λ²κ·Έ λλ μ€μΉ λ¬Έμ μ κ²½μ° λ€μ μ 보λ₯Ό μ 곡νμμμ€.
λ λ§μ μ 보λ₯Ό μ 곡ν μλ‘ λ μ½κ² μ 곡ν μ μμ΅λλ€.
λμκ³Ό μ‘°μΈ.
μ±κ³΅μ μΌλ‘ μ»΄νμΌ,
μλμ½λ€ νκ²½,
"conda list"λ₯Ό μ¬μ©νλ©΄ "xgboost"λ₯Ό νμν μ μμ΅λλ€.
νμ§λ§ xgboostλ₯Ό κ°μ Έμ¬ λ λ€μ μ€λ₯κ° νμλ©λλ€. OSError: /home/yin/anaconda3/bin/../lib/libgomp.so.1: λ²μ `GOMP_4.0'μ μ°Ύμ μ μμ΅λλ€(/home/yin/anaconda3/lib/μμ νμν¨ python3.5/site-packages/xgboost-0.6-py3.5.egg/xgboost/libxgboost.so)
μ΄μ 체μ : Ubunutu kylin 16.10
μ»΄νμΌλ¬:
μ¬μ©λ ν¨ν€μ§(python/R/jvm/C++): python
xgboost
μ¬μ©λ λ²μ : μ΅μ
μμ€μμ μ€μΉνλ κ²½μ° μ 곡νμμμ€.
git rev-parse HEAD
)OSError: /home/yin/anaconda3/bin/../lib/libgomp.so.1: λ²μ `GOMP_4.0'μ μ°Ύμ μ μμ(/home/yin/anaconda3/lib/python3.5/site-packages/μ νμν¨ xgboost-0.6-py3.5.egg/xgboost/libxgboost.so)
python ν¨ν€μ§λ₯Ό μ¬μ©νλ κ²½μ° λ€μμ μ 곡νμμμ€.
μλμ½λ€
xgboost
λ₯Ό μ€μΉνλ λͺ
λ ΉR ν¨ν€μ§λ₯Ό μ¬μ©νλ κ²½μ° μ 곡νμμμ€.
sessionInfo()
xgboost
λ₯Ό μ€μΉνλ λͺ
λ Ή1.
2.
μΌ.
1. xgboost μ¬κ΅¬μΆ, μλνμ§ μμ
2.
μΌ.
xgboostλ₯Ό μ΄λ»κ² μ¬κ΅¬μΆνκ³ μμ΅λκΉ?
make clean_all
λ€μμ make -j
λ₯Ό μννμ΅λκΉ?
μλ νμΈμ, μ κ²½μ¨μ£Όμ μ κ°μ¬ν©λλ€. λ¬Έμ κ° ν΄κ²°λμμ΅λλ€. ν΅μ¬μ μλμ½λ€μ μλμ½λ€μ libgomp.so.1 λ° libstdc++.so.6 νμΌμ μ€μΉνλλ° GOMP_4.0 λ° κΈ°ν νμΌμ΄ λΆμ‘±νμ¬ μκ°μ΄ μ§λ κ² κ°μ΅λλ€. κ·Έλ¬λ Ubuntu 16.04μμλ ν΄λΉ νμΌμ΄ μΆ©λΆν μλ‘μ΅λλ€. ν΄κ²°μ± μ μΌλΆ λ§ν¬ νμΌμ λ§λ€μ΄ μλμ½λ€μμ ν΄λΉ νμΌμ μ λ°μ΄νΈνλ κ²μ λλ€.
μ, κ΅μ₯νλ€. λ¬Έμ κ° ν΄κ²°λμ§ μμ κ²μΌλ‘ λνλμ§ μλλ‘ λ¬Έμ λ₯Ό λ«μ΅λλ€.
2016λ 11μ 21μΌ μ€μ 11μ 57λΆμ "yinshurman" [email protected] μ΄ λ€μκ³Ό κ°μ΄ μΌμ΅λλ€.
