コードサンプル、可能であればコピーして貼り付けることができる例
突然このエラーが発生しました、何か考えはありますか？
# Your code here
input_df = pd.read_hdf(path_or_buf='x.hdf5',key='/x',mode='r')
問題の説明
トレースバック：
`
Traceback (most recent call last):
File "...", line 115, in <module>
input_df = pd.read_hdf(path_or_buf='x.hdf5',key='/x',mode='r')
File "/usr/local/lib/python3.6/dist-packages/pandas/io/pytables.py", line 394, in read_hdf
return store.select(key, auto_close=auto_close, **kwargs)
File "/usr/local/lib/python3.6/dist-packages/pandas/io/pytables.py", line 741, in select
return it.get_result()
File "/usr/local/lib/python3.6/dist-packages/pandas/io/pytables.py", line 1483, in get_result
results = self.func(self.start, self.stop, where)
File "/usr/local/lib/python3.6/dist-packages/pandas/io/pytables.py", line 734, in func
columns=columns)
File "/usr/local/lib/python3.6/dist-packages/pandas/io/pytables.py", line 2937, in read
start=_start, stop=_stop)
File "/usr/local/lib/python3.6/dist-packages/pandas/io/pytables.py", line 2489, in read_array
ret = node[0][start:stop]
File "/usr/local/lib/python3.6/dist-packages/tables/vlarray.py", line 681, in __getitem__
return self.read(start, stop, step)[0]
File "/usr/local/lib/python3.6/dist-packages/tables/vlarray.py", line 821, in read
listarr = self._read_array(start, stop, step)
File "tables/hdf5extension.pyx", line 2155, in tables.hdf5extension.VLArray._read_array
ValueError: cannot set WRITEABLE flag to True of this array
macd2
全てのコメント16件
@ macd2 ：これを報告してくれてありがとう！ いくつかのこと：
- この号では、
pandas.show_versionsから環境情報を提供できますか？ - できると仮定して、このエラーをトリガーするファイルを共有してもよろしいですか？
突然このエラーが発生しました、何か考えはありますか？
- これは、以前のバージョンの
pandasです。 このコードが最後に機能したのはいつですか。 現在使用しているバージョンは何ですか（最初の質問に関連して）？
cc @jreback
gfyoung
2019年01月20日
numpy = 1.16.0を使用すると、このエラーが発生します。numpy= 1.15.4をダウングレードすると、問題が発生しなくなります。
vvvlc
2019年01月20日
@gfyoung確かにここにバージョンがあります：
`` `pandas.show_versions
「依存関係」：
{'pandas'： '0.23.4'、 'pytest'： '3.4.0'、 'pip'：'18 .1 '、' setuptools '：'40 .6.3'、 'Cython'： '0.29.3'、 ' numpy '：' 1.16.0 '、' scipy '：' 1.2.0 '、' pyarrow '：なし、' xarray '：なし、' IPython '：' 6.5.0 '、' sphinx '：なし、' patsy ' ：「0.5.0」、「dateutil」：「2.7.5」、「pytz」：「2018.7」、「blosc」：なし、「bottleneck」：「1.2.1」、「tables」：「3.4.4」 、 'numexpr'： '2.6.8'、 'feather'：なし、 'matplotlib'： '3.0.2'、 'openpyxl'： '2.5.12'、 'xlrd'： '1.1.0'、 'xlwt' ：「1.3.0」、「xlsxwriter」：「0.7.3」、「lxml」：「4.1.1」、「bs4」：「4.4.1」、「html5lib」：「1.0b8」、「sqlalchemy」： '1.2.15'、 'pymysql'： '0.9.2'、 'psycopg2'： '2.7.6.1（dt dec pq3 ext lo64）'、 'jinja2'： '2.10'、 's3fs'：なし、 'fastparquet' ：なし、 'pandas_gbq'：なし、 'pandas_datareader'： '0.7.0'}
`` `
残念ながら、私はファイルを共有できませんが、 @ vvvlcがここに彼らのgitの他の問題があると言ったように、問題は確かにnumpyから来ていると思います：
https://github.com/nipy/nibabel/issues/697
PS: just downgraded to numpy=1.15.4 and indeed it resolves the issue
macd2
2019年01月21日
その間にパンダにできることはありますか？ または単に次を待つ
pytablesリリース？
午前5時34分AMの月、2019年1月21日にmacd2 [email protected]書きました：
@gfyoung https://github.com/gfyoung確かにここにバージョンがあります：
「依存関係」：
