рдЕрднрд┐рд╡рд╛рджрди,
рдореБрдЭреЗ рдбреЙрдХрд░ рдЫрд╡рд┐ рд╕реНрдерд╛рдкрд┐рдд рдХрд░рдиреЗ рдореЗрдВ рдереЛрдбрд╝реА рдкрд░реЗрд╢рд╛рдиреА рд╣реЛ рд░рд╣реА рд╣реИред рдореИрдВрдиреЗ рдпрд╣рд╛рдВ рдЧрд╛рдЗрдб рдХрд╛ рдкрд╛рд▓рди рдХрд┐рдпрд╛ рд╣реИ: https://github.com/MIT-LCP/mimic-code/tree/master/buildmimic/docker
рдореЗрд░рд╛ рд╕рд┐рд╕реНрдЯрдо:
System Information
------------------
Operating System: Windows 10 Pro 64-bit (10.0, Build 18363) (18362.19h1_release.190318-1202)
Language: English (Regional Setting: English)
Processor: Intel(R) Core(TM) i7-3520M CPU @ 2.90GHz (4 CPUs), ~2.9GHz
Memory: 16384MB RAM
Available OS Memory: 16080MB RAM
Page File: 14726MB used, 10058MB available
Windows Dir: C:\WINDOWS
рдореЗрд░рд╛ рд╡рд░реНрддрдорд╛рди рдлрд╝реЛрд▓реНрдбрд░ рдЯреНрд░реА (рдбреА:) рдкрд░:
.
|-- mimic_code
| |-- benchmark
| |-- buildmimic
| |-- concepts
| |-- notebooks
| |-- tests
| `-- tutorials
|-- mimic_data
| `-- csv
`-- mimic_pgdata
\mimic-data\csv
рдХреЗ рдлрд╝реЛрд▓реНрдбрд░ рдореЗрдВ MIMIC-III .csv.gz
рдбреЗрдЯрд╛ рдлрд╝рд╛рдЗрд▓реЗрдВ рд╣реИрдВред рдХрдВрдЯреЗрдирд░ рдЪрд▓рд╛рдиреЗ рдХреЗ рд╕рдордп рдлрд╝реЛрд▓реНрдбрд░ mimic_pgdata
рдЦрд╛рд▓реА рд╣реИред рдХрдВрдЯреЗрдирд░ рдЪрд▓рд╛рдиреЗ рдХреЗ рдмрд╛рдж рднреА рдпрд╣ рдЦрд╛рд▓реА рд╣реИред рдореБрдЭреЗ рд▓рдЧрддрд╛ рд╣реИ рдХрд┐ рдРрд╕рд╛ рдЗрд╕рд▓рд┐рдП рд╣реИ рдХреНрдпреЛрдВрдХрд┐ рдХрдВрдЯреЗрдирд░ рдмрдирдиреЗ рдХреЗ рдмрд╛рдж рдореИрдВ рдХрд┐рд╕реА рднреА рдХрдорд╛рдВрдб рдХреЛ рдирд┐рд╖реНрдкрд╛рджрд┐рдд рдирд╣реАрдВ рдХрд░рддрд╛ рд╣реВрдВред
рдореЗрд░реЗ рджреНрд╡рд╛рд░рд╛ рдЙрдкрдпреЛрдЧ рдХреА рдЬрд╛рдиреЗ рд╡рд╛рд▓реА рдХрдорд╛рдВрдб (Git Bash рдЯрд░реНрдорд┐рдирд▓ рдХрд╛ рдЙрдкрдпреЛрдЧ рдХрд░рдХреЗ):
docker run \
--name mimic \
-p 5433:5432 \
-e BUILD_MIMIC=1 \
-e POSTGRES_PASSWORD=postgres \
-e MIMIC_PASSWORD=mimic \
-v //d/mimic_data/csv:/mimic_data \
-v //d/mimic_pgdata:/var/lib/postgresql/data \
-d postgres/mimic
рдбреЙрдХрд░ рдбреИрд╢рдмреЛрд░реНрдб рд╕реЗ рдореЗрд░рд╛ рдкрд░рд┐рдгрд╛рдо:
PostgreSQL Database directory appears to contain a database; Skipping initialization
2020-02-04 15:23:25.966 UTC [1] LOG: starting PostgreSQL 12.1 (Debian 12.1-1.pgdg100+1) on x86_64-pc-linux-gnu, compiled by gcc (Debian 8.3.0-6) 8.3.0, 64-bit
