рдЬрдм рдпрд╣ рддрдп рд╣реЛ рддреЛ xfail рдбреЗрдХреЛрд░реЗрдЯрд░ рдХреЛ рд╡рд╛рдкрд╕ рдХрд░рдиреЗ рдХреА рдЖрд╡рд╢реНрдпрдХрддрд╛ рд╣реЛрдЧреА: рдЬрдм рдпрд╣ рддрдп рд╣реЛ рдЬрд╛рдП рддреЛ https://github.com/pandas-dev/pandas/pull/25517
Im рдЕрдЪрд╛рдирдХ рдпрд╣ рддреНрд░реБрдЯрд┐ рд╣реЛ рд░рд╣реА рд╣реИ, рдХреЛрдИ рд╡рд┐рдЪрд╛рд░?
# Your code here
input_df = pd.read_hdf(path_or_buf='x.hdf5',key='/x',mode='r')
рд╡рд╛рдкрд╕ рдЯреНрд░реЗрд╕ рдХрд░реЗрдВ :
`
Traceback (most recent call last):
File "...", line 115, in <module>
input_df = pd.read_hdf(path_or_buf='x.hdf5',key='/x',mode='r')
File "/usr/local/lib/python3.6/dist-packages/pandas/io/pytables.py", line 394, in read_hdf
return store.select(key, auto_close=auto_close, **kwargs)
File "/usr/local/lib/python3.6/dist-packages/pandas/io/pytables.py", line 741, in select
return it.get_result()
File "/usr/local/lib/python3.6/dist-packages/pandas/io/pytables.py", line 1483, in get_result
results = self.func(self.start, self.stop, where)
File "/usr/local/lib/python3.6/dist-packages/pandas/io/pytables.py", line 734, in func
columns=columns)
File "/usr/local/lib/python3.6/dist-packages/pandas/io/pytables.py", line 2937, in read
start=_start, stop=_stop)
File "/usr/local/lib/python3.6/dist-packages/pandas/io/pytables.py", line 2489, in read_array
ret = node[0][start:stop]
File "/usr/local/lib/python3.6/dist-packages/tables/vlarray.py", line 681, in __getitem__
return self.read(start, stop, step)[0]
File "/usr/local/lib/python3.6/dist-packages/tables/vlarray.py", line 821, in read
listarr = self._read_array(start, stop, step)
File "tables/hdf5extension.pyx", line 2155, in tables.hdf5extension.VLArray._read_array
ValueError: cannot set WRITEABLE flag to True of this array
@ macd2 : рдЗрд╕ рд░рд┐рдкреЛрд░реНрдЯ рдХреЗ рд▓рд┐рдП рдзрдиреНрдпрд╡рд╛рдж! рдХреБрдЫ рдЪреАрдЬреЗрдВ:
pandas.show_versions
рд╕реЗ рдЕрдкрдиреЗ рдкрд░реНрдпрд╛рд╡рд░рдг рдХреА рдЬрд╛рдирдХрд╛рд░реА рдкреНрд░рджрд╛рди рдХрд░ рд╕рдХрддреЗ рд╣реИрдВ?Im рдЕрдЪрд╛рдирдХ рдпрд╣ рддреНрд░реБрдЯрд┐ рд╣реЛ рд░рд╣реА рд╣реИ, рдХреЛрдИ рд╡рд┐рдЪрд╛рд░?
