सबसे पहले, प्रमाणपत्रों के संबंध में wget त्रुटि के बारे में निश्चित नहीं है, शायद @elfeto आप जानते हैं कि त्रुटि संदेश मायने रखता है या नहीं? आपकी जानकारी के लिए, wget का लक्ष्य केवल सीएसवी को फिजियोनेट से डाउनलोड करना है -
यहां स्क्रिप्ट: https://github.com/MIT-LCP/mimic-code/blob/9e05ab27b947b664f7ddbc5dcfe0c3e573c69fcc/buildmimic/postgres/Makefile#L156

मुझे लगता है कि यह आपकी गलती नहीं है .. जो मैं कल्पना कर रहा हूं वह यह है कि स्क्रिप्ट "पोस्टग्रेस" नामक उपयोगकर्ता बनाने की कोशिश कर रही है, जो विफल हो जाती है (क्योंकि पोस्टग्रेस पहले से मौजूद है), और इसलिए बाकी स्क्रिप्ट (जो बनाता है डेटाबेस ) विफल रहता है। हमें शायद मेकफ़ाइल को अपडेट करने की आवश्यकता है। इस बीच, आप इसे चलाकर ठीक कर सकते हैं:

psql -c "CREATE DATABASE mimic;"
psql -d mimic -c "CREATE SCHEMA mimiciii;"

ऐसा करने के बाद, बस make mimic-build datadir=/path to data/ ... चलाएं जिससे डेटा इंस्टॉल शुरू हो जाए। मुझे बताएं कि आपका किराया कैसा है।

एलिस्टेयर,
सहायता के लिए धन्यवाद। मैंने आपके निर्देशों का पालन किया और मिमिक-बिल्ड चला गया
जैसा कि कल रात ऊपर वर्णित है। मुझे निम्नलिखित मिलता है जो नहीं है
रातों-रात बदली/प्रगति:

psql "dbname=नकल उपयोगकर्ता=नकल विकल्प=--search_path=mimiciii" -f
postgres_create_tables.sql

psql:postgres_create_tables.sql :31: सूचना: तालिका "प्रवेश" नहीं है
मौजूद है, लंघन

ड्रॉप तालिका

तालिका बनाएं

psql:postgres_create_tables.sql :61: सूचना: तालिका "कॉलआउट" नहीं है
मौजूद है, लंघन

ड्रॉप तालिका

तालिका बनाएं

psql:postgres_create_tables.sql :95: सूचना: तालिका "देखभाल करने वाले" नहीं है
मौजूद है, लंघन

ड्रॉप तालिका

तालिका बनाएं

psql:postgres_create_tables.sql : 110: सूचना: तालिका "चार्टेवेंट्स" नहीं है
मौजूद है, लंघन

ड्रॉप तालिका

तालिका बनाएं

तालिका बनाएं

तालिका बनाएं

तालिका बनाएं

तालिका बनाएं

तालिका बनाएं

तालिका बनाएं

तालिका बनाएं

तालिका बनाएं

तालिका बनाएं

तालिका बनाएं

तालिका बनाएं

तालिका बनाएं

तालिका बनाएं

तालिका बनाएं

समारोह बनाएँ

ट्रिगर बनाएं

psql:postgres_create_tables.sql :185: सूचना: तालिका "cptevents" नहीं है
मौजूद है, लंघन

ड्रॉप तालिका

तालिका बनाएं

psql:postgres_create_tables.sql :207: सूचना: तालिका "datetimeevents" करता है
मौजूद नहीं है, लंघन

ड्रॉप तालिका

तालिका बनाएं

psql:postgres_create_tables.sql : 231: सूचना: तालिका "diagnoses_icd" करता है
मौजूद नहीं है, लंघन

ड्रॉप तालिका

तालिका बनाएं

psql:postgres_create_tables.sql :246: सूचना: तालिका "drgcodes" नहीं है
मौजूद है, लंघन