2020-02-04 15:23:25.974 UTC [1] LOG: listening on IPv4 address "0.0.0.0", port 5432
2020-02-04 15:23:25.974 UTC [1] LOG: listening on IPv6 address "::", port 5432
2020-02-04 15:23:25.995 UTC [1] LOG: listening on Unix socket "/var/run/postgresql/.s.PGSQL.5432"
2020-02-04 15:23:26.014 UTC [25] LOG: database system was shut down at 2020-02-04 15:20:26 UTC
2020-02-04 15:23:26.020 UTC [1] LOG: database system is ready to accept connections
2020-02-04 15:23:26.034 UTC [32] LOG: invalid length of startup packet
2020-02-04 15:23:26.086 UTC [33] LOG: invalid length of startup packet
2020-02-04 15:23:27.219 UTC [34] LOG: invalid length of startup packet
2020-02-04 15:23:27.219 UTC [35] LOG: invalid length of startup packet
2020-02-04 15:23:28.257 UTC [36] LOG: invalid length of startup packet
2020-02-04 15:23:28.259 UTC [37] LOG: invalid length of startup packet
2020-02-04 15:23:29.264 UTC [38] LOG: invalid length of startup packet
2020-02-04 15:23:29.269 UTC [39] LOG: invalid length of startup packet
2020-02-04 15:23:29.795 UTC [40] LOG: invalid length of startup packet
2020-02-04 15:23:30.278 UTC [42] LOG: invalid length of startup packet
2020-02-04 15:23:30.278 UTC [41] LOG: invalid length of startup packet
2020-02-04 15:23:30.824 UTC [43] LOG: invalid length of startup packet
2020-02-04 15:23:31.287 UTC [44] LOG: invalid length of startup packet
2020-02-04 15:23:31.292 UTC [45] LOG: invalid length of startup packet
2020-02-04 15:23:31.834 UTC [46] LOG: invalid length of startup packet
2020-02-04 15:23:32.854 UTC [47] LOG: invalid length of startup packet
2020-02-04 15:23:33.863 UTC [48] LOG: invalid length of startup packet
2020-02-04 15:23:34.875 UTC [49] LOG: invalid length of startup packet
docker images
рдХрд╛ рдЖрдЙрдЯрдкреБрдЯ:
REPOSITORY TAG IMAGE ID CREATED SIZE
postgres/mimic latest 10d900d346ac 19 minutes ago 440MB
postgres latest cf879a45faaa 2 days ago 394MB
k8s.gcr.io/kube-apiserver v1.15.5 e534b1952a0d 3 months ago 207MB
k8s.gcr.io/kube-controller-manager v1.15.5 1399a72fa1a9 3 months ago 159MB
k8s.gcr.io/kube-proxy v1.15.5 cbd7f21fec99 3 months ago 82.4MB
k8s.gcr.io/kube-scheduler v1.15.5 fab2dded59dd 3 months ago 81.1MB
golang 1.11-alpine e116d2efa2ab 5 months ago 312MB