pandas
рдкрд┐рдЫрд▓реЗ рд╕рдВрд╕реНрдХрд░рдгреЛрдВ рдкрд░ рдХрд╛рдо рдХрд░ рд░рд╣рд╛ рдерд╛ред рдЗрд╕ рдХреЛрдб рдиреЗ рдЖрдкрдХреЗ рд▓рд┐рдП рдЖрдЦрд┐рд░реА рдХрд╛рдо рдХрдм рдХрд┐рдпрд╛? рдЕрдм рдЖрдк рдХрд┐рд╕ рд╕рдВрд╕реНрдХрд░рдг рдХрд╛ рдЙрдкрдпреЛрдЧ рдХрд░ рд░рд╣реЗ рд╣реИрдВ (рдкрд╣рд▓реЗ рдкреНрд░рд╢реНрди рд╕реЗ рд╕рдВрдмрдВрдзрд┐рдд)?cc @jreback
Numpy = 1.16.0 рдХрд╛ рдЙрдкрдпреЛрдЧ рдХрд░рддреЗ рд╕рдордп рдореБрдЭреЗ рдпрд╣ рддреНрд░реБрдЯрд┐ рдорд┐рд▓рддреА рд╣реИ, рдЬрдм рдореИрдВ numpy рдХреЛ рдбрд╛рдЙрдирдЧреНрд░реЗрдб рдХрд░рддрд╛ рд╣реВрдВ = 1.15.4 рд╕рдорд╕реНрдпрд╛ рджреВрд░ рд╣реЛ рдЬрд╛рддреА рд╣реИ
@gfyoung рдЬрд╝рд░реВрд░ рдпрд╣рд╛рдБ рд╕рдВрд╕реНрдХрд░рдг рд╣реИ:
`` `Pandas.show_versions
'рдирд┐рд░реНрднрд░рддрд╛':
{'рдкрдВрдбреЛрдВ': '0.23.4', 'рдкрд╛рдЗрдЯреЗрд╕реНрдЯ': '3.4.0', 'рдкрд╛рдЗрдк': '18 '.1', 'рд╕реЗрдЯрдкреВрд▓рд╕': '40 .6.3 ',' рд╕рд╛рдЗрдерди ':' 0.29.3 ',' numpy ':' 1.16.0 ',' scipy ':' 1.2.0 ',' pyarrow ': рдХреЛрдИ рдирд╣реАрдВ,' xarray ': рдХреЛрдИ рдирд╣реАрдВ,' ipython ':' 6.5.0 ',' sphinx ': рдХреЛрдИ рдирд╣реАрдВ,' patsy ' : '0.5.0', 'рдбреЗрдЯреНрдпреВрдЯрд┐рд▓': '2.7.5', 'рдкрд╛рдЗрдЯреНрдЬрд╝': '2018.7', 'рдмреНрд▓реЙрд╕реНрдХ': рдХреЛрдИ рдирд╣реАрдВ, 'рдЕрдбрд╝рдЪрди': '1.2.1', 'рдЯреЗрдмрд▓': '3.4.4' , 'рдЕрдВрдХрд╛рдВрдХ': '2.6.8', 'рдкрдВрдЦ': рдХреЛрдИ рдирд╣реАрдВ, 'matplotlib': '3.0.2', 'openpyxl': '2.5.12', 'xlrd': '1.1.0', 'xlwt' : '1.3.0', 'xlsxwriter': '0.7.3', 'lxml': '4.1.1', 'bs4': '4.4.1', 'html5lib': '1.0b8', 'sqlalchemy': '1.2.15', 'pymysql': '0.9.2', 'psycopg2': '2.7.6.1 (dt dec pq3 ext lo64)', 'jinja2': '2.10', 's3fs': рдХреЛрдИ рдирд╣реАрдВ, 'fastparquet' : рдХреЛрдИ рдирд╣реАрдВ, 'pandas_gbq': рдХреЛрдИ рдирд╣реАрдВ, 'pandas_datareader': '0.7.0'}
`` `
рджреБрд░реНрднрд╛рдЧреНрдп рд╕реЗ рдореИрдВ рдлрд╝рд╛рдЗрд▓ рд╕рд╛рдЭрд╛ рдирд╣реАрдВ рдХрд░ рд╕рдХрддрд╛, рд▓реЗрдХрд┐рди рдореБрдЭреЗ рд▓рдЧрддрд╛ рд╣реИ рдХрд┐ рдореБрджреНрджреЗ рд╡рд╛рд╕реНрддрд╡ рдореЗрдВ numpy рд╕реЗ рдЖрддреЗ рд╣реИрдВ рдХреНрдпреЛрдВрдХрд┐
https://github.com/nipy/nibabel/issues/697
PS: just downgraded to numpy=1.15.4 and indeed it resolves the issue
рдХреНрдпрд╛ рдЗрд╕ рдмреАрдЪ рдХреБрдЫ рдкрд╛рдВрдбрд╛ рдХрд░ рд╕рдХрддреЗ рд╣реИрдВ? рдпрд╛ рдмрд╕ рдЕрдЧрд▓реЗ рдХреА рдкреНрд░рддреАрдХреНрд╖рд╛ рдХрд░реЗрдВ
pytables рд░рд┐рд▓реАрдЬ?
