Mimic-code: प्रासंगिक तालिका बनाने के लिए अवधारणा फ़ोल्डर में .sh फ़ाइल कैसे चलाएं?

को निर्मित 18 सित॰ 2020 · 13टिप्पणियाँ · स्रोत: MIT-LCP/mimic-code

आवश्यक शर्तें

[X] यदि आपने निम्न में से सभी कार्य किए हैं, तो इस पंक्ति के कोष्ठकों के बीच एक X लगाएं:
- ऑनलाइन दस्तावेज़ों की जाँच की: https://mimic.physionet.org/about/mimic/
- जाँच की गई कि आपकी समस्या का समाधान नहीं किया गया है: https://github.com/MIT-LCP/mimic-code/issues?utf8=%E2%9C%93&q=

विवरण

महान परियोजना के लिए बहुत-बहुत धन्यवाद!
मैं एक नया SQL/psql शुरुआत कर रहा हूँ। मैंने शेल (psql) में [postgres_make_concepts.sh] को स्थापित करने की बहुत कोशिश की है, लेकिन असफल रहा। मुझे नहीं पता कि फाइल कैसे शुरू करें। हालाँकि, निर्देशों का पालन करते हुए, मैं व्यक्तिगत .sql फ़ाइल चला सकता हूँ।
पूरा फोल्डर मेरे कंप्यूटर पर डाउनलोड हो गया था।
और, मैं सभी मुद्दों (बंद सहित) से गुजर चुका हूं, लेकिन मैं अभी भी यह नहीं समझ सकता कि इसे स्थानीय रूप से कैसे किया जाए।

[postgres_make_concepts.sh को कैसे शुरू करें?]

आपकी मदद के लिए आशा, धन्यवाद!

स्रोत

smartnikocj

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सबसे उपयोगी टिप्पणी

ठीक है, मैं विंडोज़ पर अवधारणाओं को उत्पन्न करने के लिए एक .bat फ़ाइल लिखने में कामयाब रहा। इसके लिए WSL की आवश्यकता होती है, लेकिन अवधारणाओं को उत्पन्न करने का शायद यह सबसे अधिक हाथ से मुक्त तरीका है। यह सभी के लिए काम करता है लेकिन सीसीएस निदान करता है। रीडमे में एक ट्यूटोरियल है: https://github.com/MIT-LCP/mimic-code/tree/master/concepts

मुझे बताएं कि क्या यह आप सभी के लिए काम करता है!

alistairewj 22 नव॰ 2020

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सभी 13 टिप्पणियाँ

आप कौनसा ऑपरेटिंग सिस्टम चला रहे हैं? फ़ाइल एक शेल स्क्रिप्ट है, और इसलिए यह केवल Mac OS X या Linux पर काम करेगी। यदि आप विंडोज़ पर हैं, तो मुझे यकीन नहीं है कि सबसे अच्छा तरीका क्या है। SQL फ़ाइलें आपके PostgreSQL इंस्टाल के साथ आए psql (शेल) प्रोग्राम का उपयोग करके चलाई जा सकती हैं, लेकिन BigQuery सिंटैक्स को PostgreSQL सिंटैक्स के साथ बदलने के लिए कुछ फ़ाइलों पर एक रेगुलर एक्सप्रेशन लागू होता है। विंडोज़ पर इसका अनुकरण करने का शायद सबसे आसान तरीका इसे मैन्युअल रूप से करना है।

alistairewj 22 सित॰ 2020

आप कौनसा ऑपरेटिंग सिस्टम चला रहे हैं? फ़ाइल एक शेल स्क्रिप्ट है, और इसलिए यह केवल Mac OS X या Linux पर काम करेगी। यदि आप विंडोज़ पर हैं, तो मुझे यकीन नहीं है कि सबसे अच्छा तरीका क्या है। SQL फ़ाइलें आपके PostgreSQL इंस्टाल के साथ आए psql (शेल) प्रोग्राम का उपयोग करके चलाई जा सकती हैं, लेकिन BigQuery सिंटैक्स को PostgreSQL सिंटैक्स के साथ बदलने के लिए कुछ फ़ाइलों पर एक रेगुलर एक्सप्रेशन लागू होता है। विंडोज़ पर इसका अनुकरण करने का शायद सबसे आसान तरीका इसे मैन्युअल रूप से करना है।