docker/kube-compose-controller v0.4.23 a8c3d87a58e7 8 months ago 35.3MB
docker/kube-compose-api-server v0.4.23 f3591b2cb223 8 months ago 49.9MB
alpine 3.5 f80194ae2e0c 12 months ago 4MB
k8s.gcr.io/coredns 1.3.1 eb516548c180 12 months ago 40.3MB
k8s.gcr.io/etcd 3.3.10 2c4adeb21b4f 14 months ago 258MB
k8s.gcr.io/pause 3.1 da86e6ba6ca1 2 years ago 742kB
рдореИрдВрдиреЗ рдХреЛрд╢рд┐рд╢ рдХреА:
рдИрдорд╛рдирджрд╛рд░реА рд╕реЗ рдбреЙрдХрд░ рд╕реЗ рдкрд░рд┐рдЪрд┐рдд рдирд╣реАрдВ рд╣реИрдВ - рд▓реЗрдХрд┐рди рд╢рд╛рдпрдж @xiaosongz рдпрд╛ @haobibo рдЯрд┐рдкреНрдкрдгреА рдХрд░ рд╕рдХрддреЗ рд╣реИрдВ рдХреНрдпреЛрдВрдХрд┐ рд╡реЗ рджреЛрдиреЛрдВ рд╣рд╛рд▓ рд╣реА рдореЗрдВ рдирд┐рд░реНрдорд╛рдг рдХреЗ рд╕рд╛рде рдХрд╛рдо рдХрд░ рд░рд╣реЗ рд╣реИрдВред
рд╣рд╛рдп @ рдЦрд╛рд▓рд┐рдж-рд╣реБрд╕реИрди, @xiaosongz рдХреЛ рдбреЙрдХрд░ рдЗрдореЗрдЬ рдмрд┐рд▓реНрдб рдлрд╝рд╛рдЗрд▓ setup.sh
рдореЗрдВ рдПрдХ рдмрдЧ рдорд┐рд▓рд╛ рд╣реИред
рдФрд░ рдореИрдВрдиреЗ рдЗрд╕реЗ рдареАрдХ рдХрд░рдиреЗ рдХрд╛ рдкреНрд░рдпрд╛рд╕ рдХрд░рддреЗ рд╣реБрдП рдПрдХ рдкреАрдЖрд░ https://github.com/MIT-LCP/mimic-code/pull/693 рдмрдирд╛рдпрд╛ рд╣реИред
рдХреНрдпрд╛ рдЖрдк рдХреГрдкрдпрд╛ рдЕрдкрдбреЗрдЯ рдХрд┐рдП рдЧрдП setup.sh
рдХрд╛ рдЕрдиреБрд╕рд░рдг рдХрд░ рд╕рдХрддреЗ рд╣реИрдВ (рдпрд╛ рдЗрд╕реЗ рд╕реАрдзреЗ https://github.com/haobibo/mimic-code рд╕реЗ рдХреНрд▓реЛрди рдХрд░реЗрдВ) рдпрд╣ рджреЗрдЦрдиреЗ рдХреЗ рд▓рд┐рдП рдХрд┐ рдЕрдкрдбреЗрдЯ рдХрд┐рдпрд╛ рдЧрдпрд╛ рдХреЛрдб рдХрд╛рдо рдХрд░рддрд╛ рд╣реИ рдпрд╛ рдирд╣реАрдВред
рдореБрдЭреЗ рдЦреЗрдж рд╣реИ, рдореИрдВ рдХреБрдЫ рдЕрдиреНрдп рдореБрджреНрджреЛрдВ рдореЗрдВ рд╡реНрдпрд╕реНрдд рдерд╛ред рдореИрдВ рдЗрд╕реЗ рдХрд▓ рдХреЛрд╢рд┐рд╢ рдХрд░реВрдБрдЧрд╛ред рд╢реАрдШреНрд░ рдЙрддреНрддрд░реЛрдВ рдХреЗ рд▓рд┐рдП рдзрдиреНрдпрд╡рд╛рджред
рдЕрджреНрдпрддрди : рдореБрдЭреЗ рдЕрднреА рднреА рд╡рд╣реА рд╕рдорд╕реНрдпрд╛ рд╣реЛ рд░рд╣реА рд╣реИред рдореИрдВрдиреЗ setup.sh
рдФрд░ Dockerfile
рдХреЛ рднреА рдЕрдкрдбреЗрдЯ рдХрд┐рдпрд╛ рд▓реЗрдХрд┐рди рдпрд╣ рдЕрднреА рднреА рдореБрдЭреЗ рд╡рд╣реА рдЖрдЙрдЯрдкреБрдЯ рджреЗрддрд╛ рд╣реИред
рд╣реИрд▓реЛ, рдореБрдЭреЗ рднреА рдпрд╣ рд╕рдорд╕реНрдпрд╛ рдорд┐рд▓реА рд╣реИред рдХреНрдпрд╛ рдЕрдм рдХреЛрдИ рд╕рдорд╛рдзрд╛рди рд╣реИ?