μλ νμΈμ, κ±±μ ν΄μ£Όμ μ κ°μ¬ν©λλ€. λ¬Έμ κ° ν΄κ²°λμμ΅λλ€. μμ μ
μλμ½λ€μ libgomp.so.1 λ° libstdc++.so.6 νμΌμ
anacondaλ GOMP_4.0 λ° κΈ°ν νμΌμ΄ λΆμ‘±νμ¬ μκ°μ΄ μ§λ κ²μ²λΌ 보μ΄μ§λ§
Ubuntu 16.04 ν΄λΉ νμΌμ μΆ©λΆν μλ‘μ΅λλ€. ν΄κ²°μ± μ
acondaμμ ν΄λΉ νμΌμ μ λ°μ΄νΈνκΈ° μν μΌλΆ λ§ν¬ νμΌβ
λΉμ μ΄ λκΈμ λ¬μκΈ° λλ¬Έμ μ΄κ²μ λ°λ κ²μ λλ€.
μ΄ μ΄λ©μΌμ μ§μ λ΅μ₯νκ³ GitHubμμ νμΈνμΈμ.
https://github.com/dmlc/xgboost/issues/1786#issuecomment -261854524 λλ μμκ±°
μ€λ λ
https://github.com/notifications/unsubscribe-auth/ACGUp9c5d-t8t-87qfMLYoJTk5cfW4_rks5rATnYgaJpZM4K2Gx1
.
@yinshurman μ루μ
λ¨κ³λ₯Ό κ²μν΄ μ£Όμκ² μ΅λκΉ!
미리 κ°μ¬ν©λλ€
1λ¨κ³: λ€μ λͺ
λ Ήμ μ¬μ©νμ¬ ancondaμ libgomp.so.1 νμΌμ νμν λ²μ GOMP_4.0μ΄ ν¬ν¨λμ΄ μλμ§ νμΈν©λλ€(λͺ¨λ λ¨κ³μμ κ²½λ‘λ₯Ό μ§μ κ΅μ²΄).
strings /home/yin/anaconda3/bin/../lib/libgomp.so.1 |grep GOMP
(GOMP_4.0 λ²μ μ΄ μμ κ²½μ° 2λ¨κ³λ‘ μ΄λ, μλλ©΄ λκΈ λ¨κ²¨μ£ΌμΈμ)
2λ¨κ³: OSμμ libgomp.so.1μ νμΈνλ €λ©΄:
sudo find / -name libgomp.so.1*
3λ¨κ³: acondaμμ λ§ν¬ νμΈ οΌ
ls -al /home/yin/anaconda3/bin/../lib/libgomp.so.1
λ§ν¬κ° 2λ¨κ³ λͺ©λ‘μ μ΅μ λ²μ μ μ°κ²°λμ§ μμΌλ©΄ μ λ§ν¬λ₯Ό λ§λ€μ΄ λ€μκ³Ό κ°μ΄ μ
λ°μ΄νΈν©λλ€.
sudo rm -rf /home/yin/anaconda3/bin/../lib/libgomp.so.1
sudo ln -s <path of the newest version libgomp file in your OS > <path in anaconda>
(μ sudo ln -s /usr/.../libgomp.so.XXX /home/yin/anaconda3/bin/..libgomp.so.1
)
ps: λ΄ μ»΄ν¨ν°κ° μμΌλ©΄ ꡬ체μ μΈ κ²½λ‘κ° κΈ°μ΅λμ§ μμ§λ§ μ΄ λ°©λ²μ λ΄ λ¬Έμ λ₯Ό ν΄κ²°ν©λλ€. μ¬μ€ λ΄ κ²½μ°μλ GOMP_4.0λΏλ§ μλλΌ μΌλΆ λ€λ₯Έ νμΌλ μ°Ύμ μ μμ΅λλ€(μ: μ΄ https ://github.com/dmlc/xgboost/issues/1700 ), μ΄ μ루μ
λ μ μλν©λλ€.
κ·Έκ²μ ν¨κ³Όκ° μμλ€. @yinshurman κ°μ¬ν©λλ€.