рд╕реЛрдо, 21 рдЬрдирд╡рд░реА, 2019 рдХреЛ рд╕реБрдмрд╣ 5:34 рдмрдЬреЗ macd2 рдиреЛрдЯрд┐рдлрд┐рдХреЗрд╢рди @github.com рдиреЗ рд▓рд┐рдЦрд╛:
@gfyoung https://github.com/gfyoung рдЬрд╝рд░реВрд░ рдпрд╣рд╛рдБ рд╕рдВрд╕реНрдХрд░рдг рд╣реИрдВ:
'рдирд┐рд░реНрднрд░рддрд╛':
{'рдкрдВрдбреЛрдВ': '0.23.4', 'рдкрд╛рдЗрдЯреЗрд╕реНрдЯ': '3.4.0', 'рдкрд╛рдЗрдк': '18 '.1', 'рд╕реЗрдЯрдкреВрд▓рд╕': '40 .6.3 ',' рд╕рд╛рдЗрдерди ':' 0.29.3 ',' numpy ':' 1.16.0 ',' scipy ':' 1.2.0 ',' pyarrow ': рдХреЛрдИ рдирд╣реАрдВ,' xarray ': рдХреЛрдИ рдирд╣реАрдВ,' ipython ':' 6.5.0 ',' sphinx ': рдХреЛрдИ рдирд╣реАрдВ,' patsy ' : '0.5.0', 'рдбреЗрдЯреНрдпреВрдЯрд┐рд▓': '2.7.5', 'рдкрд╛рдЗрдЯреНрдЬрд╝': '2018.7', 'рдмреНрд▓реЙрд╕реНрдХ': рдХреЛрдИ рдирд╣реАрдВ, 'рдЕрдбрд╝рдЪрди': '1.2.1', 'рдЯреЗрдмрд▓': '3.4.4' , 'рдЕрдВрдХрд╛рдВрдХ': '2.6.8', 'рдкрдВрдЦ': рдХреЛрдИ рдирд╣реАрдВ, 'matplotlib': '3.0.2', 'openpyxl': '2.5.12', 'xlrd': '1.1.0', 'xlwt' : '1.3.0', 'xlsxwriter': '0.7.3', 'lxml': '4.1.1', 'bs4': '4.4.1', 'html5lib': '1.0b8', 'sqlalchemy': '1.2.15', 'pymysql': '0.9.2', 'psycopg2': '2.7.6.1 (dt dec pq3 ext lo64)', 'jinja2': '2.10', 's3fs': рдХреЛрдИ рдирд╣реАрдВ, 'fastparquet' : рдХреЛрдИ рдирд╣реАрдВ, 'pandas_gbq': рдХреЛрдИ рдирд╣реАрдВ, 'pandas_datareader': '0.7.0'}рджреБрд░реНрднрд╛рдЧреНрдп рд╕реЗ рдореИрдВ рдлрд╝рд╛рдЗрд▓ рд╕рд╛рдЭрд╛ рдирд╣реАрдВ рдХрд░ рд╕рдХрддрд╛, рд▓реЗрдХрд┐рди рдореБрдЭреЗ рд▓рдЧрддрд╛ рд╣реИ рдХрд┐ рдореБрджреНрджреЗ рд╡рд╛рд╕реНрддрд╡ рдореЗрдВ рдЖрддреЗ рд╣реИрдВ
numpy рд╕реЗ @vvvlc https://github.com/vvvlc рдиреЗ рдХрд╣рд╛ рдпрд╣рд╛рдВ рдПрдХ рдФрд░ рд╣реИ
рдЙрдирдХреЗ git рдкрд░ рдореБрджреНрджрд╛:nipy / nibabel # 697 https://github.com/nipy/nibabel/issues/697
-
рдЖрдк рдЗрд╕реЗ рдкреНрд░рд╛рдкреНрдд рдХрд░ рд░рд╣реЗ рд╣реИрдВ рдХреНрдпреЛрдВрдХрд┐ рдЖрдкрдХреЛ рдЗрд╕ рдзрд╛рдЧреЗ рдХреА рд╕рджрд╕реНрдпрддрд╛ рджреА рдЧрдИ рд╣реИред
рдЗрд╕ рдИрдореЗрд▓ рдХрд╛ рдЙрддреНрддрд░ рд╕реАрдзреЗ рджреЗрдВ, рдЗрд╕реЗ GitHub рдкрд░ рджреЗрдЦреЗрдВ
