%run ning um arquivo python marcado com # -*- coding: utf-8 -*- e salvo em um formato não utf8 pode travar o ipython (retornar ao shell).
Para obter a falha, o arquivo deve:

• contém um caractere não-ascii
• contém um erro (quando executado com python3, um rastreamento de pilha é gerado, mas sem travamento)
• ser salvo com uma codificação errada

Aqui está um pequeno script reproduzindo isso, salvo em ISO-8859-15, junto com o rastreamento de pilha:
files.zip

%run wrong_encoding.py
...
... <long trace>
...
UnicodeDecodeError: 'utf-8' codec can't decode byte 0xe9 in position 78: invalid continuation byte

 python3 -c "import IPython; print(IPython.sys_info())"
{'commit_hash': '5c9c918',
 'commit_source': 'installation',
 'default_encoding': 'UTF-8',
 'ipython_path': '/usr/lib/python3.4/site-packages/IPython',
 'ipython_version': '5.1.0',
 'os_name': 'posix',
 'platform': 'Linux-3.16.7-42-desktop-x86_64-with-SuSE-13.2-x86_64',
 'sys_executable': '/usr/bin/python3',
 'sys_platform': 'linux',
 'sys_version': '3.4.5 (default, Jul 03 2016, 13:55:08) [GCC]'}

Claro, o arquivo deveria ter sido salvo no formato correto, em primeiro lugar.

Mas, idealmente, a sessão não seria perdida e uma mensagem mais informativa seria emitida.