Pecan: 스크립트 디렉토리 정리

오 좋아, 난 혼란스러워! 나는 실제로 지금 이것과 씨름하고 있으며, 내가 작업하고 있는 서버에 pecan을 설치하려고 합니다. 방금 피칸의 새 복사본을 복제하고 SHA:82d217을 체크아웃했습니다. 다음 결과와 함께 pecan/scripts 디렉토리에서 다양한 설치 스크립트를 시도하기 시작했습니다.

• Rscript install_deps.R : purrrs 패키지를 찾을 수 없기 때문에 실패
• Rscript dependencies.R : 패키지를 찾을 수 없기 때문에 실패(패키지가 무엇인지 확실하지 않지만 purrrs 가 아닙니다.
• Rscript generate_dependencies.R : 패키지 purrr을 찾을 수 없기 때문에 실패
• Rscript install.dependencies.R : 결국 다음과 같이 실패할 때까지 많은 것을 설치하면서 오랜 시간 동안 실행됩니다.

ERROR: dependency ‘htmlTable’ is not available for package ‘Hmisc’
* removing ‘/data/home/tcarman/R/library/Hmisc’
ERROR: dependency ‘rgl’ is not available for package ‘Maeswrap’
* removing ‘/data/home/tcarman/R/library/Maeswrap’
ERROR: dependencies ‘usethis’, ‘DT’, ‘memoise’, ‘rcmdcheck’ are not available for package ‘devtools’
* removing ‘/data/home/tcarman/R/library/devtools’

The downloaded source packages are in
  ‘/tmp/Rtmpi2tei7/downloaded_packages’
There were 16 warnings (use warnings() to see them)
Error in loadNamespace(name) : there is no package called ‘devtools’
Calls: :: ... tryCatch -> tryCatchList -> tryCatchOne -> <Anonymous>
Execution halted

스크립트 디렉토리에서 설치 스크립트를 사용하는 데 선호되는 방법은 무엇입니까?

대부분의 스크립트를 무시하고 run make 사용할 수 있다고 생각합니다.

불행히도 make는 devtools를 찾는 데 실패합니다: Error in loadNamespace(name) : there is no package called ‘devtools’

예, devtools는 make를 실행하기 위해 수동으로 설치해야 하는 소수의 지원 패키지 중 하나입니다. 그것을 수정/일반화하는 것이 좋지만 아무도 그것에 도달하지 못했습니다.

@tobeycarman Make는 설치 초기에 필요한 경우 devtools make clean && make install 도움이 되었나요?

불행히도 단순히 make clean && make 가 작동하지 않았지만 알아냈습니다. 프로세스가 다소 시스템/머신에 따라 다르다는 것을 알고 있지만 다음은 내가 따랐던 단계입니다. 이것은 이 정보를 기록하기에 가장 좋은 장소가 아닐 수도 있지만 여기에 있습니다. 아마도 미래에 누군가에게 도움이 될 것입니다!

~/R/library 삭제, 로그아웃, 로그인, R 경로가 여전히 내 개인 라이브러리로 설정되어 있는지 확인했습니다.

활성화된 모듈:

$ module load gcc/5.4.0  gfortran/5.4.0  json-c/main  perl/5.22.1  git/2.10.0-rc0  git-lfs/1.3.1  python/3.6.2  udunits/2.2.25  proj/5.2.0  libtiff/4.0.8  geotiff/1.4.2  libkml/devel  geos/3.6.3  gdal/2.4.2  libxml2/2.9.7  jags/4.3.0  maui/3.3.1  redland/1.0.17 ImageMagick/7.0.8-19  hdf5/1.8.19-gcc540  netcdf/4.4.1.1-gnu540

devtools 설치를 시도했지만 컴파일된 바이트 무리에 대해 불평했습니다.
잘못된 내부를 위해 의존하고 있습니다.

