Mimic-code: अवधारणा मानचित्रण / उपनाम

इस बातचीत को शुरू करने के लिए धन्यवाद जिम।

अवधारणाओं को समेकित करना कुछ ऐसा है जिस पर हमने उचित मात्रा में चर्चा की है, लेकिन अभी तक संबोधित नहीं किया है। हमने वास्तव में मर्ज किए गए आइटम के लिए प्लेसहोल्डर के रूप में कार्य करने के लिए d_items तालिका में एक खाली 'कॉन्सेप्टिड' कॉलम छोड़ दिया है।

@parisni अपने पीएचडी के हिस्से के रूप में अवधारणाओं को समेकित करने पर विचार कर रहे होंगे और मुझे लगता है कि

यदि आप अवधारणाओं को तुरंत मर्ज करने पर एक शुरुआत करना चाहते हैं, तो एक विकल्प यह होगा कि एमआईएमआईसी कोड रिपोजिटरी में एक नया फ़ोल्डर बनाया जाए जिसे "कॉन्सेप्टमैप्स" कहा जाता है, और उसके बाद मैप किए गए आइटमिड के साथ एक टेबल बनाने के लिए एक एसक्यूएल स्क्रिप्ट जोड़ें। समेकित आईडी का एक सेट।

वर्जनिंग एक ऐसा मुद्दा है जिसे हमें रेपो में संबोधित करने की आवश्यकता है, लेकिन मुझे लगता है कि अवधारणा मानचित्र में "अंतिम अद्यतन" कॉलम जोड़ना एक अच्छी शुरुआत होगी।

@jeblundell @tompollard हमारे ईमेल एक्सचेंज के अनुसार, मैंने यह प्रयास यूसीएसडी के अपने सहयोगी जैक लिप्टन और बच्चों के अस्पताल एलए और स्टैनफोर्ड दोनों के कुछ लोगों की मदद से भी शुरू किया है। मेरी टिप्पणियों का एक TL; DR सारांश:

• ज़ैक और मैं कुछ बेंचमार्क क्लिनिकल मल्टीवेरिएट टाइम सीरीज़ टास्क और डेटा सेट बना रहे हैं और प्रकाशित कर रहे हैं - क्लिनिकल "MNIST" जैसा कि यह था। पहला वर्गीकरण (यानी, फेनोटाइपिंग) से संबंधित होगा। मैं कुछ अन्य लोगों को जानता हूं जो इस प्रयास में योगदान देना चाहते हैं और अन्य उद्देश्यों के लिए डेटा का उपयोग करना चाहते हैं।
• हमारा इरादा वास्तविक रूपांतरित डेटा सेट को साझा करना नहीं है - या स्वयं MIMIC3 डेटा को संशोधित करना है - बल्कि कोड (पायथन स्क्रिप्ट + YAML कॉन्फिग) प्रकाशित करना है जिसका उपयोग MIMIC3 डाउनलोड वाला कोई भी व्यक्ति बेंचमार्क डेटा सेट बनाने के लिए कर सकता है। इस तरह हम बेंचमार्क के संशोधनों को ठीक से ट्रैक और संस्करण कर सकते हैं।
• मैंने पहले ही ~ 250 लैब की मैपिंग कर ली है और ITEM को वैचारिक चरों के लिए चार्ट कर दिया है। मैंने आप लोगों के साथ मैपिंग Google शीट साझा की है, लेकिन यदि अन्य लोग रुचि रखते हैं, तो मुझे बताएं। मानचित्रण मैन्युअल रूप से और बिना किसी चिकित्सक इनपुट के किया गया था, लेकिन मैंने ज्यादातर स्पष्ट मामलों को संभाला है, इसलिए यह अधिकतर सही है।
• मेरे पास एक (जल्दबाजी में लिखी गई) पायथन पाइपलाइन है जो मैपिंग करती है, इकाइयों के परिवर्तनों को संभालती है, किनारे के मामलों को संभालती है (उदाहरण के लिए, तापमान जो स्पष्ट रूप से एफ को सी के रूप में चिह्नित किया जाता है), आदि।