https://github.com/pandas-dev/pandas/issues/24839#issuecomment-45604348888 ,
рдпрд╛ рдзрд╛рдЧрд╛ рдореНрдпреВрдЯ рдХрд░реЗрдВ
https://github.com/notifications/unsubscribe-auth/ABQHIqiIyuE-lmMlN2Ep-4htyMrTBdefks5vFaWqgaJpZM4aJQqs
ред
рдореЗрд░реЗ рд▓рд┐рдП pip install numpy==1.15.4
рднреА рдЗрд╕ рд╕рдорд╕реНрдпрд╛ рдХрд╛ рд╕рдорд╛рдзрд╛рди рдХрд░рддрд╛ рд╣реИред
@TomAugspurger рдпрд╣ рдореБрджреНрджрд╛ рд╢реАрд░реНрд╖ рдкрд░ Google рдкрд░ рдЖрдпрд╛ рд╣реИ (рдХрдо рд╕реЗ рдХрдо рдореЗрд░реЗ рд▓рд┐рдП рдпрд╣ рдХрд┐рдпрд╛ рдерд╛) рдФрд░ рдРрд╕рд╛ рд▓рдЧрддрд╛ рд╣реИ рдХрд┐ рдЙрдкрд╛рдп рд╕рд░рд▓ рд╣реИ, рдЗрд╕рд▓рд┐рдП рд╢рд╛рдпрдж рдпрд╣ рдХреЗрд╡рд▓ рдПрдХ рдЕрдкрд╕реНрдЯреНрд░реАрдо рдлрд┐рдХреНрд╕ рдХреЗ рд▓рд┐рдП рдЗрдВрддрдЬрд╛рд░ рдХрд░рдиреЗ рдХреЗ рд▓рд┐рдП рдкрд░реНрдпрд╛рдкреНрдд рд╣реИред рд╡рд╛рд╕реНрддрд╡ рдореЗрдВ рдмрд╣реБрдд рдЕрдЪреНрдЫрд╛ рд╣реИ рдХрд┐ рдЖрдк рдкреВрдЫреЗрдВрдЧреЗ :)
pip3 install numpy==1.15.4
рднреА рдореЗрд░реЗ рд▓рд┐рдП рд╣рд▓ редред
рд╣рд╛рд▓рд╛рдБрдХрд┐, рдЬрдм рдореИрдВ рд╕реБрдиреНрди рд╣реЛ рдЧрдпрд╛ рддреЛ рдореБрдЭреЗ рдпрд╣ рддреНрд░реБрдЯрд┐ ImportError: No module named 'numpy.core._multiarray_umath'
рдорд┐рд▓ рд░рд╣реА
рдЖрдк рддреНрд░реБрдЯрд┐ рд╕реЗ рдмрдЪ рд╕рдХрддреЗ рд╣реИрдВ:
ValueError: cannot set WRITEABLE flag to True of this array
рдЬрдм рдЖрдк рдкрдВрдбреЛрдВ рдХреЗ рд╕рд╛рде рдбреЗрдЯрд╛ рд╕рд╣реЗрдЬрддреЗ рд╣реИрдВ, рддреЛ format='table'
рд╕реЗ HDFStore.append
рдпрд╛ HDFStore.put
рд╣реЛ рдЬрд╛рддреЗ рд╣реИрдВред
рдпрд╣ рд╕рдВрднрд╡рддрдГ рдЖрдкрдХреА рд╕рдорд╕реНрдпрд╛ рдХреЛ рд╣рд▓ рдХрд░реЗрдЧрд╛, рдкрдВрдбреЛрдВ рдХреЗ рд╕рд╛рде рдкрд░реАрдХреНрд╖рдг рдХрд┐рдпрд╛ рдЧрдпрд╛ 0.24 рдФрд░ рд╕рдВрдЦреНрдпрд╛рддреНрдордХ 1.16+
@ dev72
рдареАрдХ рд╣реИ, рд▓реЗрдХрд┐рди рдкреБрд░рд╛рдиреА HDF рдлрд╝рд╛рдЗрд▓реЛрдВ рдХреЗ рдмрд╛рд░реЗ рдореЗрдВ рдХреИрд╕реЗ рдкрд╣рд▓реЗ рд╕реЗ рдореМрдЬреВрдж рд╣реИрдВ?