ड्रॉप तालिका

तालिका बनाएं

psql:postgres_create_tables.sql :264: सूचना: तालिका "d_cpt" मौजूद नहीं है,
रस्सी कूदना

ड्रॉप तालिका

तालिका बनाएं

psql:postgres_create_tables.sql :284: सूचना: तालिका "d_icd_diagnoses" करता है
मौजूद नहीं है, लंघन

ड्रॉप तालिका

तालिका बनाएं

psql:postgres_create_tables.sql :299: सूचना: तालिका "d_icd_procedures" करता है
मौजूद नहीं है, लंघन

ड्रॉप तालिका

तालिका बनाएं

psql:postgres_create_tables.sql :314: सूचना: तालिका "d_items" नहीं है
मौजूद है, लंघन

ड्रॉप तालिका

तालिका बनाएं

psql:postgres_create_tables.sql :335: सूचना: तालिका "d_labitems" नहीं है
मौजूद है, लंघन

ड्रॉप तालिका

तालिका बनाएं

psql:postgres_create_tables.sql :352: सूचना: तालिका "icustays" नहीं है
मौजूद है, लंघन

ड्रॉप तालिका

तालिका बनाएं

psql:postgres_create_tables.sql :375: सूचना: तालिका "inputevents_cv" करता है
मौजूद नहीं है, लंघन

ड्रॉप तालिका

तालिका बनाएं

psql:postgres_create_tables.sql :407: सूचना: तालिका "inputevents_mv" करता है
मौजूद नहीं है, लंघन

ड्रॉप तालिका

तालिका बनाएं

psql:postgres_create_tables.sql :448: सूचना: तालिका "labevents" नहीं है
मौजूद है, लंघन

ड्रॉप तालिका

तालिका बनाएं

psql:postgres_create_tables.sql :467: सूचना: तालिका "माइक्रोबायोलॉजीईवेंट्स"
मौजूद नहीं है, लंघन

ड्रॉप तालिका

तालिका बनाएं

psql:postgres_create_tables.sql :493: सूचना: तालिका "नोटइवेंट्स" नहीं है
मौजूद है, लंघन

ड्रॉप तालिका

तालिका बनाएं

psql:postgres_create_tables.sql :514: सूचना: तालिका "आउटपुटइवेंट्स" नहीं है
मौजूद है, लंघन

ड्रॉप तालिका

तालिका बनाएं

psql:postgres_create_tables.sql :537: सूचना: तालिका "रोगी" नहीं है
मौजूद है, लंघन

ड्रॉप तालिका

तालिका बनाएं

psql:postgres_create_tables.sql :556: सूचना: तालिका "नुस्खे" करता है
मौजूद नहीं है, लंघन

ड्रॉप तालिका

तालिका बनाएं

psql:postgres_create_tables.sql :585: सूचना: तालिका "प्रक्रियाईवेंट्स_एमवी"
मौजूद नहीं है, लंघन

ड्रॉप तालिका

तालिका बनाएं

psql:postgres_create_tables.sql :620: सूचना: तालिका "प्रक्रिया_आईसीडी" करता है
मौजूद नहीं है, लंघन

ड्रॉप तालिका

तालिका बनाएं

psql:postgres_create_tables.sql :635: सूचना: तालिका "सेवाएं" नहीं है
मौजूद है, लंघन

ड्रॉप तालिका

तालिका बनाएं

psql:postgres_create_tables.sql :651: सूचना: तालिका "स्थानांतरण" नहीं करता है
मौजूद है, लंघन

ड्रॉप तालिका

तालिका बनाएं

-- डेटा लोड हो रहा है --

psql "dbname=नकल उपयोगकर्ता=नकल विकल्प=--search_path=mimiciii" -f
postgres_load_data.sql -v
मिमिक_डेटा_डिर=/उपयोगकर्ता/रॉबर्टबीटेल/एनाकोंडा/प्रोजेक्ट्स/मिमिक-कोड-मास्टर/मिमिक_डेटा