डेव

@jeblundell @tompollard स्कीमा, वर्जनिंग, आदि को दूषित करने के संबंध में: मैं अपने प्रयास को कोर MIMIC3 स्टोर से अलग रखने की ओर झुक रहा था। मैं चाहता हूं कि शोधकर्ताओं का एक समुदाय अन्य सभी पर थोपे बिना एक बेंचमार्क पर सहमत होने और उसका उपयोग करने में सक्षम हो। उस ने कहा, शायद हमारे केक को खाने और खाने का भी एक तरीका है। हो सकता है कि कार्य-विशिष्ट मैपिंग बनाने के "बाहर" प्रयास आगे बढ़ सकते हैं क्योंकि वे फिट दिखते हैं लेकिन फिर एक स्वीकृत "आंतरिक" प्रयास (जिसमें कुछ वही लोग शामिल हो सकते हैं) उन प्रयासों से फीडबैक को संश्लेषित कर सकते हैं और एक कैननिकल मैपिंग बना सकते हैं जो जाता है MIMIC3 स्टोर में ही।

मैं और @nicopotamus निश्चित रूप से एक चिकित्सक के दृष्टिकोण से मदद कर सकते हैं और कुछ मैपिंग करवाने के कुछ

मैं अनंतिम दृष्टिकोण और @nicopotamus से कुछ इनपुट के साथ एक पुल अनुरोध सबमिट करने की योजना बना रहा था जिसे टीम द्वारा बनाया/अस्वीकार किया जा सकता था, तो क्या ऐसा कर सकते हैं और देख सकते हैं कि हम कहां जाते हैं?

@jeblundell आपके पास जो कुछ भी है

कुछ अतिरिक्त विचार:

• हमारे सहयोगी मानचित्रण ढांचे का ओवरहेड कम होना चाहिए और किसी विशेष टूलचेन (पायथन, एसक्यूएल, आदि) को लागू नहीं करना चाहिए। विशेष रूप से, "मैपिंग" को पाइथन या एसक्यूएल में हार्ड-कोडेड कहने के बजाय सर्वव्यापी टूल द्वारा पठनीय कुछ सरल फ़ाइल प्रारूप में संग्रहीत (या निर्यात योग्य) किया जाना चाहिए। अल्पावधि में, शायद हम Google (स्प्रेड) शीट जैसी किसी चीज़ से शुरुआत कर सकते हैं जिसे मैंने बनाया है।
• हमें यह सुनिश्चित करने की आवश्यकता है कि सहयोग व्यक्तिगत परियोजनाओं के लिए अवरोधक नहीं बनाता है। एक उदाहरण: ज्ञात नामकरण और ऑटोलॉजी के लिए चीजों का मानचित्रण। यह अविश्वसनीय रूप से मूल्यवान दीर्घकालिक है, लेकिन इसके लिए कड़ाई से आवश्यक नहीं है, उदाहरण के लिए, एमएल समुदाय के लिए बेंचमार्क डेटासेट बनाना। हम एक नैदानिक ​​विशेषज्ञ (या विकिपीडिया से लैस प्रेरित स्नातक छात्र) के चरों की पहचान करने और ITEM के मानचित्रण के सर्वोत्तम प्रयास से संतुष्ट होंगे।

स्प्रैडशीट के लिए धन्यवाद - ऐसा लगता है कि आपने जो काम किया है, वह बहुत अच्छा काम है!

आपके विचारों से बहुत सहमत हैं: सरल प्रारूप और टूलचेन तटस्थता। ऐसा लगता है कि हम अवधारणा नाम और आइटम आईडी के 2 कॉलम के रूप में सीधे सीएसवी की ओर बढ़ रहे हैं। उस स्प्रैडशीट के पीछे डेटा उत्पन्न करने के लिए इस समय आपके पास सामान्य स्कीमा के रूप में क्या है?