+1
рдпрд╣рд╛рдВ рднреА рд╡рд╣реА рдореБрджреНрджрд╛ред
+1
рдХреНрдпрд╛ рдХрд┐рд╕реА рдХреЗ рдкрд╛рд╕ рд╕рдорд╛рдзрд╛рди рдерд╛! рд╣рдорд╛рд░реЗ рд╕рд┐рд╕реНрдЯрдо рдХреЗ рд╕рд╛рде рднреА рдпрд╣реА рд╕рдорд╕реНрдпрд╛ рд╣реИред
+1
+1
+1
+1
+1
+1
+1
рдХреЛрдИ рднреА рд╕рдорд╛рдзрд╛рди?
рднрдЧрд╡рд╛рди рдХреГрдкрдпрд╛ рдорджрдж рдХрд░реЗрдВ, рдореИрдВ рдпрд╣рд╛рдВ рдШрдВрдЯреЛрдВ рд╕реЗ рдлрдВрд╕рд╛ рд╣реБрдЖ рд╣реВрдВ
рд▓реИрдм рдореЗрдВ рдХреЛрдИ рд╡реНрдпрдХреНрддрд┐ рдХрд┐рд╕реА рдмрд┐рдВрджреБ рдкрд░ рдбреЙрдХрд░ рдЫрд╡рд┐ рдХреЛ рдареАрдХ рдХрд░рдиреЗ рдкрд░ рдПрдХ рдирдЬрд╝рд░ рдбрд╛рд▓ рд╕рдХрддрд╛ рд╣реИ, рд▓реЗрдХрд┐рди рд╣рдорд╛рд░реЗ рдкрд╛рд╕ рд╕реАрдорд┐рдд рд╕рдВрд╕рд╛рдзрди рд╣реИрдВ рдФрд░ рдпрд╣ рд╣рдорд╛рд░реА рдкреНрд░рд╛рдердорд┐рдХрддрд╛рдУрдВ рдореЗрдВ рд╕реЗ рдПрдХ рдирд╣реАрдВ рд╣реИред рд╣рдореЗрдВ рд╕рдореБрджрд╛рдп рд╕реЗ рдкреБрд▓ рдЕрдиреБрд░реЛрдз рдХреА рд╕рдореАрдХреНрд╖рд╛ рдХрд░рдиреЗ рдореЗрдВ рдЦреБрд╢реА рд╣реЛрдЧреАред
рдпрд╣рд╛рдБ рдПрдХ рд╣реА рдореБрджреНрджрд╛
рдпрд╣рд╛рдБ рдПрдХ рд╣реА рдореБрджреНрджрд╛
рдореБрдЭреЗ рдПрдХ рд╣реА рд╕рдорд╕реНрдпрд╛ рдХрд╛ рд╕рд╛рдордирд╛ рдХрд░рдирд╛ рдкрдбрд╝ рд░рд╣рд╛ рд╣реИ?
