%run ning файла python, помеченного # -*- coding: utf-8 -*- и сохраненного в формате, отличном от utf8, может привести к сбою ipython (возврат в оболочку).
Чтобы получить сбой, файл должен:

• содержат символы, отличные от ascii
• содержат ошибку (при запуске с python3 генерируется трассировка стека, но без сбоя)
• быть сохраненным с неправильной кодировкой

Вот небольшой сценарий, воспроизводящий это, сохраненный в ISO-8859-15 вместе с трассировкой стека:
files.zip

%run wrong_encoding.py
...
... <long trace>
...
UnicodeDecodeError: 'utf-8' codec can't decode byte 0xe9 in position 78: invalid continuation byte

 python3 -c "import IPython; print(IPython.sys_info())"
{'commit_hash': '5c9c918',
 'commit_source': 'installation',
 'default_encoding': 'UTF-8',
 'ipython_path': '/usr/lib/python3.4/site-packages/IPython',
 'ipython_version': '5.1.0',
 'os_name': 'posix',
 'platform': 'Linux-3.16.7-42-desktop-x86_64-with-SuSE-13.2-x86_64',
 'sys_executable': '/usr/bin/python3',
 'sys_platform': 'linux',
 'sys_version': '3.4.5 (default, Jul 03 2016, 13:55:08) [GCC]'}

Конечно, в первую очередь файл должен был быть сохранен в правильном формате.

Но в идеале сеанс не будет потерян и будет выпущено более информативное сообщение.