हमारा पहला पास एक उपनाम_आईडी के साथ है, लेकिन मैं हमेशा अपनी एसक्यूएल स्क्रिप्ट को इस तरह से अनुकूलित कर सकता हूं कि सीएसवी अभी भी उपयोगी है, यानी हम अपने उपनाम नाम को आपकी स्प्रैडशीट में मौजूद किसी भी नाम से मिलान करने का प्रयास करेंगे ताकि आपको अनावश्यक काम करने की ज़रूरत नहीं है (और अगर हमें बदलाव करने की ज़रूरत है तो आपको बताएंगे)।

दवा पीओवी से कुछ चीजें:

• एबीजी और वीबीजी से पीएच हम _probably_ सुरक्षित रूप से एक साथ बंडल कर सकते हैं जैसे कि उनके बीच एक व्यवस्थित अंतर है, यह हमारे उद्देश्यों के लिए बहुत चिंतित नहीं होने के लिए काफी छोटा है। हालांकि यह सिर्फ मेरा विचार है :)
• यद्यपि आपने अभी तक pO2 नहीं किया है: निश्चित रूप से धमनी और शिरापरक O2 को एक साथ बंडल नहीं कर सकते हैं।
• आक्रामक और गैर-आक्रामक रक्तचाप को एक साथ जोड़ना काफी समस्याग्रस्त होने जा रहा है, हालांकि वे सहसंबद्ध हैं, विशेष रूप से गैर-आक्रामक कुछ मुद्दों से भरा है (रक्तचाप कफ आकार, स्थिति, स्वचालित बनाम मैनुअल, एट्रियल फाइब्रिलेशन की उपस्थिति)। समझदार मैपिंग के लिए मुद्दों के ढेर में जोड़ने के लिए एक और बात उठाती है: एक कला-रेखा की अनुपस्थिति में, गैर-आक्रामक कुछ भी नहीं से बेहतर है। हालांकि, एक (पूरी तरह से काम करने वाली) कला-रेखा की उपस्थिति में, गैर-आक्रामक को अनदेखा करना शायद सबसे अच्छा है। तो वास्तव में, किसी बिंदु पर, यह तय करने का एक तरीका होना चाहिए कि क्या कला-रेखा समझदार रीडिंग दे रही है, इस मामले में एनआईबीपी को हटा दें, और केवल एबीपी का उपयोग करें, अन्यथा एनआईबीपी का उपयोग करें क्योंकि यह किसी प्रकार का पठन है। अभी के लिए, एबीपी और एनआईबीपी में सबसे अच्छा अलग।
• इसी तरह, यदि किसी रोगी के पास केवल दवा की गणना के लिए वजन है, तो यह कुछ भी नहीं से बेहतर अनुमान है, लेकिन वास्तविक वजन होने पर इसे पूरी तरह से स्क्रैप करना चाहते हैं: इसका कारण यह है कि कुछ दवा खुराक आदर्श शरीर के वजन पर होगी, जो आम तौर पर होगी उच्च बीएमआई वाले लोगों के लिए बहुत कम।
• मूल रूप से किसी बिंदु पर (लगभग निश्चित रूप से हमारे पहले पास में नहीं क्योंकि यह समस्याओं की एक पूरी मेजबानी है) हमें चीजों को प्राथमिकता ध्वज रखने के लिए एक रास्ता चाहिए: कुछ इंगित करने के लिए "अगर आज ऐसा कुछ नहीं है/इस मिनट/इस घंटे/जो कुछ भी, तो आप इसका उपयोग कर सकते हैं यदि आपको जरूरी है और मूल रूप से वही है"
• सुविधाजनक रूप से उनमें से कुछ जो आपको याद आ रहे हैं, उनमें से कुछ ऐसे थे जिन्हें मैंने शुरू किया था (FIO2, etCO2, pO2, pCO2 आदि), इसलिए उम्मीद है कि रिक्त स्थान भर सकते हैं। मैं इसी तरह फ़ारेनहाइट बनाम सेल्कियस मुद्दे जैसे मुद्दे में चला गया हूं, जहां FIO2 कभी-कभी 0-100 और कभी-कभी 0-1 होता है।

मैं मैपिंग के हमारे सेट को पूरा करने के लिए @nicopotamus के साथ काम

बीटीडब्ल्यू, माध्य/stdev किससे मेल खाता है? पागल आउटलेर्स (दुर्व्यवहार इकाइयों!) की जांच करने के लिए निश्चित रूप से बहुत समझदार है, हालांकि मैं थोड़ा चिंतित हूं कि पीएच <1 वाला एक भी रोगी है!

