Pecan: DVM-DOS-TEM PFT CMT04-Salix로 실행할 때 입력 이전 데이터와 출력 앙상블 특성 간의 불일치 / 실행

지금은 말하기가 매우 어렵지만 이 특정 PFT에만 관련이 있는 것 같습니다. 그러나 확실하지 않습니다. PFT 콤보로 다른 모드를 어지럽혀서 아직 본 적이 없습니다. 또한 pEcAn/bety의 항목 모델 등록에만 해당될 수 있습니다.

다음은 내 pecan.CONFIGS.xml 중 하나의 스니펫입니다.

?xml version="1.0"?>
<pecan>
 <outdir>/data/sserbin/Modeling/dvmdostem/pecan_runs/run.56/</outdir>
 <database>
  <bety>
   <user>bety</user>
   <password>bety</password>
   <host>localhost</host>
   <dbname>bety</dbname>
   <driver>PostgreSQL</driver>
   <write>FALSE</write>
  </bety>
  <dbfiles>/data/home/sserbin/.pecan/dbfiles</dbfiles>
 </database>
 <pfts>
  <pft>
   <name>CMT04-Salix</name>
   <constants>
    <num>1</num>
   </constants>
   <posteriorid>2000001342</posteriorid>
   <outdir>/data/sserbin/Modeling/dvmdostem/pecan_runs/run.56//pft/CMT04-Salix</outdir>
  </pft>
 </pfts>

그래서 get.parameter.samples에 몇 가지 인쇄 문을 추가했습니다.

### Identify PFTs in the input settings.xml file
get.parameter.samples <- function(settings, 
                                  posterior.files = rep(NA, length(settings$pfts)), 
                                  ens.sample.method = "uniform") {

  ## added by sps
  PEcAn.logger::logger.debug(paste0("get.param.samples.R posterior file: ", posterior.files))
  PEcAn.logger::logger.debug(paste0("priors: ", prior.distns))
  # added by sps


  pfts      <- settings$pfts
  num.pfts  <- length(settings$pfts)
  pft.names <- list()
  outdirs   <- list()

  for (i.pft in seq_along(pfts)) {
    pft.names[i.pft] <- settings$pfts[[i.pft]]$name

    ### If no PFT(s) are specified insert NULL to warn user
    if (length(pft.names) == 0) {
      pft.names[1] <- "NULL"
    }

    ### Get output directory info
    outdirs[i.pft] <- settings$pfts[[i.pft]]$outdir
    PEcAn.logger::logger.info(paste0("PFT Output Directories: ", outdirs)) # added by sps

  }  ### End of for loop to extract pft names

  PEcAn.logger::logger.info("Selected PFT(s): ", pft.names)

  ## Generate empty list arrays for output.
  trait.samples <- sa.samples <- ensemble.samples <- env.samples <- runs.samples <- list()

  ## Load PFT priors and posteriors
  for (i in seq_along(pft.names)) {
    #rm(prior.distns, post.distns, trait.mcmc) # sps
    ## Load posteriors
    if (!is.na(posterior.files[i])) {
      # Load specified file
      load(posterior.files[i])
      if (!exists("prior.distns") & exists("post.distns")) {
        prior.distns <- post.distns
      }
    } else {
      # Default to most recent posterior in the workflow, or the prior if there is none
      fname <- file.path(outdirs[i], "post.distns.Rdata")
      PEcAn.logger::logger.debug(paste0("posterior fname: ",fname))  # added by sps
      if (file.exists(fname)) {
        load(fname)
        prior.distns <- post.distns
      } else {
        load(file.path(outdirs[i], "prior.distns.Rdata"))
      }
    }

    ## added by sps
    PEcAn.logger::logger.debug(paste0("get.param.samples.R posterior file: ", posterior.files))
    PEcAn.logger::logger.debug(paste0("priors: ", prior.distns))
    # added by sps

    ### Load trait mcmc data (if exists)
    if ("trait.mcmc.Rdata" %in% dir(unlist(outdirs[i]))) {
      ma.results <- TRUE
      PEcAn.logger::logger.debug("*** Trait MCMC samples found ***") # added by sps
      load(file.path(outdirs[i], "trait.mcmc.Rdata"))
    } else {
      ma.results <- FALSE
      PEcAn.logger::logger.debug("*** Trait MCMC samples not found ***") # added by sps
    }

    pft.name <- unlist(pft.names[i])