बहुत - बहुत धन्यवाद! मैं विन 7 का उपयोग कर रहा हूं। हाँ, मैं PostgreSQL के साथ व्यक्तिगत .sql फ़ाइल चला सकता हूँ। मैं सोच रहा हूं कि सभी टेबल सेट करने के लिए cmd या psql में postgres_make_concepts.sh चलाने का कोई तरीका है या नहीं।
वैसे, क्या आप सेप्सिस-3-मिमिक कोड की फ़ाइल की तरह ही make_concepts फ़ाइल को .sql स्वरूप में प्रदान करना चाहेंगे?
या मैं चाहता हूं कि कोई मेरे लिए विंडोज़ में .sh चलाने के लिए एल्गोरिदम प्रदान कर सके। मुझे गूगल करने में बहुत समय लगा लेकिन कुछ नहीं मिला।
शुक्रिया!

smartnikocj 23 सित॰ 2020

ठीक है, यह काफी चुनौतीपूर्ण है क्योंकि मैं स्क्रिप्ट को psql क्लाइंट को पास करने से पहले बदलने के लिए यूनिक्स उपयोगिताओं का उपयोग करता हूं। .sh स्क्रिप्ट (1) नियमित अभिव्यक्ति का उपयोग करके एसक्यूएल फाइलों को पोस्टग्रेज संगत बनाने के लिए संशोधित करता है, (2) स्क्रिप्ट की सामग्री का उपयोग कर फ़ाइल के समान नाम के साथ एक टेबल बनाता है, और (3) एसक्यूएल स्क्रिप्ट को सही में चलाता है गण। तो आपने मैन्युअल रूप से चरणों को पुन: पेश किया होगा।

दुर्भाग्य से क्योंकि मैं sed उपयोगिता का उपयोग करता हूं, इसे पहले की तरह SQL फ़ाइल बनाने का कोई तरीका नहीं है। आप विंडोज़ के लिए जीएनयू का उपयोग करके विंडोज़ पर sed स्थापित कर सकते हैं और टेक्स्ट को बदलने के लिए उस प्रोग्राम का उपयोग कर सकते हैं। यदि आप विंडोज के लिए जीएनयू कोर बर्तन भी स्थापित करते हैं तो इसे कमांड प्रॉम्प्ट में चलाना संभव हो सकता है।

वैकल्पिक रूप से आप लिनक्स (डब्लूएसएल) के लिए विंडोज सबसिस्टम में पोस्टग्रेज स्थापित करने का प्रयास कर सकते हैं - यहां ट्यूटोरियल । यदि आपने ऐसा किया तो .sh स्क्रिप्ट Linux वातावरण में चलेगी।

alistairewj 16 अक्तू॰ 2020

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प्रिय एलिस्टेयर और स्मार्टनिको
मैं इसी तरह के मुद्दे से मिला।
मैंने निर्देशों का पालन किया है और postgres-funtions.sql चलाता हूं, फिर भी अब मैं प्रत्येक .sql को मैन्युअल रूप से नहीं चला सकता .... क्या मैंने पहला कदम गलत किया? मैं पहला कदम कैसे पूर्ववत कर सकता हूं ...

धन्यवाद

hainiwen 18 अक्तू॰ 2020

कोई पहला कदम बिल्कुल आवश्यक नहीं है, और आपको पोस्टग्रेस्क्ल पर फ़ंक्शन बनाता है जिसकी आपको आवश्यकता होगी। यदि आप इसके साथ काम करते हैं तो आप परीक्षण कर सकते हैं:

SELECT REGEXP_EXTRACT('test it grabs the number 123', '[0-9]+');

123 वापस करना चाहिए। यदि आपको No function matches the given name and argument types. संदेश मिलता है, तो आपने डेटाबेस पर फ़ंक्शन नहीं बनाए हैं।