इस सूत्र में मुझे शामिल करने के लिए धन्यवाद @jeblundell ; इस तरह की मैपिंग MIMIC का उपयोग करके मेरे अपने काम के लिए एक विशाल कार्य लग रहा था, लेकिन एक रिश्तेदार SQL नौसिखिया के रूप में मैं शायद यहाँ नैदानिक ​​पक्ष में अधिक योगदान कर सकता हूँ।

व्यक्तिगत रूप से मैं स्वतंत्र रूप से शिरापरक और धमनी मूल्यों को संभालता हूं; केंद्रीय और मिश्रित शिरापरक, केशिका और धमनी गैसों के बीच सूक्ष्म और सूक्ष्म अंतर नहीं हैं। एक बार उनकी पहचान हो जाने के बाद यह किसी भी नैदानिक ​​​​अनुप्रयोग के लिए सीधा होगा जो उन्हें उपलब्ध गैसों से पीएच के तत्कालीन स्ट्रिप _a_ मान के बराबर मानता है।

वही रक्तचाप माप पर लागू होता है: एनआईबीपी और आईबीपी को स्वतंत्र चर के रूप में चिह्नित करने से दोनों के बीच तुलना की अनुमति मिलती है, जो अपने आप में दिलचस्प हो सकती है, और यदि सभी संभावित आईबीपी और एनआईबीपी उपनाम हैं तो "रक्तचाप" निकालना तुच्छ होगा। ज्ञात।

@तुरंबर , @jeblundell

नमस्ते! यह बहुत कुछ वैसा ही लगता है जैसा मैं शुरू करने के लिए देख रहा था। और ऐसा लगता है कि आप पहले से ही बहुत अच्छे काम कर चुके हैं। :) आप किस प्रकार की सहायता का उपयोग कर सकते हैं?

"ग्रंट वर्क" ऐसा लगता है कि इस स्तर पर मैं किसके लिए उपयोगी होऊंगा। मेरे पास विकिपीडिया, और शायद Google भी है...

चीयर्स,

@aruberutou @nicopotamus यदि आपने Google डिस्क खाते पसंद किए हैं, तो उन्हें मुझे भेजें और मैं आपको अपनी स्प्रेडशीट तक पहुंच प्रदान कर सकता हूं।

@turambar धन्यवाद! मैंने अभी आपके सूचीबद्ध खाते में एक ईमेल भेजा है। चीयर्स,

@turambar @nicopotamus @aruberutou मैं पहली मैपिंग के सरल चर लुकअप के पक्ष में हूं, और मैं चर/item_id मैपिंग पर एक अतिरिक्त समीक्षक बनकर खुश हूं। साइड नोट - मौजूदा ऑन्कोलॉजी के लिए मैपिंग सिग्नल पर एक समृद्ध साहित्य है, और मैं ऐसे कई लोगों के बारे में सोच सकता हूं जो परियोजना के उस दिशा में आगे बढ़ने के बाद योगदान देने में बहुत रुचि रखते हैं।

मैं एक शॉट ईमेल के माध्यम से जवाब देने वाला हूँ। चलिए my . के संपादन के साथ आगे बढ़ते हैं
स्प्रेडशीट। मुझे संपादकों के रूप में @nicopotamus और @aruberutou जोड़ा गया है। कोई भी
और जो संपादन पहुंच चाहता है, कृपया मुझे बताएं।

यदि आप लोग चरों को "अनबंडल" करना चाहते हैं (आक्रामक और गैर-इनवेसिव बीपी, पीएच,
O2 सैट, आदि), आगे बढ़ें और इसे "LEVEL1" कॉलम में करें। हम संरक्षित करेंगे
"LEVEL2" कॉलम में मेरी बंडलिंग (और शायद अन्य चरों को बंडल करें)। अगर
आपको मेरे द्वारा की गई चीजों को ठीक करने की जरूरत है, ठीक आगे बढ़ें।

मैं अगले एक या दो दिनों में इसमें दवाएं, इनपुट आदि जोड़ने की कोशिश करूंगा।

कृपया नए चरों की पहचान करना शुरू करें! मुझे उम्मीद है कि आप लोग मेरी मदद कर सकते हैं
रुचि के चरों को पहचानें और प्राथमिकता दें -- जो कुछ भी आप अपने लिए जोड़ते हैं
परियोजना मेरे लिए रूचिकर होगी। अगर आपको शुरू करने के लिए जगह चाहिए, तो मैं
अंत-ज्वारीय CO2 और मूत्र उत्पादन का सुझाव दें, जो मैं करने में सक्षम नहीं हूं
MIMIC में खुलासा। शायद वेंटिलेशन से संबंधित कुछ भी।

