Pecan: RPostgreSQL kann unter R 3.1.0 und Mac OSX 10.9 nicht installiert werden

Kann ein blutiges Problem sein:

> install.packages('RMySQL', repos='http://cran.rstudio.com/')
Installing package into ‘/Users/sserbin/R/library’
(as ‘lib’ is unspecified)

   package ‘RMySQL’ is available as a source package but not as a binary

Warning in install.packages :
  package ‘RMySQL’ is not available (for R version 3.1.0)

Rob, wie haben Sie RPostgreSQL installiert, wenn Sie den Postgres-Build von http://postgresapp.com/?
Es sieht so aus, als müsste ich pg_config http://iangow.wordpress.com/2014/05/09/installing-rpostgresql-with-r-3-1-0-mavericks-build/ finden

ABER, da wir die .app-Version verwenden, befindet sie sich nicht an derselben Stelle wie beispielsweise die MacPorts-Version. Hatten Sie irgendwelche Probleme damit auf Ihrem Mac? Verwenden Sie die MacPorts- oder .app-Version von Postgres?

Habe es probiert, immer noch kein Glück.....

> Sys.setenv(PG_CONFIG='"/Users/sserbin/Library/Application Support/Postgres/var-9.3/postgresql.conf"')
> install.packages("~/Downloads/RPostgreSQL_0.4.tar.gz", repos = NULL, type="source")

Ich möchte nicht wirklich sowohl eine MacPorts- als auch eine .app-Version installieren ... aber vielleicht ist dies nicht das Problem. Pfui

Was passiert, wenn Sie pg_config in ein Terminal eingeben?

Wenn es nicht gefunden wird, können Sie Folgendes als Root in einem Terminal ausführen:

echo "/Applications/Postgres93.app/Contents/MacOS/bin" > /etc/paths.d/postgresql

Dadurch werden die Postgres-Binärdateien zu Ihrem Pfad hinzugefügt, ein neues Terminal geöffnet und pg_config eingegeben. Wenn das funktioniert, verwenden Sie R, um postgresql zu installieren

Ich konnte gdal, ncdf4 usw. nicht zum Kompilieren bringen, ohne noch viel mehr Pakete installieren zu müssen, daher könnte es sich lohnen, ein wenig zu warten, bis 3.1 mehr mit Binärpaketen gefüllt ist. Sie können vorerst immer eine ältere Version (3.0.3) von http://cran.r-project.org/bin/macosx/old/ installieren.

Ich habe dieses Problem auch. Ich habe auch auf 3.0 zurückgesetzt, um es zu lösen.

Ich habe vorerst auf 3.0 zurückgesetzt, da das alle Pakete unterstützt. Die andere Möglichkeit besteht darin, R-3.1.0-snowleopard.pkg zu verwenden, das nicht alle neuen Funktionen des neuen XCode-Compilers enthält (nicht genau weiß, was sie sind), aber mehr Pakete im contrib-Ordner zu haben scheint.

Zu Ihrer Information,

1. Das gleiche ist mir passiert, als R 3.0 veröffentlicht wurde
2. Es ist nicht erforderlich, psql installiert zu haben, um PostgreSQL zu installieren. Ich habe dies auf einem Windows-Computer mit R 3.0.2 getestet, auf dem psql nicht installiert ist (das Paket wird installiert und funktioniert; Sie müssen jedoch einen gültigen Server und ein Passwort verwenden, auf das Sie Zugriff haben (in diesem Fall habe ich ebi- Forecast bzw. ebi_production)

install.packages("PostgreSQL") ## if this worked
library(PostgreSQL)
dbparms <- list(driver = "PostgreSQL", dbname = "ebi_production", user = "bety", host = "ebi-forecast.igb.illinois.edu", password = "bety")

### put correct settings below
x <- dbConnect(dbDriver("PostgreSQL"),dbname = "bety", user = "bety", host = "myremoteserver", password = "bety")
rs <- dbSendQuery(x, statement = "select count(*) from traits")
rs
data <- fetch(rs, n = -1)
data

Hatte das gleiche Problem (und fand dieses Problem beim Googeln), aber es funktionierte.