로그 출력

Use 'PEcAn.settings::$.SafeList' instead.
See help("Deprecated")
2017-10-10 16:54:40 WARN   [PEcAn.logger::logger.warn] :
   Multiple Valid Files found on host machine. Returning last updated
   record.
Warning: '$.SafeList' is deprecated.
Use 'PEcAn.settings::$.SafeList' instead.
See help("Deprecated")
2017-10-10 16:54:40 DEBUG  [PEcAn.logger::logger.debug] :
   get.param.samples.R posterior file:
   /data/home/sserbin/.pecan/dbfiles/posterior/2000001348/post.distns.MA.Rdata
2017-10-10 16:54:40 DEBUG  [PEcAn.logger::logger.debug] :
   priors: c("gamma", "beta", "gamma", "gamma", "beta", "lnorm", "weibull",
   "beta", "weibull", "beta", "weibull", "norm", "weibull", "weibull",
   "gamma") priors: c(1.47, 2.63, 2.9, 6.53, 20.3, 0.811, 1.67, 3.61, 3.63,
   2, 2.66, 10, 2.06, 3.55, 90.9) priors: c(0.0578, 6.52, 0.63, 1.49, 76.1,
   0.843, 0.657, 0.433, 3.81, 4, 6.29, 1.02, 19, 24.7, 1580) priors: c(0,
   0, 40, 17, 30, 0, 66, 0, 4, 0, 35, 0, 125, 97, 56)
Warning: '$.SafeList' is deprecated.
Use 'PEcAn.settings::$.SafeList' instead.
See help("Deprecated")
Warning: '$.SafeList' is deprecated.
Use 'PEcAn.settings::$.SafeList' instead.
See help("Deprecated")
Warning: '$.SafeList' is deprecated.
Use 'PEcAn.settings::$.SafeList' instead.
See help("Deprecated")
Warning: '$.SafeList' is deprecated.
Use 'PEcAn.settings::$.SafeList' instead.
See help("Deprecated")
2017-10-10 16:54:40 INFO   [PEcAn.logger::logger.info] :
   PFT Output Directories:
   /data/sserbin/Modeling/dvmdostem/pecan_runs/run.60//pft/CMT04-Salix
2017-10-10 16:54:40 INFO   [PEcAn.logger::logger.info] :
   Selected PFT(s): CMT04-Salix
2017-10-10 16:54:40 DEBUG  [PEcAn.logger::logger.debug] :
   get.param.samples.R posterior file:
   /data/home/sserbin/.pecan/dbfiles/posterior/2000001348/post.distns.MA.Rdata
2017-10-10 16:54:40 DEBUG  [PEcAn.logger::logger.debug] :
   priors: c("gamma", "beta", "gamma", "gamma", "beta", "lnorm", "weibull",
   "beta", "weibull", "beta", "weibull", "norm", "weibull", "weibull",
   "gamma") priors: c(1.47, 2.63, 2.9, 6.53, 20.3, 0.811, 1.67, 3.61, 3.63,
   2, 2.66, 10, 2.06, 3.55, 90.9) priors: c(0.0578, 6.52, 0.63, 1.49, 76.1,
   0.843, 0.657, 0.433, 3.81, 4, 6.29, 1.02, 19, 24.7, 1580) priors: c(0,
   0, 40, 17, 30, 0, 66, 0, 4, 0, 35, 0, 125, 97, 56)
2017-10-10 16:54:40 DEBUG  [PEcAn.logger::logger.debug] :
   *** Trait MCMC samples found ***
2017-10-10 16:54:40 INFO   [PEcAn.logger::logger.info] :
   PFT CMT04-Salix has MCMC samples for: SLA
2017-10-10 16:54:40 INFO   [PEcAn.logger::logger.info] :
   PFT CMT04-Salix will use prior distributions for: mort2
   growth_resp_factor leaf_turnover_rate leaf_width nonlocal_dispersal
   fineroot2leaf root_turnover_rate seedling_mortality stomatal_slope
   r_fract root_respiration_rate Vm_low_temp Vcmax quantum_efficiency
2017-10-10 16:54:40 INFO   [PEcAn.logger::logger.info] :
   using 5004 samples per trait
Warning: '$.SafeList' is deprecated.
Use 'PEcAn.settings::$.SafeList' instead.
See help("Deprecated")
Warning: '$.SafeList' is deprecated.
Use 'PEcAn.settings::$.SafeList' instead.
See help("Deprecated")
Warning: '$.SafeList' is deprecated.