मेरा कार्यप्रवाह टेक्स्ट खोज (ब्राउज़र या अधिक) का उपयोग करने के लिए प्रवृत्त है
मजबूत पत्रक "ढूंढें" जो नियमित अभिव्यक्ति की अनुमति देता है) संभावित खोजने के लिए
उम्मीदवार। एक विशेष चर ("एचआर") के लिए, मैं सभी नामों की तलाश करता हूं ("दिल
दर"), वेरिएंट ("पल्स रेट"), संक्षिप्ताक्षर ("एचआर"), गलत वर्तनी ("हीट .")
दर"), आदि। मैं सभी उम्मीदवारों को चिह्नित करता हूं (LEVEL1 कॉलम में "HR" डालें)।
स्टॉप एक बार गिनती एक सीमा से नीचे गिरती है (दसियों से सैकड़ों, पर निर्भर करता है
कुल संख्या)। जिन उम्मीदवारों के बारे में मैं आश्वस्त महसूस करता हूं, उनके लिए मैं एक "X" डालता हूं
"उपयोग" कॉलम। उस समय, मैं आमतौर पर सभी के लिए सभी मान खींचता हूं
उम्मीदवार ITEMS और वितरण (प्रतिशतक) को पहचानने की कोशिश करने के लिए देखें
संभावित मुद्दे: आउटलेयर, विभिन्न इकाइयाँ, आदि। एक गैर-एमडी के रूप में, I
अक्सर विकिपीडिया का उपयोग करते हुए कुछ पूर्व सूचनाओं के साथ खुद को बांधे रखता हूं। :-पी

दो अन्य चरण:

1) प्रत्येक मैप किए गए चर के लिए परिभाषित श्रेणियां और "सामान्य"। मेरे पास एक और है
उसके लिए स्प्रेडशीट, जिसे मैं आपके साथ साझा करूँगा। मैं जो करता हूं वह परिभाषित करता है:

• ड्रॉपबेलो, ड्रॉपएबव: एक मान नीचे (ऊपर) जो एक माप है
  स्पष्ट रूप से अमान्य है और फेंक दिया जाना चाहिए
• minValue, maxValue: न्यूनतम (अधिकतम) अनुमत मान। चीज़ें
  minValue के नीचे (लेकिन dropBelow नहीं) को minValue से बदल दिया जाता है। उसी के लिए
  मैक्सवैल्यू और ड्रॉपएबव।
• सामान्य: कुछ आरोपण योजनाओं के लिए उपयोग किया जाता है

ध्यान दें कि मेरे काम के लिए, मैं सभी को पुनर्विक्रय करने के लिए minValue और maxValue का भी उपयोग करता हूं
[0, 1] के लिए मान।

एफवाईआई, क्रेडिट जहां क्रेडिट देय है: उस स्प्रेडशीट की शब्दावली और संरचना डेविड लेडबेटर और बच्चों के अस्पताल एलए में वीपीआईसीयू में लोगों के कारण है।

2) अगर मुझे एक वेरिएबल मिलता है जिसके लिए विशेष हैंडलिंग की आवश्यकता होती है, जैसे कि इकाई
रूपांतरण (विशेषकर यदि इकाइयाँ अस्पष्ट या गलत तरीके से चिह्नित हैं), I
बस एक नोट बनाओ। अभी मैं उन्हें एक ऑफ के रूप में संभालता हूं, लेकिन शायद हम कर सकते हैं
व्यवस्थित करना। मैं इसके लिए एक Google दस्तावेज़ जोड़ूंगा और विशेष के बारे में नोट्स जोड़ूंगा
मामले जो मैंने पहले ही ढूंढ लिए हैं, फिर उसे साझा करें।

डेव

चीयर्स डेव। मैंने अभी-अभी आपके द्वारा किए गए काम को देखना शुरू किया है - एक विशाल उपक्रम!