एक बार यह हो जाने के बाद, आपको सभी SQL फ़ाइलों में निम्नलिखित टेक्स्ट प्रतिस्थापन करने की आवश्यकता है:

physionet-data.mimiciii_clinical.<table_name> , physionet-data.mimiciii_derived.<table_name> , और physionet-data.mimiciii_notes.<table_name> को केवल <table_name> बदलें। यह शेल स्क्रिप्ट में REGEX_SCHEMA कॉल द्वारा किया जाता है।
DATETIME_DIFF(date1, date2, DATE_PART) को DATETIME_DIFF(date1, date2, 'DATE_PART') बदलें, यानी DATE_PART को सिंगल कोट्स के साथ उद्धृत करने की आवश्यकता है। यह शेल स्क्रिप्ट में REGEX_DATETIME_DIFF कॉल द्वारा किया जाता है।
फ़ाइल के शीर्ष पर एक तालिका बनाएँ विवरण जोड़ें, उदाहरण के लिए यदि फ़ाइल का नाम echo_data.sql , तो फ़ाइल के शीर्ष पर CREATE TABLE echo_data AS जोड़ें। यह शेल स्क्रिप्ट में echo कॉल द्वारा किया जाता है।

उपरोक्त तीन चरण शेल स्क्रिप्ट में किए गए कार्यों को दोहराते हैं (postgres_make_concepts.sh)। बेशक उन्हें स्वचालित करना सबसे अच्छा है, इसलिए यदि आप जानते हैं कि विंडोज़ में इसे कैसे करना है, तो इसके लिए जाएं (और अपना समाधान यहां पोस्ट करें!)

alistairewj 21 अक्तू॰ 2020

प्रिय एलिस्टेयर और स्मार्टनिको
मैं एक मेडिकल छात्र हूं और SQL/psql में बहुत अच्छा नहीं हूं। मैंने मैन्युअल रूप से make_concepts.sh चलाने की बहुत कोशिश की लेकिन असफल रहा। और मेरा सिस्टम विंडोज़ भी है।
मैंने postgresql पर फ़ंक्शन बनाए हैं और वे प्रकट हुए हैं लेकिन uesd नहीं हो सके। (मुझे चयन REGEXP_EXTRACT के बाद 'कोई फ़ंक्शन दिए गए नाम और तर्क प्रकारों से मेल नहीं खाता' ('परीक्षण यह संख्या 123 को पकड़ लेता है', '[0-9] +');)
जब मैंने एसक्यूएल की प्रतिलिपि बनाई और वेंटिलेशन व्यू बनाने की कोशिश की तो उसने कहा 'कोई फ़ंक्शन दिए गए नाम और तर्क प्रकारों से मेल नहीं खाता', लेकिन SQL में फ़ंक्शन को समान शब्दों के साथ बदलने के बाद इसे सफलतापूर्वक बनाया गया था।
और मेरा प्रश्न कार्यों से कैसे निपटें?

pty980102 21 नव॰ 2020

मैंने postgresql पर फ़ंक्शन बनाए हैं और वे प्रकट हुए हैं लेकिन uesd नहीं हो सके। (मुझे चयन REGEXP_EXTRACT के बाद 'कोई फ़ंक्शन दिए गए नाम और तर्क प्रकारों से मेल नहीं खाता' ('परीक्षण यह संख्या 123 को पकड़ लेता है', '[0-9] +');)
जब मैंने एसक्यूएल की प्रतिलिपि बनाई और वेंटिलेशन व्यू बनाने की कोशिश की तो उसने कहा 'कोई फ़ंक्शन दिए गए नाम और तर्क प्रकारों से मेल नहीं खाता', लेकिन SQL में फ़ंक्शन को समान शब्दों के साथ बदलने के बाद इसे सफलतापूर्वक बनाया गया था।
और मेरा प्रश्न कार्यों से कैसे निपटें?

कार्य एक विशिष्ट स्कीमा पर बनाए जाते हैं। तो हो सकता है कि फ़ंक्शन सूचीबद्ध स्कीमा पर बनाए गए हों, लेकिन जब आप फ़ंक्शन का उपयोग करने का प्रयास करते हैं तो यह खोज पथ में नहीं रह जाता है। मुझे यकीन नहीं है कि आप किस प्रोग्राम का उपयोग कर रहे हैं लेकिन मैं set search_path to mimiciii,public; चलाकर अपना खोज पथ कॉन्फ़िगर करता हूं।

alistairewj 22 नव॰ 2020

मुझे बताएं कि क्या यह आप सभी के लिए काम करता है!

alistairewj 22 नव॰ 2020

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ठीक है, मैं विंडोज़ पर अवधारणाओं को उत्पन्न करने के लिए एक .bat फ़ाइल लिखने में कामयाब रहा। इसके लिए WSL की आवश्यकता होती है, लेकिन अवधारणाओं को उत्पन्न करने का शायद यह सबसे अधिक हाथ से मुक्त तरीका है। यह सभी के लिए काम करता है लेकिन सीसीएस निदान करता है। रीडमे में एक ट्यूटोरियल है: https://github.com/MIT-LCP/mimic-code/tree/master/concepts
मुझे बताएं कि क्या यह आप सभी के लिए काम करता है!