이상한 점은 첫 번째 로거 문 집합이 for 루프에서 사전/후위 구문 분석에 도달하기 전에 실행에 이미 posterior.files 및 prior.distns가 설정되어 있음을 보여줍니다. 그래서 나는 여전히 우선 순위가 어디에서 왔으며 그 기능에서 어떻게 사용되는지를 격리할 수 없습니까? 코드를 기반으로 PFT 폴더의 정보를 사용해야 하는 것처럼 보이지만 다른 곳에서 들어오는 것처럼 보입니까?

확실히는하지만이 '아니오'어떤 이유에 대한 정확한 사후 정보를 얻을이 비트를 runnign해야한다는 것

    } else {
      # Default to most recent posterior in the workflow, or the prior if there is none
      fname <- file.path(outdirs[i], "post.distns.Rdata")
      PEcAn.logger::logger.debug(paste0("posterior fname: ",fname))  # added by sps
      if (file.exists(fname)) {
        load(fname)
        prior.distns <- post.distns
      } else {
        load(file.path(outdirs[i], "prior.distns.Rdata"))
      }
    }

로거 출력이 없기 때문에 실행되지 않는다는 것을 알고 있습니다 ....

따라서 해당 부분을 실행하는 대신 다른 곳에서 다른 prior.distns를 사용하여 누가 어디서 알 수 있습니까???

좋아, 매우 이상하고 나는 이것으로 길을 잃었다. 새 DVM-DOS-TEM PFT를 생성했는데 여전히 동일한 문제가 발생합니다.

Use 'PEcAn.settings::$.SafeList' instead.
See help("Deprecated")
2017-10-13 08:28:17 INFO   [PEcAn.logger::logger.info] : 
   Selected PFT(s): CMT04-Betula 
Warning in rm(prior.distns, post.distns, trait.mcmc) :
  object 'prior.distns' not found
Warning in rm(prior.distns, post.distns, trait.mcmc) :
  object 'post.distns' not found
Warning in rm(prior.distns, post.distns, trait.mcmc) :
  object 'trait.mcmc' not found
2017-10-13 08:28:17 INFO   [PEcAn.logger::logger.info] : 
   PFT CMT04-Betula has MCMC samples for: SLA 
2017-10-13 08:28:17 INFO   [PEcAn.logger::logger.info] : 
   PFT CMT04-Betula will use prior distributions for: mort2 
   growth_resp_factor leaf_turnover_rate leaf_width nonlocal_dispersal 
   fineroot2leaf root_turnover_rate seedling_mortality stomatal_slope 
   r_fract root_respiration_rate Vm_low_temp Vcmax quantum_efficiency 
2017-10-13 08:28:17 INFO   [PEcAn.logger::logger.info] : 
   using 5004 samples per trait 
Warning: '$.SafeList' is deprecated.
Use 'PEcAn.settings::$.SafeList' instead.
See help("Deprecated")

이 오류가 dvm-dos-tem과 관련하여 특정 모델일 수 있는 이유가 있습니까? 아마도 무언가가 NAMESPACE에서 부적절하게 마스킹되고 있습니까? 어떻게 이런 일이 일어나는지 볼 수 없습니까?

알겠습니다. 문제가 발생했습니다. 다음은 SIPNET 실행입니다.

