%run ing un fichier python marqué avec # -*- coding: utf-8 -*- et enregistré dans un format non-utf8 peut planter ipython (retour au shell).
Pour obtenir le crash, le fichier doit :

• contenir un caractère non ASCII
• contenir une erreur (lorsqu'il est exécuté avec python3, une trace de pile est générée, mais pas de plantage)
• être enregistré avec un mauvais encodage

Voici un petit script reproduisant cela, enregistré dans ISO-8859-15, avec la trace de la pile :
fichiers.zip

%run wrong_encoding.py
...
... <long trace>
...
UnicodeDecodeError: 'utf-8' codec can't decode byte 0xe9 in position 78: invalid continuation byte

 python3 -c "import IPython; print(IPython.sys_info())"
{'commit_hash': '5c9c918',
 'commit_source': 'installation',
 'default_encoding': 'UTF-8',
 'ipython_path': '/usr/lib/python3.4/site-packages/IPython',
 'ipython_version': '5.1.0',
 'os_name': 'posix',
 'platform': 'Linux-3.16.7-42-desktop-x86_64-with-SuSE-13.2-x86_64',
 'sys_executable': '/usr/bin/python3',
 'sys_platform': 'linux',
 'sys_version': '3.4.5 (default, Jul 03 2016, 13:55:08) [GCC]'}

Bien sûr, le fichier doit avoir été enregistré dans le bon format, en premier lieu.

Mais idéalement, la session ne serait pas perdue et un message plus informatif serait diffusé.