@yinshurman .... λ€μ μ€λ₯μ λν ν΄κ²°μ± μ μ°Ύμ§ λͺ»νλ€κ³ λ¨κ³λ³λ‘ μλ €μ£Όμ€ μ μμ΅λκΉ?
xgboost κ°μ Έμ€κΈ°
SError: /home/akash/anaconda2/bin/../lib/libgomp.so.1: λ²μ `GOMP_4.0'μ μ°Ύμ μ μμ΅λλ€(/home/akash/anaconda2/lib/python2.7/site-packages/μ νμν¨ xgboost/./lib/libxgboost.so
μ, μλν©λλ€. μ΄ λ¨κ³λ libeemd λ° pyeemd ν¨ν€μ§μμ μλ²½νκ² μλνμ΅λλ€. κ°μ¬ ν΄μ
μλμ½λ€μμ libgomp λΌμ΄λΈλ¬λ¦¬λ₯Ό μ
λ°μ΄νΈνλ λ°©λ²μ΄ μμ΅λκΉ?
μμ€ν
νμΌμ κΈ°νΈ νμΌμ λ§λ ν λμ libstdc++.so.6μ λν μ€λ₯λ₯Ό λ³΄κ³ ν©λλ€.
μ΄μ©λ©΄ conda install libgcc
λ μλν΄ λ³Ό μ μμ΅λλ€. μ΄λ κ² νλ©΄ μ΄λ° λ¬Έμ λ ν΄κ²°ν μ μμ΅λλ€. @jiqiujia
@yinshurman κ°μ¬ν©λλ€. ν¨κ³Όκ°μλ€!
@yinshurman κ°μ¬ν©λλ€. ν¨κ³Όκ°μλ€
λΉμ·ν λ¬Έμ κ° λ°μνμ¬ anaconda gccλ₯Ό 4.8.5μμ 5.4.0μΌλ‘ μ λ°μ΄νΈνμ¬ ν΄κ²°νμ΅λλ€.
conda install -c salford_systems gcc-5
@yinshurman libgomp.so.1 λ° libstdc++.so.6μ λ¬Έμ κ° μμκ³ λ λ€μ λν΄ μλνμ΅λλ€. κ°μ¬ν©λλ€.
'GOMP_4.0'μ(λ₯Ό) μ°Ύμ μ μμ΅λλ€.
μ΄κ²μ xgboostκ° λΉλλ λ²μ κ³Ό xgboostκ° λ°νμμ μ¬μ©νλ conda νκ²½μ λ²μ μ΄ μΌμΉνμ§ μκΈ° λλ¬Έμ λ°μνλ μ€λ₯μ
λλ€.
λ¬Έμ λ₯Ό ν΄κ²°νκ³ μ무 κ²λ μ€λ¨νμ§ μλ κ°μ₯ μ¬μ΄ λ°©λ²μ λ€μμ μνν΄μΌ νλ condaμ λΌμ΄λΈλ¬λ¦¬λ₯Ό μ¬μ©νμ¬ λͺ
μμ μΌλ‘ xgboostλ₯Ό λΉλνλ κ²μ
λλ€.
export LD_LIBRARY_PATH=~/work/anaconda3/lib #or whatever your anaconda install path is
which python
export PATH=~/work/anaconda3/bin:$PATH
cd ~/xgboost
make clean_all
make -j4
cd python-package
python setup.py install
μ΄μ ν°λ―Έλμ λ«κ³ μ ν°λ―Έλμ μμν μ μμ΅λλ€. LD_LIBRARY_PATλ condaμ νκ²½κ³Ό κ°μ΄ μ μ§ν νμκ° μμ΅λλ€. νμν λΌμ΄λΈλ¬λ¦¬λ₯Ό μ»μμ΅λλ€.
κ°μ₯ μ μ©ν λκΈ
μ΄μ©λ©΄
conda install libgcc
λ μλν΄ λ³Ό μ μμ΅λλ€. μ΄λ κ² νλ©΄ μ΄λ° λ¬Έμ λ ν΄κ²°ν μ μμ΅λλ€. @jiqiujia