आपके मार्गदर्शन के लिए धन्यवाद! अब मैंने 'सेट search_path से मिमिकि, पब्लिक' का उपयोग करके फ़ंक्शन बनाए हैं और सफलतापूर्वक कुछ दृश्य बनाए हैं जब तक कि

ठीक है, मैं विंडोज़ पर अवधारणाओं को उत्पन्न करने के लिए एक .bat फ़ाइल लिखने में कामयाब रहा। इसके लिए WSL की आवश्यकता होती है, लेकिन अवधारणाओं को उत्पन्न करने का शायद यह सबसे अधिक हाथ से मुक्त तरीका है। यह सभी के लिए काम करता है लेकिन सीसीएस निदान करता है। रीडमे में एक ट्यूटोरियल है: https://github.com/MIT-LCP/mimic-code/tree/master/concepts
मुझे बताएं कि क्या यह आप सभी के लिए काम करता है!

आपके मार्गदर्शन के लिए धन्यवाद! मैंने कार्यों का मार्ग बदल दिया और फिर इसे uesd किया जा सकता है। उसके बाद, मैंने make_concepts.sh के आदेश का पालन करते हुए मैन्युअल रूप से दृश्य बनाए और उनमें से अधिकांश सफल हुए। हालांकि यहां दो समस्याएं हैं जिनसे मैं मिला।

जब मैंने 'वेट_ड्यूरेशन' बनाने की कोशिश की, तो यह विफल हो गया और कहा कि 'अनकॉन से टेक्स्ट में रूपांतरण खोजने में विफल', जिसने 'heightweight', 'kdigo_uo' और कुछ अन्य विचारों के निर्माण को प्रभावित किया।
जब मैंने 'ccs_dx' बनाने की कोशिश की, तो यह विफल हो गया और कहा 'संबंध "mimiciii.ccs_multi_dx" मौजूद नहीं है'। क्या मुझे पहले यह तालिका बनानी चाहिए?
इन दो भागों को छोड़कर, सभी दृश्य सफलतापूर्वक बनाए गए हैं।

pty980102 23 नव॰ 2020

जब मैंने 'वेट_ड्यूरेशन' बनाने की कोशिश की, तो यह विफल हो गया और कहा कि 'अनकॉन से टेक्स्ट में रूपांतरण खोजने में विफल', जिसने 'heightweight', 'kdigo_uo' और कुछ अन्य विचारों के निर्माण को प्रभावित किया।

यह अजीब है - मैंने weight_durations बिल्कुल ठीक बनाया है। आप PostgreSQL के किस संस्करण का उपयोग कर रहे हैं?

जब मैंने 'ccs_dx' बनाने की कोशिश की, तो यह विफल हो गया और कहा 'संबंध "mimiciii.ccs_multi_dx" मौजूद नहीं है'। क्या मुझे पहले यह तालिका बनानी चाहिए?

हाँ - जिसकी मुझे उम्मीद थी। यह gzip के साथ .gz फ़ाइल को असम्पीडित करने का प्रयास करता है, लेकिन Windows डिफ़ॉल्ट रूप से gzip के साथ नहीं आता है इसलिए इस तालिका का निर्माण विफल हो जाता है। इसके लिए केवल इस तालिका को मैन्युअल रूप से डीकंप्रेस करने और \COPY कमांड के साथ तालिका में आयात करने की आवश्यकता है।

इन दो भागों को छोड़कर, सभी दृश्य सफलतापूर्वक बनाए गए हैं।

महान!