-03-11 08:31:31.885 рдпреВрдЯреАрд╕реА [1] рд▓реЙрдЧ: рдкреЛрд╕реНрдЯрдЧреНрд░реЗрдПрд╕рдХреНрдпреВрдПрд▓ 13.2 (рдбреЗрдмрд┐рдпрди 13.2-1.pgdg100+1) рдХреЛ x86_64-рдкреАрд╕реА-рд▓рд┐рдирдХреНрд╕-рдЬреАрдПрдирдпреВ рдкрд░ рд╢реБрд░реВ рдХрд░рдирд╛, рдЬреАрд╕реАрд╕реА рджреНрд╡рд╛рд░рд╛ рд╕рдВрдХрд▓рд┐рдд (рдбреЗрдмрд┐рдпрди 8.3.0-6) 8.3ред 0, 64-рдмрд┐рдЯ
2021-03-11 08:31:31.885 рдпреВрдЯреАрд╕реА [1] рд▓реЙрдЧ: IPv4 рдкрддрд╛ "0.0.0.0", рдкреЛрд░реНрдЯ 5432 рдкрд░ рд╕реБрдирдирд╛
2021-03-11 08:31:31.885 рдпреВрдЯреАрд╕реА [1] рд▓реЙрдЧ: рдЖрдИрдкреАрд╡реА6 рдкрддреЗ рдкрд░ рд╕реБрдирдирд╛ "::", рдкреЛрд░реНрдЯ 5432
2021-03-11 08:31:31.899 рдпреВрдЯреАрд╕реА [1] рд▓реЙрдЧ: рдпреВрдирд┐рдХреНрд╕ рд╕реЙрдХреЗрдЯ рдкрд░ рд╕реБрдирдирд╛ "/var/run/postgresql/.s.PGSQL.5432"
2021-03-11 08:31:31.914 рдпреВрдЯреАрд╕реА [66] рд▓реЙрдЧ: рдбреЗрдЯрд╛рдмреЗрд╕ рд╕рд┐рд╕реНрдЯрдо 2021-03-11 08:31:31 рдпреВрдЯреАрд╕реА рдкрд░ рдмрдВрдж рдХрд░ рджрд┐рдпрд╛ рдЧрдпрд╛ рдерд╛
2021-03-11 08:31:31.924 рдпреВрдЯреАрд╕реА [1] рд▓реЙрдЧ: рдбреЗрдЯрд╛рдмреЗрд╕ рд╕рд┐рд╕реНрдЯрдо рдХрдиреЗрдХреНрд╢рди рд╕реНрд╡реАрдХрд╛рд░ рдХрд░рдиреЗ рдХреЗ рд▓рд┐рдП рддреИрдпрд╛рд░ рд╣реИ
2021-03-11 08:31:51.485 рдпреВрдЯреАрд╕реА [73] рдШрд╛рддрдХ: "pgadmin" рдЙрдкрдпреЛрдЧрдХрд░реНрддрд╛ рдХреЗ рд▓рд┐рдП рдкрд╛рд╕рд╡рд░реНрдб рдкреНрд░рдорд╛рдгреАрдХрд░рдг рд╡рд┐рдлрд▓
2021-03-11 08:31:51.485 рдпреВрдЯреАрд╕реА [73] рд╡рд┐рд╡рд░рдг: рднреВрдорд┐рдХрд╛ "pgadmin" рдореМрдЬреВрдж рдирд╣реАрдВ рд╣реИред
рдХрдиреЗрдХреНрд╢рди pg_hba.conf рд▓рд╛рдЗрди 99 рд╕реЗ рдореЗрд▓ рдЦрд╛рддрд╛ рд╣реИ: "рд╕рднреА рд╕рднреА md5 рдХреЛ рд╣реЛрд╕реНрдЯ рдХрд░реЗрдВ"
2021-03-11 08:32:00.969 рдпреВрдЯреАрд╕реА [74] рдШрд╛рддрдХ: рдЙрдкрдпреЛрдЧрдХрд░реНрддрд╛ "pgadmin" рдХреЗ рд▓рд┐рдП рдкрд╛рд╕рд╡рд░реНрдб рдкреНрд░рдорд╛рдгреАрдХрд░рдг рд╡рд┐рдлрд▓