Use 'PEcAn.settings::$.SafeList' instead.
See help("Deprecated")
Warning: '$.SafeList' is deprecated.
Use 'PEcAn.settings::$.SafeList' instead.
See help("Deprecated")
2017-10-13 08:32:10 INFO   [PEcAn.logger::logger.info] : 
   Selected PFT(s): tundra.deciduous.NGEE_Arctic 
Warning in rm(prior.distns, post.distns, trait.mcmc) :
  object 'prior.distns' not found
Warning in rm(prior.distns, post.distns, trait.mcmc) :
  object 'post.distns' not found
Warning in rm(prior.distns, post.distns, trait.mcmc) :
  object 'trait.mcmc' not found
2017-10-13 08:32:10 INFO   [PEcAn.logger::logger.info] : 
   PFT tundra.deciduous.NGEE_Arctic has MCMC samples for: leafC Amax 
   Vm_low_temp leaf_respiration_rate_m2 SLA 
2017-10-13 08:32:10 INFO   [PEcAn.logger::logger.info] : 
   PFT tundra.deciduous.NGEE_Arctic will use prior distributions for: mort2 
   growth_resp_factor leaf_turnover_rate leaf_width nonlocal_dispersal 
   fineroot2leaf root_turnover_rate seedling_mortality stomatal_slope 
   r_fract root_respiration_rate Vcmax quantum_efficiency 
2017-10-13 08:32:10 INFO   [PEcAn.logger::logger.info] : 
   using 3004 samples per trait 
Warning: '$.SafeList' is deprecated.
Use 'PEcAn.settings::$.SafeList' instead.
See help("Deprecated")
Warning: '$.SafeList' is deprecated.
Use 'PEcAn.settings::$.SafeList' instead.
See help("Deprecated")
2017-10-13 08:32:10 INFO   [PEcAn.logger::logger.info] : 
   No sampling method supplied, defaulting to uniform random sampling 
Warning: '$.SafeList' is deprecated.
Use 'PEcAn.settings::$.SafeList' instead.
See help("Deprecated")
2017-10-13 08:32:10 INFO   [PEcAn.logger::logger.info] : 
   Using uniform random sampling 
Warning: '$.SafeList' is deprecated.
Use 'PEcAn.settings::$.SafeList' instead.
See help("Deprecated")

분명히 Vcmax와 mort2는 오류입니다. 이 사전은 어디에서 오는가!

또한 다음은 meta.analysis 전에 내 워크플로.log의 이전 출력입니다.

Use 'PEcAn.settings::$.SafeList' instead.
See help("Deprecated")
Warning: '$.SafeList' is deprecated.
Use 'PEcAn.settings::$.SafeList' instead.
See help("Deprecated")
Warning: '$.SafeList' is deprecated.
Use 'PEcAn.settings::$.SafeList' instead.
See help("Deprecated")
2017-10-13 08:28:10 INFO   [PEcAn.logger::logger.info] : 
   --------------------------------------------------------- 
2017-10-13 08:28:10 INFO   [PEcAn.logger::logger.info] : SLA 
Auto-disconnecting PostgreSQLConnection
2017-10-13 08:28:13 INFO   [PEcAn.logger::logger.info] : Median SLA : 12.525 
2017-10-13 08:28:13 INFO   [PEcAn.logger::logger.info] : 
   --------------------------------------------------------- 
2017-10-13 08:28:13 INFO   [PEcAn.logger::logger.info] : 
   Summary of Prior distributions for: CMT04-Betula 
2017-10-13 08:28:13 INFO   [PEcAn.logger::logger.info] : 
   distn parama paramb n 
2017-10-13 08:28:13 INFO   [FUN] : 
   cuticular_cond lnorm 8.400 0.900 0 
2017-10-13 08:28:13 INFO   [FUN] : 
   extinction_coefficient_diffuse gamma 5.000 10.000 NA 
2017-10-13 08:28:13 INFO   [FUN] : 
   gcmax unif 0.001 0.005 NA 
2017-10-13 08:28:13 INFO   [FUN] : 
   SLA norm 10.000 5.000 NA 
2017-10-13 08:28:13 INFO   [FUN] : 
   frprod_perc_20 unif 0.100 99.000 NA 
2017-10-13 08:28:13 INFO   [FUN] : 
   frprod_perc_10 unif 0.100 99.000 NA 
2017-10-13 08:28:13 INFO   [PEcAn.logger::logger.info] : 
   number of observations per trait for CMT04-Betula 
2017-10-13 08:28:13 INFO   [PEcAn.logger::logger.info] : 
   34 observations of SLA 
Warning: '$.SafeList' is deprecated.
Use 'PEcAn.settings::$.SafeList' instead.
See help("Deprecated")

올바른 특성이 표시되는 것을 볼 수 있으므로 문제는 메타 분석 후 write.configs를 실행하기 전에 발생합니다.