मैं बिलीरुबिन को देखते हुए कुछ मुद्दों के साथ आया हूं कि निरंतरता और संदर्भ में आसानी के लिए यह स्पष्ट करने योग्य हो सकता है:

• सीरम कुल बिलीरुबिन, और विभिन्न अंशों (प्रोटीन-बाध्य और अनबाउंड, संयुग्मित / प्रत्यक्ष और और असंबद्ध / अप्रत्यक्ष) दोनों के माप हैं। इन्हें डेटा विश्लेषण के समकक्ष नहीं माना जा सकता है।
• क्या इन्हें अलग करने के लिए हमारे पास कोई मानक नामकरण है? यदि नहीं, तो क्या हम बहुत अधिक प्रसंस्करण करने से पहले एक पर सहमत होंगे? मैंने उन्हें कॉल करना शुरू कर दिया है जैसे बिलीरुबिन-टोटल हालांकि यह बहुत सुंदर नहीं है। हम माप के उपप्रकारों को तोड़ने के लिए एक प्रणाली को परिभाषित करने के साथ कर सकते हैं।
• इसी तरह अन्य तरल पदार्थों (मूत्र, सीएसएफ, फुफ्फुस द्रव) में बिलीरुबिन के निरंतर और स्पष्ट (जैसे मूत्र डुबकी) दोनों माप होते हैं जिन्हें संभालने के लिए नामकरण मानक की आवश्यकता होगी
• अंत में बहुत सारे चार्टइवेंट आइटम हैं जो विशुद्ध रूप से रिकॉर्ड कर रहे हैं कि क्या बिलीरुबिन भेजा गया है, ज्यादातर नवजात इकाई से। क्या हमारे पास यह इंगित करने के लिए एक झंडा होगा कि हम में से किसी ने इन पर ध्यान दिया है और निर्णय लिया है कि वे प्रासंगिक नहीं हैं?

@ निकोपोटेमस धन्यवाद! वैसे, आपने मुझे Google पत्रक (यानी, स्क्रिप्ट और फ़िल्टर का उपयोग) के लिए कुछ नया सिखाया है।

पुन: बिलीरुबिन, जानना अच्छा है। मुझे पूरा यकीन है कि मैंने अन्य प्रयोगशालाओं, जैसे, WBC पर भी ऐसी ही गलतियाँ की हैं। विभिन्न प्रकारों और उन्हें संभालने के हमारे विकल्पों को बेहतर ढंग से समझना पसंद करेंगे (यानी, क्या हम घटक भागों को कुल में एकीकृत कर सकते हैं?) मुझे लगता है कि पर्याप्त डेटा दिए जाने पर, मेरी पसंद का मॉडल (तंत्रिका जाल) उनके संयोजन के लिए कार्य सीख सकता है या कहें, कुल बिलीरुबिन का अनुमान लगा सकता है, भले ही कुछ घटक गायब हों। इसी तरह, केवल शिरापरक या धमनी पीएच से एक गुप्त "सच्चे पीएच" का अनुमान लगाने के लिए।

संबंधित नोट पर, मैं शरीर के विभिन्न तरल पदार्थों से प्रयोगशालाओं को मापने की बारीकियों को समझना चाहता हूं। उदाहरण के लिए, रक्त, सीरम, फुफ्फुस, जलोदर, मूत्र, संयुक्त द्रव, शरीर के अन्य द्रव आदि में क्या अंतर है।

पुन: नामकरण, जो कुछ भी आपको लगता है वह अभी के लिए सबसे अच्छा है। हम वहां से पुनरावृति कर सकते हैं। मैं वर्णनात्मक होने के पक्ष में गलती करूंगा। मुझे पता है कि मैंने कुछ संक्षिप्ताक्षरों का उपयोग किया था (एक सम्मेलन जिसे मैंने Physionet Challenge 2012 डेटा सेट द्वारा अपनाया था, जिसे मैंने चर की लक्ष्य सूची के रूप में उपयोग किया था), लेकिन मैं इन्हें वापस पूर्ण नामों में बदलने जा रहा हूं, मुझे लगता है।

पुन: चीजों को "उपयोग नहीं किया जाना" के रूप में चिह्नित करना मैं सुझाव देता हूं कि यूएसई कॉलम में "एन" डालें। मैंने वैसे ही "x" को "y" में बदल दिया है। रिक्त प्रविष्टियां अभी तय नहीं हैं।

मैंने स्पष्टीकरण जोड़ने के लिए अंत में एक नोट कॉलम भी जोड़ा।

@turambar मुझे किसी भी समय कोड के लिए चिकित्सा जानकारी का व्यापार करने में खुशी हो रही है;) मैं आपको सप्ताहांत में बिलीरुबिन के बारे में कुछ और ईमेल भेजूंगा ...