कॉपी 58976

कॉपी 34499

कॉपी 7567

बुधवार, 19 जुलाई, 2017 को शाम 5:23 बजे, एलिस्टेयर जॉनसन सूचनाएं @github.com
लिखा था:

सबसे पहले, प्रमाणपत्रों के संबंध में wget त्रुटि के बारे में निश्चित नहीं है, शायद
@elfeto https://github.com/elfeto आप जानते हैं कि क्या वह त्रुटि संदेश
मायने रखता है? आपकी जानकारी के लिए, wget का लक्ष्य केवल CSV डाउनलोड करना है
फिजियोनेट से -
यहां स्क्रिप्ट: https://github.com/MIT-LCP/mimic-code/blob/
9e05ab27b947b664f7ddbc5dcfe0c3e573c69fcc/बिल्डमिमिक/पोस्टग्रेज/मेकफाइल#L156

मुझे लगता है कि यह आपकी गलती नहीं है.. मैं जो कल्पना कर रहा हूं वह स्क्रिप्ट है
"postgres" नाम का उपयोगकर्ता बनाने का प्रयास कर रहा है, जो विफल हो जाता है (क्योंकि postgres
पहले से मौजूद है), और इसलिए बाकी स्क्रिप्ट (जो डेटाबेस बनाता है)
विफल रहता है। हमें शायद मेकफ़ाइल को अपडेट करने की आवश्यकता है। इस बीच, आप कर सकते हैं
इसे चलाकर ठीक करें:

psql -c "डेटाबेस की नकल बनाएं;"
psql -d मिमिक-सी "स्कीमा मिमिकि बनाएं;"

ऐसा करने के बाद, बस मिमिक-बिल्ड डेटादिर =/पथ टू डेटा/...
जो डेटा इंस्टॉल को बंद कर देना चाहिए। मुझे बताएं कि आपका किराया कैसा है।

-
आप इसे प्राप्त कर रहे हैं क्योंकि आपने सूत्र को लिखा है।
इस ईमेल का सीधे उत्तर दें, इसे GitHub पर देखें
https://github.com/MIT-LCP/mimic-code/issues/259#issuecomment-316560526 ,
या थ्रेड को म्यूट करें
https://github.com/notifications/unsubscribe-auth/AToq-ReCbCcAN9mOYlTPSrWsr-cp3pjYks5sPp4DgaJpZM4OdQE1
.

नमस्ते, मैंने प्रमाणपत्र की जाँच की और उनमें कोई समस्या नहीं है। चूंकि वे "लेट्स एनक्रिप्ट अथॉरिटी" से हैं, इससे कुछ लोगों को समस्या हो सकती है। लेकिन अस्वीकरण होना चाहिए और "--नो-चेक-सर्टिफिकेट" कमांड के लिए "विकल्प" होना चाहिए जो सर्टिफिकेट चेक को बायपास करेगा, और फाइलों को किसी भी तरह से डाउनलोड करेगा।

वह "--नो-चेक-सर्टिफिकेट" विकल्प कहाँ रखा जाना चाहिए? में
मेकफ़ाइल?
धन्यवाद

गुरु, जुलाई 20, 2017 में 6:09 बजे, पर elfeto [email protected] लिखा है:

नमस्ते, मैंने प्रमाणपत्र की जाँच की और उनमें कोई समस्या नहीं है। तब से
वे "लेट्स एनक्रिप्ट अथॉरिटी" से हैं, इससे कुछ के साथ समस्या हो सकती है
लोग। लेकिन अस्वीकरण होना चाहिए और "विकल्प" होना चाहिए
कमांड के लिए "--नो-चेक-सर्टिफिकेट" जो सर्टिफिकेट को बायपास करेगा
जांचें, और फ़ाइलों को किसी भी तरह से डाउनलोड करें।

-
आप इसे प्राप्त कर रहे हैं क्योंकि आपने सूत्र को लिखा है।
इस ईमेल का सीधे उत्तर दें, इसे GitHub पर देखें
https://github.com/MIT-LCP/mimic-code/issues/259#issuecomment-316697813 ,
या थ्रेड को म्यूट करें
https://github.com/notifications/unsubscribe-auth/AToq-dkahjWJQtLEUu9_L5abWfPbiCuiks5sP1GYgaJpZM4OdQE1
.