Vom Terminal aus per Google-Code herunterladen

cd ~/Downloads
svn checkout http://rpostgresql.googlecode.com/svn/trunk/ rpostgresql-read-only

In R mit devtools installieren

library(devtools) # install.packages('devtools') if needed
install('~/Downloads/rpostgresql-read-only/RPostgreSQL')

Gemeldet als rpostgresql-Problem #61

Wird geschlossen, da dies ein Fehler in rposqresql ist. Danke für das Posten von @bbest

Ugh .... funktioniert jetzt nicht für mich:

130-199-9-232:Pekannuss-Sserbin$ CD-Skripte/
130-199-9-232:Skripte sserbin$ cd ~/Downloads
130-199-9-232:Downloads sserbin$ svn checkout http://rpostgresql.googlecode.com/svn/trunk/ rpostgresql-read-only
svn: E175002: Es kann keine Verbindung zu einem Repository unter der URL ' http://rpostgresql.googlecode.com/svn/trunk ' hergestellt werden
svn: E175002: OPTIONS of ' http://rpostgresql.googlecode.com/svn/trunk ': Statuszeile konnte nicht gelesen werden: Verbindung wurde vom Server geschlossen (http://rpostgresql.googlecode.com)
130-199-9-232:Downloads sserbin$ svn checkout http://rpostgresql.googlecode.com/svn/trunk/ rpostgresql-read-only
svn: E175002: Es kann keine Verbindung zu einem Repository unter der URL ' http://rpostgresql.googlecode.com/svn/trunk ' hergestellt werden
svn: E175002: OPTIONS of ' http://rpostgresql.googlecode.com/svn/trunk ': Statuszeile konnte nicht gelesen werden: Verbindung wurde vom Server geschlossen (http://rpostgresql.googlecode.com)

@serbinsh dies sieht eher nach einer Option aus, bei der der Code nicht

Habe dies versucht: http://computersandbuildings.com/how-to-install-rpostgresql-on-osx-mavericks/
kein Glück. Es muss einen besseren Weg geben, dies auf einem Mac zum Laufen zu bringen.

Die Reparatur!
in R: install.packages('DBI')

Download-Quelle: http://cran.r-project.org/web/packages/RPostgreSQL/index.html

Zeigen Sie auf pg_config
sudo ln -s /Applications/Postgres.app/Contents/Versions/9.3/bin/pg_config /usr/local/bin/

DANN
sudo R CMD INSTALLIEREN RPostgreSQL_0.4.tar.gz

http://computersandbuildings.com/how-to-install-rpostgresql-on-osx-mavericks/

*RPostgreSQL-Version wird sich ändern

Beachten Sie, dass alle, die nach diesem Fehler suchen, möglicherweise auch
sudo ln -s /usr/local/Cellar/postgresql /usr/local/opt/postgresql
oder ähnlich, wenn Sie mit Homebrew installieren. Andernfalls wird der Fehler möglicherweise angezeigt
Library not loaded: /usr/local/opt/postgresql/lib/libpq.5.dylib aus dem Grund image not found .
selbst nachdem der libpq-fe.h not found Fehler erfolgreich behoben wurde, der oben in diesem Thread angegeben ist.

Ich habe das behoben mit:
> install.packages('DBI')
$ brew install postgresql (eventuell unnötig)
$ sudo ln -s /usr/local/Cellar/postgresql /usr/local/opt/postgresql

Ich bin mir nicht sicher, welches den Trick gemacht hat, aber es funktioniert jetzt

Ich hatte das gleiche Problem und musste nur libqp-dev installieren, um das Problem zu lösen:

sudo apt-get install libpq-dev

Ich hatte das gleiche Problem und musste nur libqp-dev installieren, um das Problem zu lösen:

sudo apt-get install libpq-dev

Danke dafür!