मैं नए चरों पर शुरू करने से पहले अगले सप्ताह उन चीजों के बारे में जानना शुरू कर दूंगा जिन्हें आपने पहले ही मैप कर लिया है। क्या ITEMIDs के लिए FLUID ध्वज भरना हमारे लायक है जहां यह पहले से ही भरा नहीं है? यह bilirubin-serum और bilirubin-CSF जैसे नामों को होने से रोकेगा, या सभी विभिन्न तरल पदार्थों में सोडियम को मापा जा सकता है? इसका मतलब यह होगा कि चरों को निकालने के लिए आपको "ब्याज के जैविक तरल पदार्थ" का चयन करना होगा; व्यक्तिगत रूप से मुझे लगता है कि यह हेरफेर करने के लिए और अधिक सरल बनाता है, लेकिन मुझे आपके विचारों में दिलचस्पी होगी कि यह आपके कोड के साथ कैसे काम करेगा?

आपको बिली-सीरम और बिली-सीएसएफ में अंतर करना होगा। उन्हें मिलाया नहीं जा सकता!
आर मार्क

बिल्कुल @rgmark; मुझे लगता है कि मैं जो सवाल पूछ रहा हूं वह यह करने का सबसे अच्छा तरीका है। क्या हम प्रत्येक उपनाम को माप और द्रव (जैसे 'बिलीरुबिन-कुल-सीरम' और 'बिलीरुबिन-सीएसएफ') सहित एक वर्णनात्मक नाम देते हैं या क्या हम प्रत्येक उपनाम के लिए एक तरल ध्वज प्रदान करते हैं (जैसे नाम = बिलीरुबिन, द्रव = रक्त और नाम =बिलीरुबिन, द्रव = सीएसएफ)?

सभी प्रयोगशालाओं के लिए LOINC कोड का उपयोग करें

@rgmark जो वास्तव में स्कीमा का प्रकार है जिसे मैं ढूंढ रहा था - धन्यवाद!
@turambar शायद हम LOINC कोड का उपयोग करके उपनामों को कोड कर सकते हैं, फिर मानव पठनीय संस्करणों से संबंधित चर खोजने के लिए अपनी स्क्रिप्ट (डाउनलोड करने योग्य LOINC पैकेज के पहलू) का उपयोग करें?

हाय सब, इस खेल में देर से आने के लिए खेद है, लेकिन मैं कुछ समय से एक समस्या पर विचार कर रहा हूं। सबसे अच्छा मैं एक पेड़ की संरचना के साथ आ सकता हूं जो एलियासिंग में मदद करेगा।

यदि हम उपनामों को घोंसला बनाते हैं तो PaO2, NIBP/BP, बिलीरुबिन ... आदि के संबंध में ऊपर उल्लिखित मुद्दों को हल किया जाना चाहिए।

उदाहरण के लिए PaO2 के लिए शीर्ष स्तर शिरापरक PaO2, धमनी PaO2, केंद्रीय PaO2, फुफ्फुसीय PaO2 में विभाजित हो सकता है या यदि शोधकर्ता मतभेदों को पूरी तरह से अनदेखा करना चाहता है, तो वे "चपटा" उपनामों के साथ शीर्ष स्तर कोड का उपयोग कर सकते हैं।

इस दृष्टिकोण पर विचार?

