X, y=None):
---> 14             return_value = method(self, X, y)
     15             self._is_fitted = True
     16             return return_value

~/sources/evalml/evalml/pipelines/components/transformers/imputers/simple_imputer.py in fit(self, X, y)
     42         if not isinstance(X, pd.DataFrame):
     43             X = pd.DataFrame(X)
---> 44         self._component_obj.fit(X, y)
     45         self._all_null_cols = set(X.columns) - set(X.dropna(axis=1, how='all').columns)
     46         return self

~/miniconda3/envs/evalml/lib/python3.8/site-packages/sklearn/impute/_base.py in fit(self, X, y)
    300                                                     fill_value)
    301         else:
--> 302             self.statistics_ = self._dense_fit(X,
    303                                                self.strategy,
    304                                                self.missing_values,

~/miniconda3/envs/evalml/lib/python3.8/site-packages/sklearn/impute/_base.py in _dense_fit(self, X, strategy, missing_values, fill_value)
    384                 row_mask = np.logical_not(row_mask).astype(np.bool)
    385                 row = row[row_mask]
--> 386                 most_frequent[i] = _most_frequent(row, np.nan, 0)
    387 
    388             return most_frequent

~/miniconda3/envs/evalml/lib/python3.8/site-packages/sklearn/impute/_base.py in _most_frequent(array, extra_value, n_repeat)
     40             # has already been NaN-masked.
     41             warnings.simplefilter("ignore", RuntimeWarning)
---> 42             mode = stats.mode(array)
     43 
     44         most_frequent_value = mode[0][0]

~/miniconda3/envs/evalml/lib/python3.8/site-packages/scipy/stats/stats.py in mode(a, axis, nan_policy)
    498     counts = np.zeros(a_view.shape[:-1], dtype=np.int)
    499     for ind in inds:
--> 500         modes[ind], counts[ind] = _mode1D(a_view[ind])
    501     newshape = list(a.shape)
    502     newshape[axis] = 1

~/miniconda3/envs/evalml/lib/python3.8/site-packages/scipy/stats/stats.py in _mode1D(a)
    485 
    486     def _mode1D(a):
--> 487         vals, cnts = np.unique(a, return_counts=True)
    488         return vals[cnts.argmax()], cnts.max()
    489 

<__array_function__ internals> in unique(*args, **kwargs)

~/miniconda3/envs/evalml/lib/python3.8/site-packages/numpy/lib/arraysetops.py in unique(ar, return_index, return_inverse, return_counts, axis)
    259     ar = np.asanyarray(ar)
    260     if axis is None:
--> 261         ret = _unique1d(ar, return_index, return_inverse, return_counts)
    262         return _unpack_tuple(ret)
    263 

~/miniconda3/envs/evalml/lib/python3.8/site-packages/numpy/lib/arraysetops.py in _unique1d(ar, return_index, return_inverse, return_counts)
    320         aux = ar[perm]
    321     else:
--> 322         ar.sort()
    323         aux = ar
    324     mask = np.empty(aux.shape, dtype=np.bool_)

TypeError: '<' not supported between instances of 'NoneType' and 'bool'

それはこの作品np.nanの代わりにNone

bug

全てのコメント3件

@freddyaboulton明確な再現者に感謝します! これは別のバグ#1092も説明しているようです。

問題
pandasデータフレームのいずれかの機能にobjectタイプがあり、 None値が含まれている場合、 Imputer失敗します。

  1. X = pd.DataFrame({'feature1': [False, True, None, np.nan]})は、 objectタイプの機能を作成します。 Imputer.fit失敗します。
  2. X = pd.DataFrame({'feature1': [False, True, np.nan]})は、 objectタイプの機能を作成します。 Imputer.fit機能します。
  3. X = pd.DataFrame({'feature1': [False, True]})は、 boolタイプの機能を作成します。 Imputer.fit機能します。

categoryタイプについても同じことが言えます。 最後のケースは当てはまりませんが、文字列型についても同様の状況が発生します。

ノート
ここで紛らわしいのは、 Noneはさまざまな意味を持つ可能性があるということです。 nanと同じ場合もあれば、独自のカテゴリとして意図されている場合もあります。

その慣習を文書化して説明する限り、それをnanとして扱うのは問題ないと思います。

回避策
bool / category / string機能からNoneを削除します: df = df.fillna(value=np.nan)

修正
短期:

  • Imputerを更新して、 Nonenp.nanに置き換えます
  • Imputer APIドキュメントとautomlユーザーガイドを更新して、これについて言及します。
  • 対象となるすべてのデータ型について、データにNoneを含めて、 Imputerテストカバレッジを追加します。

代わりに、データにNoneがある場合にエラーとなる、 DataCheckを追加できます。 しかし、 Noneは簡単に変換できるため、これは不要だと感じます。

長期:
新しいDataTableデータ構造を使用するようにevalmlを更新すると、ユーザーは各機能のタイプを事前に構成できるようになります。 これは、標準化によってこの種のエラーが無関係になることを意味することを願っています。

これは#540に関連していますか?

@angela97lin🤦100 %関連しています...実際にはその重複です。 はは。 そこで、代入子にNonenp.nan変換させることも決定しました。

ここでの記事はより最新のものであるため、これを支持して#540を閉じます。

ありがとうございました!

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