आपने फ़ाइलों को मैन्युअल रूप से डाउनलोड किया है, इसलिए अब इसकी कोई आवश्यकता नहीं है, लेकिन, यह इस आदेश पर था।

wget --user --ask-password -P -A csv.gz -m -p -E -k -K -np -nd " https://physionet.org/works/MIMICIIIClinicalDatabase/files/ " --no- चेक-प्रमाणपत्र

@ RJBeetel3 ऐसा लगता है कि आपका निर्माण अपेक्षित रूप से आगे बढ़ रहा है। तालिकाएँ बनाई गई हैं और डेटा लोड होना शुरू हो गया है। आप वर्तमान में चार्टइवेंट के लोड होने की प्रतीक्षा कर रहे हैं, जो कि सबसे बड़ी तालिका है और इसलिए इसमें कुछ समय लगता है।

क्या निर्माण का समय 24 घंटे से अधिक सामान्य है?

गुरु, 20 जुलाई, 2017 को सुबह 7:22 बजे, टॉम पोलार्ड सूचनाएं @github.com
लिखा था:

@ RJBeetel3 https://github.com/rjbeetel3 ऐसा लगता है कि आपका निर्माण है
अपेक्षा के अनुरूप आगे बढ़ रहा है। तालिकाएँ बनाई गई हैं और डेटा है
लोड करना शुरू कर दिया। आप वर्तमान में चार्टइवेंट के लोड होने की प्रतीक्षा कर रहे हैं, जो
सबसे बड़ी तालिका है और इसलिए इसमें कुछ समय लगता है।

-
आप इसे प्राप्त कर रहे हैं क्योंकि आपका उल्लेख किया गया था।
इस ईमेल का सीधे उत्तर दें, इसे GitHub पर देखें
https://github.com/MIT-LCP/mimic-code/issues/259#issuecomment-316719199 ,
या थ्रेड को म्यूट करें
https://github.com/notifications/unsubscribe-auth/AToq-RNZBrFIS9Gt01zrrdOqmhCA6hxcks5sP2K3gaJpZM4OdQE1
.

@ RJBeetel3 हमारे पास लंबे समय तक लोड होने की रिपोर्ट है (देखें: https://github.com/MIT-LCP/mimic-code/issues/215 and https://github.com/MIT-LCP/mimic-code/issues /181) लेकिन 24 घंटे अत्यधिक लंबे लगते हैं। क्या आप सुनिश्चित हैं कि (1) आपकी मशीन/डिस्क उस दौरान स्लीप मोड में नहीं जा रही है और (2) आपके पास आपकी डिस्क (~80GB) पर पर्याप्त जगह है?

ऐसा लगता है कि मैंने "/mimic_data" के बाद बैकस्लैश शामिल नहीं किया। इसे करो
मतलब मुझे निर्माण प्रक्रिया को फिर से करना है?

-- डेटा की जांच --

ढूंढने में असमर्थ
/उपयोगकर्ता/रॉबर्टबीटेल/एनाकोंडा/प्रोजेक्ट्स/मिमिक-कोड-मास्टर/मिमिक_डेटाADMISSIONS.csv

• निर्माण से पहले बाहर निकलना।

मेक [1]: * [नकल-जांच] त्रुटि 1

बनाना: * [नकल-जांच] त्रुटि 2

शुक्र, 21 जुलाई, 2017 को सुबह 7:38 बजे, टॉम पोलार्ड सूचनाएं @github.com
लिखा था:

@RJBeetel3 https://github.com/rjbeetel3 हमारे पास लॉन्ग . की रिपोर्ट आई है
लोडिंग समय (देखें: #215
https://github.com/MIT-LCP/mimic-code/issues/215 और #181
https://github.com/MIT-LCP/mimic-code/issues/181 ) लेकिन 24 घंटे लगता है
अत्यधिक लंबा। क्या आप सुनिश्चित हैं कि (1) आपकी मशीन/डिस्क अंदर नहीं जा रही है
उस समय के दौरान स्लीप मोड और (2) आपके पास अपनी डिस्क पर पर्याप्त जगह है
(~ 80GB)?