हाय @ngageorange ध्वनि समझदार है, लेकिन एक पेड़ का उपयोग करने से कुछ भ्रम पैदा होता है कि आप किस बिंदु पर ब्रांचिंग करते हैं (बिलीरुबिन उदाहरण का उपयोग करके, क्या आप कुल/प्रत्यक्ष/अप्रत्यक्ष, या कौन से तरल पदार्थ पर शाखा करते हैं?) मुझे लगता है कि सबसे अच्छा तरीका LOINC कोड का उपयोग कर रहा है के रूप में @rgmark सुझाव दिया है, जो होगा तो उन इच्छा या @turambar का उपयोग कर के स्क्रिप्ट के रूप में इस तरह के पेड़ उत्पन्न किया जा करने की अनुमति। उदाहरण के लिए https://search.loinc.org/ देखें।

@rgmark @nickopotamus @ngageorange प्रयोगशालाओं के लिए LOINC कोड का उपयोग करने में कोई आपत्ति नहीं है। एक ऑन्कोलॉजी का पुन: आविष्कार करने का कोई कारण नहीं है जहां पहले से मौजूद है - यह मानते हुए कि इसका उपयोग करना आसान है। बेशक, डेटा से ऐसी संरचना सीखना शायद और भी बेहतर काम करेगा (देखें https://arxiv.org/abs/1602.05568), लेकिन यह भविष्य के काम के लिए है!

गंभीरता से, अपने पीओवी से, मैं कोशिश कर रहा हूं कि यहां परफेक्ट को अच्छाई का दुश्मन न बनने दें। मेरे सहयोगी एक कार्य बेंचमार्क डेटा सेट ASAP जारी करना चाहते हैं, इसलिए मैं अब तक जो कुछ भी हमारे पास है उसे लेने जा रहा हूं और इसे प्रारंभिक संस्करण में संहिताबद्ध कर रहा हूं। लेकिन निकट भविष्य में आप लोग जो भी अपडेट कर सकते हैं, मैं उसे स्वीकार करूंगा!

अगर इस धागे पर कोई भी मेरे निजी भंडार के लिए निमंत्रण चाहता है जहां मैं बेंचमार्क डेटा सेट बनाने के लिए पायथन कोड विकसित कर रहा हूं, तो मुझे बताएं।

हाँ कृपया @turambar! मेरा मतलब इस बातचीत को पकड़ने के लिए है ...

हाँ कृपया @turambar - अगर आप अभी भी इस पर काम कर रहे हैं तो मुझे भी मदद करने में खुशी होगी!

क्या यह अभी भी एक सक्रिय क्षेत्र है? या क्या आइटम मैपिंग का प्रयास कुछ हद तक समाप्त हो गया है?

@rustyBilges @ Saqibm128 हमने इस पर पहल की है, जिसके परिणामस्वरूप इस पांडुलिपि में वर्णित बेंचमार्क डेटा सेट है और जिसका कोड यहां होस्ट किया गया येरेवाएनएन लैब द्वारा बनाए रखा गया है।

बेंचमार्क को बढ़ाने और समृद्ध करने में हमारी मदद करके अन्य लोगों का योगदान करने में हमारी बहुत रुचि है। यदि आप बेंचमार्क रिपॉजिटरी में शामिल होना चाहते हैं और एक थ्रेड शुरू करना चाहते हैं या हमें एक पीआर भेजना चाहते हैं। विशेष रूप से, यहाँ आवश्यकता के क्षेत्र हैं:

• अतिरिक्त चर को कवर करने के लिए मानचित्रण का विस्तार करें
• डेटा सेट में उपचार, दवाएं, इनपुट जोड़ें
• नए पूर्वानुमान कार्य जोड़ें
• नैदानिक ​​नोट जोड़ें

@तुरंबर हाय! मैंने आपके द्वारा पहले बताए गए लगभग सभी कोड और पेपर को ब्राउज़ कर लिया है। और मैं ID_ITEMS तालिका के भ्रम के समाधान पर ध्यान केंद्रित कर रहा हूं जो निश्चित रूप से एक कठिन और महत्वपूर्ण कार्य है। तो ऐसा लगता है कि आपने बहुत काम किया है और अच्छा काम किया है!
मेरे पास https://github.com/YerevaNN/mimic3benchmarks/tree/master/mimic3benchmark/resources में फ़ाइल itemid_to_variable_map.csv के बारे में एक प्रश्न है, जितना मुझे पता है, लगभग 370 ITEMID मैप किए गए हैं, इसलिए यदि यह काम अभी भी है चल रहा है, मैं अपनी शक्ति का योगदान करना चाहता हूं।
शुभकामनाएं!