рдореБрдЭреЗ рд▓рдЧрддрд╛ рд╣реИ рдХрд┐ рдкреБрд░рд╛рдиреА рдПрдЪрдбреАрдПрдл рдлрд╝рд╛рдЗрд▓реЛрдВ рдХреЛ рдкрдврд╝рдиреЗ рдХрд╛ рд╕рдмрд╕реЗ рдЕрдЪреНрдЫрд╛ рддрд░реАрдХрд╛ рд╣реИ рдХрд┐ рдЖрдк рдЕрдкрдиреЗ рдкрдВрдбреЛрдВ + рд╕реБрдиреНрди рд╕рдВрд╕реНрдХрд░рдг рдХреЛ рдбрд╛рдЙрдирдЧреНрд░реЗрдб рдХрд░реЗрдВ, рд╕рднреА рдбреЗрдЯрд╛ рдкрдврд╝реЗрдВ рдФрд░ format='table'
рд╕рд╛рде рдПрдХ рдирдП рдПрдЪрдбреАрдПрдл рд╕реНрдЯреЛрд░ рдореЗрдВ рд▓рд┐рдЦреЗрдВред
рдлрд┐рд░ рдЗрд╕реЗ рдирдП рд╕рдВрдЦреНрдпрд╛рддреНрдордХ рдФрд░ рдкрд╛рдВрдбрд╛ рд╕рдВрд╕реНрдХрд░рдгреЛрдВ рдХреЗ рд╕рд╛рде рдХрд╛рдо рдХрд░рдирд╛ рдЪрд╛рд╣рд┐рдПред
@ dev72 рд╣рд╛рдБ рдареАрдХ рдЙрд╕реА рдмрд┐рдВрджреБ рдкрд░ im, рд▓реЗрдХрд┐рди рдореИрдВ рдмрдЬрд╛рдп
рд╣рд╛рдБ рд╡рд╣реА рдЧреВрдЧрд▓ рд╕реЗ рдЖрдпрд╛ рдерд╛, рдЗрд╕ рдореБрджреНрджреЗ рдХреЛ рджрд░реНрдЬ рдХрд░рдиреЗ рдХреЗ рд▓рд┐рдП рдзрдиреНрдпрд╡рд╛рдж @ macd2
рддреЛ numpy
рдФрд░ PyTables
рдЬрдорд╛ рдХрд┐рдП рдЧрдП рдХреБрдЫ рдореБрджреНрджреЛрдВ рдХрд╛ рдкреАрдЫрд╛ рдХрд░рдиреЗ рдХреЗ рдмрд╛рдж @avalentino рджреНрд╡рд╛рд░рд╛ рдпрд╣ рдкреЛрд╕реНрдЯ PyTables
рдорд╛рд╕реНрдЯрд░ рдореЗрдВ рддрдп рдХреА рдЧрдИ рд╣реИ рд▓реЗрдХрд┐рди рдЕрднреА рддрдХ рд░рд┐рд▓реАрдЬрд╝ рдореЗрдВ рдирд╣реАрдВ рд╣реИред
https://github.com/PyTables/PyTables/issues/719#issuecomment -455612656
рдХреНрдпрд╛ рдХрд┐рд╕реА рдиреЗ PyTables
рдорд╛рд╕реНрдЯрд░ w / numpy >= 0.16
рдХрд╛ рдЙрдкрдпреЛрдЧ рдХрд░рдиреЗ рдХреА рдХреЛрд╢рд┐рд╢ рдХреА рд╣реИ?