그런 다음 업데이트를 실행하면 devtools에 대한 종속성이 수정될 수 있습니다.

> update.packages(checkBuilt=TRUE, ask=FALSE)

그런 다음 devtools를 다시 설치해 보십시오.

> install.packages("devtools")

효과가 있었다! 다음은 S. Serbin이 잘 작동하지 않는다는 것을 알고 있는 rgdal 및 sf 가 필요합니다.
자동 종속성 해결과 함께 설치된 경우. 그리고 우리는 버그를 발견했습니다
가장 최근의 rgdal 로 최신 버전을 가져옵니다.

$ cd ~/downloads && wget https://cran.r-project.org/src/contrib/Archive/rgdal/rgdal_1.4-4.tar.gz

몇 가지 환경 변수를 설정하고 R을 시작하고 소스에서 rgdal 를 설치합니다.

$ CXX="g++ -std=gnu++11" R

> install.packages('~/downloads/rgdal_1.4-4.tar.gz', repos = NULL, type="source", configure.args=c('--with-proj-include=/data/software/proj/5.2.0/include','--with-proj-lib=/data/software/proj/5.2.0/lib'))

로그아웃했다가 다시 로그인합니다(모듈 로드를 기억하세요!!). 이것은 proj_api.h 찾는 오류를 해결합니다. 이제 설치
sf :

$ CXX="g++ -std=gnu++11" R

> install.packages('sf', configure.args=c('--with-proj-include=/data/software/proj/5.2.0/include','--with-proj-lib=/data/software/proj/5.2.0/lib', '--with-proj=/data/software/proj/5.2.0/'))

이제 복제된 pecan 디렉토리로 변경하고 make 시도하십시오. postgres 및 redland 대한 헤더 및 라이브러리 찾기에 대한 여러 오류와 함께 실패합니다. 올바른 경로를 찾기 위해 주변을 파헤친 후 마침내 env 변수를 설정하여 설치할 수 있습니다.
R을 시작하기 전에:

$ INCLUDE_DIR="/data/software/postgresql/9.3.5/include" LIB_DIR="/data/software/postgresql/9.3.5/lib" R
> install.packages("RPostgres")

그리고

$ PKG_CONFIG_PATH="/data/software/redland/1.0.17/lib/pkgconfig:/data/software/raptor/2.0.15/lib/pkgconfig:/data/software/rasqal/0.9.33/lib/pkgconfig" R

> install.packages("redland")

그런 다음 피칸의 make 다시 시도하십시오. (1시간이 훨씬 넘은 후!) 작동하는 것 같습니다!
나는 빈 ~/R/library 로 시작했고 결국 이것이 내가 가진 것입니다.