좋아, 그리고 때때로 아래와 같이 잘 작동할 것이다.

Warning: '$.SafeList' is deprecated.
Use 'PEcAn.settings::$.SafeList' instead.
See help("Deprecated")
Warning: '$.SafeList' is deprecated.
Use 'PEcAn.settings::$.SafeList' instead.
See help("Deprecated")
2017-10-13 08:48:05 INFO   [PEcAn.logger::logger.info] :
   PFT Output Directories:
   /data/sserbin/Modeling/dvmdostem/pecan_runs/run.61//pft/CMT04-Salix
2017-10-13 08:48:05 INFO   [PEcAn.logger::logger.info] :
   Selected PFT(s): CMT04-Salix
2017-10-13 08:48:05 DEBUG  [PEcAn.logger::logger.debug] :
   posterior fname:
   /data/sserbin/Modeling/dvmdostem/pecan_runs/run.61//pft/CMT04-Salix/post.distns.Rdata
2017-10-13 08:48:05 DEBUG  [PEcAn.logger::logger.debug] :
   get.param.samples.R posterior file: NA
2017-10-13 08:48:05 DEBUG  [PEcAn.logger::logger.debug] :
   priors: c("weibull", "unif", "unif", "norm", "unif", "unif", "weibull")
   priors: c(1.12, 0.01, 0.001, 10.9152064936782, 0.1, 0.1, 4) priors:
   c(54531, 0.3, 0.005, 0.180754050808388, 99, 99, 0.4) priors: c(29, NA,
   NA, NA, NA, NA, NA)
2017-10-13 08:48:05 DEBUG  [PEcAn.logger::logger.debug] :
   *** Trait MCMC samples found ***
2017-10-13 08:48:05 INFO   [PEcAn.logger::logger.info] :
   PFT CMT04-Salix has MCMC samples for: SLA
2017-10-13 08:48:05 INFO   [PEcAn.logger::logger.info] :
   PFT CMT04-Salix will use prior distributions for: cuticular_cond
   SW_albedo gcmax frprod_perc_20 frprod_perc_10
   extinction_coefficient_diffuse
2017-10-13 08:48:05 INFO   [PEcAn.logger::logger.info] :
   using 5004 samples per trait
Warning: '$.SafeList' is deprecated.
Use 'PEcAn.settings::$.SafeList' instead.
See help("Deprecated")
Warning: '$.SafeList' is deprecated.

여기 진짜 뭔가 질서가 있는 것 같아요....

get.param.samples.R 사후 파일 위의 로그 출력에서 ​​참고: NA 및 그것은 잘 작동했지만 더 나아가서 그 print 문은 파일에 대한 경로, 올바른 정보가 있는 파일을 보여주지만 잘못된 것을 사용합니다. 사전?

예, pecan.xml에서 동일한 워크플로와 설정을 실행하면, 즉 워크플로를 다시 소싱하면 다른 결과를 얻습니다!!!