alistairewj 23 नव॰ 2020

जब मैंने 'वेट_ड्यूरेशन' बनाने की कोशिश की, तो यह विफल हो गया और कहा कि 'अनकॉन से टेक्स्ट में रूपांतरण खोजने में विफल', जिसने 'heightweight', 'kdigo_uo' और कुछ अन्य विचारों के निर्माण को प्रभावित किया।
यह अजीब है - मैंने weight_durations बिल्कुल ठीक बनाया है। आप PostgreSQL के किस संस्करण का उपयोग कर रहे हैं?
मैंने PostgreSQL 9.6 और pgAdmin4 का उपयोग किया है। मेरे द्वारा LINE69: 'echo' AS weight_type, को 'echo'::text AS weight_type, में बदलने के बाद दृश्य सफलतापूर्वक बनाया गया है। सबसे पहले, मैंने सोचा कि यह मेरे विचार 'echo_data' के साथ समस्या थी, क्योंकि यह मैन्युअल रूप से दृश्य बनाने की कोशिश करने से पहले स्वचालित रूप से बनाया गया था। और जब मैं गीला खोजने के लिए एक और नया बनाने के लिए नवीनतम कोड का उपयोग करने का प्रयास करता हूं तो वे अलग होते हैं, मैंने जो नया बनाया है वह ऊंचाई, वजन, बीएसए आदि के कॉलम में 'शून्य' दिखाता है। इसलिए मैं पहला रखता हूं।
जब मैंने 'ccs_dx' बनाने की कोशिश की, तो यह विफल हो गया और कहा 'संबंध "mimiciii.ccs_multi_dx" मौजूद नहीं है'। क्या मुझे पहले यह तालिका बनानी चाहिए?
हाँ - जिसकी मुझे उम्मीद थी। यह gzip के साथ .gz फ़ाइल को असम्पीडित करने का प्रयास करता है, लेकिन Windows डिफ़ॉल्ट रूप से gzip के साथ नहीं आता है इसलिए इस तालिका का निर्माण विफल हो जाता है। इसके लिए केवल इस तालिका को मैन्युअल रूप से डीकंप्रेस करने और \COPY कमांड के साथ तालिका में आयात करने की आवश्यकता है।
मैंने टेबल ccs_multi_dx बनाया था, और उसके बाद दृश्य ccs_dx बनाया था, लेकिन उसने कहा 'त्रुटि: त्रुटि: अमान्य नियमित अभिव्यक्ति: कोष्ठक () संतुलित नहीं हैं संदर्भ: पीएल/पीजीएसक्यूएल फ़ंक्शन regexp_contains (टेक्स्ट, टेक्स्ट) रिटर्न की लाइन 3 पर' ?
इन दो भागों को छोड़कर, सभी दृश्य सफलतापूर्वक बनाए गए हैं।
महान!

pty980102 24 नव॰ 2020

प्रिय एलिस्टेयर:
आपकी मदद के लिए आप सभी को शुक्रिया! मैंने देखा कि मिमिक-कोड v1.4.2.2 में "मेक-कॉन्सेप्ट्स.एसक्यूएल" फ़ाइल है। मैंने इसे चलाया और इसने अच्छा काम किया।
क्या आप मुझे बता सकते हैं कि दो "मेक-कॉन्सेप्ट्स.श" और "मेक-कॉन्सेप्ट्स.एसक्यूएल" फाइलों में कोई अंतर है? मैंने इस संदेश के साथ .sql फ़ाइल संलग्न की है।
मेक-कॉन्सेप्ट्स.ज़िप
मैं पूरी तरह से एसक्यूएल के लिए बाहरी व्यक्ति हूं। कोडिंग और सभी परेशान करने के लिए खेद है।
एक बार फिर धन्यवाद।

biobibibi 6 फ़र॰ 2021

क्या आप मुझे बता सकते हैं कि दो "मेक-कॉन्सेप्ट्स.श" और "मेक-कॉन्सेप्ट्स.एसक्यूएल" फाइलों में कोई अंतर है? मैंने इस संदेश के साथ .sql फ़ाइल संलग्न की है।

एक xxx.sh फ़ाइल यूनिक्स जैसी और MacOS सिस्टम के लिए है और Windows के अंतर्गत नहीं चलेगी। एक xxx.sql फ़ाइल एक PostgreSQL स्क्रिप्ट है और जब तक आप इसे PostgreSQL में चलाते हैं, तब तक काम करता है, आपके द्वारा उपयोग की जाने वाली प्रणाली यहां कोई मायने नहीं रखती है।

JackieMium 17 अप्रैल 2021

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