$ ls ~/R/library
abind
ape
askpass
assertthat
backports
base64enc
BayesianTools
BH
bibtex
binaryLogic
BioCro
bit
bit64
bitops
blob
boot
brew
bridgesampling
Brobdingnag
broom
callr
car
carData
CDM
cellranger
class
classInt
cli
clipr
clisymbols
cluster
coda
codetools
colorspace
commonmark
covr
crayon
crosstalk
crul
curl
dataone
datapack
data.table
DBI
dbplyr
desc
devtools
DHARMa
digest
doParallel
dotCall64
dplyr
DT
e1071
ellipse
ellipsis
emulator
evaluate
expm
fansi
fastmap
fauxpas
fields
forcats
foreach
foreign
fs
furrr
future
gap
generics
geometry
geonames
getPass
ggmap
ggplot2
gh
git2r
glmmTMB
globals
glue
gmm
gridExtra
gtable
hash
haven
hdf5r
here
highr
hms
hoardr
htmltools
htmlwidgets
httpcode
httpuv
httr
IDPmisc
igraph
ini
isdparser
iterators
jpeg
jsonlite
KernSmooth
knitr
labeling
later
lazyeval
lifecycle
linkages
linprog
listenv
lme4
lmtest
lpSolve
lubridate
Maeswrap
magic
magrittr
manipulateWidget
maps
maptools
markdown
MASS
Matrix
MatrixModels
mclust
mcmc
MCMCpack
memoise
mgcv
microbenchmark
mime
miniUI
minpack.lm
minqa
mlegp
mockery
modelr
MODISTools
msm
munsell
mvnfast
mvtnorm
ncdf4
ncdf4.helpers
nimble
nlme
nloptr
nneo
numDeriv
openssl
openxlsx
parsedate
pbapply
pbkrtest
pbv
PCICt
PEcAn.all
PEcAn.allometry
PEcAn.assim.batch
PEcAn.assim.sequential
PEcAn.BASGRA
PEcAn.benchmark
PEcAn.BIOCRO
PEcAn.CLM45
PEcAn.DALEC
PEcAn.data.atmosphere
PEcAn.data.hydrology
PEcAn.data.land
PEcAn.data.remote
PEcAn.DB
PEcAn.dvmdostem
PEcAn.ED2
PEcAn.emulator
PEcAn.FATES
PEcAn.GDAY
PEcAn.JULES
PEcAn.LINKAGES
PEcAn.logger
PEcAn.LPJGUESS
PEcAn.MA
PEcAn.MAAT
PEcAn.MAESPA
PEcAn.ModelName
PEcAn.photosynthesis
PEcAn.PRELES
PEcAn.priors
PEcAn.qaqc
PEcAn.remote
PEcAnRTM
PEcAn.settings
PEcAn.SIPNET
PEcAn.uncertainty
PEcAn.utils
PEcAn.visualization
PEcAn.workflow
pillar
pkgbuild
pkgconfig
pkgload
plogr
plotrix
plyr
png
polycor
praise
prettyunits
processx
progress
promises
proxy
ps
purrr
pwr
qrnn
quantreg
R6
randtoolbox
rappdirs
raster
rcmdcheck
RColorBrewer
Rcpp
RcppArmadillo
RcppEigen
RcppProgress
rcrossref
RCurl
readr
readxl
REddyProc
redland
rematch
rematch2
remotes
reprex
reshape
reshape2
reticulate
rex
rgdal
rgl
RgoogleMaps
rio
rjags
rjson
rlang
rmarkdown
rngWELL
rnoaa
roxygen2
rpart
RPostgres
RPostgreSQL
Rpreles
rprojroot
RSQLite
rstudioapi
rversions
rvest
sandwich
scales
selectr
sessioninfo
sf
sfsmisc
shiny
SimilarityMeasures
sirt
solartime
sourcetools
sp
spam
spaMM
SparseM
stringi
stringr
survival
sys
TAM
testthat
tibble
tictoc
tidyr
tidyselect
tidyverse
tinytex
TMB
tmvtnorm
triebeard
truncnorm
udunits2
units
urltools
usethis
utf8
uuid
vctrs
viridisLite
webshot
whisker
withr
xfun
XML
xml2
xopen
xtable
xts
yaml
zeallot
zip
zoo

@tobeycarman이 정말 이것보다 쉽게되어야한다 프로세스에 대한 영광스러운 노력입니다. 함께해주셔서 감사합니다!

@tobeycarman 챌린지의 일부는 공유 스토리지가 있는 HPC인 modex 작업에서 비롯되므로 모든 것이 비표준 위치(예: gdal, proj 등)에서 손으로 컴파일됩니다. make install 방탄을 실행하기 위한 자동화된 전제 조건 도구

@infotroph 헤이, 감사합니다! @serbinsh , 방탄 make install 은 굉장하지만 특히 HPC 시스템의 경우 이것이 얼마나 큰 요구인지 알 수 있습니다. 기록을 위해 저는 파일을 제거하거나 "더 이상 사용되지 않는..."으로 표시하여 스크립트 디렉토리 정리를 완전히 지원합니다.