{'pandas'： '0.23.4'、 'pytest'： '3.4.0'、 'pip'：'18 .1 '、' setuptools '：'40 .6.3'、 'Cython'： '0.29.3'、 ' numpy '：' 1.16.0 '、' scipy '：' 1.2.0 '、' pyarrow '：なし、' xarray '：なし、' IPython '：' 6.5.0 '、' sphinx '：なし、' patsy ' ：「0.5.0」、「dateutil」：「2.7.5」、「pytz」：「2018.7」、「blosc」：なし、「bottleneck」：「1.2.1」、「tables」：「3.4.4」 、 'numexpr'： '2.6.8'、 'feather'：なし、 'matplotlib'： '3.0.2'、 'openpyxl'： '2.5.12'、 'xlrd'： '1.1.0'、 'xlwt' ：「1.3.0」、「xlsxwriter」：「0.7.3」、「lxml」：「4.1.1」、「bs4」：「4.4.1」、「html5lib」：「1.0b8」、「sqlalchemy」： '1.2.15'、 'pymysql'： '0.9.2'、 'psycopg2'： '2.7.6.1（dt dec pq3 ext lo64）'、 'jinja2'： '2.10'、 's3fs'：なし、 'fastparquet' ：なし、 'pandas_gbq'：なし、 'pandas_datareader'： '0.7.0'}残念ながら、ファイルを共有することはできませんが、問題は確かに発生すると思います
@vvvlcとしてnumpyからhttps://github.com/vvvlcはここに他のものがあると言った
彼らのgitの問題：nipy / nibabel＃697 https://github.com/nipy/nibabel/issues/697
—
このスレッドにサブスクライブしているため、これを受け取っています。
このメールに直接返信し、GitHubで表示してください
https://github.com/pandas-dev/pandas/issues/24839#issuecomment-456043488 、
またはスレッドをミュートします
https://github.com/notifications/unsubscribe-auth/ABQHIqiIyuE-lmMlN2Ep-4htyMrTBdefks5vFaWqgaJpZM4aJQqs
。
TomAugspurger
2019年01月21日
私にとってpip install numpy==1.15.4もこの問題を解決します。
@TomAugspurgerこの問題はGoogleで一番上に表示され（少なくとも私にとってはそうしました）、解決策は簡単なようですので、アップストリームの修正を待つだけで十分かもしれません。 あなたが尋ねるのは本当に素晴らしいです:)
mikkokotila
2019年01月23日
pip3 install numpy==1.15.4も私のために解決しました。
ただし、numpyをダウングレードすると、このエラーImportError: No module named 'numpy.core._multiarray_umath'発生し続けました。 numpy 1.16がインストールされた状態で.h5ファイルを保存し、ダウングレードされたnumpyで再度開かないため、最終的にそれが発生していることがわかりました...
swinman
2019年01月23日
エラーを回避できます。
ValueError: cannot set WRITEABLE flag to True of this array
パンダでデータを保存するときにformat='table'をHDFStore.appendまたはHDFStore.putに渡します。
これはおそらくあなたの問題を解決し、パンダ0.24とnumpy1.16 +でテストされます
dev72
2019年02月02日
@ dev72
わかりましたが、すでに存在する古いHDFファイルはどうですか？
macd2
2019年02月02日
古いhdfファイルを読み取る最良の方法は、pandas + numpyバージョンをダウングレードし、すべてのデータを読み取り、 format='table'して新しいhdfストアに書き込むことだと思います。
その後、新しいnumpyおよびpandasバージョンで動作するはずです。
dev72
2019年02月02日
@ dev72はい、同じ時点で正しいですが、これが適切に修正されるまで、私はむしろダウングレードに固執します
macd2
2019年02月03日
はい、同じことがグーグルから来ました、この問題を提出してくれてありがとう@ macd2
sw-yx
2019年02月03日
したがって、 numpyとPyTables提出されたいくつかの問題を追いかけた後、 @ avalentinoによるこの投稿は、この問題がPyTablesマスターで修正されているが、まだリリースされていないことを示唆しています。
https://github.com/PyTables/PyTables/issues/719#issuecomment -455612656
PyTablesマスターとnumpy >= 0.16を使ってみた人はいますか？
esvhd
2019年02月23日
これを使って動作させました
HDF5_DIR={HDF5_PATH} pip install -e git+https://github.com/PyTables/PyTables@492ee2f#egg=tables
pip install numpy==1.16.0
cythonとhdf5がインストールされていることを確認してください。
jquadrino
2019年03月12日
どのバージョンのpytablesとnumpyがこれを再現していますか？ それはデータに固有ですか？
と
pandas: 0.24.1
numpy: 1.16.2
tables: 3.4.4
これは発生しません、
In [8]: df = pd.DataFrame({"A": [1, 2]})
In [9]: df.to_hdf('x.hdf5', key='x')
In [10]: pd.read_hdf('x.hdf5', 'x', mode='r')
Out[10]:
A
0 1
1 2
参考までに、pytables 3.5.0と3.5.1はPyPIにあり、pytables側から修正されています。
TomAugspurger
2019年03月14日
pytables 3.5.1にアップグレードすると、numpy1.16.2でも問題が修正されます。
goriccardo
2019年03月18日
tf 2.0.0を扱うには、（少なくとも）1.16.0が必要です。 numpyを以前のバージョンにダウングレードしてもtf2.0.0では機能しません
darafshi
2020年01月12日
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