Xgboost: Como instalar a versão OpenMP em R (Mac OS)

Criado em 22 abr. 2016 · 3Comentários · Fonte: dmlc/xgboost

Saudações.

Preciso de ajuda para entender as instruções de instalação da versão OpenMP em R (Mac OS). A seguinte afirmação é bastante confusa para mim:

Defina o arquivo Makevars na prioridade mais alta para R.
A questão é que existem três Makevars: ~ / .R / Makevars, xgboost / R-package / src / Makevars e /usr/local/Cellar/r/3.2.0/R.framework/Resources/etc/Makeconf ( o último obtido executando file.path (R.home ("etc"), "Makeconf") em R), e SHLIB_OPENMP_CXXFLAGS não é definido por padrão !! Depois de tentar, parece que o primeiro tem maior pioridade (surpresa!).

O que significa "Definir o arquivo Makevars na prioridade mais alta para R"? Como posso lidar com a prioridade? O que devo fazer para definir a variável "SHLIB_OPENMP_CXXFLAGS"?

Fonte

choushishi

Comentários muito úteis

No meu caso, tenho que configurar mais CXX para fazer funcionar:

CC=gcc-7
CXX=g++-7
CXX1X=g++-7
CXX11=g++-7
CXX14=g++-7
CXX17=g++-7

SHLIB_OPENMP_CFLAGS= -fopenmp
SHLIB_OPENMP_CXXFLAGS= -fopenmp
SHLIB_OPENMP_FCFLAGS= -fopenmp
SHLIB_OPENMP_FFLAGS= -fopenmp

renkun-ken em 28 jun. 2017

👍3

Todos 3 comentários

re: Makevars ... Fiz as alterações em ~ / .R / Makevars. Além dos sinalizadores SHLIB, tive que mudar para compilador para "clang-omp". Para o compilador, usei o brew para instalar a versão do clang compatível com OpenMP.

jimthompson5802 em 22 abr. 2016

Finalmente consegui fazer isso funcionar usando o seguinte código modificado da resposta de @ jimthompson5802 . O código é colocado em ~/.R/Makevars :

CC=gcc-5
CXX=g++-5
CXX1X = g++-5

SHLIB_OPENMP_CFLAGS= -fopenmp
SHLIB_OPENMP_CXXFLAGS= -fopenmp
SHLIB_OPENMP_FCFLAGS= -fopenmp
SHLIB_OPENMP_FFLAGS= -fopenmp

No meu caso, R procuraria /Library/Frameworks/R.framework/Resources/etc/Makeconf por parâmetros necessários indefinidos em ~/.R/Makevars . Ele tentaria encontrar a configuração de CXX1X em Makeconf . Então é daí que vem o complier clang++ nos erros do meu post anterior .

Recebo vários avisos de [-Wunused-variable] mas acho que não tem problema. Sem aviso OpenMP is not available desta vez.

Além disso, como segui as instruções oficiais de construção para mac os, instalei o gcc e com ele construí com sucesso o xgboost "principal" com OpenMP antes. Portanto, sugiro que qualquer pessoa que tenha seguido as mesmas instruções como eu tenha seus Makevars configurados desta forma.

choushishi em 23 abr. 2016

👍1

No meu caso, tenho que configurar mais CXX para fazer funcionar:

CC=gcc-7
CXX=g++-7
CXX1X=g++-7
CXX11=g++-7
CXX14=g++-7
CXX17=g++-7

SHLIB_OPENMP_CFLAGS= -fopenmp
SHLIB_OPENMP_CXXFLAGS= -fopenmp
SHLIB_OPENMP_FCFLAGS= -fopenmp
SHLIB_OPENMP_FFLAGS= -fopenmp

renkun-ken em 28 jun. 2017

👍3

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