See help("Deprecated")
Warning: '$.SafeList' is deprecated.
Use 'PEcAn.settings::$.SafeList' instead.
See help("Deprecated")
Warning: '$.SafeList' is deprecated.
Use 'PEcAn.settings::$.SafeList' instead.
See help("Deprecated")
Warning: '$.SafeList' is deprecated.
Use 'PEcAn.settings::$.SafeList' instead.
See help("Deprecated")
Warning: '$.SafeList' is deprecated.
Use 'PEcAn.settings::$.SafeList' instead.
See help("Deprecated")
Warning: '$.SafeList' is deprecated.
Use 'PEcAn.settings::$.SafeList' instead.
See help("Deprecated")
2017-10-13 08:56:35 WARN   [PEcAn.logger::logger.warn] :
   Multiple Valid Files found on host machine. Returning last updated
   record.
Warning: '$.SafeList' is deprecated.
Use 'PEcAn.settings::$.SafeList' instead.
See help("Deprecated")
2017-10-13 08:56:36 DEBUG  [PEcAn.logger::logger.debug] :
   get.param.samples.R posterior file:
   /data/home/sserbin/.pecan/dbfiles/posterior/2000001353/post.distns.MA.Rdata
2017-10-13 08:56:36 DEBUG  [PEcAn.logger::logger.debug] :
   priors: c("gamma", "beta", "gamma", "gamma", "beta", "lnorm", "weibull",
   "beta", "weibull", "beta", "weibull", "norm", "weibull", "weibull",
   "gamma") priors: c(1.47, 2.63, 2.9, 6.53, 20.3, 0.811, 1.67, 3.61, 3.63,
   2, 2.66, 10, 2.06, 3.55, 90.9) priors: c(0.0578, 6.52, 0.63, 1.49, 76.1,
   0.843, 0.657, 0.433, 3.81, 4, 6.29, 1.02, 19, 24.7, 1580) priors: c(0,
   0, 40, 17, 30, 0, 66, 0, 4, 0, 35, 0, 125, 97, 56)
Warning: '$.SafeList' is deprecated.
Use 'PEcAn.settings::$.SafeList' instead.
See help("Deprecated")
Warning: '$.SafeList' is deprecated.
Use 'PEcAn.settings::$.SafeList' instead.
See help("Deprecated")
Warning: '$.SafeList' is deprecated.
Use 'PEcAn.settings::$.SafeList' instead.
See help("Deprecated")
Warning: '$.SafeList' is deprecated.
Use 'PEcAn.settings::$.SafeList' instead.
See help("Deprecated")
2017-10-13 08:56:36 INFO   [PEcAn.logger::logger.info] :
   PFT Output Directories:
   /data/sserbin/Modeling/dvmdostem/pecan_runs/run.61//pft/CMT04-Salix
2017-10-13 08:56:36 INFO   [PEcAn.logger::logger.info] :
   Selected PFT(s): CMT04-Salix
2017-10-13 08:56:36 DEBUG  [PEcAn.logger::logger.debug] :

이번에는 print 문이 NA가 아니며 write.configs에서 잘못된 특성을 얻음을 알 수 있습니다!!

따라서 올바르게 작동하지 않으면 올바른 사후 파일을 가리키지만 그 파일이나 PFT에 존재하지 않는 특성에 대한 사전 정보를 어떻게든 얻습니다!?

그래서 이것이 도움이 되는지 모르겠지만 이 문제를 겪고 있는 @tobeycarman 이 실수로 잘못된 시작 디렉토리에서 워크플로를 시작하여(소스 출처) PEcAn.xml을 찾지 못했습니다. 그러나 오류 메시지는 흥미 롭습니다.

> 
> 
> # ----------------------------------------------------------------------
> # PEcAn Workflow .... [TRUNCATED] 

> if (is.na(args[1])){
+   settings <- PEcAn.settings::read.settings("pecan.xml")
+ } else {
+   settings.file = args[1]
+   settings <- PEcAn.setting .... [TRUNCATED] 
2017-10-13 08:05:51 SEVERE [PEcAn.logger::logger.severe] : 
   Could not find a pecan.xml file 
Warning in file(file, ifelse(append, "a", "w")) :
  cannot open file '/home/dlebauer/out/ebifarm/post//STATUS': No such file or directory
Error in file(file, ifelse(append, "a", "w")) : 
  cannot open the connection
Error during wrapup: cannot open the connection
>

어떻게든 데이터베이스에 @dlebauer 의 이전 실행의 사후가 있고 ED2 실행처럼 보이며 어떻게든 기본값이 설정되는 것이 가능합니까? 또는 R 패키지의 어딘가에 있을 수 있습니다. 나는 운이 없이 이리저리 검색했다. 나는 이것이 터무니없는 롱 샷이라는 것을 알고 있지만 아이디어를 촉발시키는 것이면 물어볼 것이라고 생각했습니다.

VM과 관련이 없는 한 그의 오류가 어떻게 그렇게 나타날지 알 수 없기 때문입니다.

다음은 @tobeycarman의 출력도

출력-1.txt
출력-0.txt

나는 추가했다진실 그것이 유효한 태그인지 확실하지 않더라도 내 메타 분석 태그에서. 그러나 그렇게하면 단일 실행에 대해 제대로 작동했습니다.