рдореБрдЭреЗ рдЗрд╕рдХрд╛ рдЙрдкрдпреЛрдЧ рдХрд░рдХреЗ рдХрд╛рдо рдХрд░рдиреЗ рдХреЗ рд▓рд┐рдП рдорд┐рд▓рд╛
HDF5_DIR={HDF5_PATH} pip install -e git+https://github.com/PyTables/PyTables@492ee2f#egg=tables
pip install numpy==1.16.0
рд╕реБрдирд┐рд╢реНрдЪрд┐рдд рдХрд░реЗрдВ рдХрд┐ рд╕рд╛рдЗрдереЙрди рдФрд░ рдПрдЪрдбреАрдПрдл 5 рд╕реНрдерд╛рдкрд┐рдд рд╣реИрдВред
Pytables рдФрд░ numpy рдХреЗ рдХреМрди рд╕реЗ рд╕рдВрд╕реНрдХрд░рдг рдЗрд╕реЗ рдкреБрди: рдкреЗрд╢ рдХрд░рддреЗ рд╣реИрдВ? рдХреНрдпрд╛ рдпрд╣ рдбреЗрдЯрд╛ рдХреЗ рд▓рд┐рдП рд╡рд┐рд╢рд┐рд╖реНрдЯ рд╣реИ?
рд╕рд╛рде рдореЗрдВ
pandas: 0.24.1
numpy: 1.16.2
tables: 3.4.4
рдпрд╣ рдирд╣реАрдВ рдмрдврд╝рд╛,
In [8]: df = pd.DataFrame({"A": [1, 2]})
In [9]: df.to_hdf('x.hdf5', key='x')
In [10]: pd.read_hdf('x.hdf5', 'x', mode='r')
Out[10]:
A
0 1
1 2
FYI рдХрд░реЗрдВ, pytables 3.5.0 рдФрд░ 3.5.1 PyPI рдкрд░ рд╣реИрдВ pytables рдХреА рддрд░рдл рд╕реЗ рдлрд┐рдХреНрд╕ рдХреЗ рд╕рд╛рдеред
Pytables 3.5.1 рдореЗрдВ рдЕрдкрдЧреНрд░реЗрдб рдХрд░рдирд╛ рдореЗрд░реЗ рд▓рд┐рдП рд╕рдорд╕реНрдпрд╛ рдХреЗ рд╕рд╛рде-рд╕рд╛рде 1.16.2 рдХреА рд╕рдорд╕реНрдпрд╛ рдХреЛ рднреА рдареАрдХ рдХрд░рддрд╛ рд╣реИ
tf рдХреЗ рд╕рд╛рде рдХрд╛рдо рдХрд░рдирд╛ 2.0.0 рд╕реБрдиреНрди (рдХрдо рд╕реЗ рдХрдо) 1.16.0 рдХреА рдЬрд░реВрд░рдд рд╣реИред рдкрд┐рдЫрд▓реЗ рд╕рдВрд╕реНрдХрд░рдг рдХреЗ рд▓рд┐рдП рд╕реБрдиреНрди рдЙрдиреНрдирдпрди tf 2.0.0 рдкрд░ рдХрд╛рдо рдирд╣реАрдВ рдХрд░реЗрдЧрд╛
рд╕рдмрд╕реЗ рдЙрдкрдпреЛрдЧреА рдЯрд┐рдкреНрдкрдгреА
Numpy = 1.16.0 рдХрд╛ рдЙрдкрдпреЛрдЧ рдХрд░рддреЗ рд╕рдордп рдореБрдЭреЗ рдпрд╣ рддреНрд░реБрдЯрд┐ рдорд┐рд▓рддреА рд╣реИ, рдЬрдм рдореИрдВ numpy рдХреЛ рдбрд╛рдЙрдирдЧреНрд░реЗрдб рдХрд░рддрд╛ рд╣реВрдВ = 1.15.4 рд╕рдорд╕реНрдпрд╛ рджреВрд░ рд╣реЛ рдЬрд╛рддреА рд╣реИ