2021-03-11 08:32:00.969 рдпреВрдЯреАрд╕реА [74] рд╡рд┐рд╡рд░рдг: рднреВрдорд┐рдХрд╛ "pgadmin" рдореМрдЬреВрдж рдирд╣реАрдВ рд╣реИред
рдХрдиреЗрдХреНрд╢рди pg_hba.conf рд▓рд╛рдЗрди 99 рд╕реЗ рдореЗрд▓ рдЦрд╛рддрд╛ рд╣реИ: "рд╕рднреА рд╕рднреА md5 рдХреЛ рд╣реЛрд╕реНрдЯ рдХрд░реЗрдВ"
2021-03-11 08:32:06.826 рдпреВрдЯреАрд╕реА [75] рдШрд╛рддрдХ: рдЙрдкрдпреЛрдЧрдХрд░реНрддрд╛ "pgadmin" рдХреЗ рд▓рд┐рдП рдкрд╛рд╕рд╡рд░реНрдб рдкреНрд░рдорд╛рдгреАрдХрд░рдг рд╡рд┐рдлрд▓
2021-03-11 08:32:06.826 рдпреВрдЯреАрд╕реА [75] рд╡рд┐рд╡рд░рдг: рднреВрдорд┐рдХрд╛ "pgadmin" рдореМрдЬреВрдж рдирд╣реАрдВ рд╣реИред
рдХрдиреЗрдХреНрд╢рди pg_hba.conf рд▓рд╛рдЗрди 99 рд╕реЗ рдореЗрд▓ рдЦрд╛рддрд╛ рд╣реИ: "рд╕рднреА рд╕рднреА md5 рдХреЛ рд╣реЛрд╕реНрдЯ рдХрд░реЗрдВ"
2021-03-11 08:33:38.128 рдпреВрдЯреАрд╕реА [78] рдШрд╛рддрдХ: рдЙрдкрдпреЛрдЧрдХрд░реНрддрд╛ "pgadmin" рдХреЗ рд▓рд┐рдП рдкрд╛рд╕рд╡рд░реНрдб рдкреНрд░рдорд╛рдгреАрдХрд░рдг рд╡рд┐рдлрд▓
2021-03-11 08:33:38.128 рдпреВрдЯреАрд╕реА [78] рд╡рд┐рд╡рд░рдг: рднреВрдорд┐рдХрд╛ "pgadmin" рдореМрдЬреВрдж рдирд╣реАрдВ рд╣реИред
рдХрдиреЗрдХреНрд╢рди pg_hba.conf рд▓рд╛рдЗрди 99 рд╕реЗ рдореЗрд▓ рдЦрд╛рддрд╛ рд╣реИ: "рд╕рднреА рд╕рднреА md5 рдХреЛ рд╣реЛрд╕реНрдЯ рдХрд░реЗрдВ"
2021-03-11 08:33:52.780 рдпреВрдЯреАрд╕реА [79] рд▓реЙрдЧ: рд╕реНрдЯрд╛рд░реНрдЯрдЕрдк рдкреИрдХреЗрдЯ рдХреА рдЕрдорд╛рдиреНрдп рд▓рдВрдмрд╛рдИ
2021-03-11 08:33:52.783 рдпреВрдЯреАрд╕реА [80] рд▓реЙрдЧ: рд╕реНрдЯрд╛рд░реНрдЯрдЕрдк рдкреИрдХреЗрдЯ рдХреА рдЕрдорд╛рдиреНрдп рд▓рдВрдмрд╛рдИ тАжтАжтАжтАжтАжтАжтАж ...............
рд╡рд╣реА рдореБрджреНрджрд╛
рд╕рдмрд╕реЗ рдЙрдкрдпреЛрдЧреА рдЯрд┐рдкреНрдкрдгреА
рдЕрджреНрдпрддрди : рдореБрдЭреЗ рдЕрднреА рднреА рд╡рд╣реА рд╕рдорд╕реНрдпрд╛ рд╣реЛ рд░рд╣реА рд╣реИред рдореИрдВрдиреЗ
setup.sh
рдФрд░Dockerfile
рдХреЛ рднреА рдЕрдкрдбреЗрдЯ рдХрд┐рдпрд╛ рд▓реЗрдХрд┐рди рдпрд╣ рдЕрднреА рднреА рдореБрдЭреЗ рд╡рд╣реА рдЖрдЙрдЯрдкреБрдЯ рджреЗрддрд╛ рд╣реИред