See help("Deprecated")
Warning: '$.SafeList' is deprecated.
Use 'PEcAn.settings::$.SafeList' instead.
See help("Deprecated")
Warning: '$.SafeList' is deprecated.
Use 'PEcAn.settings::$.SafeList' instead.
See help("Deprecated")
Warning: '$.SafeList' is deprecated.
Use 'PEcAn.settings::$.SafeList' instead.
See help("Deprecated")
2017-10-13 09:57:01 WARN   [PEcAn.logger::logger.warn] :
   Multiple Valid Files found on host machine. Returning last updated
   record.
Warning: '$.SafeList' is deprecated.
Use 'PEcAn.settings::$.SafeList' instead.
See help("Deprecated")
2017-10-13 09:57:01 DEBUG  [PEcAn.logger::logger.debug] :
   get.param.samples.R posterior file: NA
2017-10-13 09:57:01 DEBUG  [PEcAn.logger::logger.debug] :
   priors: c("gamma", "beta", "gamma", "gamma", "beta", "lnorm", "weibull",
   "beta", "weibull", "beta", "weibull", "norm", "weibull", "weibull",
   "gamma") priors: c(1.47, 2.63, 2.9, 6.53, 20.3, 0.811, 1.67, 3.61, 3.63,
   2, 2.66, 10, 2.06, 3.55, 90.9) priors: c(0.0578, 6.52, 0.63, 1.49, 76.1,
   0.843, 0.657, 0.433, 3.81, 4, 6.29, 1.02, 19, 24.7, 1580) priors: c(0,
   0, 40, 17, 30, 0, 66, 0, 4, 0, 35, 0, 125, 97, 56)
Warning: '$.SafeList' is deprecated.
Use 'PEcAn.settings::$.SafeList' instead.
See help("Deprecated")
Warning: '$.SafeList' is deprecated.
Use 'PEcAn.settings::$.SafeList' instead.
See help("Deprecated")
Warning: '$.SafeList' is deprecated.
Use 'PEcAn.settings::$.SafeList' instead.
See help("Deprecated")
Warning: '$.SafeList' is deprecated.
Use 'PEcAn.settings::$.SafeList' instead.
See help("Deprecated")
2017-10-13 09:57:01 INFO   [PEcAn.logger::logger.info] :
   PFT Output Directories:
   /data/sserbin/Modeling/dvmdostem/pecan_runs/run.64//pft/CMT04-Salix
2017-10-13 09:57:01 INFO   [PEcAn.logger::logger.info] :
   Selected PFT(s): CMT04-Salix
2017-10-13 09:57:01 DEBUG  [PEcAn.logger::logger.debug] :
   posterior fname:
   /data/sserbin/Modeling/dvmdostem/pecan_runs/run.64//pft/CMT04-Salix/post.distns.Rdata
2017-10-13 09:57:01 DEBUG  [PEcAn.logger::logger.debug] :
   get.param.samples.R posterior file: NA
2017-10-13 09:57:01 DEBUG  [PEcAn.logger::logger.debug] :
   priors: c("weibull", "unif", "unif", "norm", "unif", "unif", "weibull")
   priors: c(1.12, 0.01, 0.001, 10.9152064936782, 0.1, 0.1, 4) priors:
   c(54531, 0.3, 0.005, 0.180754050808388, 99, 99, 0.4) priors: c(29, NA,
   NA, NA, NA, NA, NA)
2017-10-13 09:57:01 DEBUG  [PEcAn.logger::logger.debug] :
   *** Trait MCMC samples found ***
2017-10-13 09:57:01 INFO   [PEcAn.logger::logger.info] :
   PFT CMT04-Salix has MCMC samples for: SLA
2017-10-13 09:57:01 INFO   [PEcAn.logger::logger.info] :
   PFT CMT04-Salix will use prior distributions for: cuticular_cond
   SW_albedo gcmax frprod_perc_20 frprod_perc_10
   extinction_coefficient_diffuse
2017-10-13 09:57:01 INFO   [PEcAn.logger::logger.info] :
   using 5004 samples per trait
Warning: '$.SafeList' is deprecated.
Use 'PEcAn.settings::$.SafeList' instead.