-
आप इसे प्राप्त कर रहे हैं क्योंकि आपका उल्लेख किया गया था।
इस ईमेल का सीधे उत्तर दें, इसे GitHub पर देखें
https://github.com/MIT-LCP/mimic-code/issues/259#issuecomment-317018723 ,
या थ्रेड को म्यूट करें
https://github.com/notifications/unsubscribe-auth/AToq-ZqPGSUjAqwoRjEICsDDd_Fu_r5fks5sQLf0gaJpZM4OdQE1
.

ऐसा लगता है कि मैंने "/mimic_data" के बाद बैकस्लैश शामिल नहीं किया। क्या इसका मतलब है कि मुझे निर्माण प्रक्रिया को फिर से करना है?

नहीं, आपके द्वारा प्रदान किया गया पथ ठीक लगता है। आपकी पिछली पोस्ट में निम्नलिखित प्रगति रिपोर्ट शामिल है:

...

COPY 58976

COPY 34499

COPY 7567

...जो इंगित करता है कि तीन तालिकाएं पहले ही लोड हो चुकी हैं ( admissions तालिका 58976 पंक्तियाँ हैं, callout 34,499 पंक्तियाँ हैं, और caregivers 7,567 पंक्तियाँ हैं)। अगली तालिका, chartevents , काफी बड़ी है (~330,712,483 पंक्तियाँ)।

यदि आप इसकी पुष्टि करना चाहते हैं, तो डेटाबेस में लॉग इन करने और पहली तीन तालिकाओं को क्वेरी करने का प्रयास करें (उदाहरण SELECT * FROM mimiciii.admissions LIMIT 10; प्रवेश तालिका की पहली 10 पंक्तियों को प्रदर्शित करेगा)।

क्वेरी काम किया। ऐसा लगता है कि मैं व्यवसाय में हूं।
बहुत बहुत धन्यवाद

शुक्र, 21 जुलाई, 2017 को सुबह 10:42 बजे, टॉम पोलार्ड सूचनाएं @github.com
लिखा था:

यदि आप इसकी पुष्टि करना चाहते हैं, तो डेटाबेस में लॉग इन करने और क्वेरी करने का प्रयास करें
पहली तीन तालिकाएँ (जैसे चुनें * से मिमिकiii.प्रवेश LIMIT 10;
प्रवेश तालिका की पहली 10 पंक्तियों को प्रदर्शित करेगा)।

-
आप इसे प्राप्त कर रहे हैं क्योंकि आपका उल्लेख किया गया था।
इस ईमेल का सीधे उत्तर दें, इसे GitHub पर देखें
https://github.com/MIT-LCP/mimic-code/issues/259#issuecomment-317066159 ,
या थ्रेड को म्यूट करें
https://github.com/notifications/unsubscribe-auth/AToq-U6zQp2XEbIG5Bw-CQ6dsAsACTfHks5sQOL-gaJpZM4OdQE1
.

मसला हल हो गया। अधिक पीपीएल जानकारी के लिए। मैंने कमांड चलाया है

1. $ sql -U qing -d पोस्टग्रेज
2. फिर उपयोगकर्ता नाम और डीबी उपयोगकर्ता को संबंधित मानों में बदलें। मुझे लगता है कि सेट-डी और डीबीएनएन मिमिकि के रूप में बेहतर है।

डीबीनाम:= पोस्टग्रेज
DBUSER := किंग

1. मेकफाइल को कॉल करें।

और, हाँ !!, किया !!