따라서 무언가로 인해 피칸이 변경 사항을 픽업하면 제대로 작동하지만 그렇지 않으면 그렇지 않은 것 같습니다. 그리고 다시 get.param.samples.R 사후 파일: 작동할 때

웹에서 그렇게 하면 동일한 결과가 나오지 않으므로 상당히 일관성이 없습니다.

추가TRUE 태그가 작동하지 않았습니다.

@serbinsh 여기 까지 워크플로를 한 줄씩 실행할 수 있습니까?
"호스트 시스템에서 여러 유효한 파일을 찾았습니다. 마지막으로 업데이트된 파일을 반환합니다.
기록. " 경고가 단서가 될 수 있습니다. dbfile.check 는 때때로 원치 않는 파일 목록을 반환할 수 있습니다.

그것이 귀하의 문제와 관련이 있는지 확실하지 않지만 이것이 PDA에서 문제를 일으키고 있었기 때문에 함수에 return.all 옵션을 추가했습니다.

DALEC와 동일한 문제가 있습니다.
가장 최근에 실행한 1000008435

로 구성 파일을 생성했습니다.

-mort2 19.5518192434762 
-growth_resp_factor 0.269134877386544 
-t5 0.00115746296987216 
-leaf_width 4.21460770704145 
-nonlocal_dispersal 0.208363236071724 
-fineroot2leaf 2.28414274764454 -t7 0.00143050364071698 
-seedling_mortality 0.95094009313231 
-stomatal_slope 3.44801807715082
-r_fract 0.31488851365167 
-root_respiration_rate 5.48891170784511 
-Vm_low_temp 9.99793554087408 
-SLA 0.0329788044168264 
-Vcmax 22.4703903038444 
-quantum_efficiency 0.0574557888428778

확실히 잘못된 변수입니다.

릴리스 VM에서 Betsy의 실행을 복제하려고 시도했으며 DALEC 구성 파일은

실행이 성공했으므로 어떻게든 개발의 최신 코드가 특정 특성을 기본값으로 설정하고 있음이 분명합니다.

@tonygardella 나는 그것이 개발 분기 문제라는 데 동의합니다. 내 직감은 기능과 NAMESPACE를 이리저리 이동한 의도하지 않은 결과이지만 아직 이유를 알 수 없습니다.

이것을 write.configs 단계까지 추적했습니다. 특히 get.parameter.samples 단계에서 올바른 이전 및/또는 사후 데이터를 찾은 다음 해당 특정 특성을 기본값으로 설정하는 것을 엉망으로 만듭니다.

@tonygardella 그 이전을 잡는 경로/위치를 볼 수 있습니까?

나는 이것이 문제가 되는 파일이라고 생각합니다: https://github.com/PecanProject/pecan/blob/develop/base/utils/data/post.distns.RData

get.parameter.samples에서 이 라인은 이에 도달 할 때 그런 prior.distns의 대상이 제거 이 라인 은 prior.distns에 posterior.distns을 할당 할 수 있지만,이 경우로드 prior.distns.RData 파일은 여전히로드 PEcAn.utils 패키지가 로드되기 때문에 사전.distns로. 해당 개체가 있으면 해당 패키지 파일을 기본값으로 계속 사용합니다.

이것이 VM이 아닌 머신에서 발생하는 이유는 VM에 없는 사후 파일이 존재하지 않는 한 코드의 해당 부분이 트리거되지 않기 때문입니다.

한 줄씩 실행할 때 내 환경에서 prior.distns를 계속 삭제하려고 했지만 개체를 ​​찾을 수 없었지만 코드를 실행할 때 어떻게든 prior.distns 개체가 있어서 해당 파일로 이동했습니다. utils 패키지의 일부입니다.

파일이 어딘가에서 테스트에 사용됩니까? https://github.com/PecanProject/pecan/blob/develop/base/utils/data/post.distns.RData

빠른 검색은 어디에도 사용된 것으로 표시되지 않습니다.

Aaaand 이것은 왜 그것이 나타났는지 설명합니다 -- 패키지 내 post.distns 는 #1684에서 utils를 지연 로딩으로 전환할 때까지 워크플로에서 자동으로 표시되지 않았습니다. 메아 쿨파!