मैं मिमिक डेटा को पोस्टग्रेज़ डेटाबेस के साथ-साथ मैक में भी स्थापित नहीं कर सका। मेकफ़ाइल का उपयोग करके।

मेकफाइल को कॉल करने से पहले मैंने निम्नलिखित किया:

1. Homebrew द्वारा स्थापित पोस्टग्रेज
2. "/उपयोगकर्ता/क़िंग/दस्तावेज़/नकल/डेटा/" में संग्रहीत सभी मिमिक3 तालिकाओं को डाउनलोड और विघटित किया
3. GitHub से मिमिक-कोड को क्लोन करें
4. पोस्टग्रेज सर्वर को कमांड के साथ शुरू करें $brew service start postgresql

फिर, मैंने मेकफाइल को $मेक मिमिक डेटादिर = "/ उपयोगकर्ता/qing/दस्तावेज़/नकल/डेटा/" द्वारा कॉल किया। कृपया मेरे द्वारा की गई त्रुटि का संदर्भ लें। क्या मुझे कोई कदम याद आया? एक डीबी/स्कीमा बनाना पसंद है? यदि कोई हो, तो मुझे यह कैसे करना चाहिए?
अग्रिम में धन्यवाद।

Qings-MacBook-Air:~ qing$ pg_ctl -D /usr/local/var/postgres status
pg_ctl: सर्वर चल रहा है (PID: 2676)
/usr/स्थानीय/तहखाने/postgresql/9.6.3/bin/postgres "-D" "/usr/स्थानीय/var/postgres"
Qings-MacBook-Air:~ qing$ egrep 'सुनो|पोर्ट' /usr/स्थानीय/var/postgres/postgresql.conf

सुनो_एड्रेस = 'लोकलहोस्ट' # किस आईपी पते पर सुनना है;

पोर्ट = 5432 # (बदलाव को पुनः आरंभ करने की आवश्यकता है)

                # supported by the operating system:
                # supported by the operating system:
                #   %r = remote host and port

Qings-MacBook-Air:~ qing$ cd Documents/workspace/github/mimic-code/buildmimic/postgres/
Qings-MacBook- Air: qing$ को मिमिक डेटादिर बनाएं = "/ उपयोगकर्ता/क़िंग/दस्तावेज़/नकल/डेटा/"

-- डेटा की जांच --

सभी डेटा मौजूद!

-- बिल्डिंग MIMIC-III --

MIMIC_USER="पोस्टग्रेज" MIMIC_DB="नकल" MIMIC_PASSWORD="" MIMIC_SCHEMA="mimiciii" ./create_mimic_user.sh
MIMIC_PASSWORD सेट है
MIMIC_DB 'नकल' पर सेट है
MIMIC_USER 'पोस्टग्रेज' पर सेट है
त्रुटि: भूमिका "पोस्टग्रेज" पहले से मौजूद है

त्रुटि: स्कीमा "mimiciii" पहले से मौजूद है

-- बिल्डिंग MIMIC-III --

-- टेबल बनाना --

psql "dbname = मिमिक यूजर = पोस्टग्रेज ऑप्शंस = --- search_path = mimiciii" -f postgres_create_tables.sql
psql:postgres_create_tables.sql :31: सूचना: तालिका "प्रवेश" मौजूद नहीं है, लंघन
ड्रॉप तालिका
psql:postgres_create_tables.sql : 55: त्रुटि: बनाने के लिए कोई स्कीमा नहीं चुना गया है
पंक्ति 1: तालिका प्रवेश बनाएँ
^
बनाना: * [नकल बनाना] त्रुटि 3
Qings-MacBook- Air: qing$ . को

हाय टीना - खुशी है कि आप इस मुद्दे को हल करने में सक्षम थे। मैंने हाल ही में रीडमे को थोड़ा स्पष्ट किया और मेकफ़ाइल को भी साफ कर दिया। उम्मीद है कि भविष्य में अन्य उपयोगकर्ताओं को कोई समस्या नहीं होगी।